Routes nationales
Sachverhalt
A. A.a La commune de Neuchâtel (la recourante) est propriétaire des bien-fonds nos 9847, 16624, 2594, 8098, 12049, 12516, 17022, 14433, 11965, 4952, 2634, 2609, 2610, ainsi que du droit distinct et permanent n° D9471 à charge de l'immeuble n° 9470 du Registre foncier cantonal de Neuchâtel. A.b Le 18 février 2019, l'Office fédéral des routes (l'OFROU) a demandé au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (le DETEC) l'approbation du projet définitif pour les routes nationales N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron (ci-après, le projet). Il expose que, le 1er janvier 2008, la propriété des routes nationales a été transférée des cantons à la Confédération, et que les alignements approuvés et actuellement numérisés présentent des défauts, ce qui complique la tâche de la police des constructions. Il indique avoir été chargé de vérifier, de mettre au point et de numériser l'ensemble des alignements des routes nationales, afin qu'ils soient publiés dans le cadastre des restrictions de droit public à la propriété foncière (RDPPF). De cette manière, ces restrictions non inscrites au registre foncier seront disponibles sous forme électronique, de manière claire et précise, afin de renforcer la sécurité juridique. A.c Le 21 février 2019, le DETEC a ouvert la procédure ordinaire d'approbation des plans. L'enquête publique s'est déroulée au Greffe municipal des 11 communes concernées du 31 mai au 1er juillet 2019. Durant l'enquête, le canton de Neuchâtel, six communes et un particulier ont formé opposition au projet. Le particulier et quatre communes ont retiré leurs oppositions avant que le DETEC ne rende la décision attaquée. En outre, un particulier a formé opposition le 4 juillet 2019. Le DETEC l'a déclarée irrecevable car tardive. Le 28 juin 2019, la Ville de Neuchâtel a formé opposition au projet, concluant à ce que le DETEC annule la procédure d'approbation du projet sur son territoire, refuse de l'approuver, y renonce et constate que les alignements existants, en particulier communaux, en vigueur sur son territoire le long de la N05 restent inchangés. En outre, elle a formulé toutes les objections légales en matière d'expropriation et s'est réservée le droit de formuler des demandes d'indemnités ou de réparation en nature pour le montant que justice dira en lien avec le projet sur son territoire. En substance, elle fait valoir qu'elle conteste le projet en tant que détentrice de la puissance publique sur son territoire et en tant que propriétaire privée de bien-fonds, traversés par les alignements projetés. Elle se plaint de ne pas avoir été consultée au préalable, de l'absence de piquetage ainsi que d'un dossier inexact et incomplet. Elle allègue également des violations de son autonomie communale et de ses droits de propriété. A.d Le 5 juillet 2019, le Département du développement territorial et de l'environnement du canton de Neuchâtel a fait part au DETEC de son avis favorable concernant le projet sous réserve du respect des conditions formulées par ses services. En particulier, le Service des ponts et chaussées est d'avis que les plans d'alignements cantonaux et communaux doivent être maintenus et figurer sur les plans mis à l'enquête par la Confédération à titre indicatif, de manière à clarifier qu'ils sont toujours en vigueur. A.e Le 30 août 2019, l'OFROU s'est déterminé sur l'opposition de la recourante, maintenant son projet définitif tel que mis à l'enquête. En substance, il explique que les alignements n'équivalent pas à une interdiction de construire, qu'ils n'impliquent pas d'obligation de piquetage ni d'avis personnel, que le projet est exact et complet, que les alignements des routes nationales peuvent être superposés à ceux communaux et qu'il n'y a pas de violation de l'autonomie communale, ni des droits de propriété de la recourante. A.f Le 16 septembre 2019, l'OFROU s'est déterminé sur la prise de position du canton de Neuchâtel, maintenant les alignements tels que mis à l'enquête. Il a confirmé que le projet portait uniquement sur les alignements des routes nationales et n'avait aucune influence sur les alignements des routes cantonales ou communales. Il a indiqué qu'il ne disposait pas des informations nécessaires à la représentation correcte de ceux-ci, raison pour laquelle il s'était abstenu de le faire. A.g Le 12 novembre 2019, le canton de Neuchâtel a maintenu sa position. A.h Le 15 novembre 2019, la recourante a déposé ses observations finales, maintenant intégralement son opposition. B. Par décision du 7 février 2020, le DETEC a approuvé le projet N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron et a rejeté les deux oppositions restantes, dont celle de la Ville de Neuchâtel. De manière générale, il explique que les alignements sont une mesure d'aménagement limitée visant à assurer un éventuel élargissement et la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales. Il précise que le projet ne donne lieu à aucune mesure de construction, que les alignements ne constituent pas des interdictions absolues de construire et que les droits des propriétaires sont uniquement restreints dans la mesure où ils doivent obtenir l'autorisation de l'OFROU lorsque leur projet de nouvelle construction ou de transformation se situe à l'intérieur des alignements. Il rappelle que le projet ne porte que sur les alignements des routes nationales et n'a aucun effet sur ceux des routes cantonales et communales, lesquels restent en vigueur, même s'il n'est pas possible de les faire figurer à titre informatif sur les plans fédéraux. S'agissant de l'opposition de la Ville de Neuchâtel, le DETEC retient que la procédure d'approbation a été respectée, que les alignements projetés n'entravent pas l'autonomie communale et que les restrictions aux droits de propriété de la Ville de Neuchâtel sont fondées sur la loi, visent des intérêts publics et sont proportionnelles. Il estime qu'une vision locale n'est pas utile en l'espèce, vu le dossier à sa disposition. Il considère que la Ville de Neuchâtel n'est pas expropriée matériellement, ni sujette à indemnisation et que la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711) ne s'applique pas. Il estime que les alignements ne constituent pas une expropriation matérielle, même partielle, en tant qu'ils n'interdisent pas les constructions de manière absolue. Il renvoie la recourante à faire valoir devant l'OFROU, dans les cinq ans suivant l'entrée en force de la décision d'approbation, ses éventuelles prétentions en indemnité pour expropriation matérielle selon la procédure prévue par l'art. 25 al. 3 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales (LRN, RS 725.11). C. C.a Par mémoire du 11 mars 2020, la ville de Neuchâtel (ci-après : la recourante) a interjeté recours devant le Tribunal administratif fédéral (le Tribunal) contre la décision du DETEC (l'autorité inférieure) du 7 février 2020, concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, au refus d'approuver le projet et à sa renonciation sur son territoire et au constat que les alignements existants, en particulier communaux, en vigueur le long de la route nationale N05 sur son territoire restent intacts et inchangés. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. En tout état de cause, elle formule toutes les objections légales en matière d'expropriation et se réserve le droit de formuler des demandes d'indemnités ou de réparation en nature pour le montant que justice dira en lien avec le projet sur son territoire. En substance, elle reprend les griefs invoqués à l'appui de son opposition du 28 juin 2019. En outre, elle fait valoir une violation de son droit d'être entendue et sollicite le dépôt et la consultation des dossiers officiels et complets de l'OFROU et de l'autorité inférieure relatifs au projet ainsi que la tenue d'une vision locale. C.b Par mémoire en réponse du 30 mars 2020, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours, maintenant et renvoyant à sa décision du 7 février 2020, en particulier à sa motivation concernant l'opposition de la recourante. En outre, elle produit le dossier de la procédure devant elle ainsi que celui de l'OFROU quant au projet définitif. Elle précise qu'elle ne possède aucun document supplémentaire que ceux mis à l'enquête. C.c Par prise de position du 14 avril 2020, l'OFROU (l'intimé) a conclu, avec suite de frais, au rejet du recours si tant est que recevable, à la confirmation de la décision attaquée et au rejet de toute demande d'indemnité et de frais. Il réitère les arguments développés dans sa détermination du 30 août 2019. Au surplus, il réfute toute violation du droit d'être entendue de la recourante. Il précise que les alignements sont fixés selon les standards et que la situation, les constructions et le type d'infrastructure sont pris en compte, en particulier lors de la fixation de leur largeur. Il indique qu'une pesée concrète entre les intérêts privés du propriétaire et ceux publics intervient au moment de la procédure d'autorisation de construire. C.d Par écriture du 3 juin 2020, la recourante a informé qu'elle n'avait pas d'observations complémentaires à faire valoir dans une réplique et qu'elle maintenait intégralement son recours. C.e Invité à se déterminer dans la cause, le canton de Neuchâtel a, par écriture du 26 juin 2020, rappelé avoir formé opposition durant la mise à l'enquête. Il a indiqué avoir renoncé à recourir en raison de la garantie reçue s'agissant de la validité des plans cantonaux et communaux ainsi que pour préserver des relations saines avec les autorités fédérales. Il comprend que la Ville de Neuchâtel puisse se sentir dépassée et recourt, dans la mesure où la procédure présente des zones d'ombre et donne le sentiment que la mise à l'enquête n'était qu'une étape formelle, sans considération envers les avis des communes et du canton. C.f Par écriture du 14 juillet 2020, l'autorité inférieure a renoncé à tout commentaire sur la prise de position du canton de Neuchâtel et a maintenu sa position. C.g Par écriture du 16 juillet 2020, l'intimé a confirmé que le projet touchait uniquement aux alignements des routes nationales et non aux alignements cantonaux et communaux. Il a précisé que les autorités cantonales et communales avaient la possibilité d'inscrire leurs restrictions auprès du CRDPPF. C.h Par écriture du 31 août 2020, la recourante a informé qu'elle n'avait pas d'observations finales et a confirmé ses précédentes écritures. C.i Par ordonnance du 7 septembre 2020, le Tribunal a réservé des mesures d'instruction complémentaires. D. D.a Par ordonnance du 5 juillet 2021, le Tribunal a instruit le dossier en demandant à l'OFROU et au DETEC les raisons pour lesquelles les propriétaires privés concernés par la fixation d'alignements avaient été informés par avis personnels dans d'autres procédures de mise au point des alignements et pas dans la présente procédure. D.b Par écriture du 28 juillet 2021, le DETEC a expliqué que les alignements ne constituaient pas un cas d'expropriation formelle, si bien qu'il n'y avait pas d'obligation d'avis personnel aux propriétaires. Il a ajouté que dans les autres procédures, il ne s'agissait pas d'avis personnels au sens propre et que l'intimé était libre d'informer les propriétaires sur une base volontaire. D.c Par écriture du 29 juillet 2021, l'OFROU a expliqué qu'en l'espèce, le Registre foncier du canton de Neuchâtel n'avait pas été en mesure de fournir la liste des propriétaires et de leur adresse respective des quelques 1'500 parcelles concernées, au contraire des autres projets dans les cantons de Genève, Vaud, Fribourg, Berne et Jura. Il a précisé qu'au vu de l'effort de recherche et de la marge d'erreur due aux homonymes, il a jugé disproportionné d'envoyer un avis personnel à tous les propriétaires, celui-ci n'étant pas obligatoire en l'absence d'expropriation. D.d Par écriture du 8 septembre 2021, la recourante a informé qu'elle n'avait pas d'observations complémentaires et a confirmé ses précédentes écritures. Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt. Droit :
1. La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis. 1.1 En vertu des art. 31 et 33 let. d LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA rendues par les départements et unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Le DETEC constitue un département de l'administration fédérale. L'acte attaqué du 7 février 2020, par lequel l'autorité inférieure approuve le projet définitif et rejette notamment l'opposition de la recourante, satisfait aux conditions qui prévalent à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 al. 1 PA et n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. Partant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent recours. 1.2 La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure. Étant la destinataire de la décision attaquée, qui rejette son opposition au projet de l'intimé, et propriétaire des bien-fonds susmentionnés, pour la plupart traversés par les alignements projetés, elle est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation ou sa modification. Elle a donc qualité pour recourir conformément aux art. 48 al. 1 PA et 27d al. 1 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales (LRN, RS 725.11), sans qu'il n'y ait besoin de trancher si elle a également qualité pour recourir en tant que détentrice de la puissance publique disposant d'une autonomie communale en matière d'aménagement du territoire et de construction. 1.3 Pour le reste, déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière. 2. 2.1 L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé pour la route nationale N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. Dans ce cadre, il s'agira d'examiner si la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée (cf. consid. 5), et, le cas échéant, si les alignements tels que projetés sur le territoire de la recourante respectent son autonomie communale (cf. consid. 6) et, s'agissant des parcelles propriété de la recourante, ses droits de propriété (cf. consid. 7). Au préalable, il convient d'examiner si le droit d'être entendue de la recourante a été violé (cf. consid. 3) et de statuer sur ses requêtes de preuves (cf. consid. 4). Il est ici précisé que la question d'une éventuelle expropriation matérielle de la recourante ne fait pas partie de l'objet du litige. En effet, pour autant que les conditions soient remplies, le droit à l'indemnité et le montant de cette dernière ne naissent qu'au moment où les alignements projetés entrent en force. Les propriétaires concernés doivent annoncer leurs prétentions par écrit à l'intimé dans les cinq ans suivant ce jour. En cas de contestation, la procédure se déroule devant une Commission fédérale d'estimation (CFE) et non devant le DETEC (cf. consid. 5.4.5 et 5.5.3). 2.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 du 11 mai 2021 consid. 2.2). 2.3 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal administratif fédéral dispose d'une pleine cognition (art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou techniques que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux. Dans de telles circonstances, il ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité inférieure, laquelle dispose de connaissances spécifiques qu'elle est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2019 II/1 consid. 2.1 non publié, 2012/23 consid. 4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4095/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.3). Cela vaut dans tous les cas lorsque celle-ci a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1, 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_329/2012 du 27 novembre 2012 consid. 5.2 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3, A-645/2020 du 19 août 2020 consid. 2, A-2587/2018 du 20 février 2019 consid. 2, A-7744/2015 du 29 novembre 2017 consid. 2.2.2). 3. En premier lieu, il convient d'examiner si le droit d'être entendue de la recourante a été violé. 3.1 3.1.1 La recourante fait valoir que l'autorité inférieure a rendu une décision standardisée, sans motivation juridique circonstanciée spécialement adaptée à son opposition, dont la situation est particulière et différente de celle des autres lieux touchés par le projet. Elle ajoute que l'autorité inférieure n'a pas examiné la portée juridique et pratique des alignements projetés, ni les conséquences de ceux-ci sur les projets de construction. Elle critique une décision théorique, n'examinant pas ses critiques légitimes. En outre, elle reproche le manque de communication de l'intimé et de l'autorité inférieure et se plaint de ne pas avoir été concertée au préalable par l'intimé. Elle estime ne pas avoir pu faire valoir ses droits en temps opportun et ne pas avoir eu d'autres choix que de former opposition puis recours. 3.1.2 L'autorité inférieure estime que la loi n'impose aucune obligation à l'intimé ni à elle-même de se concerter avec la recourante. En outre, elle considère que les arguments de celle-ci ont été étudiés et rejetés au fond, après un examen approfondi de la situation. Elle conteste qu'il s'agisse d'une décision standardisée. Elle remarque que la recourante a fait valoir son droit d'être entendue par son opposition. 3.1.3 L'intimé précise que les autorités cantonales et communales n'ont plus de pouvoir décisionnel en matière d'alignements le long des routes nationales depuis la réforme de la péréquation financière de 2008. Il rappelle que la recourante s'est déterminée sur le projet dans son opposition lors de la mise à l'enquête publique, que ses griefs ont été examinés et que son droit d'être entendue a ainsi été respecté. Il remarque que la mise à l'enquête a justement pour but d'informer les intéressés et que la procédure d'approbation ne prévoit pas de phase de consultation préalable des intéressés. 3.2 Le droit d'être entendu est une garantie inscrite à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101). Il est de caractère formel et sa violation entraîne l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 139 II 489 consid. 3.3, 132 II 485 consid. 3.2, 122 II 464 consid. 4a ; ATAF 2013/23 consid. 6.4.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 5.2.1). Il comprend les droits de s'exprimer, de consulter le dossier, de faire administrer des preuves et de participer à l'administration de celles-ci, d'obtenir une décision motivée et de se faire représenter ou assister (cf. art. 26 à 33 et 35 PA ; ATAF 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4343/2018 du 1er février 2021 consid. 3.2.1). 3.2.1 L'art. 30 al. 1 PA prévoit en particulier que l'autorité entend les parties avant de prendre une décision. C'est le droit pour le justiciable de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, soit le droit d'exposer ses arguments de droit, de fait ou d'opportunité, de répondre aux objections de l'autorité et de se déterminer sur les autres éléments du dossier (cf. ATF 141 V 557 consid. 3.1, 135 I 279 consid. 2.3 ; ATAF 2010/53 consid. 13.1, 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6775/2016 du 28 juin 2018 consid. 5.1). En revanche, dans une procédure administrative, le droit d'être entendu n'implique pas le droit d'être entendu oralement devant l'organe de décision (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1, 122 II 464 consid. 4c ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_61/2011 du 4 mai 2011 consid. 3.2 ; ATAF 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 5.2.1). La procédure d'approbation des plans en matière de routes nationales connaît une réglementation spéciale pour entendre les parties, comme cela est le cas pour la plupart des lois spéciales réglant les domaines relevant de l'administration de masse. Le droit des parties de s'exprimer est garanti par l'opposition au sens de l'art. 27d LRN, dans une procédure formalisée (cf. ATF 143 II 467 consid. 2.2, 138 I 131 consid. 5.1, 135 II 286 consid. 5.3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6775/2016 précité consid. 5.1, A-3535/2016 du 6 mars 2018 consid. 5.1.2, A-2415/2016 du 16 octobre 2017 consid. 3.1.3 ; Waldmann/Bickel, in: Praxiskommentar VwVG, 2ème éd. 2016, art. 30a n° 7 ss). 3.2.2 Selon l'art. 35 al. 1 PA, les décisions écrites sont désignées comme telles, motivées et indiquent les voies de droit. Le juge est tenu de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. ATF 146 IV 297 consid. 2.2.7, 139 IV 179 consid. 2.2, 138 IV 81 consid. 2.2). En particulier, lorsque les parties font valoir des griefs pertinents, il doit ressortir de la motivation que l'administration s'est penchée sur les éléments évoqués (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-941/2021 du 18 août 2021 consid. 3.2). 3.3 3.3.1 Si l'art. 27b LRN prévoit que l'autorité inférieure transmet la demande d'approbation aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois, il n'existe pas de disposition semblable prévoyant une consultation séparée des communes. Au contraire, l'art. 27d al. 3 LRN prévoit que les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition. En l'espèce, comme le prévoit la procédure d'approbation des plans en matière de routes nationales, la recourante a pu s'exprimer par son opposition du 28 juin 2019. 3.3.2 Par ailleurs, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure, après avoir rappelé la motivation de la recourante et celle de l'intimé, présente les motifs qui l'ont guidée pour prendre sa décision. En particulier, elle se détermine sur les griefs d'irrespect de la procédure légale, d'absence de piquetage et d'avis personnel et de dossier incomplet et inexact. Elle expose également pour quelles raisons elle fixe les alignements sur le territoire de la recourante et ne fait pas d'exception quant à l'application des standards. Elle se détermine aussi sur le grief de violation de l'autonomie communale. Certes, sa motivation reste très générale et sommaire s'agissant du grief de violation du droit de propriété de la recourante, en cela qu'elle n'explique pas concrètement les raisons pour lesquelles l'alignement, dans la mesure fixée, respecte ce droit pour chacune des parcelles de la recourante. Malgré cela, il ne peut lui être reproché d'avoir porté atteinte au droit d'être entendue de la recourante. 3.4 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal retient que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé. 4. Il s'agit ensuite de statuer sur les requêtes de preuves de recourante. 4.1 4.1.1 La recourante sollicite le dépôt et la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet. Elle précise qu'il est patent que les dossiers mis à l'enquête publique ne comportent que ce que la loi prévoit. Elle sollicite également la tenue d'une vision locale, le long du tracé de la route nationale N05, sur son territoire. 4.1.2 L'autorité inférieure indique qu'elle possède les mêmes documents et plans que ceux mis à l'enquête et aucun document supplémentaire. Elle estime qu'une vision locale n'est pas nécessaire car l'autorité dispose de tous les éléments de fait pour rendre sa décision. Elle indique qu'une entrevue supplémentaire n'apporterait pas d'éléments nouveaux. 4.2 Le Tribunal constate les faits pertinents d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves (art. 12 PA). Il admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits (art. 33 al. 1 PA). Dans le cadre d'une appréciation anticipée des preuves, il peut - comme l'autorité inférieure - renoncer à l'administration d'une preuve offerte, s'il appert qu'elle porte sur des considérations sans rapport pertinent avec le litige ou qu'elle n'est pas de nature à emporter sa conviction, sur le vu du dossier à sa disposition (cf. art. 12 et 33 al. 1 PA ; ATF 136 I 229 consid. 5.3, 131 I 153 consid. 3 ; arrêt du Tribunal fédéral 5A_450/2016 du 4 octobre 2016 consid. 3.2 et réf. cit. ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-645/2020 précité consid. 4.1, A-3861/2016 du 27 juillet 2017 consid. 2.1.3, A-4319/2015 du 16 mars 2016 consid. 2.3). Cette faculté de renoncer à administrer une preuve proposée en raison de son défaut de pertinence est conforme au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. et consacré à l'art. 29 PA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7397/2018 du 31 mars 2021 consid. 3.2). 4.3 En l'espèce, la requête de preuve de la recourante visant au dépôt et à la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet a été admise. En effet, sur demande du Tribunal en ce sens, l'autorité inférieure a produit, avec sa réponse, le dossier complet de la procédure qui s'est déroulée devant elle ainsi que celui du projet de l'intimé, mis à l'enquête. La recourante a reçu le bordereau des pièces, détaillant le contenu de la production de l'autorité inférieure. Dans ses écritures subséquentes, elle n'a pas requis la consultation de ces pièces. S'agissant de la requête de vision locale, le Tribunal considère que les actes à sa disposition, soit les écritures et pièces produites par les parties dans la présente procédure de recours, dont les dossiers de l'autorité inférieure et du projet définitif de l'intimé, contiennent suffisamment d'explications et de plans pour qu'il puisse constater de manière exacte et complète les faits pertinents pour les différentes questions litigieuses à examiner. Ils offrent une vision claire de la situation d'ensemble et des circonstances locales des alignements fixés sur le territoire de la Ville de Neuchâtel, en particulier des parcelles propriété de la recourante touchées par les alignements projetés. En outre, la recourante n'explique pas pour quelles raisons une vision locale aiderait à la constatation des faits. Sur ce vu, le Tribunal estime qu'une visite le long du tracé de la route nationale N05 sur le territoire de la recourante, en présence des représentants des parties, ne serait pas de nature à emporter sa conviction, au vu de la complétude du dossier, de sorte qu'il renonce à l'administration de cette preuve.
5. Il convient dès lors d'examiner si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. En premier lieu, il sied de déterminer si la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée. 5.1 5.1.1 La recourante critique l'absence de piquetage. Elle estime que les piquetages sont indispensables pour informer correctement la population en général et les propriétaires touchés par le projet. Elle invoque que le processus de construction et la mise en place d'alignements doivent être simultanés et qu'une construction déjà réalisée ne dispense pas la Confédération d'indiquer par des piquetages les alignements projetés. Elle en conclut que l'absence de piquetage viole l'art. 27a LRN, vu que la procédure d'approbation ne remplit pas son but d'information. 5.1.2 Ensuite, elle critique l'absence d'avis personnel informant les intéressés des droits à exproprier, en violation de l'anc. art. 27c LRN. En outre, elle se plaint que le canton de Neuchâtel n'a pas été consulté préalablement. Elle estime que cette consultation préalable aurait permis au canton de recueillir les avis des collectivités publiques et des privés concernés avant que le projet ne soit mis à l'enquête publique. Ces vices n'étant pas réparables, la décision attaquée doit être annulée et, le cas échéant, la procédure recommencée depuis le début. 5.1.3 Finalement, la recourante se plaint que le dossier officiel est succinct, inexact et incomplet, au motif qu'il ne comporte que le standard de 2013, quelques listes et plans des alignements projetés ainsi qu'un rapport technique, énumérant les alignements sans apporter aucune justification, ni énoncer d'intérêt public prépondérant par rapport aux siens. Elle remarque que les plans des alignements projetés se réfèrent à des alignements existants, dont on ne sait pas quand et par qui ils auraient été approuvés. Elle ajoute que ces plans annulent des alignements communaux en vigueur, ce qu'elle conteste. 5.2 5.2.1 Pour sa part, l'autorité inférieure indique que les alignements ne sont pas des ouvrages, ni n'entraînent de modification sur le terrain. Elle considère que l'art. 27a LRN ne s'applique pas pour les projets de mise au point des alignements. Elle en déduit qu'il n'y a pas d'obligation de piquetage. En outre, les processus de construction et de mise au point des alignements ne doivent pas être prévus simultanément. Elle rappelle que le canton de Neuchâtel a pris position le 5 juillet 2019, dans le respect de l'art. 27b LRN, et que cette détermination a été transmise à la recourante. 5.2.2 L'autorité inférieure estime que l'anc. art. 27c LRN, régissant l'avis personnel, ne s'applique qu'en cas d'expropriation matérielle au sens de l'art. 25 al. 1 LRN. Elle précise qu'il n'y a pas d'expropriation formelle prévue par le projet litigieux et que l'art. 31 LEx n'est pas applicable. Elle en déduit que la recourante, n'étant pas expropriée par le projet, n'avait pas de droit à obtenir un avis personnel. Elle rappelle que les intéressés ont été informés via la mise à l'enquête publique. Elle note qu'outre la recourante, plusieurs parties ont formé opposition, ce qui démontre que les intéressés ont eu connaissance du projet. Elle ajoute que le fait que l'intimé a informé des propriétaires de parcelles dans d'autres causes n'est pas pertinent car il ne s'agissait pas d'avis personnels obligatoires au sens de l'art. 31 LEx. Elle précise que l'intimé est libre d'informer, sur une base volontaire, les propriétaires concernés par la mise au point d'alignements. Elle considère qu'il n'y a pas eu de vice de forme en l'espèce. 5.2.3 Finalement, elle estime que le dossier est complet au sens de l'art. 12 de l'ordonnance du 7 novembre 2007 sur les routes nationales (ORN, RS 725.111). Elle rappelle que les alignements cantonaux et communaux ne relèvent pas de la présente procédure et que ceux-ci sont indépendants des alignements prévus pour les routes nationales. Elle indique que la présente procédure n'a d'effet que sur la couche d'alignements des routes nationales. L'OFROU n'étant compétent qu'en matière d'alignements des routes nationales, il n'est pas possible de faire figurer à titre informatif les alignements cantonaux et communaux sur la couche fédérale. Elle précise que les alignements de la commune de Neuchâtel ne sont pas représentés. Elle reproche à la recourante de ne pas préciser quels documents ou plans seraient manquants. 5.3 5.3.1 Quant à l'intimé, il estime que la procédure d'approbation applicable a été respectée. Il considère qu'il n'y avait pas d'obligation de piquetage, dans la mesure où aucune modification n'est requise par le projet. Compte tenu de la portée des alignements, qui ne représentent pas une interdiction de construire, la mise en place de piquetage serait inutile et disproportionnée au vu des kilomètres d'alignements planifiés. 5.3.2 L'intimé considère qu'un avis personnel n'avait pas lieu d'être, vu qu'aucun droit d'exproprier n'est en jeu. Il précise avoir pris contact avec le Service géomatique et le Registre foncier de Neuchâtel afin d'obtenir les noms et adresses des propriétaires des quelques 1'500 parcelles concernées mais que ces services n'ont pas été à même de lui fournir ces indications. Il remarque que dans les autres projets portant sur la redéfinition des alignements dans d'autres cantons, les registres fonciers ont été en mesure de lui fournir ces informations. Vu l'effort de recherche ainsi que la marge d'erreur due aux homonymes, il aurait été disproportionné d'envoyer un avis personnel à tous les propriétaires dans le présent cas. Il souligne que les alignements ne représentent pas un cas d'expropriation et que l'avis personnel n'est pas obligatoire. 5.3.3 Finalement, il remarque que la recourante n'indique pas quelles pièces manqueraient au dossier. Il précise que les alignements des routes nationales n'ont pas d'influence sur ceux des routes cantonales ou communales. Il souligne que ces alignements protègent des infrastructures différentes et se trouvent sur différents niveaux dans le registre des restrictions. Ces restrictions sont indépendantes les unes des autres et le projet n'a aucun impact sur les alignements communaux actuels ou futurs. 5.4 Sur le vu de ces arguments, il convient de rappeler le cadre juridique applicable à la procédure d'approbation des plans des routes nationales. 5.4.1 Au préalable, il s'agit de déterminer le droit applicable dans le temps. En effet, les art. 25 al. 3, 27b al. 3, 27c, 27d al. 1 et 2 LRN, entre autres, ont été modifiés par l'annexe chiffre 9 de la loi fédérale du 19 juin 2020, modifiant la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711). La modification de ces articles est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Il n'existe pas de disposition transitoire se rapportant à cette modification de la LRN. En principe, à défaut de dispositions transitoires, les nouvelles règles de procédure s'appliquent pleinement dès leur entrée en vigueur aux causes qui sont encore pendantes, sauf si le nouveau droit apporte des modifications fondamentales à l'ordre procédural (cf. ATF 144 II 273 consid. 2.2.4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2569/2018 du 4 juin 2019 consid. 1.1.2). En l'espèce, les nouvelles règles de procédure sont entrées en vigueur après la fin de la procédure d'approbation qui s'est terminée le 7 février 2020. Partant, les anciennes règles de procédure ordinaire d'approbation étaient encore applicables au moment où la procédure d'approbation s'est déroulée. La question de savoir si elle a été respectée doit donc être examinée à l'aune de ces anciennes règles, alors en vigueur. 5.4.2 Les art. 21 à 29 LRN régissent l'établissement, l'emprise et la procédure d'approbation des plans des projets définitifs. En particulier, les projets définitifs renseignent sur le genre, l'ampleur et l'emplacement de l'ouvrage et de ses installations annexes, sur les détails de sa structure technique et sur les alignements (art. 21 al. 1 LRN). L'OFROU est compétent pour l'établissement des projets définitifs en ce qui concerne la construction de nouvelles routes nationales ou l'aménagement de routes nationales existantes (art. 21 al. 2 let. b LRN). Le Conseil fédéral fixe les exigences relatives aux projets définitifs et aux plans (art. 21 al. 3 LRN). La demande d'approbation des plans doit être adressée au DETEC avec les documents requis. Ce dernier vérifie si le dossier est complet et, au besoin, le fait compléter (art. 27 LRN). L'art. 12 al. 1 ORN prévoit qu'entre autres, les documents suivants doivent être joints au projet définitif : plan d'ensemble (let. a) ; plans de situation avec indication des alignements à l'échelle 1:1000 (let. b) ; profil en long à l'échelle 1:1000 pour les longueurs et 1:100 pour les hauteurs (let. c) ; rapport technique, y compris les mesures d'accompagnement (let. g) ; indication des coûts (let. j) ; plan d'expropriation (let. k) et tableau des droits expropriés (let. l). Les autres documents énumérés par l'art. 12 al 1 ORN se rapportent à des projets de construction et ne sont pas pertinents pour le projet litigieux de mise au point des alignements. 5.4.3 Avant la mise à l'enquête de la demande, les modifications requises par l'ouvrage projeté doivent être marquées sur le terrain par un piquetage et pour les bâtiments par des gabarits (art. 27a al. 1 LRN). Cette obligation de piquetage et de pose de profils sert l'intérêt légitime des particuliers concernés à pouvoir apprécier les dimensions d'un projet dans l'espace (cf. Message du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2221, 2256, commentaire en lien avec l'obligation de piquetage prévue par l'art. 62b al. 1 de la loi fédérale du 22 décembre 1916 sur l'utilisation des forces hydrauliques [LFH, RS 721.80], correspondant à l'art. 27a LRN). Les personnes concernées doivent pouvoir se rendre compte des modifications que l'ouvrage projeté provoquera sur le terrain (cf. Message du 23 juillet 1959 à l'appui d'un projet de loi sur les routes nationales, FF 1959 II 97, 111 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5641/2016 du 18 mai 2017 consid. 4.2). 5.4.4 Le département transmet la demande aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois. Si la situation le justifie, il peut exceptionnellement prolonger ce délai. La demande doit être publiée dans les organes officiels des cantons et des communes concernés et mise à l'enquête pendant 30 jours (art. 27b al. 1 et 2 LRN). Un telle publication a pour but de permettre à toutes personnes potentiellement intéressées par le projet d'en prendre connaissance et, le cas échéant, d'y faire opposition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6547/2011 du 22 octobre 2013 consid. 4.2.2). Le requérant adresse aux intéressés, au plus tard lors de la mise à l'enquête de la demande, un avis personnel les informant des droits à exproprier, conformément à l'art. 31 LEx (anc. art. 27c LRN). Quiconque requiert une approbation des plans est tenu d'informer personnellement du projet les ayants droit à une indemnité dont il a connaissance ou qui figurent au cadastre ou dans les registres officiels. Il leur indique également les droits qui leur sont expropriés (cf. anc. art. 31 al. 1 LEx ; FF 1998 2221, 2251, commentaire en lien avec l'anc. art. 126e de la loi fédérale du 3 février 1995 sur l'armée et l'administration militaire [LAAM, RS 510.10], correspondant à l'anc. art. 27c LRN). Quiconque a qualité de partie en vertu de la PA ou de la LEx peut faire opposition contre le projet définitif ou les alignements qui y sont fixés (cf. art. 27d anc. al. 1, 1ère phrase, LRN). Toutes les objections en matière d'expropriation et les demandes d'indemnité ou de réparation en nature doivent être déposées dans le même délai (art. 27d anc. al. 2, 1ère phrase, LRN). Les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition (art. 27d al. 3 LRN). 5.4.5 L'art. 25 LRN prévoit que la restriction de la propriété foncière par des alignements ne donne droit à une indemnité que si elle a les mêmes effets qu'une expropriation (al. 1). Le droit à l'indemnité et le montant de cette dernière sont déterminés d'après les conditions existant au moment où la restriction de la propriété prend effet (al. 2), soit lors de la publication des plans d'alignements approuvés (art. 29 LRN ; FF 1959 II 97, 110 ; ATF 110 Ib 359 consid. 2a ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.2). L'intéressé doit annoncer ses prétentions par écrit à l'autorité compétente dans les cinq ans qui suivent le jour où la restriction de la propriété a pris effet. Si les prétentions sont entièrement ou partiellement contestées, la procédure d'estimation prévue aux art. 57 ss. de la LEx sera ouverte devant une CFE (art. 25 anc. al. 3 LRN). Lors d'une expropriation formelle, l'indemnité due est une condition de l'expropriation. En cas d'expropriation matérielle, l'indemnité due est une conséquence d'une atteinte n'ayant pas pour but une expropriation (cf. Kappeler, Formelle und materielle Enteignung gemäss den Fluglärmentscheiden des Bundesgerichts, 2010, p. 13 ; Hess/Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Kommentar zum Bundesgesetz über die Enteignung, vol. I, 1986, Vorbemerkungen zu Art. 1 n° 18 ; Hess/Weibel, op. cit., vol. II, 1986, Art. 22ter BV n° 47). Comme la mesure constitutive d'expropriation matérielle est valable indépendamment de l'indemnisation du propriétaire, le principe et le montant de l'indemnité sont déterminés dans une procédure séparée de celle conduisant à la restriction du droit de propriété (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.3 ; Hertig Randall, L'expropriation matérielle, in : Pratique du droit administratif, 2009, p. 115 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.3). 5.5 5.5.1 En l'espèce, le projet N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron n'implique aucune modification physique de la route nationale N05. En l'absence de réalisation d'un projet concret dans l'espace, un piquetage des alignements, soit de lignes virtuelles, ne répond pas à un intérêt légitime des particuliers. Au contraire, un tel piquetage porterait à confusion puisqu'il donnerait à penser que le projet porte sur une modification ou un élargissement du tracé de l'autoroute, alors que tel n'est pas le cas. Partant, l'art. 27a LRN n'est pas applicable au présent projet et l'absence de piquetage ne viole pas cet article. Par ailleurs, si un projet définitif de construction doit renseigner sur le genre, l'ampleur et l'emplacement de l'ouvrage et de ses installations annexes, sur sa structure technique et sur les alignements (art. 21 al. 1 LRN), cela ne signifie pas que les alignements d'un ouvrage ne puissent être modifiés par la suite, indépendamment de toute modification de l'ouvrage lui-même. En l'espèce, comme l'explique l'autorité inférieure dans la décision querellée, les projets de mises au point des alignements initiés par la Confédération se justifient en raison du transfert de propriété des routes nationales des cantons à la Confédérations le 1er janvier 2008, du besoin de les harmoniser par rapport à un standard et de les publier dans le cadastre RDPPF (cf. décision d'approbation du 7 février 2020, p. 4 à 6 ; supra consid. A.b). 5.5.2 Ensuite, le canton de Neuchâtel a bien été contacté le 21 février 2019 par l'autorité inférieure, soit avant la mise à l'enquête publique du projet, afin de prendre position sur celui-ci, ce qu'il a fait par courrier du 5 juillet 2019 (cf. pièces nos 2 et 22 du dossier de l'autorité inférieure). En outre, la demande d'approbation du projet définitif de l'intimé a été mise à l'enquête publique du 31 mai au 1er juillet 2019, dans le but d'informer la population en général ainsi que les propriétaires et les communes concernés (cf. consid. A.c). 5.5.3 Par ailleurs, l'autorité inférieure retient à juste titre que les anc. art. 27c LRN et 31 al. 1 LEx n'étaient pas applicable en l'espèce, le projet ne prévoyant pas d'expropriation formelle. En effet, l'avis personnel a pour but de rendre particulièrement attentifs les propriétaires concernés de l'expropriation formelle de leurs droits et de leur droit d'opposition dans le délai d'enquête (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6547/2011 précité consid. 4.2.2). Or, la fixation d'alignements ne constitue pas une expropriation formelle. Elle peut, certes, à certaines conditions constituer une expropriation matérielle. Cependant, la question de savoir si tel est le cas en l'espèce n'est pas tranchée dans la procédure d'approbation du projet mais dans une éventuelle procédure ultérieure, introduite par l'intéressé devant l'intimé dans un délai de cinq ans qui suit l'entrée en vigueur du plan d'alignements. En d'autres termes, lors de la procédure d'approbation des plans, les éventuels propriétaires qui seraient expropriés matériellement par les alignements ne sont pas encore connus et ne peuvent pas l'être. En effet, leur droit à indemnité ne naît que lors de l'entrée en vigueur des plans d'alignements et ce droit ainsi que le montant de l'indemnité sont déterminés dans une procédure ultérieure, laquelle ressort en cas de litige de la compétence de la CFE et non pas de l'autorité inférieure. En outre, les propriétaires concernés ne sont pas concernés par l'obligation de produire leurs demandes d'indemnités dans le délai de 30 jours de mise à l'enquête. Ils bénéficient d'un délai plus long de cinq ans, qui suivent le jour où la restriction de leur propriété a pris effet. Partant, l'anc. art. 27c LRN n'était pas applicable en l'espèce et l'absence d'envoi d'avis personnels aux intéressés ne viole pas cet article. Cependant, vu le nombre particulièrement faible d'opposants privés au présent projet - seuls deux particuliers ont formé opposition au projet, dont un hors délai - il est louable que l'intimé ait tenté d'informer personnellement, sur une base volontaire, les propriétaires des parcelles concernées, à l'instar de ce qu'elle a fait dans les projets situés dans les autres cantons. Il est ici remarqué que la recourante n'a pas formulé d'observations complémentaires s'agissant de la précision de l'intimé concernant l'impossibilité d'obtenir du Registre foncier du canton de Neuchâtel les adresses des propriétaires des parcelles concernées (cf. échange de courriels des 5 et 8 février 2021, annexé à la prise de position de l'intimé du 29 juillet 2021). 5.5.4 Finalement, le dossier du projet contient deux plans d'ensemble à l'échelle 1 :50000 (cf. pièces nos 1 et 2 ; art. 12 al. 1 let. a ORN), 38 plans de situation avec indication des alignements à l'échelle 1:1000 (cf. pièces nos 3 à 40 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. b ORN) ainsi que deux profils en long à l'échelle 1:5000/500 et coupe 1:500 pour deux tunnels non situés sur le territoire de la recourante (cf. pièces nos 41 et 42 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. c ORN). Le dossier contient également un rapport technique (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. g ORN). Celui-ci détaille les raisons de fixation des alignements projetés et de leur largeur sur le territoire de la recourante pour les tronçons avec un profil standard, les jonctions et les routes de raccordement, les galeries couvertes, les tunnels et pour les chemins de fer (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 à 23). En outre, il indique que la route nationale N05, pour le tronçon visé par le projet, a été approuvée en plusieurs étapes successives depuis les années 70 par le DETEC ou son prédécesseur le Département fédéral de l'Intérieur (le DFI). Il liste les projets qui ont fixé les alignements actuellement valables pour la route nationale N05 (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 7). Comme le remarque l'autorité inférieure dans la décision querellée, les alignements approuvés figurent également en bleu sur les plans avec indication de la date et de l'autorité d'approbation, tandis que les nouveaux alignements y figurent en rouge. Par ailleurs, le rapport technique explique que les alignements définis dans le projet définitif de la N05 pour les routes cantonales RC 5 et RC H10 dans la Ville de Neuchâtel n'ont plus lieu d'être pour la route nationale et sont supprimés pour celle-ci. Il précise que cette suppression n'a aucune incidence sur les alignements cantonaux et communaux (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 6 et 23). Le projet n'annule donc des alignements que dans la mesure où ils concernent la route nationale. Les alignements cantonaux et communaux fixés pour les routes cantonales et communales ne sont, quant à eux, pas touchés par le projet. En outre, le Tribunal observe que le dossier contient une indication des coûts. Ceux-ci sont estimés à 161'550 francs, TVA incluse (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 34 ; demande d'approbation des plans du 18 février 2019, p. 3, pièce n° 1 du dossier de l'autorité inférieure ; art. 12 al. 1 let. j ORN). Le dossier ne contient pas de plan d'expropriation ni de tableau des droits expropriés (art. 12 al. 1 let. k et l ORN) car le projet n'implique pas d'expropriation formelle (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 6) et que les expropriations matérielles ne sont pas connues à ce stade (cf. consid. 5.4.5 et 5.5.3). L'autorité inférieure a donc retenu à juste titre que le dossier de l'intimé était complet. 5.6 Il résulte de ce qui précède que la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée et que la décision attaquée ne doit pas être annulée pour vice de forme. 6. Il convient à présent d'examiner si les alignements de la route nationale N05, tels que projetés sur le territoire de la recourante respectent son autonomie communale. 6.1 6.1.1 La recourante invoque une violation de son autonomie communale (art. 50 Cst.). Elle précise que les communes neuchâteloises bénéficient d'une telle autonomie en matière d'aménagement du territoire et des constructions. En particulier, elle est dispensée de requérir les préavis des services de l'Etat dans la zone à bâtir et dispose des moyens nécessaires pour autoriser seule des constructions sur son territoire. Elle invoque qu'elle est trop fortement touchée par les alignements projetés, qui entraveraient l'application de son plan et règlement d'aménagement communal et bloqueraient une série de secteurs dans lesquels des projets de construction sont en cours de délivrance de sanction ou en cours de construction. Elle estime que les alignements ne prennent pas en compte sa situation particulière. Elle indique que l'Etat, la Confédération, voire les CFF, pourraient s'opposer à un projet de construction communal touchant les alignements fédéraux projetés. 6.1.2 L'autorité inférieure conteste que les alignements adoptés violent l'autonomie communale. Elle souligne qu'ils ne suppriment pas les alignements communaux, lesquels restent intacts et inchangés. Elle rappelle que le CRDPPF est constitué de plusieurs couches indépendantes les unes des autres. Ainsi, les alignements des routes nationales ne suppriment pas les alignements cantonaux. Elle précise que les nouveaux alignements n'auront aucune influence sur les éléments déjà construits ou autorisés et qu'ils ne portent pas atteinte aux règlements des zones à bâtir de la recourante. Cette dernière est libre de prévoir, dans les limites du droit cantonal, les plans de quartier et directeurs et l'affectation des parcelles. Elle explique que des projets définitifs sont lancés dans tous les cantons afin d'épurer tous les alignements existants, de récolter des informations à leur sujet et de les publier dans le cadastre RDPPF. Elle indique que le préavis fédéral est primordial et ne peut être du ressort de la commune de Neuchâtel, vu que les routes nationales sont devenues la propriété de la Confédération le 1er janvier 2008. 6.1.3 L'intimé précise que les autorités cantonales et communales n'ont plus de pouvoir décisionnel en matière d'alignements le long des routes nationales depuis 2008. Il souligne que les autorités cantonales ou communales restent compétentes pour délivrer l'autorisation de construire. Il ajoute que les alignements n'ont pas d'impact sur les projets bénéficiant déjà d'une autorisation de construire et d'un préavis positif de sa part. Il estime que le fait que la recourante soit dispensée de requérir un préavis cantonal dans le cadre d'autorisations de construire en zone à bâtir ne l'empêche pas de devoir requérir son préavis pour les projets se trouvant à l'intérieur des alignements fédéraux ou empiétant sur ceux-ci. En effet, la commune doit respecter le droit fédéral, même si elle dispose d'une large compétence en matière d'aménagement du territoire au niveau cantonal. Il rappelle que la présente procédure concerne uniquement les alignements relatifs aux routes nationales, sans toucher les alignements cantonaux et communaux qui restent en vigueur. Les autorités cantonales et communales ont la possibilité d'inscrire leurs restrictions auprès du cadastre RDPPF. 6.2 6.2.1 L'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal (art. 50 al. 1 Cst.). La Confédération tient compte des conséquences éventuelles de son activité pour les communes (art. 50 al. 2 Cst.). Ce faisant, elle prend en considération la situation particulière des villes, des agglomérations urbaines et des régions de montagne (art. 50 al. 3 Cst.). Selon la jurisprudence, une commune est autonome dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive mais laisse en tout ou en partie dans la sphère communale en conférant aux autorités municipales une appréciable liberté de décision. Les communes bénéficient de compétences législatives lorsqu'elles disposent d'un pouvoir normatif dans un domaine que le législateur cantonal ou fédéral n'a pas réglé exhaustivement (cf. ATF 142 I 177 consid. 2, 135 I 233 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-8386/2010 du 1er décembre 2011 consid. 4, non publié in ATAF 2011/59). 6.2.2 La Confédération et les cantons veillent à garantir l'existence d'une infrastructure routière suffisante dans toutes les régions du pays (art. 83 al. 1 Cst.). La Confédération assure la création d'un réseau de routes nationales et veille à ce qu'il soit utilisable. Elle construit, entretient et exploite les routes nationales. Elle en supporte les coûts. Elle peut confier ces tâches en partie ou en totalité à des organismes publics, privés ou mixtes (art. 83 al. 2 Cst.). La Confédération garantit l'existence d'une infrastructure routière suffisante et veille à ce que le réseau de routes nationales soit utilisable et entretenu. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée. Lors de cette fixation, il est notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de celles de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir. 6.3 6.3.1 En l'espèce, le projet définitif porte sur la mise au point des alignements protégeant la route nationale N05 traversant les communes de La Grande Béroche au Landeron. La compétence pour l'établissement des projets définitifs relève de l'intimé (cf. art. 21 al. 2 let. b LRN) et, pour l'approbation des plans, de l'autorité inférieure (cf. art. 27 et 28 al. 1 LRN) et non pas de la recourante. Son autonomie communale n'est donc pas touchée par la mise au point des alignements pour la route nationale. En outre, le projet ne porte pas sur les alignements préservant les routes cantonales ou communales. Les alignements communaux portant sur les routes communales n'étant pas touchés par le projet, l'autonomie communale de la recourante n'est pas affectée sous cet angle. Comme elle le remarque d'ailleurs à juste titre, les alignements de la route nationale N05 sur son territoire se superposent aux alignements des routes communales en vigueur (cf. recours du 11 mars 2020, p. 11, 3ème paragraphe). 6.3.2 En outre, la Ville de Neuchâtel ne bénéficie pas d'une autonomie communale s'agissant des alignements protégeant les routes nationales, qui est une compétence fédérale (art. 83 al. 2 Cst.). Par ailleurs, son plan et son règlement d'aménagement communal doivent respecter le droit fédéral (art. 49 al. 1 Cst.). Cependant, ceux-ci n'ont pas la même fonction que les alignements de la route nationale et ne sont pas bloqués par eux. En effet, le projet litigieux ne règle pas le mode d'utilisation du sol de la recourante mais implique uniquement la nécessité de requérir le préavis de l'intimé pour les projets constructions et de transformation se trouvant à l'intérieur des alignements ou empiétant dessus. Par ailleurs, les projets déjà construits ou autorisés ne sont pas concernés par cette exigence. Ceux en cours de procédure d'autorisation de construire lors de l'entrée en vigueur du projet et qui se trouvent à l'intérieur des alignements de la route nationale N05 ou qui les touchent devront obtenir l'autorisation de l'intimé. Ils ne sont pas conséquent pas bloqués par le simple fait qu'ils se trouvent à l'intérieur des alignements projetés ou les touchent. Par contre, la présente procédure n'instaure pas une obligation d'obtenir une autorisation du canton de Neuchâtel ou des CFF. La recourante ne bénéficiant pas d'autonomie communale en matière d'alignements protégeant les routes nationales, elle ne peut pas se prévaloir d'une violation de celle-ci s'agissant du présent projet. Il en résulte que la décision attaquée ne viole pas son autonomie communale. Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
7. Il sied encore d'examiner si les alignements projetés respectent les droits de propriété de la recourante. 7.1 7.1.1 A cet égard, la recourante fait valoir que le projet comporte de graves restrictions de droit public à la propriété foncière sur des bien-fonds lui appartenant, sis en zone à bâtir. Elle remarque que la Confédération lui imposera une interdiction générale de construire sur les parcelles concernées. Dans la mesure où elle ignore les projets d'élargissement des routes et les mesures fédérales prises en matière de trafic pour les années à venir, la fixation d'alignements sur les parcelles constructibles appartenant à des privés ou à elle-même revient à interdire toute nouvelle construction ou aménagement de constructions existantes. 7.1.2 La recourante estime ensuite que, dans la mesure où il y existe une interdiction de principe de construire entre les alignements fédéraux, une base légale formelle suffisante fait défaut pour imposer des alignements systématiques de 25 m par rapport à l'axe de la route, tel que prévu par l'art. 13 ORN. Elle ajoute qu'il n'existe pas d'intérêt public prépondérant par rapport à ses propres intérêts. Elle relève que l'intimé n'a pas fixé d'alignement, ni élargi la route N05 depuis sa construction et qu'il ne s'est pas non plus opposé aux projets de construction le long de cette route. Elle note qu'il n'y a aucune nécessité ni possibilité concrète d'élargir la route et le tunnel traversant la ville, vu que les bien-fonds le long de la N05 sont largement bâtis ou encore à bâtir. Elle estime que le projet ne tient pas compte du fait que l'autoroute est située dans la zone d'urbanisation de la ville, en partie déjà bâtie et en partie encore à bâtir. La recourante considère qu'il est injustifié de prévoir des alignements aussi larges et continus et que ceux-ci ne sont pas nécessaires. Elle déplore que le rapport technique se borne à lister les différents alignements prévus par les plans, pour chaque tronçon considéré, sans aucune pondération des intérêts en présence incluant ses propres intérêts, ni dérogation à la largeur maximale de 25 m. Elle critique l'absence d'examen de variantes, le fait que les alignements soient continus, de largeur maximale et ne tiennent pas compte de la longue partie couverte constituée par les tunnels passant sous la ville. Elle estime enfin que les alignements sont excessifs et violent le principe de la proportionnalité. 7.1.3 En particulier, la recourante indique qu'à Serrières, Coquemène, elle a des terrains à échanger avec Swisslife et qu'il s'agit également d'un secteur de nouveaux aménagements publics en direction du tram ; que, dans le secteur de Vauseyon, il y a des enjeux importants sur le bâtiment existant à la rue des Tunnels 49, des parkings et Viteos SA ; que, pour le bien-fonds n° 11965 Jehanne de Hochberg, sa réserve constructible passe pour plus de 50% dans les alignements ; que la parcelle située à la rue des Parcs, laquelle abrite un collège et est le terrain du futur droit distinct et permanent (DDP) Myosotis, Auberge aux Sablons pour le futur projet « Myosotis », est fortement pénalisée ; que, dans le secteur Nid-du-Crô, est situé l'héliport du ex SCAN, un relais caravanes, le cercle de la Voile, la maison nautique et la société de Sauvetage ; que le secteur Ensemble Gouttes d'Or abrite la Villa Perret ; que, pour le secteur situé au nord de la gare à la place Blaise-Cendrar/Rocher, il y a une requalification de l'espace urbain pour une zone multimodale avec les CFF, cofinancé par la Confédération et que, pour le secteur nord de l'îlot de Microcity, le plan de quartier CSEM-EPFL-IMT validé prévoit une extension possible pour Microcity. En outre, elle ambitionne de créer sur le bien-fonds n° 2634 un nouveau quartier d'habitation mixte, comprenant notamment des logements d'utilité publique (logements protégés, logements pour étudiants et coopératives d'habitation). Elle souligne qu'il y a beaucoup d'attentes politiques derrière ce projet. Elle indique que le plan de quartier « Monruz sud » est en cours pour permettre le développement de la parcelle et que la moitié des droits à bâtir des aires d'implantation 2, 3 et 4 de ce plan serait frappée par le nouvel alignement. Elle estime que les projets en cours respectent les règles et les alignements en vigueur et qu'elle ne peut pas accepter ce changement. 7.2 7.2.1 Pour sa part, l'autorité inférieure estime que les restrictions aux droits de propriété de la recourante respectent les conditions de l'art. 36 Cst. Elle indique que les alignements ne sont pas des interdictions absolues de construire et qu'ils ne constituent pas des restrictions graves à la propriété puisque les constructions doivent être autorisées lorsqu'elles ne portent pas atteinte aux intérêts de la Confédération au sens de l'art. 22 LRN. Elle considère que les alignements sont prévus par une base légale formelle, claire et précise (art. 21 ss LRN) et que l'art. 13 ORN est une base légale suffisante pour la fixation de la distance des alignements. Elle estime qu'ils poursuivent des buts d'intérêt public (art. 22 LRN). Elle explique que les alignements constituent des lignes virtuelles qui longent les routes nationales et protègent leurs infrastructures, telles que la chaussée, les jonctions, les tunnels et les aires de repos. Leur finalité est de préserver l'intégrité des routes nationales. Ils permettent à l'OFROU d'être consulté lors de la procédure du permis de construire, dans le but de ne pas entraver l'entretien et l'assainissement de leurs infrastructures. 7.2.2 L'autorité inférieure ajoute que les alignements sont aptes à protéger les infrastructures des routes nationales et à préserver un espace le long de celles-ci en cas d'éventuel élargissement. Ils servent à limiter les constructions de tiers à leurs abords afin de les protéger et à conserver une marge de manoeuvre en cas d'élargissement. Elle considère que la fixation d'alignements est la mesure la moins restrictive possible permettant la protection des routes nationales et des buts visés par l'art. 22 LRN, et que les zones réservées des art. 14 ss LRN sont plus restrictives. Elle précise que le projet ne prévoit aucune construction et que, si un élargissement de la route nationale devait voir le jour, une nouvelle procédure d'approbation des plans devrait alors être effectuée. Elle indique que les alignements ne déploient leurs effets que lors de la procédure de demande de permis de construire et que les droits propriétaires sont uniquement restreints dans la mesure où ils doivent demander le préavis de l'OFROU lorsque leur projet se situe à l'intérieur des alignements. Elle estime que cette atteinte est raisonnablement exigible de la recourante et non disproportionnée. Elle explique qu'elle ne peut s'opposer à une construction que si elle dispose d'un intérêt public prépondérant. Elle note que la route nationale N05 sur la commune de Neuchâtel est en majeure partie couverte, ce qui augmente la nécessité de fixer des alignements afin de protéger son infrastructure, notamment dans le but d'empêcher que des tiers n'endommagent la voûte du tunnel et le cadre en béton armé pour la tranchée couverte. Elle en conclut que l'intérêt public de protection des infrastructures des routes nationales prévaut sur les intérêts de l'opposante. Elle ajoute que les alignements doivent être fixés de manière systématique pour les routes nationales dans toute la Suisse conformément aux standards et dispositions légales pertinentes et que c'est au moment de la procédure de permis de construire que des exceptions pourront être accordées, en fonction des projets de tiers et des infrastructures à protéger. Elle estime qu'en vertu du principe de l'égalité de traitement, il n'y a pas de raison de traiter la recourante de manière différente en raison de sa qualité de ville. Il s'agit de traiter les riverains de manière égale dans toute la Suisse. 7.3 7.3.1 L'intimé considère qu'il ne résulte des alignements aucune restriction grave du droit de propriété, ceux-ci ne représentant pas une interdiction de construire. Il rappelle qu'un préavis positif doit être octroyé tant que la nouvelle construction ne met pas en péril l'installation routière (art. 22, 23 et 24 al. 1 LRN). Il indique qu'en l'état, il ne résulte aucune restriction du droit de propriété et aucune modification foncière des parcelles concernées. Il rappelle que les intérêts publics visés par la fixation d'alignements sont ceux cités dans l'art. 22 LRN. Le but des alignements est préventif, dans la mesure où ils lui permettent de vérifier, par le biais du préavis donné lors de la procédure d'autorisation de construire, que la réalisation de ces intérêts n'est pas entravée et que l'infrastructure routière n'est pas endommagée par une construction. Cela constitue le seul changement engendré par les alignements. 7.3.2 L'intimé précise encore qu'il est procédé à l'étude de variantes dans la fixation des alignements selon les standards qu'il a établis et qu'il est possible de déroger à la largeur maximale de 25 m. Il spécifie que la situation et l'état des constructions sises sur les bien-fonds ainsi que le type d'infrastructure (tronçon à ciel ouvert, tunnel, viaduc, etc.) sont pris en compte lorsqu'il s'agit de déterminer la largeur des alignements et dans le cadre de la pesée des intérêts. Il ajoute qu'une pesée concrète des intérêts intervient au moment de la procédure d'autorisation de construire. Il considère que cette mesure préventive est nécessaire, vu l'intérêt de protection de l'infrastructure routière, et qu'il n'y a pas de mesure moins incisive afin d'atteindre le même but. En outre, cette mesure est raisonnablement exigible des propriétaires, étant donné qu'ils conservent l'opportunité de construire sur leurs parcelles à condition que leurs constructions ne portent pas atteinte aux infrastructures routières et qu'aucun élargissement de la route ne soit planifié. 7.4 Sur ce vu, il convient de présenter le cadre juridique applicable. 7.4.1 L'art. 26 Cst. prévoit que la propriété est garantie (al. 1) et qu'une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété qui équivaut à une expropriation (al. 2). Ce droit n'est toutefois pas absolu et peut être restreint. Conformément à l'art. 36 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit reposer sur une base légale qui doit être de rang législatif en cas de restriction grave (al. 1) ; elle doit en outre être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et proportionnée au but visé (al. 3), sans violer l'essence du droit en question (al. 4 ; cf. ATF 145 II 229 consid. 9 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1088/2018 du 13 mai 2019 consid. 3.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6277/2019 du 26 novembre 2020 consid. 9.1). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (cf. ATF 135 III 633 consid. 4.3 et 131 I 333 consid. 4.2). Pour être conforme au principe de la proportionnalité, la restriction à un droit fondamental doit être apte à atteindre le but visé (règle de l'aptitude), lequel ne peut pas être obtenu par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) ; il faut en outre qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; cf. ATF 146 I 157 consid. 5.4, 143 I 403 consid. 5.6.3, 141 I 20 consid. 6.2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.1, A-645/2020 précité consid. 7.4). 7.4.2 Les alignements sont régis en particulier par les art. 22 à 25 LRN, portant sur les emprises des projets définitifs. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée et que, lors de cette fixation, il sera notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir. Ces alignements doivent être fixés d'office (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.2). Les alignements ont pour effets qu'il est interdit d'élever, sans autorisation, de nouvelles constructions entre eux et d'y transformer des immeubles existants, même s'ils ne débordent que partiellement dessus ; les travaux nécessités par l'entretien d'un immeuble ne sont pas considérés comme des transformations (art. 23 al. 1 LRN). Sous réserve de dispositions cantonales plus rigoureuses, des travaux de construction doivent être autorisés à l'intérieur des alignements lorsqu'ils ne portent pas atteinte à des intérêts publics au sens de l'art. 22 LRN (art. 24 al. 1 LRN). Les autorités désignées par les cantons statuent sur les demandes d'autorisation de construire. L'autorité cantonale entend l'OFROU avant de délivrer l'autorisation (art. 24 al. 2, 1ère et 2ème phrases, LRN). 7.4.3 Les distances entre les alignements et l'axe de la route sont réglées à l'art. 13 ORN et sont normalement fixées entre 10 m et 25 m selon la classe de route nationale. Pour une route nationale de première classe, comme en l'espèce, la distance est fixée à 25 m (art. 13 al. 1 let. a ORN). Pour les jonctions et les bifurcations, la distance entre l'alignement et la chaussée doit être fixée d'après l'al. 1. (art. 13 al. 2 ORN). Lorsque les circonstances l'exigent, des distances peuvent être fixées en dérogation à ces dispositions, et les alignements limités verticalement (art. 13 al. 3 ORN). Lorsque des tronçons existants sont intégrés dans le réseau des routes nationales, les alignements et les distances par rapport à la chaussée fixés selon le droit cantonal s'appliquent jusqu'à la définition légale des alignements des routes nationales (art. 13 al. 4 ORN). 7.4.4 L'art. 13 al. 3 ORN revêt le caractère d'une norme potestative (Kann-Vorschrift). Cette norme réglementaire accorde à l'autorité de première instance à la fois une liberté de décision (Entscheidungsspielraum) en ce qu'elle « peut » fixer des distances en dérogation aux distances prévues, et une latitude de jugement (Beurteilungsspielraum), en faisant usage d'une notion juridique indéterminée, soit « lorsque les circonstances l'exigent ». Dans un tel cas, l'autorité administrative de première instance dispose d'un large pouvoir d'appréciation, en sus de la latitude de jugement qui lui revient de droit dans l'interprétation de la notion juridique indéterminée. Le Tribunal administratif fédéral respecte cette liberté d'appréciation, en ne s'écartant pas de la solution retenue par l'autorité administrative de première instance sans nécessité, lorsque celle-ci se distingue par une compétence particulière en la matière. En d'autres termes, il doit laisser cette dernière choisir entre plusieurs solutions opportunes et ne pas substituer sans motif pertinent à une solution convenable une autre solution également convenable (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 consid. 3.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-645 précité consid. 6.4). Le Tribunal n'annule le prononcé attaqué que si l'autorité inférieure a mésusé de son pouvoir d'appréciation, en s'écartant sans raison des principes reconnus par la jurisprudence et la doctrine, en se laissant guider par des considérations non objectives, étrangères au but visé par les dispositions applicables, en ne tenant pas compte de circonstances pertinentes ou en violant des principes généraux du droit, tels l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité de traitement, la bonne foi ou la proportionnalité (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.6, A-645/2020 précité consid. 6.4, A-4864/2018 du 1er novembre 2019 consid. 3). 7.4.5 Finalement, une décision viole le droit à l'égalité de traitement ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent sur le vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.4, 136 I 297 consid. 6.1, 134 I 23 consid. 9.1 et réf. cit. ; ATAF 2011/19 consid. 49.2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 précité consid. 7.3.1). En particulier, la fixation d'alignements en dérogation aux distances réglementaires et, le cas échéant l'ampleur des dérogations, dépendent des circonstances concrètes du cas d'espèce ainsi que de la pesée des intérêts à effectuer et doivent être justifiées par des motifs objectifs (cf. art. 13 al. 3 ORN ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.7). 7.5 7.5.1 Les alignements constituent des restrictions de droit public à la propriété foncière. La fixation d'alignements sur les parcelles de la recourante restreint ses droits de propriété puisqu'ils lui imposent de requérir l'autorisation de l'intimé pour pouvoir ériger ou transformer des constructions entre ceux-ci ou débordant sur ceux-ci. Cependant, contrairement à ce que la recourante allègue, les alignements ne constituent pas en soi des interdictions de construire. Jusqu'à l'entrée en vigueur du présent projet, la recourante n'est toutefois pas complètement libre puisqu'elle est restreinte par les alignements de la route nationale actuellement en vigueur (art. 13 al. 4 ORN). Le projet de l'intimé redéfinit les alignements fixés jusqu'à présent, pour les motifs évoqués dans la demande d'approbation du projet de l'intimé du 18 février 2019. Cette redéfinition a pour effet que certaines parcelles de la recourante sont moins fortement impactées par les alignements de la route nationale N05 (parcelles nos 12516, 14433, 9470) alors que d'autres le sont plus (parcelles nos 17022, 9847, 11965, 16624, 4952, 12049, 2594, 2609, 2610, 2634). La parcelle n° 8098, située dans le secteur de La Coquemène, n'est, quant à elle, pas du tout touchée par l'alignement projeté. Le droit de propriété de la recourante sur cette parcelle n'est donc pas restreint par l'alignement de la route nationale, alors que l'alignement approuvé en 1971 par le DFI la touchait dans sa limite sud-ouest (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 1 sur 7, pièce n° 22 du projet de l'OFROU). Pour cette parcelle, il n'y a donc pas lieu d'examiner si les conditions de l'art. 36 Cst sont respectées. 7.5.2 Pour les autres parcelles, les restrictions projetées reposent sur des bases légales suffisantes. En effet, le concept des alignements, leurs buts et leurs effets sont prévus par les art. 22 à 25 LRN, soit une loi fédérale au sens formel claire et détaillée. Les distances sont quant à elles prévues par l'art. 13 ORN, une loi fédérale au sens matériel, ce qui est suffisant vu qu'il s'agit d'une concrétisation des principes fixés dans une loi au sens formel. En outre, les restrictions prévues sont justifiées notamment par les intérêts publics de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations. En effet, les parcelles en cause de la recourante sont situées au-dessus de l'autoroute ou juste à côté de celle-ci. Il importe donc que l'OFROU soit consulté en cas de projet de construction ou de transformation pour vérifier concrètement le respect de ces intérêts publics. Ces deux intérêts suffisent pour justifier les restrictions projetées. Par ailleurs, s'il est vrai qu'un éventuel élargissement de la route dans l'avenir semble peu probable à l'intérieur de la Ville de Neuchâtel vu le milieu densément bâti, il ne peut pas être exclu définitivement. L'intérêt public à l'existence d'une infrastructure routière suffisante (art. 83 al. 1 Cst.) justifie également les restrictions aux droits de propriété de la recourante. 7.5.3 S'agissant du principe de la proportionnalité, la fixation d'alignements est tout d'abord apte à protéger la sécurité du trafic et l'hygiène des habitations et, le cas échéant, la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir, dans la mesure où leur existence permet à l'OFROU de contrôler, dans le cadre d'une éventuelle procédure cantonale d'autorisation de construire ou de transformer, si un projet concret situé à l'intérieur ou empiétant sur les alignements projetés est compatible avec ces intérêts publics. En particulier, il pourra vérifier que ces projets n'endommagent pas les tunnels ou les tranchées couvertes de l'autoroute se trouvant en-dessous ou à côté des parcelles en cause et que l'hygiène d'habitations à proximité de l'autoroute est respectée. La recourante ne mentionne pas d'exemples d'autres mesures qui seraient moins incisives et qui permettraient ce contrôle préventif du respect de ces intérêts publics par l'autorité fédérale, compétente pour l'infrastructure routière nationale et le trafic individuel. Entre autres, la fixation d'alignements constitue une mesure moins restrictive que la création de zones réservées, régies par les art. 14 à 18 LRN, prévues en vue d'assurer la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales (cf. art. 14 al. 1 LRN). En effet, des travaux de construction en leur sein ne peuvent être autorisés que s'ils ne rendent pas la construction de la route plus difficile ou plus onéreuse et ne nuisent pas à la fixation des alignements (cf. art. 16 al. 1 LRN), alors que de tels travaux à l'intérieur d'alignements doivent être autorisés lorsqu'ils ne portent pas atteinte aux intérêts publics de l'art. 22 LRN (cf. art. 24 al. 1 LNR). 7.5.4 Dès lors, il convient d'examiner si les effets du projet sur la situation concrète de chacune des parcelles mentionnées par la recourante sont raisonnablement exigibles de sa part. 7.5.4.1 De manière générale, il ressort du rapport technique de l'intimé que les tunnels sous Neuchâtel sont des ouvrages à moyenne voire faible profondeur, donc avec une faible épaisseur de couverture sur la voûte. Aucun alignement vertical n'a été proposé malgré la présence d'un grand nombre de bâtiments dans l'emprise des alignements (cf. pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 22 sv.). En d'autres termes, les alignements fixés horizontalement n'ont pas été limités verticalement (cf. art. 13 al. 3 ORN) et d'éventuels projets de construction ou de transformation les touchant doivent obtenir l'autorisation de l'intimé, également si l'autoroute est souterraine à l'endroit en question. Par ailleurs, pour les bretelles d'entrée et de sortie ainsi que les rampes, il faut définir au moins 10 m par rapport au bord de la chaussée extérieure stabilisée. Pour les giratoires de raccordement sur le réseau secondaire dans les secteurs qui n'ont pas de zone à bâtir à proximité directe, l'alignement est également défini à 10 m du bord de la chaussée stabilisée (cf. rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). 7.5.4.2 Le bien-fonds n° 17022, d'une surface de 3'093 m2, est situé au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel de Serrières, dans le secteur de La Coquemène. Il est presque entièrement à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 1 sur 7, pièce n° 22 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place et un local technique (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel, joint à l'opposition de la recourante du 28 juin 2019). En l'espèce, si la recourante mentionne dans ce secteur un échange de terrains avec Swisslife et de nouveaux aménagements publics, elle n'explique pas concrètement quels intérêts propres seraient concernés, ni en quoi le nouvel alignement la toucherait de manière inacceptable ou empêcherait la réalisation de ces projets. Le Tribunal ne voit pas non plus de motifs pertinents justifiant de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Il retient que l'alignement projeté sur la parcelle n° 17022 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.3 Le bien-fonds n° 12516, d'une surface de 1'950 m2, est situé à côté de l'autoroute N05, laquelle revient en surface à cet endroit. (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 2 sur 7, pièce n° 23 du projet de l'OFROU). Il abrite un accès, une place, une partie d'un entrepôt ainsi qu'une habitation (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). L'alignement projeté traverse son extrémité sud, sur laquelle se trouve la route et la place. La recourante n'explique aucunement en quoi l'alignement projeté, lequel impacte la parcelle de manière nettement moins importante que l'alignement existant depuis 2001, serait déraisonnable. Le Tribunal ne voit pas non plus quel motif pertinent lui permettrait de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Il considère que l'alignement projeté sur la parcelle n° 12516 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.4 Le bien-fonds n° 14433, d'une surface de 19'047 m2, est situé dans le secteur de Vauseyon au nord de l'autoroute N05. Une petite partie au sud de celui-ci est traversé par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 3 sur 7, pièces n° 24 du projet de l'OFROU). Il abrite notamment un jardin, un pré-champ, une forêt, une route, un chemin, un accès, une place, un trottoir ainsi que des hangars, un bureau, un entrepôt, un atelier, un pavillon, une remise et une partie d'un restaurant (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). L'extrémité sud du bâtiment de la rue des Tunnels 49 est effectivement mordue par l'alignement projeté, tout comme il l'était d'ailleurs dans une plus grande mesure par l'alignement adopté en 1980. La recourante ne détaille pas quels sont les enjeux importants qu'elle mentionne. Elle n'indique pas non plus dans quelle mesure les parkings ou Viteos SA, une société anonyme détenue intégralement par des collectivités publiques du canton de Neuchâtel et active dans l'approvisionnement, la production et la distribution d'électricité, de gaz, d'eau, de chaleur et de froid, seraient touchés de manière inacceptable par l'alignement projeté, ni quels intérêts justifieraient un alignement fixé à moins de 10 m de la chaussée. Partant, là aussi, l'alignement projeté sur la parcelle n° 14433 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.5 Le bien-fonds n° 11965, d'une surface de 2'468 m2, est situé au sud de l'autoroute N05 dans le secteur du Petit Pontarlier. Sa partie est est englobée dans l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 3 sur 7, pièce n° 24 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, un garage, une remise ainsi qu'une partie d'habitation (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Le fait que la réserve constructible de la recourante passe pour plus de la moitié dans l'alignement ne l'empêche pas a priori de l'utiliser, pour autant qu'un éventuel projet ne porte pas atteinte aux intérêts publics susmentionnés (art. 24 al. 1 LRN), notamment à la sécurité du trafic. En effet, la route nationale étant souterraine à cet endroit, la protection de son infrastructure est particulièrement importante et il se justifie que l'intimé soit consulté en cas d'éventuel projet de construction ou de transformation. Partant, l'alignement projeté respecte là aussi le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.6 Le bien-fonds n° 9847, d'une surface de 5'592 m2, est situé en partie au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Les Parcs. Il est en grande partie à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plans 3 et 4 sur 7, pièces nos 24 et 25 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, une école et un centre sportif (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Or, la recourante n'explique pas dans quelle mesure le fait que cette parcelle abrite un collège et est prévue pour le futur projet « Myosotis » nécessiterait de déroger à la distance règlementaire de 25 m, ni quels intérêts concrets justifieraient une telle dérogation, alors que la parcelle se situe en partie sur la route nationale. Ici également, il y a lieu de respecter la liberté de décision et la latitude de jugement de l'autorité inférieure et de considérer la restriction du droit de propriété de la recourante comme raisonnable. 7.5.4.7 Le bien-fonds n° 16624, d'une surface de 1'639 m2, est situé au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Saint-Jean. Il se trouve en grande partie dans l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route, lequel coupe sa partie sud (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 4 sur 7, pièce n° 25 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, une école, un local technique, une remise et une passerelle (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Dans ses écritures de la présente procédure de recours, la recourante n'explique pas les raisons qui justifieraient en l'espèce une dérogation à la distance règlementaire. Le Tribunal ne voit pas non plus de motifs pertinents qui nécessiteraient de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. 7.5.4.8 Le bien-fonds n° 4952, d'une surface de 482 m2, est situé dans le secteur Les Rochettes. Il se trouve au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, et au nord des voies ferrées CFF. Il est sis entièrement à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 5 sur 7, pièce n° 26 du projet de l'OFROU). Il abrite un accès, une place, une habitation, un commerce et deux remises (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Or, la recourante n'explique pas en quoi la requalification de l'espace urbain pour une zone multimodale avec les CFF justifierait de fixer une distance d'alignement plus petite. En outre, l'alignement projeté englobe ou empiète également sur les parcelles entourant la parcelle n° 4952. Cela signifie que la dérogation à la distance règlementaire devrait être importante pour que cette parcelle puisse en bénéficier. Une telle dérogation ne se justifie pas, vu l'emplacement de ladite parcelle. Partant, là également la décision de l'autorité inférieure ne viole pas le droit de propriété de la recourante. 7.5.4.9 Le bien-fonds n° 12049, d'une surface de 849 m2, est situé au nord l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est. Sa partie sud est traversée par l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 5 sur 7, pièce n° 26 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place, et un trottoir (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). La recourante n'explique pas quels intérêts justifieraient une dérogation à la distance réglementaire pour cette parcelle et le Tribunal n'en voit pas non plus. Il y a lieu de retenir que la restriction projetée est acceptable et respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.10 Le droit distinct et permanent n° D9471, à charge de l'immeuble n° 9470, est situé au sud de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Nid-du-Crô. Une petite partie de son extrémité nord-est est empiétée par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 6 sur 7, pièce n° 27 du projet de l'OFROU ; rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). Si la recourante explique ce que la parcelle abrite, elle n'éclaircit pas en quoi ces constructions seraient incompatibles avec l'alignement projeté ni quels intérêts justifieraient un alignement plus étroit. En outre, l'alignement projeté est moins contraignant que celui adopté en 1980. Le Tribunal ne voit pas quels motifs pertinents permettraient de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Là également, sa décision est proportionnée. 7.5.4.11 Le bien-fonds n° 2594, d'une surface de 5'844 m2, est situé au sud de l'autoroute N05, passant dans la tranchée couverte de Monruz. Il est coupé au nord par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée, tel que prévu pour les routes de raccordement (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 7 sur 7, pièce n° 28 du projet de l'OFROU ; rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place, de l'eau stagnante, un transformateur et des toilettes publiques (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). La recourante ne motive pas quelles raisons justifieraient de fixer une distance d'alignement plus petite que celle projetée. Là également, il y a lieu de retenir que la décision attaquée restreint le droit de propriété de la recourante de manière proportionnelle. 7.5.4.12 Le bien-fonds n° 2609, d'une surface de 3'781 m2, est situé en partie au-dessus de l'autoroute N05, passant dans la tranchée couverte de Monruz. Il est traversé au sud par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. A l'ouest, il est empiété par l'alignement, fixé à 10 m du bord de la chaussée. Il abrite un jardin, un accès, une place, une habitation, un garage, trois remises et une serre. Le bien-fonds n° 2610, d'une surface de 4'126 m2, jouxte le bien-fonds n° 2609 et est situé au sud de celui-ci. Il se trouve en partie au-dessus de l'autoroute N05. Il est traversé au nord par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. Il abrite un jardin, un accès, une place, de l'eau stagnante, un pavillon et un hangar à bateaux. Le bien-fonds n° 2634 d'une surface de 11'322 m2, est situé en petite partie au-dessus de l'autoroute et en grande partie au nord de celle-ci. Il est traversé au sud par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès et une place. Ces trois bien-fonds sont situés dans les secteurs Beaurivage/Les Favarges (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 7 sur 7, pièce n° 28 du projet de l'OFROU ; extraits du RF cantonal de Neuchâtel). L'art. 13 al. 3 ORN permet des dérogations à la distance de 25 m prévue par l'art. 13 al. 1 let. a ORN, celles-ci pouvant, selon les circonstances, tant être inférieures que supérieures à 25 m. En l'occurrence, il ressort du rapport technique de l'intimé que dans les galeries couvertes, comme pour la tranchée couverte de Monruz, la statique de l'ouvrage est principalement assurée par le cadre en béton armé. La distance standard de l'alignement a été définie selon le standard à 30.0 m à partir de l'axe central, respectant ainsi en principe une distance minimale de 20 m par rapport au bord extérieur de la structure porteuse de la tranchée, pour respecter son effet porteur. Les tranchées couvertes étant des ouvrages avec une faible épaisseur de couverture, aucun alignement vertical n'a été proposé s(cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 22). Or, l'autorité inférieure, laquelle se distingue - tout comme l'intimé - par des compétences particulières en matière de sécurité routière, dispose d'un large pouvoir d'appréciation en la matière. Le fait qu'une petite partie de l'extrémité sud de la Villa Perret (parcelle n° 2609) est touchée par l'alignement projeté et que la recourante ambitionne de créer un nouveau quartier sur le bien-fonds n° 2634 ne constituent pas des motifs suffisants pour s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. En effet, les intérêts publics à la sécurité du trafic et à l'hygiène des habitations pèsent particulièrement lourd. Par ailleurs, il est également dans l'intérêt des utilisateurs de la Villa Perret et des futurs habitants du nouveau quartier d'habitation que l'OFROU puisse examiner la compatibilité d'éventuels projets de construction et de transformation avec ces intérêts publics. 7.5.5 Finalement, la décision attaquée respecte le droit à l'égalité de traitement de la recourante en cela qu'elle définit les alignements et leur largeur sur ses parcelles conformément aux standards de l'OFROU (cf. rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20) et qu'elle établit des distinctions en fonction de la situation locale, des constructions et des infrastructures à protéger, soit des motifs objectifs, et non en fonction de la qualité du propriétaire de chaque parcelle (propriétaire privé / collectivité publique). La recourante n'explique d'ailleurs pas concrètement en quoi la décision attaquée violerait son droit à l'égalité de traitement. 7.6 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal retient que les restrictions des droits de propriété de la recourante respectent les conditions de l'art. 36 Cst. La garantie de la propriété de la recourante n'est donc pas violée par le projet litigieux. En outre, il considère qu'en fixant les alignements litigieux, l'autorité inférieure n'a pas violé le droit, ni n'a abusé de son pouvoir d'appréciation. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter de la solution qu'elle a retenue. Partant, le recours doit être rejeté sur ce point. 8. Pour résumer, le Tribunal retient que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé (cf. consid. 3.4). Par ailleurs, il a admis sa requête de preuve visant au dépôt et à la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet et rejette sa requête de vision locale (cf. consid. 4.3). En outre, il retient que la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée (cf. consid. 5.6), que le projet ne viole pas l'autonomie communale de la recourante (cf. consid. 6.3) ni ses droits de propriété (cf. consid. 7.6). Partant, l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet litigieux et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. Mal fondé, le recours doit dès lors être rejeté. 9. Demeure à examiner la question des frais de procédure et des dépens dans la présente procédure de recours. 9.1 Les frais de procédure sont mis en règle générale à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1, 1ère phrase, PA). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées ; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur ses intérêts pécuniaires (art. 63 al. 2 PA). En principe, une commune recourant contre un projet d'infrastructure impopulaire - la plupart du temps dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans - agit sans intérêts pécuniaires (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1353/2014 du 30 juillet 2015 consid. 10.1.4, A-3814/2014 du 9 juillet 2015 consid. 6 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, n° 4.47, n. 137; Kneubühler, Die Kostenverlegung im Beschwerdeverfahren des Bundes, ZBl 2005, p. 457). C'est le cas en l'espèce et aucun frais de procédure n'est mis à la charge de la recourante qui succombe. Partant, il n'est pas perçu de frais de procédure dans la présente procédure. Aucune avance de frais n'a d'ailleurs été prélevée. 9.2 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1, 2 et 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF). 9.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à la recourante qui succombe. L'autorité inférieure et l'intimé n'y ont pas droit non plus en tant qu'autorités fédérales. (le dispositif est porté à la page suivante)
Erwägungen (88 Absätze)
E. 1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
E. 1.1 En vertu des art. 31 et 33 let. d LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA rendues par les départements et unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Le DETEC constitue un département de l'administration fédérale. L'acte attaqué du 7 février 2020, par lequel l'autorité inférieure approuve le projet définitif et rejette notamment l'opposition de la recourante, satisfait aux conditions qui prévalent à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 al. 1 PA et n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. Partant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent recours.
E. 1.2 La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure. Étant la destinataire de la décision attaquée, qui rejette son opposition au projet de l'intimé, et propriétaire des bien-fonds susmentionnés, pour la plupart traversés par les alignements projetés, elle est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation ou sa modification. Elle a donc qualité pour recourir conformément aux art. 48 al. 1 PA et 27d al. 1 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales (LRN, RS 725.11), sans qu'il n'y ait besoin de trancher si elle a également qualité pour recourir en tant que détentrice de la puissance publique disposant d'une autonomie communale en matière d'aménagement du territoire et de construction.
E. 1.3 Pour le reste, déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
E. 2.1 L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé pour la route nationale N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. Dans ce cadre, il s'agira d'examiner si la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée (cf. consid. 5), et, le cas échéant, si les alignements tels que projetés sur le territoire de la recourante respectent son autonomie communale (cf. consid. 6) et, s'agissant des parcelles propriété de la recourante, ses droits de propriété (cf. consid. 7). Au préalable, il convient d'examiner si le droit d'être entendue de la recourante a été violé (cf. consid. 3) et de statuer sur ses requêtes de preuves (cf. consid. 4). Il est ici précisé que la question d'une éventuelle expropriation matérielle de la recourante ne fait pas partie de l'objet du litige. En effet, pour autant que les conditions soient remplies, le droit à l'indemnité et le montant de cette dernière ne naissent qu'au moment où les alignements projetés entrent en force. Les propriétaires concernés doivent annoncer leurs prétentions par écrit à l'intimé dans les cinq ans suivant ce jour. En cas de contestation, la procédure se déroule devant une Commission fédérale d'estimation (CFE) et non devant le DETEC (cf. consid. 5.4.5 et 5.5.3).
E. 2.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 du 11 mai 2021 consid. 2.2).
E. 2.3 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal administratif fédéral dispose d'une pleine cognition (art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou techniques que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux. Dans de telles circonstances, il ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité inférieure, laquelle dispose de connaissances spécifiques qu'elle est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2019 II/1 consid. 2.1 non publié, 2012/23 consid. 4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4095/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.3). Cela vaut dans tous les cas lorsque celle-ci a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1, 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_329/2012 du 27 novembre 2012 consid. 5.2 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3, A-645/2020 du 19 août 2020 consid. 2, A-2587/2018 du 20 février 2019 consid. 2, A-7744/2015 du 29 novembre 2017 consid. 2.2.2).
E. 3 En premier lieu, il convient d'examiner si le droit d'être entendue de la recourante a été violé.
E. 3.1.1 La recourante fait valoir que l'autorité inférieure a rendu une décision standardisée, sans motivation juridique circonstanciée spécialement adaptée à son opposition, dont la situation est particulière et différente de celle des autres lieux touchés par le projet. Elle ajoute que l'autorité inférieure n'a pas examiné la portée juridique et pratique des alignements projetés, ni les conséquences de ceux-ci sur les projets de construction. Elle critique une décision théorique, n'examinant pas ses critiques légitimes. En outre, elle reproche le manque de communication de l'intimé et de l'autorité inférieure et se plaint de ne pas avoir été concertée au préalable par l'intimé. Elle estime ne pas avoir pu faire valoir ses droits en temps opportun et ne pas avoir eu d'autres choix que de former opposition puis recours.
E. 3.1.2 L'autorité inférieure estime que la loi n'impose aucune obligation à l'intimé ni à elle-même de se concerter avec la recourante. En outre, elle considère que les arguments de celle-ci ont été étudiés et rejetés au fond, après un examen approfondi de la situation. Elle conteste qu'il s'agisse d'une décision standardisée. Elle remarque que la recourante a fait valoir son droit d'être entendue par son opposition.
E. 3.1.3 L'intimé précise que les autorités cantonales et communales n'ont plus de pouvoir décisionnel en matière d'alignements le long des routes nationales depuis la réforme de la péréquation financière de 2008. Il rappelle que la recourante s'est déterminée sur le projet dans son opposition lors de la mise à l'enquête publique, que ses griefs ont été examinés et que son droit d'être entendue a ainsi été respecté. Il remarque que la mise à l'enquête a justement pour but d'informer les intéressés et que la procédure d'approbation ne prévoit pas de phase de consultation préalable des intéressés.
E. 3.2 Le droit d'être entendu est une garantie inscrite à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101). Il est de caractère formel et sa violation entraîne l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 139 II 489 consid. 3.3, 132 II 485 consid. 3.2, 122 II 464 consid. 4a ; ATAF 2013/23 consid. 6.4.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 5.2.1). Il comprend les droits de s'exprimer, de consulter le dossier, de faire administrer des preuves et de participer à l'administration de celles-ci, d'obtenir une décision motivée et de se faire représenter ou assister (cf. art. 26 à 33 et 35 PA ; ATAF 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4343/2018 du 1er février 2021 consid. 3.2.1).
E. 3.2.1 L'art. 30 al. 1 PA prévoit en particulier que l'autorité entend les parties avant de prendre une décision. C'est le droit pour le justiciable de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, soit le droit d'exposer ses arguments de droit, de fait ou d'opportunité, de répondre aux objections de l'autorité et de se déterminer sur les autres éléments du dossier (cf. ATF 141 V 557 consid. 3.1, 135 I 279 consid. 2.3 ; ATAF 2010/53 consid. 13.1, 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6775/2016 du 28 juin 2018 consid. 5.1). En revanche, dans une procédure administrative, le droit d'être entendu n'implique pas le droit d'être entendu oralement devant l'organe de décision (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1, 122 II 464 consid. 4c ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_61/2011 du 4 mai 2011 consid. 3.2 ; ATAF 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 5.2.1). La procédure d'approbation des plans en matière de routes nationales connaît une réglementation spéciale pour entendre les parties, comme cela est le cas pour la plupart des lois spéciales réglant les domaines relevant de l'administration de masse. Le droit des parties de s'exprimer est garanti par l'opposition au sens de l'art. 27d LRN, dans une procédure formalisée (cf. ATF 143 II 467 consid. 2.2, 138 I 131 consid. 5.1, 135 II 286 consid. 5.3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6775/2016 précité consid. 5.1, A-3535/2016 du 6 mars 2018 consid. 5.1.2, A-2415/2016 du 16 octobre 2017 consid. 3.1.3 ; Waldmann/Bickel, in: Praxiskommentar VwVG, 2ème éd. 2016, art. 30a n° 7 ss).
E. 3.2.2 Selon l'art. 35 al. 1 PA, les décisions écrites sont désignées comme telles, motivées et indiquent les voies de droit. Le juge est tenu de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. ATF 146 IV 297 consid. 2.2.7, 139 IV 179 consid. 2.2, 138 IV 81 consid. 2.2). En particulier, lorsque les parties font valoir des griefs pertinents, il doit ressortir de la motivation que l'administration s'est penchée sur les éléments évoqués (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-941/2021 du 18 août 2021 consid. 3.2).
E. 3.3.1 Si l'art. 27b LRN prévoit que l'autorité inférieure transmet la demande d'approbation aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois, il n'existe pas de disposition semblable prévoyant une consultation séparée des communes. Au contraire, l'art. 27d al. 3 LRN prévoit que les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition. En l'espèce, comme le prévoit la procédure d'approbation des plans en matière de routes nationales, la recourante a pu s'exprimer par son opposition du 28 juin 2019.
E. 3.3.2 Par ailleurs, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure, après avoir rappelé la motivation de la recourante et celle de l'intimé, présente les motifs qui l'ont guidée pour prendre sa décision. En particulier, elle se détermine sur les griefs d'irrespect de la procédure légale, d'absence de piquetage et d'avis personnel et de dossier incomplet et inexact. Elle expose également pour quelles raisons elle fixe les alignements sur le territoire de la recourante et ne fait pas d'exception quant à l'application des standards. Elle se détermine aussi sur le grief de violation de l'autonomie communale. Certes, sa motivation reste très générale et sommaire s'agissant du grief de violation du droit de propriété de la recourante, en cela qu'elle n'explique pas concrètement les raisons pour lesquelles l'alignement, dans la mesure fixée, respecte ce droit pour chacune des parcelles de la recourante. Malgré cela, il ne peut lui être reproché d'avoir porté atteinte au droit d'être entendue de la recourante.
E. 3.4 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal retient que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé.
E. 4 Il s'agit ensuite de statuer sur les requêtes de preuves de recourante.
E. 4.1.1 La recourante sollicite le dépôt et la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet. Elle précise qu'il est patent que les dossiers mis à l'enquête publique ne comportent que ce que la loi prévoit. Elle sollicite également la tenue d'une vision locale, le long du tracé de la route nationale N05, sur son territoire.
E. 4.1.2 L'autorité inférieure indique qu'elle possède les mêmes documents et plans que ceux mis à l'enquête et aucun document supplémentaire. Elle estime qu'une vision locale n'est pas nécessaire car l'autorité dispose de tous les éléments de fait pour rendre sa décision. Elle indique qu'une entrevue supplémentaire n'apporterait pas d'éléments nouveaux.
E. 4.2 Le Tribunal constate les faits pertinents d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves (art. 12 PA). Il admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits (art. 33 al. 1 PA). Dans le cadre d'une appréciation anticipée des preuves, il peut - comme l'autorité inférieure - renoncer à l'administration d'une preuve offerte, s'il appert qu'elle porte sur des considérations sans rapport pertinent avec le litige ou qu'elle n'est pas de nature à emporter sa conviction, sur le vu du dossier à sa disposition (cf. art. 12 et 33 al. 1 PA ; ATF 136 I 229 consid. 5.3, 131 I 153 consid. 3 ; arrêt du Tribunal fédéral 5A_450/2016 du 4 octobre 2016 consid. 3.2 et réf. cit. ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-645/2020 précité consid. 4.1, A-3861/2016 du 27 juillet 2017 consid. 2.1.3, A-4319/2015 du 16 mars 2016 consid. 2.3). Cette faculté de renoncer à administrer une preuve proposée en raison de son défaut de pertinence est conforme au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. et consacré à l'art. 29 PA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7397/2018 du 31 mars 2021 consid. 3.2).
E. 4.3 En l'espèce, la requête de preuve de la recourante visant au dépôt et à la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet a été admise. En effet, sur demande du Tribunal en ce sens, l'autorité inférieure a produit, avec sa réponse, le dossier complet de la procédure qui s'est déroulée devant elle ainsi que celui du projet de l'intimé, mis à l'enquête. La recourante a reçu le bordereau des pièces, détaillant le contenu de la production de l'autorité inférieure. Dans ses écritures subséquentes, elle n'a pas requis la consultation de ces pièces. S'agissant de la requête de vision locale, le Tribunal considère que les actes à sa disposition, soit les écritures et pièces produites par les parties dans la présente procédure de recours, dont les dossiers de l'autorité inférieure et du projet définitif de l'intimé, contiennent suffisamment d'explications et de plans pour qu'il puisse constater de manière exacte et complète les faits pertinents pour les différentes questions litigieuses à examiner. Ils offrent une vision claire de la situation d'ensemble et des circonstances locales des alignements fixés sur le territoire de la Ville de Neuchâtel, en particulier des parcelles propriété de la recourante touchées par les alignements projetés. En outre, la recourante n'explique pas pour quelles raisons une vision locale aiderait à la constatation des faits. Sur ce vu, le Tribunal estime qu'une visite le long du tracé de la route nationale N05 sur le territoire de la recourante, en présence des représentants des parties, ne serait pas de nature à emporter sa conviction, au vu de la complétude du dossier, de sorte qu'il renonce à l'administration de cette preuve.
E. 5 Il convient dès lors d'examiner si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. En premier lieu, il sied de déterminer si la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée.
E. 5.1.1 La recourante critique l'absence de piquetage. Elle estime que les piquetages sont indispensables pour informer correctement la population en général et les propriétaires touchés par le projet. Elle invoque que le processus de construction et la mise en place d'alignements doivent être simultanés et qu'une construction déjà réalisée ne dispense pas la Confédération d'indiquer par des piquetages les alignements projetés. Elle en conclut que l'absence de piquetage viole l'art. 27a LRN, vu que la procédure d'approbation ne remplit pas son but d'information.
E. 5.1.2 Ensuite, elle critique l'absence d'avis personnel informant les intéressés des droits à exproprier, en violation de l'anc. art. 27c LRN. En outre, elle se plaint que le canton de Neuchâtel n'a pas été consulté préalablement. Elle estime que cette consultation préalable aurait permis au canton de recueillir les avis des collectivités publiques et des privés concernés avant que le projet ne soit mis à l'enquête publique. Ces vices n'étant pas réparables, la décision attaquée doit être annulée et, le cas échéant, la procédure recommencée depuis le début.
E. 5.1.3 Finalement, la recourante se plaint que le dossier officiel est succinct, inexact et incomplet, au motif qu'il ne comporte que le standard de 2013, quelques listes et plans des alignements projetés ainsi qu'un rapport technique, énumérant les alignements sans apporter aucune justification, ni énoncer d'intérêt public prépondérant par rapport aux siens. Elle remarque que les plans des alignements projetés se réfèrent à des alignements existants, dont on ne sait pas quand et par qui ils auraient été approuvés. Elle ajoute que ces plans annulent des alignements communaux en vigueur, ce qu'elle conteste.
E. 5.2.1 Pour sa part, l'autorité inférieure indique que les alignements ne sont pas des ouvrages, ni n'entraînent de modification sur le terrain. Elle considère que l'art. 27a LRN ne s'applique pas pour les projets de mise au point des alignements. Elle en déduit qu'il n'y a pas d'obligation de piquetage. En outre, les processus de construction et de mise au point des alignements ne doivent pas être prévus simultanément. Elle rappelle que le canton de Neuchâtel a pris position le 5 juillet 2019, dans le respect de l'art. 27b LRN, et que cette détermination a été transmise à la recourante.
E. 5.2.2 L'autorité inférieure estime que l'anc. art. 27c LRN, régissant l'avis personnel, ne s'applique qu'en cas d'expropriation matérielle au sens de l'art. 25 al. 1 LRN. Elle précise qu'il n'y a pas d'expropriation formelle prévue par le projet litigieux et que l'art. 31 LEx n'est pas applicable. Elle en déduit que la recourante, n'étant pas expropriée par le projet, n'avait pas de droit à obtenir un avis personnel. Elle rappelle que les intéressés ont été informés via la mise à l'enquête publique. Elle note qu'outre la recourante, plusieurs parties ont formé opposition, ce qui démontre que les intéressés ont eu connaissance du projet. Elle ajoute que le fait que l'intimé a informé des propriétaires de parcelles dans d'autres causes n'est pas pertinent car il ne s'agissait pas d'avis personnels obligatoires au sens de l'art. 31 LEx. Elle précise que l'intimé est libre d'informer, sur une base volontaire, les propriétaires concernés par la mise au point d'alignements. Elle considère qu'il n'y a pas eu de vice de forme en l'espèce.
E. 5.2.3 Finalement, elle estime que le dossier est complet au sens de l'art. 12 de l'ordonnance du 7 novembre 2007 sur les routes nationales (ORN, RS 725.111). Elle rappelle que les alignements cantonaux et communaux ne relèvent pas de la présente procédure et que ceux-ci sont indépendants des alignements prévus pour les routes nationales. Elle indique que la présente procédure n'a d'effet que sur la couche d'alignements des routes nationales. L'OFROU n'étant compétent qu'en matière d'alignements des routes nationales, il n'est pas possible de faire figurer à titre informatif les alignements cantonaux et communaux sur la couche fédérale. Elle précise que les alignements de la commune de Neuchâtel ne sont pas représentés. Elle reproche à la recourante de ne pas préciser quels documents ou plans seraient manquants.
E. 5.3.1 Quant à l'intimé, il estime que la procédure d'approbation applicable a été respectée. Il considère qu'il n'y avait pas d'obligation de piquetage, dans la mesure où aucune modification n'est requise par le projet. Compte tenu de la portée des alignements, qui ne représentent pas une interdiction de construire, la mise en place de piquetage serait inutile et disproportionnée au vu des kilomètres d'alignements planifiés.
E. 5.3.2 L'intimé considère qu'un avis personnel n'avait pas lieu d'être, vu qu'aucun droit d'exproprier n'est en jeu. Il précise avoir pris contact avec le Service géomatique et le Registre foncier de Neuchâtel afin d'obtenir les noms et adresses des propriétaires des quelques 1'500 parcelles concernées mais que ces services n'ont pas été à même de lui fournir ces indications. Il remarque que dans les autres projets portant sur la redéfinition des alignements dans d'autres cantons, les registres fonciers ont été en mesure de lui fournir ces informations. Vu l'effort de recherche ainsi que la marge d'erreur due aux homonymes, il aurait été disproportionné d'envoyer un avis personnel à tous les propriétaires dans le présent cas. Il souligne que les alignements ne représentent pas un cas d'expropriation et que l'avis personnel n'est pas obligatoire.
E. 5.3.3 Finalement, il remarque que la recourante n'indique pas quelles pièces manqueraient au dossier. Il précise que les alignements des routes nationales n'ont pas d'influence sur ceux des routes cantonales ou communales. Il souligne que ces alignements protègent des infrastructures différentes et se trouvent sur différents niveaux dans le registre des restrictions. Ces restrictions sont indépendantes les unes des autres et le projet n'a aucun impact sur les alignements communaux actuels ou futurs.
E. 5.4 Sur le vu de ces arguments, il convient de rappeler le cadre juridique applicable à la procédure d'approbation des plans des routes nationales.
E. 5.4.1 Au préalable, il s'agit de déterminer le droit applicable dans le temps. En effet, les art. 25 al. 3, 27b al. 3, 27c, 27d al. 1 et 2 LRN, entre autres, ont été modifiés par l'annexe chiffre 9 de la loi fédérale du 19 juin 2020, modifiant la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711). La modification de ces articles est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Il n'existe pas de disposition transitoire se rapportant à cette modification de la LRN. En principe, à défaut de dispositions transitoires, les nouvelles règles de procédure s'appliquent pleinement dès leur entrée en vigueur aux causes qui sont encore pendantes, sauf si le nouveau droit apporte des modifications fondamentales à l'ordre procédural (cf. ATF 144 II 273 consid. 2.2.4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2569/2018 du 4 juin 2019 consid. 1.1.2). En l'espèce, les nouvelles règles de procédure sont entrées en vigueur après la fin de la procédure d'approbation qui s'est terminée le 7 février 2020. Partant, les anciennes règles de procédure ordinaire d'approbation étaient encore applicables au moment où la procédure d'approbation s'est déroulée. La question de savoir si elle a été respectée doit donc être examinée à l'aune de ces anciennes règles, alors en vigueur.
E. 5.4.2 Les art. 21 à 29 LRN régissent l'établissement, l'emprise et la procédure d'approbation des plans des projets définitifs. En particulier, les projets définitifs renseignent sur le genre, l'ampleur et l'emplacement de l'ouvrage et de ses installations annexes, sur les détails de sa structure technique et sur les alignements (art. 21 al. 1 LRN). L'OFROU est compétent pour l'établissement des projets définitifs en ce qui concerne la construction de nouvelles routes nationales ou l'aménagement de routes nationales existantes (art. 21 al. 2 let. b LRN). Le Conseil fédéral fixe les exigences relatives aux projets définitifs et aux plans (art. 21 al. 3 LRN). La demande d'approbation des plans doit être adressée au DETEC avec les documents requis. Ce dernier vérifie si le dossier est complet et, au besoin, le fait compléter (art. 27 LRN). L'art. 12 al. 1 ORN prévoit qu'entre autres, les documents suivants doivent être joints au projet définitif : plan d'ensemble (let. a) ; plans de situation avec indication des alignements à l'échelle 1:1000 (let. b) ; profil en long à l'échelle 1:1000 pour les longueurs et 1:100 pour les hauteurs (let. c) ; rapport technique, y compris les mesures d'accompagnement (let. g) ; indication des coûts (let. j) ; plan d'expropriation (let. k) et tableau des droits expropriés (let. l). Les autres documents énumérés par l'art. 12 al 1 ORN se rapportent à des projets de construction et ne sont pas pertinents pour le projet litigieux de mise au point des alignements.
E. 5.4.3 Avant la mise à l'enquête de la demande, les modifications requises par l'ouvrage projeté doivent être marquées sur le terrain par un piquetage et pour les bâtiments par des gabarits (art. 27a al. 1 LRN). Cette obligation de piquetage et de pose de profils sert l'intérêt légitime des particuliers concernés à pouvoir apprécier les dimensions d'un projet dans l'espace (cf. Message du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2221, 2256, commentaire en lien avec l'obligation de piquetage prévue par l'art. 62b al. 1 de la loi fédérale du 22 décembre 1916 sur l'utilisation des forces hydrauliques [LFH, RS 721.80], correspondant à l'art. 27a LRN). Les personnes concernées doivent pouvoir se rendre compte des modifications que l'ouvrage projeté provoquera sur le terrain (cf. Message du 23 juillet 1959 à l'appui d'un projet de loi sur les routes nationales, FF 1959 II 97, 111 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5641/2016 du 18 mai 2017 consid. 4.2).
E. 5.4.4 Le département transmet la demande aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois. Si la situation le justifie, il peut exceptionnellement prolonger ce délai. La demande doit être publiée dans les organes officiels des cantons et des communes concernés et mise à l'enquête pendant 30 jours (art. 27b al. 1 et 2 LRN). Un telle publication a pour but de permettre à toutes personnes potentiellement intéressées par le projet d'en prendre connaissance et, le cas échéant, d'y faire opposition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6547/2011 du 22 octobre 2013 consid. 4.2.2). Le requérant adresse aux intéressés, au plus tard lors de la mise à l'enquête de la demande, un avis personnel les informant des droits à exproprier, conformément à l'art. 31 LEx (anc. art. 27c LRN). Quiconque requiert une approbation des plans est tenu d'informer personnellement du projet les ayants droit à une indemnité dont il a connaissance ou qui figurent au cadastre ou dans les registres officiels. Il leur indique également les droits qui leur sont expropriés (cf. anc. art. 31 al. 1 LEx ; FF 1998 2221, 2251, commentaire en lien avec l'anc. art. 126e de la loi fédérale du 3 février 1995 sur l'armée et l'administration militaire [LAAM, RS 510.10], correspondant à l'anc. art. 27c LRN). Quiconque a qualité de partie en vertu de la PA ou de la LEx peut faire opposition contre le projet définitif ou les alignements qui y sont fixés (cf. art. 27d anc. al. 1, 1ère phrase, LRN). Toutes les objections en matière d'expropriation et les demandes d'indemnité ou de réparation en nature doivent être déposées dans le même délai (art. 27d anc. al. 2, 1ère phrase, LRN). Les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition (art. 27d al. 3 LRN).
E. 5.4.5 L'art. 25 LRN prévoit que la restriction de la propriété foncière par des alignements ne donne droit à une indemnité que si elle a les mêmes effets qu'une expropriation (al. 1). Le droit à l'indemnité et le montant de cette dernière sont déterminés d'après les conditions existant au moment où la restriction de la propriété prend effet (al. 2), soit lors de la publication des plans d'alignements approuvés (art. 29 LRN ; FF 1959 II 97, 110 ; ATF 110 Ib 359 consid. 2a ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.2). L'intéressé doit annoncer ses prétentions par écrit à l'autorité compétente dans les cinq ans qui suivent le jour où la restriction de la propriété a pris effet. Si les prétentions sont entièrement ou partiellement contestées, la procédure d'estimation prévue aux art. 57 ss. de la LEx sera ouverte devant une CFE (art. 25 anc. al. 3 LRN). Lors d'une expropriation formelle, l'indemnité due est une condition de l'expropriation. En cas d'expropriation matérielle, l'indemnité due est une conséquence d'une atteinte n'ayant pas pour but une expropriation (cf. Kappeler, Formelle und materielle Enteignung gemäss den Fluglärmentscheiden des Bundesgerichts, 2010, p. 13 ; Hess/Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Kommentar zum Bundesgesetz über die Enteignung, vol. I, 1986, Vorbemerkungen zu Art. 1 n° 18 ; Hess/Weibel, op. cit., vol. II, 1986, Art. 22ter BV n° 47). Comme la mesure constitutive d'expropriation matérielle est valable indépendamment de l'indemnisation du propriétaire, le principe et le montant de l'indemnité sont déterminés dans une procédure séparée de celle conduisant à la restriction du droit de propriété (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.3 ; Hertig Randall, L'expropriation matérielle, in : Pratique du droit administratif, 2009, p. 115 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.3).
E. 5.5.1 En l'espèce, le projet N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron n'implique aucune modification physique de la route nationale N05. En l'absence de réalisation d'un projet concret dans l'espace, un piquetage des alignements, soit de lignes virtuelles, ne répond pas à un intérêt légitime des particuliers. Au contraire, un tel piquetage porterait à confusion puisqu'il donnerait à penser que le projet porte sur une modification ou un élargissement du tracé de l'autoroute, alors que tel n'est pas le cas. Partant, l'art. 27a LRN n'est pas applicable au présent projet et l'absence de piquetage ne viole pas cet article. Par ailleurs, si un projet définitif de construction doit renseigner sur le genre, l'ampleur et l'emplacement de l'ouvrage et de ses installations annexes, sur sa structure technique et sur les alignements (art. 21 al. 1 LRN), cela ne signifie pas que les alignements d'un ouvrage ne puissent être modifiés par la suite, indépendamment de toute modification de l'ouvrage lui-même. En l'espèce, comme l'explique l'autorité inférieure dans la décision querellée, les projets de mises au point des alignements initiés par la Confédération se justifient en raison du transfert de propriété des routes nationales des cantons à la Confédérations le 1er janvier 2008, du besoin de les harmoniser par rapport à un standard et de les publier dans le cadastre RDPPF (cf. décision d'approbation du 7 février 2020, p. 4 à 6 ; supra consid. A.b).
E. 5.5.2 Ensuite, le canton de Neuchâtel a bien été contacté le 21 février 2019 par l'autorité inférieure, soit avant la mise à l'enquête publique du projet, afin de prendre position sur celui-ci, ce qu'il a fait par courrier du 5 juillet 2019 (cf. pièces nos 2 et 22 du dossier de l'autorité inférieure). En outre, la demande d'approbation du projet définitif de l'intimé a été mise à l'enquête publique du 31 mai au 1er juillet 2019, dans le but d'informer la population en général ainsi que les propriétaires et les communes concernés (cf. consid. A.c).
E. 5.5.3 Par ailleurs, l'autorité inférieure retient à juste titre que les anc. art. 27c LRN et 31 al. 1 LEx n'étaient pas applicable en l'espèce, le projet ne prévoyant pas d'expropriation formelle. En effet, l'avis personnel a pour but de rendre particulièrement attentifs les propriétaires concernés de l'expropriation formelle de leurs droits et de leur droit d'opposition dans le délai d'enquête (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6547/2011 précité consid. 4.2.2). Or, la fixation d'alignements ne constitue pas une expropriation formelle. Elle peut, certes, à certaines conditions constituer une expropriation matérielle. Cependant, la question de savoir si tel est le cas en l'espèce n'est pas tranchée dans la procédure d'approbation du projet mais dans une éventuelle procédure ultérieure, introduite par l'intéressé devant l'intimé dans un délai de cinq ans qui suit l'entrée en vigueur du plan d'alignements. En d'autres termes, lors de la procédure d'approbation des plans, les éventuels propriétaires qui seraient expropriés matériellement par les alignements ne sont pas encore connus et ne peuvent pas l'être. En effet, leur droit à indemnité ne naît que lors de l'entrée en vigueur des plans d'alignements et ce droit ainsi que le montant de l'indemnité sont déterminés dans une procédure ultérieure, laquelle ressort en cas de litige de la compétence de la CFE et non pas de l'autorité inférieure. En outre, les propriétaires concernés ne sont pas concernés par l'obligation de produire leurs demandes d'indemnités dans le délai de 30 jours de mise à l'enquête. Ils bénéficient d'un délai plus long de cinq ans, qui suivent le jour où la restriction de leur propriété a pris effet. Partant, l'anc. art. 27c LRN n'était pas applicable en l'espèce et l'absence d'envoi d'avis personnels aux intéressés ne viole pas cet article. Cependant, vu le nombre particulièrement faible d'opposants privés au présent projet - seuls deux particuliers ont formé opposition au projet, dont un hors délai - il est louable que l'intimé ait tenté d'informer personnellement, sur une base volontaire, les propriétaires des parcelles concernées, à l'instar de ce qu'elle a fait dans les projets situés dans les autres cantons. Il est ici remarqué que la recourante n'a pas formulé d'observations complémentaires s'agissant de la précision de l'intimé concernant l'impossibilité d'obtenir du Registre foncier du canton de Neuchâtel les adresses des propriétaires des parcelles concernées (cf. échange de courriels des 5 et 8 février 2021, annexé à la prise de position de l'intimé du 29 juillet 2021).
E. 5.5.4 Finalement, le dossier du projet contient deux plans d'ensemble à l'échelle 1 :50000 (cf. pièces nos 1 et 2 ; art. 12 al. 1 let. a ORN), 38 plans de situation avec indication des alignements à l'échelle 1:1000 (cf. pièces nos 3 à 40 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. b ORN) ainsi que deux profils en long à l'échelle 1:5000/500 et coupe 1:500 pour deux tunnels non situés sur le territoire de la recourante (cf. pièces nos 41 et 42 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. c ORN). Le dossier contient également un rapport technique (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. g ORN). Celui-ci détaille les raisons de fixation des alignements projetés et de leur largeur sur le territoire de la recourante pour les tronçons avec un profil standard, les jonctions et les routes de raccordement, les galeries couvertes, les tunnels et pour les chemins de fer (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 à 23). En outre, il indique que la route nationale N05, pour le tronçon visé par le projet, a été approuvée en plusieurs étapes successives depuis les années 70 par le DETEC ou son prédécesseur le Département fédéral de l'Intérieur (le DFI). Il liste les projets qui ont fixé les alignements actuellement valables pour la route nationale N05 (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 7). Comme le remarque l'autorité inférieure dans la décision querellée, les alignements approuvés figurent également en bleu sur les plans avec indication de la date et de l'autorité d'approbation, tandis que les nouveaux alignements y figurent en rouge. Par ailleurs, le rapport technique explique que les alignements définis dans le projet définitif de la N05 pour les routes cantonales RC 5 et RC H10 dans la Ville de Neuchâtel n'ont plus lieu d'être pour la route nationale et sont supprimés pour celle-ci. Il précise que cette suppression n'a aucune incidence sur les alignements cantonaux et communaux (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 6 et 23). Le projet n'annule donc des alignements que dans la mesure où ils concernent la route nationale. Les alignements cantonaux et communaux fixés pour les routes cantonales et communales ne sont, quant à eux, pas touchés par le projet. En outre, le Tribunal observe que le dossier contient une indication des coûts. Ceux-ci sont estimés à 161'550 francs, TVA incluse (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 34 ; demande d'approbation des plans du 18 février 2019, p. 3, pièce n° 1 du dossier de l'autorité inférieure ; art. 12 al. 1 let. j ORN). Le dossier ne contient pas de plan d'expropriation ni de tableau des droits expropriés (art. 12 al. 1 let. k et l ORN) car le projet n'implique pas d'expropriation formelle (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 6) et que les expropriations matérielles ne sont pas connues à ce stade (cf. consid. 5.4.5 et 5.5.3). L'autorité inférieure a donc retenu à juste titre que le dossier de l'intimé était complet.
E. 5.6 Il résulte de ce qui précède que la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée et que la décision attaquée ne doit pas être annulée pour vice de forme.
E. 6 Il convient à présent d'examiner si les alignements de la route nationale N05, tels que projetés sur le territoire de la recourante respectent son autonomie communale.
E. 6.1.1 La recourante invoque une violation de son autonomie communale (art. 50 Cst.). Elle précise que les communes neuchâteloises bénéficient d'une telle autonomie en matière d'aménagement du territoire et des constructions. En particulier, elle est dispensée de requérir les préavis des services de l'Etat dans la zone à bâtir et dispose des moyens nécessaires pour autoriser seule des constructions sur son territoire. Elle invoque qu'elle est trop fortement touchée par les alignements projetés, qui entraveraient l'application de son plan et règlement d'aménagement communal et bloqueraient une série de secteurs dans lesquels des projets de construction sont en cours de délivrance de sanction ou en cours de construction. Elle estime que les alignements ne prennent pas en compte sa situation particulière. Elle indique que l'Etat, la Confédération, voire les CFF, pourraient s'opposer à un projet de construction communal touchant les alignements fédéraux projetés.
E. 6.1.2 L'autorité inférieure conteste que les alignements adoptés violent l'autonomie communale. Elle souligne qu'ils ne suppriment pas les alignements communaux, lesquels restent intacts et inchangés. Elle rappelle que le CRDPPF est constitué de plusieurs couches indépendantes les unes des autres. Ainsi, les alignements des routes nationales ne suppriment pas les alignements cantonaux. Elle précise que les nouveaux alignements n'auront aucune influence sur les éléments déjà construits ou autorisés et qu'ils ne portent pas atteinte aux règlements des zones à bâtir de la recourante. Cette dernière est libre de prévoir, dans les limites du droit cantonal, les plans de quartier et directeurs et l'affectation des parcelles. Elle explique que des projets définitifs sont lancés dans tous les cantons afin d'épurer tous les alignements existants, de récolter des informations à leur sujet et de les publier dans le cadastre RDPPF. Elle indique que le préavis fédéral est primordial et ne peut être du ressort de la commune de Neuchâtel, vu que les routes nationales sont devenues la propriété de la Confédération le 1er janvier 2008.
E. 6.1.3 L'intimé précise que les autorités cantonales et communales n'ont plus de pouvoir décisionnel en matière d'alignements le long des routes nationales depuis 2008. Il souligne que les autorités cantonales ou communales restent compétentes pour délivrer l'autorisation de construire. Il ajoute que les alignements n'ont pas d'impact sur les projets bénéficiant déjà d'une autorisation de construire et d'un préavis positif de sa part. Il estime que le fait que la recourante soit dispensée de requérir un préavis cantonal dans le cadre d'autorisations de construire en zone à bâtir ne l'empêche pas de devoir requérir son préavis pour les projets se trouvant à l'intérieur des alignements fédéraux ou empiétant sur ceux-ci. En effet, la commune doit respecter le droit fédéral, même si elle dispose d'une large compétence en matière d'aménagement du territoire au niveau cantonal. Il rappelle que la présente procédure concerne uniquement les alignements relatifs aux routes nationales, sans toucher les alignements cantonaux et communaux qui restent en vigueur. Les autorités cantonales et communales ont la possibilité d'inscrire leurs restrictions auprès du cadastre RDPPF.
E. 6.2.1 L'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal (art. 50 al. 1 Cst.). La Confédération tient compte des conséquences éventuelles de son activité pour les communes (art. 50 al. 2 Cst.). Ce faisant, elle prend en considération la situation particulière des villes, des agglomérations urbaines et des régions de montagne (art. 50 al. 3 Cst.). Selon la jurisprudence, une commune est autonome dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive mais laisse en tout ou en partie dans la sphère communale en conférant aux autorités municipales une appréciable liberté de décision. Les communes bénéficient de compétences législatives lorsqu'elles disposent d'un pouvoir normatif dans un domaine que le législateur cantonal ou fédéral n'a pas réglé exhaustivement (cf. ATF 142 I 177 consid. 2, 135 I 233 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-8386/2010 du 1er décembre 2011 consid. 4, non publié in ATAF 2011/59).
E. 6.2.2 La Confédération et les cantons veillent à garantir l'existence d'une infrastructure routière suffisante dans toutes les régions du pays (art. 83 al. 1 Cst.). La Confédération assure la création d'un réseau de routes nationales et veille à ce qu'il soit utilisable. Elle construit, entretient et exploite les routes nationales. Elle en supporte les coûts. Elle peut confier ces tâches en partie ou en totalité à des organismes publics, privés ou mixtes (art. 83 al. 2 Cst.). La Confédération garantit l'existence d'une infrastructure routière suffisante et veille à ce que le réseau de routes nationales soit utilisable et entretenu. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée. Lors de cette fixation, il est notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de celles de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir.
E. 6.3.1 En l'espèce, le projet définitif porte sur la mise au point des alignements protégeant la route nationale N05 traversant les communes de La Grande Béroche au Landeron. La compétence pour l'établissement des projets définitifs relève de l'intimé (cf. art. 21 al. 2 let. b LRN) et, pour l'approbation des plans, de l'autorité inférieure (cf. art. 27 et 28 al. 1 LRN) et non pas de la recourante. Son autonomie communale n'est donc pas touchée par la mise au point des alignements pour la route nationale. En outre, le projet ne porte pas sur les alignements préservant les routes cantonales ou communales. Les alignements communaux portant sur les routes communales n'étant pas touchés par le projet, l'autonomie communale de la recourante n'est pas affectée sous cet angle. Comme elle le remarque d'ailleurs à juste titre, les alignements de la route nationale N05 sur son territoire se superposent aux alignements des routes communales en vigueur (cf. recours du 11 mars 2020, p. 11, 3ème paragraphe).
E. 6.3.2 En outre, la Ville de Neuchâtel ne bénéficie pas d'une autonomie communale s'agissant des alignements protégeant les routes nationales, qui est une compétence fédérale (art. 83 al. 2 Cst.). Par ailleurs, son plan et son règlement d'aménagement communal doivent respecter le droit fédéral (art. 49 al. 1 Cst.). Cependant, ceux-ci n'ont pas la même fonction que les alignements de la route nationale et ne sont pas bloqués par eux. En effet, le projet litigieux ne règle pas le mode d'utilisation du sol de la recourante mais implique uniquement la nécessité de requérir le préavis de l'intimé pour les projets constructions et de transformation se trouvant à l'intérieur des alignements ou empiétant dessus. Par ailleurs, les projets déjà construits ou autorisés ne sont pas concernés par cette exigence. Ceux en cours de procédure d'autorisation de construire lors de l'entrée en vigueur du projet et qui se trouvent à l'intérieur des alignements de la route nationale N05 ou qui les touchent devront obtenir l'autorisation de l'intimé. Ils ne sont pas conséquent pas bloqués par le simple fait qu'ils se trouvent à l'intérieur des alignements projetés ou les touchent. Par contre, la présente procédure n'instaure pas une obligation d'obtenir une autorisation du canton de Neuchâtel ou des CFF. La recourante ne bénéficiant pas d'autonomie communale en matière d'alignements protégeant les routes nationales, elle ne peut pas se prévaloir d'une violation de celle-ci s'agissant du présent projet. Il en résulte que la décision attaquée ne viole pas son autonomie communale. Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
E. 7 Il sied encore d'examiner si les alignements projetés respectent les droits de propriété de la recourante.
E. 7.1.1 A cet égard, la recourante fait valoir que le projet comporte de graves restrictions de droit public à la propriété foncière sur des bien-fonds lui appartenant, sis en zone à bâtir. Elle remarque que la Confédération lui imposera une interdiction générale de construire sur les parcelles concernées. Dans la mesure où elle ignore les projets d'élargissement des routes et les mesures fédérales prises en matière de trafic pour les années à venir, la fixation d'alignements sur les parcelles constructibles appartenant à des privés ou à elle-même revient à interdire toute nouvelle construction ou aménagement de constructions existantes.
E. 7.1.2 La recourante estime ensuite que, dans la mesure où il y existe une interdiction de principe de construire entre les alignements fédéraux, une base légale formelle suffisante fait défaut pour imposer des alignements systématiques de 25 m par rapport à l'axe de la route, tel que prévu par l'art. 13 ORN. Elle ajoute qu'il n'existe pas d'intérêt public prépondérant par rapport à ses propres intérêts. Elle relève que l'intimé n'a pas fixé d'alignement, ni élargi la route N05 depuis sa construction et qu'il ne s'est pas non plus opposé aux projets de construction le long de cette route. Elle note qu'il n'y a aucune nécessité ni possibilité concrète d'élargir la route et le tunnel traversant la ville, vu que les bien-fonds le long de la N05 sont largement bâtis ou encore à bâtir. Elle estime que le projet ne tient pas compte du fait que l'autoroute est située dans la zone d'urbanisation de la ville, en partie déjà bâtie et en partie encore à bâtir. La recourante considère qu'il est injustifié de prévoir des alignements aussi larges et continus et que ceux-ci ne sont pas nécessaires. Elle déplore que le rapport technique se borne à lister les différents alignements prévus par les plans, pour chaque tronçon considéré, sans aucune pondération des intérêts en présence incluant ses propres intérêts, ni dérogation à la largeur maximale de 25 m. Elle critique l'absence d'examen de variantes, le fait que les alignements soient continus, de largeur maximale et ne tiennent pas compte de la longue partie couverte constituée par les tunnels passant sous la ville. Elle estime enfin que les alignements sont excessifs et violent le principe de la proportionnalité.
E. 7.1.3 En particulier, la recourante indique qu'à Serrières, Coquemène, elle a des terrains à échanger avec Swisslife et qu'il s'agit également d'un secteur de nouveaux aménagements publics en direction du tram ; que, dans le secteur de Vauseyon, il y a des enjeux importants sur le bâtiment existant à la rue des Tunnels 49, des parkings et Viteos SA ; que, pour le bien-fonds n° 11965 Jehanne de Hochberg, sa réserve constructible passe pour plus de 50% dans les alignements ; que la parcelle située à la rue des Parcs, laquelle abrite un collège et est le terrain du futur droit distinct et permanent (DDP) Myosotis, Auberge aux Sablons pour le futur projet « Myosotis », est fortement pénalisée ; que, dans le secteur Nid-du-Crô, est situé l'héliport du ex SCAN, un relais caravanes, le cercle de la Voile, la maison nautique et la société de Sauvetage ; que le secteur Ensemble Gouttes d'Or abrite la Villa Perret ; que, pour le secteur situé au nord de la gare à la place Blaise-Cendrar/Rocher, il y a une requalification de l'espace urbain pour une zone multimodale avec les CFF, cofinancé par la Confédération et que, pour le secteur nord de l'îlot de Microcity, le plan de quartier CSEM-EPFL-IMT validé prévoit une extension possible pour Microcity. En outre, elle ambitionne de créer sur le bien-fonds n° 2634 un nouveau quartier d'habitation mixte, comprenant notamment des logements d'utilité publique (logements protégés, logements pour étudiants et coopératives d'habitation). Elle souligne qu'il y a beaucoup d'attentes politiques derrière ce projet. Elle indique que le plan de quartier « Monruz sud » est en cours pour permettre le développement de la parcelle et que la moitié des droits à bâtir des aires d'implantation 2, 3 et 4 de ce plan serait frappée par le nouvel alignement. Elle estime que les projets en cours respectent les règles et les alignements en vigueur et qu'elle ne peut pas accepter ce changement.
E. 7.2.1 Pour sa part, l'autorité inférieure estime que les restrictions aux droits de propriété de la recourante respectent les conditions de l'art. 36 Cst. Elle indique que les alignements ne sont pas des interdictions absolues de construire et qu'ils ne constituent pas des restrictions graves à la propriété puisque les constructions doivent être autorisées lorsqu'elles ne portent pas atteinte aux intérêts de la Confédération au sens de l'art. 22 LRN. Elle considère que les alignements sont prévus par une base légale formelle, claire et précise (art. 21 ss LRN) et que l'art. 13 ORN est une base légale suffisante pour la fixation de la distance des alignements. Elle estime qu'ils poursuivent des buts d'intérêt public (art. 22 LRN). Elle explique que les alignements constituent des lignes virtuelles qui longent les routes nationales et protègent leurs infrastructures, telles que la chaussée, les jonctions, les tunnels et les aires de repos. Leur finalité est de préserver l'intégrité des routes nationales. Ils permettent à l'OFROU d'être consulté lors de la procédure du permis de construire, dans le but de ne pas entraver l'entretien et l'assainissement de leurs infrastructures.
E. 7.2.2 L'autorité inférieure ajoute que les alignements sont aptes à protéger les infrastructures des routes nationales et à préserver un espace le long de celles-ci en cas d'éventuel élargissement. Ils servent à limiter les constructions de tiers à leurs abords afin de les protéger et à conserver une marge de manoeuvre en cas d'élargissement. Elle considère que la fixation d'alignements est la mesure la moins restrictive possible permettant la protection des routes nationales et des buts visés par l'art. 22 LRN, et que les zones réservées des art. 14 ss LRN sont plus restrictives. Elle précise que le projet ne prévoit aucune construction et que, si un élargissement de la route nationale devait voir le jour, une nouvelle procédure d'approbation des plans devrait alors être effectuée. Elle indique que les alignements ne déploient leurs effets que lors de la procédure de demande de permis de construire et que les droits propriétaires sont uniquement restreints dans la mesure où ils doivent demander le préavis de l'OFROU lorsque leur projet se situe à l'intérieur des alignements. Elle estime que cette atteinte est raisonnablement exigible de la recourante et non disproportionnée. Elle explique qu'elle ne peut s'opposer à une construction que si elle dispose d'un intérêt public prépondérant. Elle note que la route nationale N05 sur la commune de Neuchâtel est en majeure partie couverte, ce qui augmente la nécessité de fixer des alignements afin de protéger son infrastructure, notamment dans le but d'empêcher que des tiers n'endommagent la voûte du tunnel et le cadre en béton armé pour la tranchée couverte. Elle en conclut que l'intérêt public de protection des infrastructures des routes nationales prévaut sur les intérêts de l'opposante. Elle ajoute que les alignements doivent être fixés de manière systématique pour les routes nationales dans toute la Suisse conformément aux standards et dispositions légales pertinentes et que c'est au moment de la procédure de permis de construire que des exceptions pourront être accordées, en fonction des projets de tiers et des infrastructures à protéger. Elle estime qu'en vertu du principe de l'égalité de traitement, il n'y a pas de raison de traiter la recourante de manière différente en raison de sa qualité de ville. Il s'agit de traiter les riverains de manière égale dans toute la Suisse.
E. 7.3.1 L'intimé considère qu'il ne résulte des alignements aucune restriction grave du droit de propriété, ceux-ci ne représentant pas une interdiction de construire. Il rappelle qu'un préavis positif doit être octroyé tant que la nouvelle construction ne met pas en péril l'installation routière (art. 22, 23 et 24 al. 1 LRN). Il indique qu'en l'état, il ne résulte aucune restriction du droit de propriété et aucune modification foncière des parcelles concernées. Il rappelle que les intérêts publics visés par la fixation d'alignements sont ceux cités dans l'art. 22 LRN. Le but des alignements est préventif, dans la mesure où ils lui permettent de vérifier, par le biais du préavis donné lors de la procédure d'autorisation de construire, que la réalisation de ces intérêts n'est pas entravée et que l'infrastructure routière n'est pas endommagée par une construction. Cela constitue le seul changement engendré par les alignements.
E. 7.3.2 L'intimé précise encore qu'il est procédé à l'étude de variantes dans la fixation des alignements selon les standards qu'il a établis et qu'il est possible de déroger à la largeur maximale de 25 m. Il spécifie que la situation et l'état des constructions sises sur les bien-fonds ainsi que le type d'infrastructure (tronçon à ciel ouvert, tunnel, viaduc, etc.) sont pris en compte lorsqu'il s'agit de déterminer la largeur des alignements et dans le cadre de la pesée des intérêts. Il ajoute qu'une pesée concrète des intérêts intervient au moment de la procédure d'autorisation de construire. Il considère que cette mesure préventive est nécessaire, vu l'intérêt de protection de l'infrastructure routière, et qu'il n'y a pas de mesure moins incisive afin d'atteindre le même but. En outre, cette mesure est raisonnablement exigible des propriétaires, étant donné qu'ils conservent l'opportunité de construire sur leurs parcelles à condition que leurs constructions ne portent pas atteinte aux infrastructures routières et qu'aucun élargissement de la route ne soit planifié.
E. 7.4 Sur ce vu, il convient de présenter le cadre juridique applicable.
E. 7.4.1 L'art. 26 Cst. prévoit que la propriété est garantie (al. 1) et qu'une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété qui équivaut à une expropriation (al. 2). Ce droit n'est toutefois pas absolu et peut être restreint. Conformément à l'art. 36 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit reposer sur une base légale qui doit être de rang législatif en cas de restriction grave (al. 1) ; elle doit en outre être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et proportionnée au but visé (al. 3), sans violer l'essence du droit en question (al. 4 ; cf. ATF 145 II 229 consid. 9 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1088/2018 du 13 mai 2019 consid. 3.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6277/2019 du 26 novembre 2020 consid. 9.1). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (cf. ATF 135 III 633 consid. 4.3 et 131 I 333 consid. 4.2). Pour être conforme au principe de la proportionnalité, la restriction à un droit fondamental doit être apte à atteindre le but visé (règle de l'aptitude), lequel ne peut pas être obtenu par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) ; il faut en outre qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; cf. ATF 146 I 157 consid. 5.4, 143 I 403 consid. 5.6.3, 141 I 20 consid. 6.2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.1, A-645/2020 précité consid. 7.4).
E. 7.4.2 Les alignements sont régis en particulier par les art. 22 à 25 LRN, portant sur les emprises des projets définitifs. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée et que, lors de cette fixation, il sera notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir. Ces alignements doivent être fixés d'office (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.2). Les alignements ont pour effets qu'il est interdit d'élever, sans autorisation, de nouvelles constructions entre eux et d'y transformer des immeubles existants, même s'ils ne débordent que partiellement dessus ; les travaux nécessités par l'entretien d'un immeuble ne sont pas considérés comme des transformations (art. 23 al. 1 LRN). Sous réserve de dispositions cantonales plus rigoureuses, des travaux de construction doivent être autorisés à l'intérieur des alignements lorsqu'ils ne portent pas atteinte à des intérêts publics au sens de l'art. 22 LRN (art. 24 al. 1 LRN). Les autorités désignées par les cantons statuent sur les demandes d'autorisation de construire. L'autorité cantonale entend l'OFROU avant de délivrer l'autorisation (art. 24 al. 2, 1ère et 2ème phrases, LRN).
E. 7.4.3 Les distances entre les alignements et l'axe de la route sont réglées à l'art. 13 ORN et sont normalement fixées entre 10 m et 25 m selon la classe de route nationale. Pour une route nationale de première classe, comme en l'espèce, la distance est fixée à 25 m (art. 13 al. 1 let. a ORN). Pour les jonctions et les bifurcations, la distance entre l'alignement et la chaussée doit être fixée d'après l'al. 1. (art. 13 al. 2 ORN). Lorsque les circonstances l'exigent, des distances peuvent être fixées en dérogation à ces dispositions, et les alignements limités verticalement (art. 13 al. 3 ORN). Lorsque des tronçons existants sont intégrés dans le réseau des routes nationales, les alignements et les distances par rapport à la chaussée fixés selon le droit cantonal s'appliquent jusqu'à la définition légale des alignements des routes nationales (art. 13 al. 4 ORN).
E. 7.4.4 L'art. 13 al. 3 ORN revêt le caractère d'une norme potestative (Kann-Vorschrift). Cette norme réglementaire accorde à l'autorité de première instance à la fois une liberté de décision (Entscheidungsspielraum) en ce qu'elle « peut » fixer des distances en dérogation aux distances prévues, et une latitude de jugement (Beurteilungsspielraum), en faisant usage d'une notion juridique indéterminée, soit « lorsque les circonstances l'exigent ». Dans un tel cas, l'autorité administrative de première instance dispose d'un large pouvoir d'appréciation, en sus de la latitude de jugement qui lui revient de droit dans l'interprétation de la notion juridique indéterminée. Le Tribunal administratif fédéral respecte cette liberté d'appréciation, en ne s'écartant pas de la solution retenue par l'autorité administrative de première instance sans nécessité, lorsque celle-ci se distingue par une compétence particulière en la matière. En d'autres termes, il doit laisser cette dernière choisir entre plusieurs solutions opportunes et ne pas substituer sans motif pertinent à une solution convenable une autre solution également convenable (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 consid. 3.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-645 précité consid. 6.4). Le Tribunal n'annule le prononcé attaqué que si l'autorité inférieure a mésusé de son pouvoir d'appréciation, en s'écartant sans raison des principes reconnus par la jurisprudence et la doctrine, en se laissant guider par des considérations non objectives, étrangères au but visé par les dispositions applicables, en ne tenant pas compte de circonstances pertinentes ou en violant des principes généraux du droit, tels l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité de traitement, la bonne foi ou la proportionnalité (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.6, A-645/2020 précité consid. 6.4, A-4864/2018 du 1er novembre 2019 consid. 3).
E. 7.4.5 Finalement, une décision viole le droit à l'égalité de traitement ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent sur le vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.4, 136 I 297 consid. 6.1, 134 I 23 consid. 9.1 et réf. cit. ; ATAF 2011/19 consid. 49.2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 précité consid. 7.3.1). En particulier, la fixation d'alignements en dérogation aux distances réglementaires et, le cas échéant l'ampleur des dérogations, dépendent des circonstances concrètes du cas d'espèce ainsi que de la pesée des intérêts à effectuer et doivent être justifiées par des motifs objectifs (cf. art. 13 al. 3 ORN ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.7).
E. 7.5.1 Les alignements constituent des restrictions de droit public à la propriété foncière. La fixation d'alignements sur les parcelles de la recourante restreint ses droits de propriété puisqu'ils lui imposent de requérir l'autorisation de l'intimé pour pouvoir ériger ou transformer des constructions entre ceux-ci ou débordant sur ceux-ci. Cependant, contrairement à ce que la recourante allègue, les alignements ne constituent pas en soi des interdictions de construire. Jusqu'à l'entrée en vigueur du présent projet, la recourante n'est toutefois pas complètement libre puisqu'elle est restreinte par les alignements de la route nationale actuellement en vigueur (art. 13 al. 4 ORN). Le projet de l'intimé redéfinit les alignements fixés jusqu'à présent, pour les motifs évoqués dans la demande d'approbation du projet de l'intimé du 18 février 2019. Cette redéfinition a pour effet que certaines parcelles de la recourante sont moins fortement impactées par les alignements de la route nationale N05 (parcelles nos 12516, 14433, 9470) alors que d'autres le sont plus (parcelles nos 17022, 9847, 11965, 16624, 4952, 12049, 2594, 2609, 2610, 2634). La parcelle n° 8098, située dans le secteur de La Coquemène, n'est, quant à elle, pas du tout touchée par l'alignement projeté. Le droit de propriété de la recourante sur cette parcelle n'est donc pas restreint par l'alignement de la route nationale, alors que l'alignement approuvé en 1971 par le DFI la touchait dans sa limite sud-ouest (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 1 sur 7, pièce n° 22 du projet de l'OFROU). Pour cette parcelle, il n'y a donc pas lieu d'examiner si les conditions de l'art. 36 Cst sont respectées.
E. 7.5.2 Pour les autres parcelles, les restrictions projetées reposent sur des bases légales suffisantes. En effet, le concept des alignements, leurs buts et leurs effets sont prévus par les art. 22 à 25 LRN, soit une loi fédérale au sens formel claire et détaillée. Les distances sont quant à elles prévues par l'art. 13 ORN, une loi fédérale au sens matériel, ce qui est suffisant vu qu'il s'agit d'une concrétisation des principes fixés dans une loi au sens formel. En outre, les restrictions prévues sont justifiées notamment par les intérêts publics de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations. En effet, les parcelles en cause de la recourante sont situées au-dessus de l'autoroute ou juste à côté de celle-ci. Il importe donc que l'OFROU soit consulté en cas de projet de construction ou de transformation pour vérifier concrètement le respect de ces intérêts publics. Ces deux intérêts suffisent pour justifier les restrictions projetées. Par ailleurs, s'il est vrai qu'un éventuel élargissement de la route dans l'avenir semble peu probable à l'intérieur de la Ville de Neuchâtel vu le milieu densément bâti, il ne peut pas être exclu définitivement. L'intérêt public à l'existence d'une infrastructure routière suffisante (art. 83 al. 1 Cst.) justifie également les restrictions aux droits de propriété de la recourante.
E. 7.5.3 S'agissant du principe de la proportionnalité, la fixation d'alignements est tout d'abord apte à protéger la sécurité du trafic et l'hygiène des habitations et, le cas échéant, la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir, dans la mesure où leur existence permet à l'OFROU de contrôler, dans le cadre d'une éventuelle procédure cantonale d'autorisation de construire ou de transformer, si un projet concret situé à l'intérieur ou empiétant sur les alignements projetés est compatible avec ces intérêts publics. En particulier, il pourra vérifier que ces projets n'endommagent pas les tunnels ou les tranchées couvertes de l'autoroute se trouvant en-dessous ou à côté des parcelles en cause et que l'hygiène d'habitations à proximité de l'autoroute est respectée. La recourante ne mentionne pas d'exemples d'autres mesures qui seraient moins incisives et qui permettraient ce contrôle préventif du respect de ces intérêts publics par l'autorité fédérale, compétente pour l'infrastructure routière nationale et le trafic individuel. Entre autres, la fixation d'alignements constitue une mesure moins restrictive que la création de zones réservées, régies par les art. 14 à 18 LRN, prévues en vue d'assurer la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales (cf. art. 14 al. 1 LRN). En effet, des travaux de construction en leur sein ne peuvent être autorisés que s'ils ne rendent pas la construction de la route plus difficile ou plus onéreuse et ne nuisent pas à la fixation des alignements (cf. art. 16 al. 1 LRN), alors que de tels travaux à l'intérieur d'alignements doivent être autorisés lorsqu'ils ne portent pas atteinte aux intérêts publics de l'art. 22 LRN (cf. art. 24 al. 1 LNR).
E. 7.5.4 Dès lors, il convient d'examiner si les effets du projet sur la situation concrète de chacune des parcelles mentionnées par la recourante sont raisonnablement exigibles de sa part.
E. 7.5.4.1 De manière générale, il ressort du rapport technique de l'intimé que les tunnels sous Neuchâtel sont des ouvrages à moyenne voire faible profondeur, donc avec une faible épaisseur de couverture sur la voûte. Aucun alignement vertical n'a été proposé malgré la présence d'un grand nombre de bâtiments dans l'emprise des alignements (cf. pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 22 sv.). En d'autres termes, les alignements fixés horizontalement n'ont pas été limités verticalement (cf. art. 13 al. 3 ORN) et d'éventuels projets de construction ou de transformation les touchant doivent obtenir l'autorisation de l'intimé, également si l'autoroute est souterraine à l'endroit en question. Par ailleurs, pour les bretelles d'entrée et de sortie ainsi que les rampes, il faut définir au moins 10 m par rapport au bord de la chaussée extérieure stabilisée. Pour les giratoires de raccordement sur le réseau secondaire dans les secteurs qui n'ont pas de zone à bâtir à proximité directe, l'alignement est également défini à 10 m du bord de la chaussée stabilisée (cf. rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.).
E. 7.5.4.2 Le bien-fonds n° 17022, d'une surface de 3'093 m2, est situé au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel de Serrières, dans le secteur de La Coquemène. Il est presque entièrement à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 1 sur 7, pièce n° 22 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place et un local technique (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel, joint à l'opposition de la recourante du 28 juin 2019). En l'espèce, si la recourante mentionne dans ce secteur un échange de terrains avec Swisslife et de nouveaux aménagements publics, elle n'explique pas concrètement quels intérêts propres seraient concernés, ni en quoi le nouvel alignement la toucherait de manière inacceptable ou empêcherait la réalisation de ces projets. Le Tribunal ne voit pas non plus de motifs pertinents justifiant de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Il retient que l'alignement projeté sur la parcelle n° 17022 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit.
E. 7.5.4.3 Le bien-fonds n° 12516, d'une surface de 1'950 m2, est situé à côté de l'autoroute N05, laquelle revient en surface à cet endroit. (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 2 sur 7, pièce n° 23 du projet de l'OFROU). Il abrite un accès, une place, une partie d'un entrepôt ainsi qu'une habitation (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). L'alignement projeté traverse son extrémité sud, sur laquelle se trouve la route et la place. La recourante n'explique aucunement en quoi l'alignement projeté, lequel impacte la parcelle de manière nettement moins importante que l'alignement existant depuis 2001, serait déraisonnable. Le Tribunal ne voit pas non plus quel motif pertinent lui permettrait de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Il considère que l'alignement projeté sur la parcelle n° 12516 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit.
E. 7.5.4.4 Le bien-fonds n° 14433, d'une surface de 19'047 m2, est situé dans le secteur de Vauseyon au nord de l'autoroute N05. Une petite partie au sud de celui-ci est traversé par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 3 sur 7, pièces n° 24 du projet de l'OFROU). Il abrite notamment un jardin, un pré-champ, une forêt, une route, un chemin, un accès, une place, un trottoir ainsi que des hangars, un bureau, un entrepôt, un atelier, un pavillon, une remise et une partie d'un restaurant (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). L'extrémité sud du bâtiment de la rue des Tunnels 49 est effectivement mordue par l'alignement projeté, tout comme il l'était d'ailleurs dans une plus grande mesure par l'alignement adopté en 1980. La recourante ne détaille pas quels sont les enjeux importants qu'elle mentionne. Elle n'indique pas non plus dans quelle mesure les parkings ou Viteos SA, une société anonyme détenue intégralement par des collectivités publiques du canton de Neuchâtel et active dans l'approvisionnement, la production et la distribution d'électricité, de gaz, d'eau, de chaleur et de froid, seraient touchés de manière inacceptable par l'alignement projeté, ni quels intérêts justifieraient un alignement fixé à moins de 10 m de la chaussée. Partant, là aussi, l'alignement projeté sur la parcelle n° 14433 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit.
E. 7.5.4.5 Le bien-fonds n° 11965, d'une surface de 2'468 m2, est situé au sud de l'autoroute N05 dans le secteur du Petit Pontarlier. Sa partie est est englobée dans l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 3 sur 7, pièce n° 24 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, un garage, une remise ainsi qu'une partie d'habitation (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Le fait que la réserve constructible de la recourante passe pour plus de la moitié dans l'alignement ne l'empêche pas a priori de l'utiliser, pour autant qu'un éventuel projet ne porte pas atteinte aux intérêts publics susmentionnés (art. 24 al. 1 LRN), notamment à la sécurité du trafic. En effet, la route nationale étant souterraine à cet endroit, la protection de son infrastructure est particulièrement importante et il se justifie que l'intimé soit consulté en cas d'éventuel projet de construction ou de transformation. Partant, l'alignement projeté respecte là aussi le principe de la proportionnalité au sens étroit.
E. 7.5.4.6 Le bien-fonds n° 9847, d'une surface de 5'592 m2, est situé en partie au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Les Parcs. Il est en grande partie à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plans 3 et 4 sur 7, pièces nos 24 et 25 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, une école et un centre sportif (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Or, la recourante n'explique pas dans quelle mesure le fait que cette parcelle abrite un collège et est prévue pour le futur projet « Myosotis » nécessiterait de déroger à la distance règlementaire de 25 m, ni quels intérêts concrets justifieraient une telle dérogation, alors que la parcelle se situe en partie sur la route nationale. Ici également, il y a lieu de respecter la liberté de décision et la latitude de jugement de l'autorité inférieure et de considérer la restriction du droit de propriété de la recourante comme raisonnable.
E. 7.5.4.7 Le bien-fonds n° 16624, d'une surface de 1'639 m2, est situé au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Saint-Jean. Il se trouve en grande partie dans l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route, lequel coupe sa partie sud (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 4 sur 7, pièce n° 25 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, une école, un local technique, une remise et une passerelle (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Dans ses écritures de la présente procédure de recours, la recourante n'explique pas les raisons qui justifieraient en l'espèce une dérogation à la distance règlementaire. Le Tribunal ne voit pas non plus de motifs pertinents qui nécessiteraient de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure.
E. 7.5.4.8 Le bien-fonds n° 4952, d'une surface de 482 m2, est situé dans le secteur Les Rochettes. Il se trouve au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, et au nord des voies ferrées CFF. Il est sis entièrement à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 5 sur 7, pièce n° 26 du projet de l'OFROU). Il abrite un accès, une place, une habitation, un commerce et deux remises (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Or, la recourante n'explique pas en quoi la requalification de l'espace urbain pour une zone multimodale avec les CFF justifierait de fixer une distance d'alignement plus petite. En outre, l'alignement projeté englobe ou empiète également sur les parcelles entourant la parcelle n° 4952. Cela signifie que la dérogation à la distance règlementaire devrait être importante pour que cette parcelle puisse en bénéficier. Une telle dérogation ne se justifie pas, vu l'emplacement de ladite parcelle. Partant, là également la décision de l'autorité inférieure ne viole pas le droit de propriété de la recourante.
E. 7.5.4.9 Le bien-fonds n° 12049, d'une surface de 849 m2, est situé au nord l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est. Sa partie sud est traversée par l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 5 sur 7, pièce n° 26 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place, et un trottoir (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). La recourante n'explique pas quels intérêts justifieraient une dérogation à la distance réglementaire pour cette parcelle et le Tribunal n'en voit pas non plus. Il y a lieu de retenir que la restriction projetée est acceptable et respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit.
E. 7.5.4.10 Le droit distinct et permanent n° D9471, à charge de l'immeuble n° 9470, est situé au sud de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Nid-du-Crô. Une petite partie de son extrémité nord-est est empiétée par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 6 sur 7, pièce n° 27 du projet de l'OFROU ; rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). Si la recourante explique ce que la parcelle abrite, elle n'éclaircit pas en quoi ces constructions seraient incompatibles avec l'alignement projeté ni quels intérêts justifieraient un alignement plus étroit. En outre, l'alignement projeté est moins contraignant que celui adopté en 1980. Le Tribunal ne voit pas quels motifs pertinents permettraient de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Là également, sa décision est proportionnée.
E. 7.5.4.11 Le bien-fonds n° 2594, d'une surface de 5'844 m2, est situé au sud de l'autoroute N05, passant dans la tranchée couverte de Monruz. Il est coupé au nord par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée, tel que prévu pour les routes de raccordement (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 7 sur 7, pièce n° 28 du projet de l'OFROU ; rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place, de l'eau stagnante, un transformateur et des toilettes publiques (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). La recourante ne motive pas quelles raisons justifieraient de fixer une distance d'alignement plus petite que celle projetée. Là également, il y a lieu de retenir que la décision attaquée restreint le droit de propriété de la recourante de manière proportionnelle.
E. 7.5.4.12 Le bien-fonds n° 2609, d'une surface de 3'781 m2, est situé en partie au-dessus de l'autoroute N05, passant dans la tranchée couverte de Monruz. Il est traversé au sud par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. A l'ouest, il est empiété par l'alignement, fixé à 10 m du bord de la chaussée. Il abrite un jardin, un accès, une place, une habitation, un garage, trois remises et une serre. Le bien-fonds n° 2610, d'une surface de 4'126 m2, jouxte le bien-fonds n° 2609 et est situé au sud de celui-ci. Il se trouve en partie au-dessus de l'autoroute N05. Il est traversé au nord par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. Il abrite un jardin, un accès, une place, de l'eau stagnante, un pavillon et un hangar à bateaux. Le bien-fonds n° 2634 d'une surface de 11'322 m2, est situé en petite partie au-dessus de l'autoroute et en grande partie au nord de celle-ci. Il est traversé au sud par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès et une place. Ces trois bien-fonds sont situés dans les secteurs Beaurivage/Les Favarges (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 7 sur 7, pièce n° 28 du projet de l'OFROU ; extraits du RF cantonal de Neuchâtel). L'art. 13 al. 3 ORN permet des dérogations à la distance de 25 m prévue par l'art. 13 al. 1 let. a ORN, celles-ci pouvant, selon les circonstances, tant être inférieures que supérieures à 25 m. En l'occurrence, il ressort du rapport technique de l'intimé que dans les galeries couvertes, comme pour la tranchée couverte de Monruz, la statique de l'ouvrage est principalement assurée par le cadre en béton armé. La distance standard de l'alignement a été définie selon le standard à 30.0 m à partir de l'axe central, respectant ainsi en principe une distance minimale de 20 m par rapport au bord extérieur de la structure porteuse de la tranchée, pour respecter son effet porteur. Les tranchées couvertes étant des ouvrages avec une faible épaisseur de couverture, aucun alignement vertical n'a été proposé s(cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 22). Or, l'autorité inférieure, laquelle se distingue - tout comme l'intimé - par des compétences particulières en matière de sécurité routière, dispose d'un large pouvoir d'appréciation en la matière. Le fait qu'une petite partie de l'extrémité sud de la Villa Perret (parcelle n° 2609) est touchée par l'alignement projeté et que la recourante ambitionne de créer un nouveau quartier sur le bien-fonds n° 2634 ne constituent pas des motifs suffisants pour s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. En effet, les intérêts publics à la sécurité du trafic et à l'hygiène des habitations pèsent particulièrement lourd. Par ailleurs, il est également dans l'intérêt des utilisateurs de la Villa Perret et des futurs habitants du nouveau quartier d'habitation que l'OFROU puisse examiner la compatibilité d'éventuels projets de construction et de transformation avec ces intérêts publics.
E. 7.5.5 Finalement, la décision attaquée respecte le droit à l'égalité de traitement de la recourante en cela qu'elle définit les alignements et leur largeur sur ses parcelles conformément aux standards de l'OFROU (cf. rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20) et qu'elle établit des distinctions en fonction de la situation locale, des constructions et des infrastructures à protéger, soit des motifs objectifs, et non en fonction de la qualité du propriétaire de chaque parcelle (propriétaire privé / collectivité publique). La recourante n'explique d'ailleurs pas concrètement en quoi la décision attaquée violerait son droit à l'égalité de traitement.
E. 7.6 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal retient que les restrictions des droits de propriété de la recourante respectent les conditions de l'art. 36 Cst. La garantie de la propriété de la recourante n'est donc pas violée par le projet litigieux. En outre, il considère qu'en fixant les alignements litigieux, l'autorité inférieure n'a pas violé le droit, ni n'a abusé de son pouvoir d'appréciation. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter de la solution qu'elle a retenue. Partant, le recours doit être rejeté sur ce point.
E. 8 Pour résumer, le Tribunal retient que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé (cf. consid. 3.4). Par ailleurs, il a admis sa requête de preuve visant au dépôt et à la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet et rejette sa requête de vision locale (cf. consid. 4.3). En outre, il retient que la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée (cf. consid. 5.6), que le projet ne viole pas l'autonomie communale de la recourante (cf. consid. 6.3) ni ses droits de propriété (cf. consid. 7.6). Partant, l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet litigieux et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. Mal fondé, le recours doit dès lors être rejeté.
E. 9 Demeure à examiner la question des frais de procédure et des dépens dans la présente procédure de recours.
E. 9.1 Les frais de procédure sont mis en règle générale à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1, 1ère phrase, PA). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées ; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur ses intérêts pécuniaires (art. 63 al. 2 PA). En principe, une commune recourant contre un projet d'infrastructure impopulaire - la plupart du temps dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans - agit sans intérêts pécuniaires (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1353/2014 du 30 juillet 2015 consid. 10.1.4, A-3814/2014 du 9 juillet 2015 consid. 6 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, n° 4.47, n. 137; Kneubühler, Die Kostenverlegung im Beschwerdeverfahren des Bundes, ZBl 2005, p. 457). C'est le cas en l'espèce et aucun frais de procédure n'est mis à la charge de la recourante qui succombe. Partant, il n'est pas perçu de frais de procédure dans la présente procédure. Aucune avance de frais n'a d'ailleurs été prélevée.
E. 9.2 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1, 2 et 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF).
E. 9.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à la recourante qui succombe. L'autorité inférieure et l'intimé n'y ont pas droit non plus en tant qu'autorités fédérales. (le dispositif est porté à la page suivante)
Dispositiv
- Le recours est rejeté.
- Il n'est pas perçu de frais de procédure.
- Il n'est pas alloué de dépens.
- Le présent arrêt est adressé : - à la recourante (acte judiciaire) - à l'intimé (recommandé) - à l'autorité inférieure (n° de réf. 622.2-00326 ; acte judiciaire) - au Conseil d'Etat de la République et Canton de Neuchâtel L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante. Le président du collège :
Volltext (verifizierbarer Originaltext)
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Cour I A-1431/2020 Arrêt du 30 novembre 2021 Composition Jérôme Candrian (président du collège), Alexander Misic, Claudia Pasqualetto Péquignot, juges, Johanna Hirsch-Sadik, greffière. Parties Ville de Neuchâtel, recourante, contre Office fédéral des routes OFROU, intimé, Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication DETEC, autorité inférieure. Objet Approbation des plans ; alignements RN ; décision du 7 février 2020. Faits : A. A.a La commune de Neuchâtel (la recourante) est propriétaire des bien-fonds nos 9847, 16624, 2594, 8098, 12049, 12516, 17022, 14433, 11965, 4952, 2634, 2609, 2610, ainsi que du droit distinct et permanent n° D9471 à charge de l'immeuble n° 9470 du Registre foncier cantonal de Neuchâtel. A.b Le 18 février 2019, l'Office fédéral des routes (l'OFROU) a demandé au Département fédéral de l'environnement, des transports, de l'énergie et de la communication (le DETEC) l'approbation du projet définitif pour les routes nationales N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron (ci-après, le projet). Il expose que, le 1er janvier 2008, la propriété des routes nationales a été transférée des cantons à la Confédération, et que les alignements approuvés et actuellement numérisés présentent des défauts, ce qui complique la tâche de la police des constructions. Il indique avoir été chargé de vérifier, de mettre au point et de numériser l'ensemble des alignements des routes nationales, afin qu'ils soient publiés dans le cadastre des restrictions de droit public à la propriété foncière (RDPPF). De cette manière, ces restrictions non inscrites au registre foncier seront disponibles sous forme électronique, de manière claire et précise, afin de renforcer la sécurité juridique. A.c Le 21 février 2019, le DETEC a ouvert la procédure ordinaire d'approbation des plans. L'enquête publique s'est déroulée au Greffe municipal des 11 communes concernées du 31 mai au 1er juillet 2019. Durant l'enquête, le canton de Neuchâtel, six communes et un particulier ont formé opposition au projet. Le particulier et quatre communes ont retiré leurs oppositions avant que le DETEC ne rende la décision attaquée. En outre, un particulier a formé opposition le 4 juillet 2019. Le DETEC l'a déclarée irrecevable car tardive. Le 28 juin 2019, la Ville de Neuchâtel a formé opposition au projet, concluant à ce que le DETEC annule la procédure d'approbation du projet sur son territoire, refuse de l'approuver, y renonce et constate que les alignements existants, en particulier communaux, en vigueur sur son territoire le long de la N05 restent inchangés. En outre, elle a formulé toutes les objections légales en matière d'expropriation et s'est réservée le droit de formuler des demandes d'indemnités ou de réparation en nature pour le montant que justice dira en lien avec le projet sur son territoire. En substance, elle fait valoir qu'elle conteste le projet en tant que détentrice de la puissance publique sur son territoire et en tant que propriétaire privée de bien-fonds, traversés par les alignements projetés. Elle se plaint de ne pas avoir été consultée au préalable, de l'absence de piquetage ainsi que d'un dossier inexact et incomplet. Elle allègue également des violations de son autonomie communale et de ses droits de propriété. A.d Le 5 juillet 2019, le Département du développement territorial et de l'environnement du canton de Neuchâtel a fait part au DETEC de son avis favorable concernant le projet sous réserve du respect des conditions formulées par ses services. En particulier, le Service des ponts et chaussées est d'avis que les plans d'alignements cantonaux et communaux doivent être maintenus et figurer sur les plans mis à l'enquête par la Confédération à titre indicatif, de manière à clarifier qu'ils sont toujours en vigueur. A.e Le 30 août 2019, l'OFROU s'est déterminé sur l'opposition de la recourante, maintenant son projet définitif tel que mis à l'enquête. En substance, il explique que les alignements n'équivalent pas à une interdiction de construire, qu'ils n'impliquent pas d'obligation de piquetage ni d'avis personnel, que le projet est exact et complet, que les alignements des routes nationales peuvent être superposés à ceux communaux et qu'il n'y a pas de violation de l'autonomie communale, ni des droits de propriété de la recourante. A.f Le 16 septembre 2019, l'OFROU s'est déterminé sur la prise de position du canton de Neuchâtel, maintenant les alignements tels que mis à l'enquête. Il a confirmé que le projet portait uniquement sur les alignements des routes nationales et n'avait aucune influence sur les alignements des routes cantonales ou communales. Il a indiqué qu'il ne disposait pas des informations nécessaires à la représentation correcte de ceux-ci, raison pour laquelle il s'était abstenu de le faire. A.g Le 12 novembre 2019, le canton de Neuchâtel a maintenu sa position. A.h Le 15 novembre 2019, la recourante a déposé ses observations finales, maintenant intégralement son opposition. B. Par décision du 7 février 2020, le DETEC a approuvé le projet N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron et a rejeté les deux oppositions restantes, dont celle de la Ville de Neuchâtel. De manière générale, il explique que les alignements sont une mesure d'aménagement limitée visant à assurer un éventuel élargissement et la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales. Il précise que le projet ne donne lieu à aucune mesure de construction, que les alignements ne constituent pas des interdictions absolues de construire et que les droits des propriétaires sont uniquement restreints dans la mesure où ils doivent obtenir l'autorisation de l'OFROU lorsque leur projet de nouvelle construction ou de transformation se situe à l'intérieur des alignements. Il rappelle que le projet ne porte que sur les alignements des routes nationales et n'a aucun effet sur ceux des routes cantonales et communales, lesquels restent en vigueur, même s'il n'est pas possible de les faire figurer à titre informatif sur les plans fédéraux. S'agissant de l'opposition de la Ville de Neuchâtel, le DETEC retient que la procédure d'approbation a été respectée, que les alignements projetés n'entravent pas l'autonomie communale et que les restrictions aux droits de propriété de la Ville de Neuchâtel sont fondées sur la loi, visent des intérêts publics et sont proportionnelles. Il estime qu'une vision locale n'est pas utile en l'espèce, vu le dossier à sa disposition. Il considère que la Ville de Neuchâtel n'est pas expropriée matériellement, ni sujette à indemnisation et que la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711) ne s'applique pas. Il estime que les alignements ne constituent pas une expropriation matérielle, même partielle, en tant qu'ils n'interdisent pas les constructions de manière absolue. Il renvoie la recourante à faire valoir devant l'OFROU, dans les cinq ans suivant l'entrée en force de la décision d'approbation, ses éventuelles prétentions en indemnité pour expropriation matérielle selon la procédure prévue par l'art. 25 al. 3 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales (LRN, RS 725.11). C. C.a Par mémoire du 11 mars 2020, la ville de Neuchâtel (ci-après : la recourante) a interjeté recours devant le Tribunal administratif fédéral (le Tribunal) contre la décision du DETEC (l'autorité inférieure) du 7 février 2020, concluant, sous suite de frais et dépens, à son annulation et, principalement, au refus d'approuver le projet et à sa renonciation sur son territoire et au constat que les alignements existants, en particulier communaux, en vigueur le long de la route nationale N05 sur son territoire restent intacts et inchangés. Subsidiairement, elle conclut au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants. En tout état de cause, elle formule toutes les objections légales en matière d'expropriation et se réserve le droit de formuler des demandes d'indemnités ou de réparation en nature pour le montant que justice dira en lien avec le projet sur son territoire. En substance, elle reprend les griefs invoqués à l'appui de son opposition du 28 juin 2019. En outre, elle fait valoir une violation de son droit d'être entendue et sollicite le dépôt et la consultation des dossiers officiels et complets de l'OFROU et de l'autorité inférieure relatifs au projet ainsi que la tenue d'une vision locale. C.b Par mémoire en réponse du 30 mars 2020, l'autorité inférieure a conclu au rejet du recours, maintenant et renvoyant à sa décision du 7 février 2020, en particulier à sa motivation concernant l'opposition de la recourante. En outre, elle produit le dossier de la procédure devant elle ainsi que celui de l'OFROU quant au projet définitif. Elle précise qu'elle ne possède aucun document supplémentaire que ceux mis à l'enquête. C.c Par prise de position du 14 avril 2020, l'OFROU (l'intimé) a conclu, avec suite de frais, au rejet du recours si tant est que recevable, à la confirmation de la décision attaquée et au rejet de toute demande d'indemnité et de frais. Il réitère les arguments développés dans sa détermination du 30 août 2019. Au surplus, il réfute toute violation du droit d'être entendue de la recourante. Il précise que les alignements sont fixés selon les standards et que la situation, les constructions et le type d'infrastructure sont pris en compte, en particulier lors de la fixation de leur largeur. Il indique qu'une pesée concrète entre les intérêts privés du propriétaire et ceux publics intervient au moment de la procédure d'autorisation de construire. C.d Par écriture du 3 juin 2020, la recourante a informé qu'elle n'avait pas d'observations complémentaires à faire valoir dans une réplique et qu'elle maintenait intégralement son recours. C.e Invité à se déterminer dans la cause, le canton de Neuchâtel a, par écriture du 26 juin 2020, rappelé avoir formé opposition durant la mise à l'enquête. Il a indiqué avoir renoncé à recourir en raison de la garantie reçue s'agissant de la validité des plans cantonaux et communaux ainsi que pour préserver des relations saines avec les autorités fédérales. Il comprend que la Ville de Neuchâtel puisse se sentir dépassée et recourt, dans la mesure où la procédure présente des zones d'ombre et donne le sentiment que la mise à l'enquête n'était qu'une étape formelle, sans considération envers les avis des communes et du canton. C.f Par écriture du 14 juillet 2020, l'autorité inférieure a renoncé à tout commentaire sur la prise de position du canton de Neuchâtel et a maintenu sa position. C.g Par écriture du 16 juillet 2020, l'intimé a confirmé que le projet touchait uniquement aux alignements des routes nationales et non aux alignements cantonaux et communaux. Il a précisé que les autorités cantonales et communales avaient la possibilité d'inscrire leurs restrictions auprès du CRDPPF. C.h Par écriture du 31 août 2020, la recourante a informé qu'elle n'avait pas d'observations finales et a confirmé ses précédentes écritures. C.i Par ordonnance du 7 septembre 2020, le Tribunal a réservé des mesures d'instruction complémentaires. D. D.a Par ordonnance du 5 juillet 2021, le Tribunal a instruit le dossier en demandant à l'OFROU et au DETEC les raisons pour lesquelles les propriétaires privés concernés par la fixation d'alignements avaient été informés par avis personnels dans d'autres procédures de mise au point des alignements et pas dans la présente procédure. D.b Par écriture du 28 juillet 2021, le DETEC a expliqué que les alignements ne constituaient pas un cas d'expropriation formelle, si bien qu'il n'y avait pas d'obligation d'avis personnel aux propriétaires. Il a ajouté que dans les autres procédures, il ne s'agissait pas d'avis personnels au sens propre et que l'intimé était libre d'informer les propriétaires sur une base volontaire. D.c Par écriture du 29 juillet 2021, l'OFROU a expliqué qu'en l'espèce, le Registre foncier du canton de Neuchâtel n'avait pas été en mesure de fournir la liste des propriétaires et de leur adresse respective des quelques 1'500 parcelles concernées, au contraire des autres projets dans les cantons de Genève, Vaud, Fribourg, Berne et Jura. Il a précisé qu'au vu de l'effort de recherche et de la marge d'erreur due aux homonymes, il a jugé disproportionné d'envoyer un avis personnel à tous les propriétaires, celui-ci n'étant pas obligatoire en l'absence d'expropriation. D.d Par écriture du 8 septembre 2021, la recourante a informé qu'elle n'avait pas d'observations complémentaires et a confirmé ses précédentes écritures. Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt. Droit :
1. La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis. 1.1 En vertu des art. 31 et 33 let. d LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal connaît des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA rendues par les départements et unités de l'administration fédérale qui leur sont subordonnées ou administrativement rattachées. Le DETEC constitue un département de l'administration fédérale. L'acte attaqué du 7 février 2020, par lequel l'autorité inférieure approuve le projet définitif et rejette notamment l'opposition de la recourante, satisfait aux conditions qui prévalent à la reconnaissance d'une décision au sens de l'art. 5 al. 1 PA et n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. Partant, le Tribunal administratif fédéral est compétent pour connaître du présent recours. 1.2 La recourante a pris part à la procédure devant l'autorité inférieure. Étant la destinataire de la décision attaquée, qui rejette son opposition au projet de l'intimé, et propriétaire des bien-fonds susmentionnés, pour la plupart traversés par les alignements projetés, elle est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation ou sa modification. Elle a donc qualité pour recourir conformément aux art. 48 al. 1 PA et 27d al. 1 de la loi fédérale du 8 mars 1960 sur les routes nationales (LRN, RS 725.11), sans qu'il n'y ait besoin de trancher si elle a également qualité pour recourir en tant que détentrice de la puissance publique disposant d'une autonomie communale en matière d'aménagement du territoire et de construction. 1.3 Pour le reste, déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière. 2. 2.1 L'objet du présent litige porte sur la question de savoir si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé pour la route nationale N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. Dans ce cadre, il s'agira d'examiner si la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée (cf. consid. 5), et, le cas échéant, si les alignements tels que projetés sur le territoire de la recourante respectent son autonomie communale (cf. consid. 6) et, s'agissant des parcelles propriété de la recourante, ses droits de propriété (cf. consid. 7). Au préalable, il convient d'examiner si le droit d'être entendue de la recourante a été violé (cf. consid. 3) et de statuer sur ses requêtes de preuves (cf. consid. 4). Il est ici précisé que la question d'une éventuelle expropriation matérielle de la recourante ne fait pas partie de l'objet du litige. En effet, pour autant que les conditions soient remplies, le droit à l'indemnité et le montant de cette dernière ne naissent qu'au moment où les alignements projetés entrent en force. Les propriétaires concernés doivent annoncer leurs prétentions par écrit à l'intimé dans les cinq ans suivant ce jour. En cas de contestation, la procédure se déroule devant une Commission fédérale d'estimation (CFE) et non devant le DETEC (cf. consid. 5.4.5 et 5.5.3). 2.2 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; arrêt du Tribunal fédéral 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2 ; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit. ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 du 11 mai 2021 consid. 2.2). 2.3 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal administratif fédéral dispose d'une pleine cognition (art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances locales ou techniques que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux. Dans de telles circonstances, il ne peut pas substituer son propre pouvoir d'appréciation à celui de l'autorité inférieure, laquelle dispose de connaissances spécifiques qu'elle est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3 ; ATAF 2019 II/1 consid. 2.1 non publié, 2012/23 consid. 4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4095/2019 du 19 juin 2020 consid. 2.3). Cela vaut dans tous les cas lorsque celle-ci a examiné les éléments essentiels à la base de la décision et mené les investigations nécessaires de manière approfondie et détaillée (cf. ATF 142 II 451 consid. 4.5.1, 138 II 77 consid. 6.4 ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_329/2012 du 27 novembre 2012 consid. 5.2 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 du 30 juillet 2021 consid. 2.3, A-645/2020 du 19 août 2020 consid. 2, A-2587/2018 du 20 février 2019 consid. 2, A-7744/2015 du 29 novembre 2017 consid. 2.2.2). 3. En premier lieu, il convient d'examiner si le droit d'être entendue de la recourante a été violé. 3.1 3.1.1 La recourante fait valoir que l'autorité inférieure a rendu une décision standardisée, sans motivation juridique circonstanciée spécialement adaptée à son opposition, dont la situation est particulière et différente de celle des autres lieux touchés par le projet. Elle ajoute que l'autorité inférieure n'a pas examiné la portée juridique et pratique des alignements projetés, ni les conséquences de ceux-ci sur les projets de construction. Elle critique une décision théorique, n'examinant pas ses critiques légitimes. En outre, elle reproche le manque de communication de l'intimé et de l'autorité inférieure et se plaint de ne pas avoir été concertée au préalable par l'intimé. Elle estime ne pas avoir pu faire valoir ses droits en temps opportun et ne pas avoir eu d'autres choix que de former opposition puis recours. 3.1.2 L'autorité inférieure estime que la loi n'impose aucune obligation à l'intimé ni à elle-même de se concerter avec la recourante. En outre, elle considère que les arguments de celle-ci ont été étudiés et rejetés au fond, après un examen approfondi de la situation. Elle conteste qu'il s'agisse d'une décision standardisée. Elle remarque que la recourante a fait valoir son droit d'être entendue par son opposition. 3.1.3 L'intimé précise que les autorités cantonales et communales n'ont plus de pouvoir décisionnel en matière d'alignements le long des routes nationales depuis la réforme de la péréquation financière de 2008. Il rappelle que la recourante s'est déterminée sur le projet dans son opposition lors de la mise à l'enquête publique, que ses griefs ont été examinés et que son droit d'être entendue a ainsi été respecté. Il remarque que la mise à l'enquête a justement pour but d'informer les intéressés et que la procédure d'approbation ne prévoit pas de phase de consultation préalable des intéressés. 3.2 Le droit d'être entendu est une garantie inscrite à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale de la Confédération suisse du 18 avril 1999 (Cst., RS 101). Il est de caractère formel et sa violation entraîne l'annulation de la décision attaquée, indépendamment des chances de succès du recours sur le fond (cf. ATF 139 II 489 consid. 3.3, 132 II 485 consid. 3.2, 122 II 464 consid. 4a ; ATAF 2013/23 consid. 6.4.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 5.2.1). Il comprend les droits de s'exprimer, de consulter le dossier, de faire administrer des preuves et de participer à l'administration de celles-ci, d'obtenir une décision motivée et de se faire représenter ou assister (cf. art. 26 à 33 et 35 PA ; ATAF 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4343/2018 du 1er février 2021 consid. 3.2.1). 3.2.1 L'art. 30 al. 1 PA prévoit en particulier que l'autorité entend les parties avant de prendre une décision. C'est le droit pour le justiciable de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, soit le droit d'exposer ses arguments de droit, de fait ou d'opportunité, de répondre aux objections de l'autorité et de se déterminer sur les autres éléments du dossier (cf. ATF 141 V 557 consid. 3.1, 135 I 279 consid. 2.3 ; ATAF 2010/53 consid. 13.1, 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6775/2016 du 28 juin 2018 consid. 5.1). En revanche, dans une procédure administrative, le droit d'être entendu n'implique pas le droit d'être entendu oralement devant l'organe de décision (cf. ATF 134 I 140 consid. 5.3, 130 II 425 consid. 2.1, 122 II 464 consid. 4c ; arrêt du Tribunal fédéral 1C_61/2011 du 4 mai 2011 consid. 3.2 ; ATAF 2009/54 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4089/2015 précité consid. 5.2.1). La procédure d'approbation des plans en matière de routes nationales connaît une réglementation spéciale pour entendre les parties, comme cela est le cas pour la plupart des lois spéciales réglant les domaines relevant de l'administration de masse. Le droit des parties de s'exprimer est garanti par l'opposition au sens de l'art. 27d LRN, dans une procédure formalisée (cf. ATF 143 II 467 consid. 2.2, 138 I 131 consid. 5.1, 135 II 286 consid. 5.3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6775/2016 précité consid. 5.1, A-3535/2016 du 6 mars 2018 consid. 5.1.2, A-2415/2016 du 16 octobre 2017 consid. 3.1.3 ; Waldmann/Bickel, in: Praxiskommentar VwVG, 2ème éd. 2016, art. 30a n° 7 ss). 3.2.2 Selon l'art. 35 al. 1 PA, les décisions écrites sont désignées comme telles, motivées et indiquent les voies de droit. Le juge est tenu de motiver ses décisions, afin que le justiciable puisse les comprendre et exercer son droit de recours à bon escient. Le juge doit ainsi mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause. Il n'a toutefois pas l'obligation d'exposer et de discuter tous les faits, moyens de preuve et griefs invoqués par les parties, mais peut au contraire se limiter à l'examen des questions décisives pour l'issue du litige (cf. ATF 146 IV 297 consid. 2.2.7, 139 IV 179 consid. 2.2, 138 IV 81 consid. 2.2). En particulier, lorsque les parties font valoir des griefs pertinents, il doit ressortir de la motivation que l'administration s'est penchée sur les éléments évoqués (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-941/2021 du 18 août 2021 consid. 3.2). 3.3 3.3.1 Si l'art. 27b LRN prévoit que l'autorité inférieure transmet la demande d'approbation aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois, il n'existe pas de disposition semblable prévoyant une consultation séparée des communes. Au contraire, l'art. 27d al. 3 LRN prévoit que les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition. En l'espèce, comme le prévoit la procédure d'approbation des plans en matière de routes nationales, la recourante a pu s'exprimer par son opposition du 28 juin 2019. 3.3.2 Par ailleurs, dans la décision attaquée, l'autorité inférieure, après avoir rappelé la motivation de la recourante et celle de l'intimé, présente les motifs qui l'ont guidée pour prendre sa décision. En particulier, elle se détermine sur les griefs d'irrespect de la procédure légale, d'absence de piquetage et d'avis personnel et de dossier incomplet et inexact. Elle expose également pour quelles raisons elle fixe les alignements sur le territoire de la recourante et ne fait pas d'exception quant à l'application des standards. Elle se détermine aussi sur le grief de violation de l'autonomie communale. Certes, sa motivation reste très générale et sommaire s'agissant du grief de violation du droit de propriété de la recourante, en cela qu'elle n'explique pas concrètement les raisons pour lesquelles l'alignement, dans la mesure fixée, respecte ce droit pour chacune des parcelles de la recourante. Malgré cela, il ne peut lui être reproché d'avoir porté atteinte au droit d'être entendue de la recourante. 3.4 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal retient que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé. 4. Il s'agit ensuite de statuer sur les requêtes de preuves de recourante. 4.1 4.1.1 La recourante sollicite le dépôt et la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet. Elle précise qu'il est patent que les dossiers mis à l'enquête publique ne comportent que ce que la loi prévoit. Elle sollicite également la tenue d'une vision locale, le long du tracé de la route nationale N05, sur son territoire. 4.1.2 L'autorité inférieure indique qu'elle possède les mêmes documents et plans que ceux mis à l'enquête et aucun document supplémentaire. Elle estime qu'une vision locale n'est pas nécessaire car l'autorité dispose de tous les éléments de fait pour rendre sa décision. Elle indique qu'une entrevue supplémentaire n'apporterait pas d'éléments nouveaux. 4.2 Le Tribunal constate les faits pertinents d'office et procède s'il y a lieu à l'administration de preuves (art. 12 PA). Il admet les moyens de preuve offerts par la partie s'ils paraissent propres à élucider les faits (art. 33 al. 1 PA). Dans le cadre d'une appréciation anticipée des preuves, il peut - comme l'autorité inférieure - renoncer à l'administration d'une preuve offerte, s'il appert qu'elle porte sur des considérations sans rapport pertinent avec le litige ou qu'elle n'est pas de nature à emporter sa conviction, sur le vu du dossier à sa disposition (cf. art. 12 et 33 al. 1 PA ; ATF 136 I 229 consid. 5.3, 131 I 153 consid. 3 ; arrêt du Tribunal fédéral 5A_450/2016 du 4 octobre 2016 consid. 3.2 et réf. cit. ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-645/2020 précité consid. 4.1, A-3861/2016 du 27 juillet 2017 consid. 2.1.3, A-4319/2015 du 16 mars 2016 consid. 2.3). Cette faculté de renoncer à administrer une preuve proposée en raison de son défaut de pertinence est conforme au droit d'être entendu garanti par l'art. 29 al. 2 Cst. et consacré à l'art. 29 PA (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-7397/2018 du 31 mars 2021 consid. 3.2). 4.3 En l'espèce, la requête de preuve de la recourante visant au dépôt et à la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet a été admise. En effet, sur demande du Tribunal en ce sens, l'autorité inférieure a produit, avec sa réponse, le dossier complet de la procédure qui s'est déroulée devant elle ainsi que celui du projet de l'intimé, mis à l'enquête. La recourante a reçu le bordereau des pièces, détaillant le contenu de la production de l'autorité inférieure. Dans ses écritures subséquentes, elle n'a pas requis la consultation de ces pièces. S'agissant de la requête de vision locale, le Tribunal considère que les actes à sa disposition, soit les écritures et pièces produites par les parties dans la présente procédure de recours, dont les dossiers de l'autorité inférieure et du projet définitif de l'intimé, contiennent suffisamment d'explications et de plans pour qu'il puisse constater de manière exacte et complète les faits pertinents pour les différentes questions litigieuses à examiner. Ils offrent une vision claire de la situation d'ensemble et des circonstances locales des alignements fixés sur le territoire de la Ville de Neuchâtel, en particulier des parcelles propriété de la recourante touchées par les alignements projetés. En outre, la recourante n'explique pas pour quelles raisons une vision locale aiderait à la constatation des faits. Sur ce vu, le Tribunal estime qu'une visite le long du tracé de la route nationale N05 sur le territoire de la recourante, en présence des représentants des parties, ne serait pas de nature à emporter sa conviction, au vu de la complétude du dossier, de sorte qu'il renonce à l'administration de cette preuve.
5. Il convient dès lors d'examiner si l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet de l'intimé et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. En premier lieu, il sied de déterminer si la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée. 5.1 5.1.1 La recourante critique l'absence de piquetage. Elle estime que les piquetages sont indispensables pour informer correctement la population en général et les propriétaires touchés par le projet. Elle invoque que le processus de construction et la mise en place d'alignements doivent être simultanés et qu'une construction déjà réalisée ne dispense pas la Confédération d'indiquer par des piquetages les alignements projetés. Elle en conclut que l'absence de piquetage viole l'art. 27a LRN, vu que la procédure d'approbation ne remplit pas son but d'information. 5.1.2 Ensuite, elle critique l'absence d'avis personnel informant les intéressés des droits à exproprier, en violation de l'anc. art. 27c LRN. En outre, elle se plaint que le canton de Neuchâtel n'a pas été consulté préalablement. Elle estime que cette consultation préalable aurait permis au canton de recueillir les avis des collectivités publiques et des privés concernés avant que le projet ne soit mis à l'enquête publique. Ces vices n'étant pas réparables, la décision attaquée doit être annulée et, le cas échéant, la procédure recommencée depuis le début. 5.1.3 Finalement, la recourante se plaint que le dossier officiel est succinct, inexact et incomplet, au motif qu'il ne comporte que le standard de 2013, quelques listes et plans des alignements projetés ainsi qu'un rapport technique, énumérant les alignements sans apporter aucune justification, ni énoncer d'intérêt public prépondérant par rapport aux siens. Elle remarque que les plans des alignements projetés se réfèrent à des alignements existants, dont on ne sait pas quand et par qui ils auraient été approuvés. Elle ajoute que ces plans annulent des alignements communaux en vigueur, ce qu'elle conteste. 5.2 5.2.1 Pour sa part, l'autorité inférieure indique que les alignements ne sont pas des ouvrages, ni n'entraînent de modification sur le terrain. Elle considère que l'art. 27a LRN ne s'applique pas pour les projets de mise au point des alignements. Elle en déduit qu'il n'y a pas d'obligation de piquetage. En outre, les processus de construction et de mise au point des alignements ne doivent pas être prévus simultanément. Elle rappelle que le canton de Neuchâtel a pris position le 5 juillet 2019, dans le respect de l'art. 27b LRN, et que cette détermination a été transmise à la recourante. 5.2.2 L'autorité inférieure estime que l'anc. art. 27c LRN, régissant l'avis personnel, ne s'applique qu'en cas d'expropriation matérielle au sens de l'art. 25 al. 1 LRN. Elle précise qu'il n'y a pas d'expropriation formelle prévue par le projet litigieux et que l'art. 31 LEx n'est pas applicable. Elle en déduit que la recourante, n'étant pas expropriée par le projet, n'avait pas de droit à obtenir un avis personnel. Elle rappelle que les intéressés ont été informés via la mise à l'enquête publique. Elle note qu'outre la recourante, plusieurs parties ont formé opposition, ce qui démontre que les intéressés ont eu connaissance du projet. Elle ajoute que le fait que l'intimé a informé des propriétaires de parcelles dans d'autres causes n'est pas pertinent car il ne s'agissait pas d'avis personnels obligatoires au sens de l'art. 31 LEx. Elle précise que l'intimé est libre d'informer, sur une base volontaire, les propriétaires concernés par la mise au point d'alignements. Elle considère qu'il n'y a pas eu de vice de forme en l'espèce. 5.2.3 Finalement, elle estime que le dossier est complet au sens de l'art. 12 de l'ordonnance du 7 novembre 2007 sur les routes nationales (ORN, RS 725.111). Elle rappelle que les alignements cantonaux et communaux ne relèvent pas de la présente procédure et que ceux-ci sont indépendants des alignements prévus pour les routes nationales. Elle indique que la présente procédure n'a d'effet que sur la couche d'alignements des routes nationales. L'OFROU n'étant compétent qu'en matière d'alignements des routes nationales, il n'est pas possible de faire figurer à titre informatif les alignements cantonaux et communaux sur la couche fédérale. Elle précise que les alignements de la commune de Neuchâtel ne sont pas représentés. Elle reproche à la recourante de ne pas préciser quels documents ou plans seraient manquants. 5.3 5.3.1 Quant à l'intimé, il estime que la procédure d'approbation applicable a été respectée. Il considère qu'il n'y avait pas d'obligation de piquetage, dans la mesure où aucune modification n'est requise par le projet. Compte tenu de la portée des alignements, qui ne représentent pas une interdiction de construire, la mise en place de piquetage serait inutile et disproportionnée au vu des kilomètres d'alignements planifiés. 5.3.2 L'intimé considère qu'un avis personnel n'avait pas lieu d'être, vu qu'aucun droit d'exproprier n'est en jeu. Il précise avoir pris contact avec le Service géomatique et le Registre foncier de Neuchâtel afin d'obtenir les noms et adresses des propriétaires des quelques 1'500 parcelles concernées mais que ces services n'ont pas été à même de lui fournir ces indications. Il remarque que dans les autres projets portant sur la redéfinition des alignements dans d'autres cantons, les registres fonciers ont été en mesure de lui fournir ces informations. Vu l'effort de recherche ainsi que la marge d'erreur due aux homonymes, il aurait été disproportionné d'envoyer un avis personnel à tous les propriétaires dans le présent cas. Il souligne que les alignements ne représentent pas un cas d'expropriation et que l'avis personnel n'est pas obligatoire. 5.3.3 Finalement, il remarque que la recourante n'indique pas quelles pièces manqueraient au dossier. Il précise que les alignements des routes nationales n'ont pas d'influence sur ceux des routes cantonales ou communales. Il souligne que ces alignements protègent des infrastructures différentes et se trouvent sur différents niveaux dans le registre des restrictions. Ces restrictions sont indépendantes les unes des autres et le projet n'a aucun impact sur les alignements communaux actuels ou futurs. 5.4 Sur le vu de ces arguments, il convient de rappeler le cadre juridique applicable à la procédure d'approbation des plans des routes nationales. 5.4.1 Au préalable, il s'agit de déterminer le droit applicable dans le temps. En effet, les art. 25 al. 3, 27b al. 3, 27c, 27d al. 1 et 2 LRN, entre autres, ont été modifiés par l'annexe chiffre 9 de la loi fédérale du 19 juin 2020, modifiant la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711). La modification de ces articles est entrée en vigueur le 1er janvier 2021 (RO 2020 4085 ; FF 2018 4817). Il n'existe pas de disposition transitoire se rapportant à cette modification de la LRN. En principe, à défaut de dispositions transitoires, les nouvelles règles de procédure s'appliquent pleinement dès leur entrée en vigueur aux causes qui sont encore pendantes, sauf si le nouveau droit apporte des modifications fondamentales à l'ordre procédural (cf. ATF 144 II 273 consid. 2.2.4 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2569/2018 du 4 juin 2019 consid. 1.1.2). En l'espèce, les nouvelles règles de procédure sont entrées en vigueur après la fin de la procédure d'approbation qui s'est terminée le 7 février 2020. Partant, les anciennes règles de procédure ordinaire d'approbation étaient encore applicables au moment où la procédure d'approbation s'est déroulée. La question de savoir si elle a été respectée doit donc être examinée à l'aune de ces anciennes règles, alors en vigueur. 5.4.2 Les art. 21 à 29 LRN régissent l'établissement, l'emprise et la procédure d'approbation des plans des projets définitifs. En particulier, les projets définitifs renseignent sur le genre, l'ampleur et l'emplacement de l'ouvrage et de ses installations annexes, sur les détails de sa structure technique et sur les alignements (art. 21 al. 1 LRN). L'OFROU est compétent pour l'établissement des projets définitifs en ce qui concerne la construction de nouvelles routes nationales ou l'aménagement de routes nationales existantes (art. 21 al. 2 let. b LRN). Le Conseil fédéral fixe les exigences relatives aux projets définitifs et aux plans (art. 21 al. 3 LRN). La demande d'approbation des plans doit être adressée au DETEC avec les documents requis. Ce dernier vérifie si le dossier est complet et, au besoin, le fait compléter (art. 27 LRN). L'art. 12 al. 1 ORN prévoit qu'entre autres, les documents suivants doivent être joints au projet définitif : plan d'ensemble (let. a) ; plans de situation avec indication des alignements à l'échelle 1:1000 (let. b) ; profil en long à l'échelle 1:1000 pour les longueurs et 1:100 pour les hauteurs (let. c) ; rapport technique, y compris les mesures d'accompagnement (let. g) ; indication des coûts (let. j) ; plan d'expropriation (let. k) et tableau des droits expropriés (let. l). Les autres documents énumérés par l'art. 12 al 1 ORN se rapportent à des projets de construction et ne sont pas pertinents pour le projet litigieux de mise au point des alignements. 5.4.3 Avant la mise à l'enquête de la demande, les modifications requises par l'ouvrage projeté doivent être marquées sur le terrain par un piquetage et pour les bâtiments par des gabarits (art. 27a al. 1 LRN). Cette obligation de piquetage et de pose de profils sert l'intérêt légitime des particuliers concernés à pouvoir apprécier les dimensions d'un projet dans l'espace (cf. Message du 25 février 1998 relatif à la loi fédérale sur la coordination et la simplification des procédures d'approbation des plans, FF 1998 2221, 2256, commentaire en lien avec l'obligation de piquetage prévue par l'art. 62b al. 1 de la loi fédérale du 22 décembre 1916 sur l'utilisation des forces hydrauliques [LFH, RS 721.80], correspondant à l'art. 27a LRN). Les personnes concernées doivent pouvoir se rendre compte des modifications que l'ouvrage projeté provoquera sur le terrain (cf. Message du 23 juillet 1959 à l'appui d'un projet de loi sur les routes nationales, FF 1959 II 97, 111 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-5641/2016 du 18 mai 2017 consid. 4.2). 5.4.4 Le département transmet la demande aux cantons concernés et les invite à se prononcer dans les trois mois. Si la situation le justifie, il peut exceptionnellement prolonger ce délai. La demande doit être publiée dans les organes officiels des cantons et des communes concernés et mise à l'enquête pendant 30 jours (art. 27b al. 1 et 2 LRN). Un telle publication a pour but de permettre à toutes personnes potentiellement intéressées par le projet d'en prendre connaissance et, le cas échéant, d'y faire opposition (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-6547/2011 du 22 octobre 2013 consid. 4.2.2). Le requérant adresse aux intéressés, au plus tard lors de la mise à l'enquête de la demande, un avis personnel les informant des droits à exproprier, conformément à l'art. 31 LEx (anc. art. 27c LRN). Quiconque requiert une approbation des plans est tenu d'informer personnellement du projet les ayants droit à une indemnité dont il a connaissance ou qui figurent au cadastre ou dans les registres officiels. Il leur indique également les droits qui leur sont expropriés (cf. anc. art. 31 al. 1 LEx ; FF 1998 2221, 2251, commentaire en lien avec l'anc. art. 126e de la loi fédérale du 3 février 1995 sur l'armée et l'administration militaire [LAAM, RS 510.10], correspondant à l'anc. art. 27c LRN). Quiconque a qualité de partie en vertu de la PA ou de la LEx peut faire opposition contre le projet définitif ou les alignements qui y sont fixés (cf. art. 27d anc. al. 1, 1ère phrase, LRN). Toutes les objections en matière d'expropriation et les demandes d'indemnité ou de réparation en nature doivent être déposées dans le même délai (art. 27d anc. al. 2, 1ère phrase, LRN). Les communes font valoir leurs intérêts par voie d'opposition (art. 27d al. 3 LRN). 5.4.5 L'art. 25 LRN prévoit que la restriction de la propriété foncière par des alignements ne donne droit à une indemnité que si elle a les mêmes effets qu'une expropriation (al. 1). Le droit à l'indemnité et le montant de cette dernière sont déterminés d'après les conditions existant au moment où la restriction de la propriété prend effet (al. 2), soit lors de la publication des plans d'alignements approuvés (art. 29 LRN ; FF 1959 II 97, 110 ; ATF 110 Ib 359 consid. 2a ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.2). L'intéressé doit annoncer ses prétentions par écrit à l'autorité compétente dans les cinq ans qui suivent le jour où la restriction de la propriété a pris effet. Si les prétentions sont entièrement ou partiellement contestées, la procédure d'estimation prévue aux art. 57 ss. de la LEx sera ouverte devant une CFE (art. 25 anc. al. 3 LRN). Lors d'une expropriation formelle, l'indemnité due est une condition de l'expropriation. En cas d'expropriation matérielle, l'indemnité due est une conséquence d'une atteinte n'ayant pas pour but une expropriation (cf. Kappeler, Formelle und materielle Enteignung gemäss den Fluglärmentscheiden des Bundesgerichts, 2010, p. 13 ; Hess/Weibel, Das Enteignungsrecht des Bundes, Kommentar zum Bundesgesetz über die Enteignung, vol. I, 1986, Vorbemerkungen zu Art. 1 n° 18 ; Hess/Weibel, op. cit., vol. II, 1986, Art. 22ter BV n° 47). Comme la mesure constitutive d'expropriation matérielle est valable indépendamment de l'indemnisation du propriétaire, le principe et le montant de l'indemnité sont déterminés dans une procédure séparée de celle conduisant à la restriction du droit de propriété (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.3 ; Hertig Randall, L'expropriation matérielle, in : Pratique du droit administratif, 2009, p. 115 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 5.4.3). 5.5 5.5.1 En l'espèce, le projet N05 Neuchâtel Mise au point des alignements (AP8) Communes de La Grande Béroche au Landeron n'implique aucune modification physique de la route nationale N05. En l'absence de réalisation d'un projet concret dans l'espace, un piquetage des alignements, soit de lignes virtuelles, ne répond pas à un intérêt légitime des particuliers. Au contraire, un tel piquetage porterait à confusion puisqu'il donnerait à penser que le projet porte sur une modification ou un élargissement du tracé de l'autoroute, alors que tel n'est pas le cas. Partant, l'art. 27a LRN n'est pas applicable au présent projet et l'absence de piquetage ne viole pas cet article. Par ailleurs, si un projet définitif de construction doit renseigner sur le genre, l'ampleur et l'emplacement de l'ouvrage et de ses installations annexes, sur sa structure technique et sur les alignements (art. 21 al. 1 LRN), cela ne signifie pas que les alignements d'un ouvrage ne puissent être modifiés par la suite, indépendamment de toute modification de l'ouvrage lui-même. En l'espèce, comme l'explique l'autorité inférieure dans la décision querellée, les projets de mises au point des alignements initiés par la Confédération se justifient en raison du transfert de propriété des routes nationales des cantons à la Confédérations le 1er janvier 2008, du besoin de les harmoniser par rapport à un standard et de les publier dans le cadastre RDPPF (cf. décision d'approbation du 7 février 2020, p. 4 à 6 ; supra consid. A.b). 5.5.2 Ensuite, le canton de Neuchâtel a bien été contacté le 21 février 2019 par l'autorité inférieure, soit avant la mise à l'enquête publique du projet, afin de prendre position sur celui-ci, ce qu'il a fait par courrier du 5 juillet 2019 (cf. pièces nos 2 et 22 du dossier de l'autorité inférieure). En outre, la demande d'approbation du projet définitif de l'intimé a été mise à l'enquête publique du 31 mai au 1er juillet 2019, dans le but d'informer la population en général ainsi que les propriétaires et les communes concernés (cf. consid. A.c). 5.5.3 Par ailleurs, l'autorité inférieure retient à juste titre que les anc. art. 27c LRN et 31 al. 1 LEx n'étaient pas applicable en l'espèce, le projet ne prévoyant pas d'expropriation formelle. En effet, l'avis personnel a pour but de rendre particulièrement attentifs les propriétaires concernés de l'expropriation formelle de leurs droits et de leur droit d'opposition dans le délai d'enquête (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6547/2011 précité consid. 4.2.2). Or, la fixation d'alignements ne constitue pas une expropriation formelle. Elle peut, certes, à certaines conditions constituer une expropriation matérielle. Cependant, la question de savoir si tel est le cas en l'espèce n'est pas tranchée dans la procédure d'approbation du projet mais dans une éventuelle procédure ultérieure, introduite par l'intéressé devant l'intimé dans un délai de cinq ans qui suit l'entrée en vigueur du plan d'alignements. En d'autres termes, lors de la procédure d'approbation des plans, les éventuels propriétaires qui seraient expropriés matériellement par les alignements ne sont pas encore connus et ne peuvent pas l'être. En effet, leur droit à indemnité ne naît que lors de l'entrée en vigueur des plans d'alignements et ce droit ainsi que le montant de l'indemnité sont déterminés dans une procédure ultérieure, laquelle ressort en cas de litige de la compétence de la CFE et non pas de l'autorité inférieure. En outre, les propriétaires concernés ne sont pas concernés par l'obligation de produire leurs demandes d'indemnités dans le délai de 30 jours de mise à l'enquête. Ils bénéficient d'un délai plus long de cinq ans, qui suivent le jour où la restriction de leur propriété a pris effet. Partant, l'anc. art. 27c LRN n'était pas applicable en l'espèce et l'absence d'envoi d'avis personnels aux intéressés ne viole pas cet article. Cependant, vu le nombre particulièrement faible d'opposants privés au présent projet - seuls deux particuliers ont formé opposition au projet, dont un hors délai - il est louable que l'intimé ait tenté d'informer personnellement, sur une base volontaire, les propriétaires des parcelles concernées, à l'instar de ce qu'elle a fait dans les projets situés dans les autres cantons. Il est ici remarqué que la recourante n'a pas formulé d'observations complémentaires s'agissant de la précision de l'intimé concernant l'impossibilité d'obtenir du Registre foncier du canton de Neuchâtel les adresses des propriétaires des parcelles concernées (cf. échange de courriels des 5 et 8 février 2021, annexé à la prise de position de l'intimé du 29 juillet 2021). 5.5.4 Finalement, le dossier du projet contient deux plans d'ensemble à l'échelle 1 :50000 (cf. pièces nos 1 et 2 ; art. 12 al. 1 let. a ORN), 38 plans de situation avec indication des alignements à l'échelle 1:1000 (cf. pièces nos 3 à 40 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. b ORN) ainsi que deux profils en long à l'échelle 1:5000/500 et coupe 1:500 pour deux tunnels non situés sur le territoire de la recourante (cf. pièces nos 41 et 42 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. c ORN). Le dossier contient également un rapport technique (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans ; art. 12 al. 1 let. g ORN). Celui-ci détaille les raisons de fixation des alignements projetés et de leur largeur sur le territoire de la recourante pour les tronçons avec un profil standard, les jonctions et les routes de raccordement, les galeries couvertes, les tunnels et pour les chemins de fer (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 à 23). En outre, il indique que la route nationale N05, pour le tronçon visé par le projet, a été approuvée en plusieurs étapes successives depuis les années 70 par le DETEC ou son prédécesseur le Département fédéral de l'Intérieur (le DFI). Il liste les projets qui ont fixé les alignements actuellement valables pour la route nationale N05 (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 7). Comme le remarque l'autorité inférieure dans la décision querellée, les alignements approuvés figurent également en bleu sur les plans avec indication de la date et de l'autorité d'approbation, tandis que les nouveaux alignements y figurent en rouge. Par ailleurs, le rapport technique explique que les alignements définis dans le projet définitif de la N05 pour les routes cantonales RC 5 et RC H10 dans la Ville de Neuchâtel n'ont plus lieu d'être pour la route nationale et sont supprimés pour celle-ci. Il précise que cette suppression n'a aucune incidence sur les alignements cantonaux et communaux (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 6 et 23). Le projet n'annule donc des alignements que dans la mesure où ils concernent la route nationale. Les alignements cantonaux et communaux fixés pour les routes cantonales et communales ne sont, quant à eux, pas touchés par le projet. En outre, le Tribunal observe que le dossier contient une indication des coûts. Ceux-ci sont estimés à 161'550 francs, TVA incluse (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 34 ; demande d'approbation des plans du 18 février 2019, p. 3, pièce n° 1 du dossier de l'autorité inférieure ; art. 12 al. 1 let. j ORN). Le dossier ne contient pas de plan d'expropriation ni de tableau des droits expropriés (art. 12 al. 1 let. k et l ORN) car le projet n'implique pas d'expropriation formelle (cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 6) et que les expropriations matérielles ne sont pas connues à ce stade (cf. consid. 5.4.5 et 5.5.3). L'autorité inférieure a donc retenu à juste titre que le dossier de l'intimé était complet. 5.6 Il résulte de ce qui précède que la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée et que la décision attaquée ne doit pas être annulée pour vice de forme. 6. Il convient à présent d'examiner si les alignements de la route nationale N05, tels que projetés sur le territoire de la recourante respectent son autonomie communale. 6.1 6.1.1 La recourante invoque une violation de son autonomie communale (art. 50 Cst.). Elle précise que les communes neuchâteloises bénéficient d'une telle autonomie en matière d'aménagement du territoire et des constructions. En particulier, elle est dispensée de requérir les préavis des services de l'Etat dans la zone à bâtir et dispose des moyens nécessaires pour autoriser seule des constructions sur son territoire. Elle invoque qu'elle est trop fortement touchée par les alignements projetés, qui entraveraient l'application de son plan et règlement d'aménagement communal et bloqueraient une série de secteurs dans lesquels des projets de construction sont en cours de délivrance de sanction ou en cours de construction. Elle estime que les alignements ne prennent pas en compte sa situation particulière. Elle indique que l'Etat, la Confédération, voire les CFF, pourraient s'opposer à un projet de construction communal touchant les alignements fédéraux projetés. 6.1.2 L'autorité inférieure conteste que les alignements adoptés violent l'autonomie communale. Elle souligne qu'ils ne suppriment pas les alignements communaux, lesquels restent intacts et inchangés. Elle rappelle que le CRDPPF est constitué de plusieurs couches indépendantes les unes des autres. Ainsi, les alignements des routes nationales ne suppriment pas les alignements cantonaux. Elle précise que les nouveaux alignements n'auront aucune influence sur les éléments déjà construits ou autorisés et qu'ils ne portent pas atteinte aux règlements des zones à bâtir de la recourante. Cette dernière est libre de prévoir, dans les limites du droit cantonal, les plans de quartier et directeurs et l'affectation des parcelles. Elle explique que des projets définitifs sont lancés dans tous les cantons afin d'épurer tous les alignements existants, de récolter des informations à leur sujet et de les publier dans le cadastre RDPPF. Elle indique que le préavis fédéral est primordial et ne peut être du ressort de la commune de Neuchâtel, vu que les routes nationales sont devenues la propriété de la Confédération le 1er janvier 2008. 6.1.3 L'intimé précise que les autorités cantonales et communales n'ont plus de pouvoir décisionnel en matière d'alignements le long des routes nationales depuis 2008. Il souligne que les autorités cantonales ou communales restent compétentes pour délivrer l'autorisation de construire. Il ajoute que les alignements n'ont pas d'impact sur les projets bénéficiant déjà d'une autorisation de construire et d'un préavis positif de sa part. Il estime que le fait que la recourante soit dispensée de requérir un préavis cantonal dans le cadre d'autorisations de construire en zone à bâtir ne l'empêche pas de devoir requérir son préavis pour les projets se trouvant à l'intérieur des alignements fédéraux ou empiétant sur ceux-ci. En effet, la commune doit respecter le droit fédéral, même si elle dispose d'une large compétence en matière d'aménagement du territoire au niveau cantonal. Il rappelle que la présente procédure concerne uniquement les alignements relatifs aux routes nationales, sans toucher les alignements cantonaux et communaux qui restent en vigueur. Les autorités cantonales et communales ont la possibilité d'inscrire leurs restrictions auprès du cadastre RDPPF. 6.2 6.2.1 L'autonomie communale est garantie dans les limites fixées par le droit cantonal (art. 50 al. 1 Cst.). La Confédération tient compte des conséquences éventuelles de son activité pour les communes (art. 50 al. 2 Cst.). Ce faisant, elle prend en considération la situation particulière des villes, des agglomérations urbaines et des régions de montagne (art. 50 al. 3 Cst.). Selon la jurisprudence, une commune est autonome dans les domaines que le droit cantonal ne règle pas de façon exhaustive mais laisse en tout ou en partie dans la sphère communale en conférant aux autorités municipales une appréciable liberté de décision. Les communes bénéficient de compétences législatives lorsqu'elles disposent d'un pouvoir normatif dans un domaine que le législateur cantonal ou fédéral n'a pas réglé exhaustivement (cf. ATF 142 I 177 consid. 2, 135 I 233 consid. 2.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-8386/2010 du 1er décembre 2011 consid. 4, non publié in ATAF 2011/59). 6.2.2 La Confédération et les cantons veillent à garantir l'existence d'une infrastructure routière suffisante dans toutes les régions du pays (art. 83 al. 1 Cst.). La Confédération assure la création d'un réseau de routes nationales et veille à ce qu'il soit utilisable. Elle construit, entretient et exploite les routes nationales. Elle en supporte les coûts. Elle peut confier ces tâches en partie ou en totalité à des organismes publics, privés ou mixtes (art. 83 al. 2 Cst.). La Confédération garantit l'existence d'une infrastructure routière suffisante et veille à ce que le réseau de routes nationales soit utilisable et entretenu. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée. Lors de cette fixation, il est notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de celles de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir. 6.3 6.3.1 En l'espèce, le projet définitif porte sur la mise au point des alignements protégeant la route nationale N05 traversant les communes de La Grande Béroche au Landeron. La compétence pour l'établissement des projets définitifs relève de l'intimé (cf. art. 21 al. 2 let. b LRN) et, pour l'approbation des plans, de l'autorité inférieure (cf. art. 27 et 28 al. 1 LRN) et non pas de la recourante. Son autonomie communale n'est donc pas touchée par la mise au point des alignements pour la route nationale. En outre, le projet ne porte pas sur les alignements préservant les routes cantonales ou communales. Les alignements communaux portant sur les routes communales n'étant pas touchés par le projet, l'autonomie communale de la recourante n'est pas affectée sous cet angle. Comme elle le remarque d'ailleurs à juste titre, les alignements de la route nationale N05 sur son territoire se superposent aux alignements des routes communales en vigueur (cf. recours du 11 mars 2020, p. 11, 3ème paragraphe). 6.3.2 En outre, la Ville de Neuchâtel ne bénéficie pas d'une autonomie communale s'agissant des alignements protégeant les routes nationales, qui est une compétence fédérale (art. 83 al. 2 Cst.). Par ailleurs, son plan et son règlement d'aménagement communal doivent respecter le droit fédéral (art. 49 al. 1 Cst.). Cependant, ceux-ci n'ont pas la même fonction que les alignements de la route nationale et ne sont pas bloqués par eux. En effet, le projet litigieux ne règle pas le mode d'utilisation du sol de la recourante mais implique uniquement la nécessité de requérir le préavis de l'intimé pour les projets constructions et de transformation se trouvant à l'intérieur des alignements ou empiétant dessus. Par ailleurs, les projets déjà construits ou autorisés ne sont pas concernés par cette exigence. Ceux en cours de procédure d'autorisation de construire lors de l'entrée en vigueur du projet et qui se trouvent à l'intérieur des alignements de la route nationale N05 ou qui les touchent devront obtenir l'autorisation de l'intimé. Ils ne sont pas conséquent pas bloqués par le simple fait qu'ils se trouvent à l'intérieur des alignements projetés ou les touchent. Par contre, la présente procédure n'instaure pas une obligation d'obtenir une autorisation du canton de Neuchâtel ou des CFF. La recourante ne bénéficiant pas d'autonomie communale en matière d'alignements protégeant les routes nationales, elle ne peut pas se prévaloir d'une violation de celle-ci s'agissant du présent projet. Il en résulte que la décision attaquée ne viole pas son autonomie communale. Mal fondé, le recours doit être rejeté sur ce point.
7. Il sied encore d'examiner si les alignements projetés respectent les droits de propriété de la recourante. 7.1 7.1.1 A cet égard, la recourante fait valoir que le projet comporte de graves restrictions de droit public à la propriété foncière sur des bien-fonds lui appartenant, sis en zone à bâtir. Elle remarque que la Confédération lui imposera une interdiction générale de construire sur les parcelles concernées. Dans la mesure où elle ignore les projets d'élargissement des routes et les mesures fédérales prises en matière de trafic pour les années à venir, la fixation d'alignements sur les parcelles constructibles appartenant à des privés ou à elle-même revient à interdire toute nouvelle construction ou aménagement de constructions existantes. 7.1.2 La recourante estime ensuite que, dans la mesure où il y existe une interdiction de principe de construire entre les alignements fédéraux, une base légale formelle suffisante fait défaut pour imposer des alignements systématiques de 25 m par rapport à l'axe de la route, tel que prévu par l'art. 13 ORN. Elle ajoute qu'il n'existe pas d'intérêt public prépondérant par rapport à ses propres intérêts. Elle relève que l'intimé n'a pas fixé d'alignement, ni élargi la route N05 depuis sa construction et qu'il ne s'est pas non plus opposé aux projets de construction le long de cette route. Elle note qu'il n'y a aucune nécessité ni possibilité concrète d'élargir la route et le tunnel traversant la ville, vu que les bien-fonds le long de la N05 sont largement bâtis ou encore à bâtir. Elle estime que le projet ne tient pas compte du fait que l'autoroute est située dans la zone d'urbanisation de la ville, en partie déjà bâtie et en partie encore à bâtir. La recourante considère qu'il est injustifié de prévoir des alignements aussi larges et continus et que ceux-ci ne sont pas nécessaires. Elle déplore que le rapport technique se borne à lister les différents alignements prévus par les plans, pour chaque tronçon considéré, sans aucune pondération des intérêts en présence incluant ses propres intérêts, ni dérogation à la largeur maximale de 25 m. Elle critique l'absence d'examen de variantes, le fait que les alignements soient continus, de largeur maximale et ne tiennent pas compte de la longue partie couverte constituée par les tunnels passant sous la ville. Elle estime enfin que les alignements sont excessifs et violent le principe de la proportionnalité. 7.1.3 En particulier, la recourante indique qu'à Serrières, Coquemène, elle a des terrains à échanger avec Swisslife et qu'il s'agit également d'un secteur de nouveaux aménagements publics en direction du tram ; que, dans le secteur de Vauseyon, il y a des enjeux importants sur le bâtiment existant à la rue des Tunnels 49, des parkings et Viteos SA ; que, pour le bien-fonds n° 11965 Jehanne de Hochberg, sa réserve constructible passe pour plus de 50% dans les alignements ; que la parcelle située à la rue des Parcs, laquelle abrite un collège et est le terrain du futur droit distinct et permanent (DDP) Myosotis, Auberge aux Sablons pour le futur projet « Myosotis », est fortement pénalisée ; que, dans le secteur Nid-du-Crô, est situé l'héliport du ex SCAN, un relais caravanes, le cercle de la Voile, la maison nautique et la société de Sauvetage ; que le secteur Ensemble Gouttes d'Or abrite la Villa Perret ; que, pour le secteur situé au nord de la gare à la place Blaise-Cendrar/Rocher, il y a une requalification de l'espace urbain pour une zone multimodale avec les CFF, cofinancé par la Confédération et que, pour le secteur nord de l'îlot de Microcity, le plan de quartier CSEM-EPFL-IMT validé prévoit une extension possible pour Microcity. En outre, elle ambitionne de créer sur le bien-fonds n° 2634 un nouveau quartier d'habitation mixte, comprenant notamment des logements d'utilité publique (logements protégés, logements pour étudiants et coopératives d'habitation). Elle souligne qu'il y a beaucoup d'attentes politiques derrière ce projet. Elle indique que le plan de quartier « Monruz sud » est en cours pour permettre le développement de la parcelle et que la moitié des droits à bâtir des aires d'implantation 2, 3 et 4 de ce plan serait frappée par le nouvel alignement. Elle estime que les projets en cours respectent les règles et les alignements en vigueur et qu'elle ne peut pas accepter ce changement. 7.2 7.2.1 Pour sa part, l'autorité inférieure estime que les restrictions aux droits de propriété de la recourante respectent les conditions de l'art. 36 Cst. Elle indique que les alignements ne sont pas des interdictions absolues de construire et qu'ils ne constituent pas des restrictions graves à la propriété puisque les constructions doivent être autorisées lorsqu'elles ne portent pas atteinte aux intérêts de la Confédération au sens de l'art. 22 LRN. Elle considère que les alignements sont prévus par une base légale formelle, claire et précise (art. 21 ss LRN) et que l'art. 13 ORN est une base légale suffisante pour la fixation de la distance des alignements. Elle estime qu'ils poursuivent des buts d'intérêt public (art. 22 LRN). Elle explique que les alignements constituent des lignes virtuelles qui longent les routes nationales et protègent leurs infrastructures, telles que la chaussée, les jonctions, les tunnels et les aires de repos. Leur finalité est de préserver l'intégrité des routes nationales. Ils permettent à l'OFROU d'être consulté lors de la procédure du permis de construire, dans le but de ne pas entraver l'entretien et l'assainissement de leurs infrastructures. 7.2.2 L'autorité inférieure ajoute que les alignements sont aptes à protéger les infrastructures des routes nationales et à préserver un espace le long de celles-ci en cas d'éventuel élargissement. Ils servent à limiter les constructions de tiers à leurs abords afin de les protéger et à conserver une marge de manoeuvre en cas d'élargissement. Elle considère que la fixation d'alignements est la mesure la moins restrictive possible permettant la protection des routes nationales et des buts visés par l'art. 22 LRN, et que les zones réservées des art. 14 ss LRN sont plus restrictives. Elle précise que le projet ne prévoit aucune construction et que, si un élargissement de la route nationale devait voir le jour, une nouvelle procédure d'approbation des plans devrait alors être effectuée. Elle indique que les alignements ne déploient leurs effets que lors de la procédure de demande de permis de construire et que les droits propriétaires sont uniquement restreints dans la mesure où ils doivent demander le préavis de l'OFROU lorsque leur projet se situe à l'intérieur des alignements. Elle estime que cette atteinte est raisonnablement exigible de la recourante et non disproportionnée. Elle explique qu'elle ne peut s'opposer à une construction que si elle dispose d'un intérêt public prépondérant. Elle note que la route nationale N05 sur la commune de Neuchâtel est en majeure partie couverte, ce qui augmente la nécessité de fixer des alignements afin de protéger son infrastructure, notamment dans le but d'empêcher que des tiers n'endommagent la voûte du tunnel et le cadre en béton armé pour la tranchée couverte. Elle en conclut que l'intérêt public de protection des infrastructures des routes nationales prévaut sur les intérêts de l'opposante. Elle ajoute que les alignements doivent être fixés de manière systématique pour les routes nationales dans toute la Suisse conformément aux standards et dispositions légales pertinentes et que c'est au moment de la procédure de permis de construire que des exceptions pourront être accordées, en fonction des projets de tiers et des infrastructures à protéger. Elle estime qu'en vertu du principe de l'égalité de traitement, il n'y a pas de raison de traiter la recourante de manière différente en raison de sa qualité de ville. Il s'agit de traiter les riverains de manière égale dans toute la Suisse. 7.3 7.3.1 L'intimé considère qu'il ne résulte des alignements aucune restriction grave du droit de propriété, ceux-ci ne représentant pas une interdiction de construire. Il rappelle qu'un préavis positif doit être octroyé tant que la nouvelle construction ne met pas en péril l'installation routière (art. 22, 23 et 24 al. 1 LRN). Il indique qu'en l'état, il ne résulte aucune restriction du droit de propriété et aucune modification foncière des parcelles concernées. Il rappelle que les intérêts publics visés par la fixation d'alignements sont ceux cités dans l'art. 22 LRN. Le but des alignements est préventif, dans la mesure où ils lui permettent de vérifier, par le biais du préavis donné lors de la procédure d'autorisation de construire, que la réalisation de ces intérêts n'est pas entravée et que l'infrastructure routière n'est pas endommagée par une construction. Cela constitue le seul changement engendré par les alignements. 7.3.2 L'intimé précise encore qu'il est procédé à l'étude de variantes dans la fixation des alignements selon les standards qu'il a établis et qu'il est possible de déroger à la largeur maximale de 25 m. Il spécifie que la situation et l'état des constructions sises sur les bien-fonds ainsi que le type d'infrastructure (tronçon à ciel ouvert, tunnel, viaduc, etc.) sont pris en compte lorsqu'il s'agit de déterminer la largeur des alignements et dans le cadre de la pesée des intérêts. Il ajoute qu'une pesée concrète des intérêts intervient au moment de la procédure d'autorisation de construire. Il considère que cette mesure préventive est nécessaire, vu l'intérêt de protection de l'infrastructure routière, et qu'il n'y a pas de mesure moins incisive afin d'atteindre le même but. En outre, cette mesure est raisonnablement exigible des propriétaires, étant donné qu'ils conservent l'opportunité de construire sur leurs parcelles à condition que leurs constructions ne portent pas atteinte aux infrastructures routières et qu'aucun élargissement de la route ne soit planifié. 7.4 Sur ce vu, il convient de présenter le cadre juridique applicable. 7.4.1 L'art. 26 Cst. prévoit que la propriété est garantie (al. 1) et qu'une pleine indemnité est due en cas d'expropriation ou de restriction de la propriété qui équivaut à une expropriation (al. 2). Ce droit n'est toutefois pas absolu et peut être restreint. Conformément à l'art. 36 Cst., toute restriction d'un droit fondamental doit reposer sur une base légale qui doit être de rang législatif en cas de restriction grave (al. 1) ; elle doit en outre être justifiée par un intérêt public ou par la protection d'un droit fondamental d'autrui (al. 2) et proportionnée au but visé (al. 3), sans violer l'essence du droit en question (al. 4 ; cf. ATF 145 II 229 consid. 9 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1088/2018 du 13 mai 2019 consid. 3.2 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-6277/2019 du 26 novembre 2020 consid. 9.1). L'atteinte au droit de propriété est tenue pour particulièrement grave lorsque la propriété foncière est enlevée de force ou lorsque des interdictions ou des prescriptions positives rendent impossible ou beaucoup plus difficile une utilisation du sol actuelle ou future conforme à sa destination (cf. ATF 135 III 633 consid. 4.3 et 131 I 333 consid. 4.2). Pour être conforme au principe de la proportionnalité, la restriction à un droit fondamental doit être apte à atteindre le but visé (règle de l'aptitude), lequel ne peut pas être obtenu par une mesure moins incisive (règle de la nécessité) ; il faut en outre qu'il existe un rapport raisonnable entre les effets de la mesure sur la situation de la personne visée et le résultat escompté du point de vue de l'intérêt public (principe de la proportionnalité au sens étroit, impliquant une pesée des intérêts; cf. ATF 146 I 157 consid. 5.4, 143 I 403 consid. 5.6.3, 141 I 20 consid. 6.2.1 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.1, A-645/2020 précité consid. 7.4). 7.4.2 Les alignements sont régis en particulier par les art. 22 à 25 LRN, portant sur les emprises des projets définitifs. L'art. 22 LRN prévoit que les projets définitifs doivent fixer les alignements des deux côtés de la route projetée et que, lors de cette fixation, il sera notamment tenu compte des exigences de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations, ainsi que de la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir. Ces alignements doivent être fixés d'office (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.2). Les alignements ont pour effets qu'il est interdit d'élever, sans autorisation, de nouvelles constructions entre eux et d'y transformer des immeubles existants, même s'ils ne débordent que partiellement dessus ; les travaux nécessités par l'entretien d'un immeuble ne sont pas considérés comme des transformations (art. 23 al. 1 LRN). Sous réserve de dispositions cantonales plus rigoureuses, des travaux de construction doivent être autorisés à l'intérieur des alignements lorsqu'ils ne portent pas atteinte à des intérêts publics au sens de l'art. 22 LRN (art. 24 al. 1 LRN). Les autorités désignées par les cantons statuent sur les demandes d'autorisation de construire. L'autorité cantonale entend l'OFROU avant de délivrer l'autorisation (art. 24 al. 2, 1ère et 2ème phrases, LRN). 7.4.3 Les distances entre les alignements et l'axe de la route sont réglées à l'art. 13 ORN et sont normalement fixées entre 10 m et 25 m selon la classe de route nationale. Pour une route nationale de première classe, comme en l'espèce, la distance est fixée à 25 m (art. 13 al. 1 let. a ORN). Pour les jonctions et les bifurcations, la distance entre l'alignement et la chaussée doit être fixée d'après l'al. 1. (art. 13 al. 2 ORN). Lorsque les circonstances l'exigent, des distances peuvent être fixées en dérogation à ces dispositions, et les alignements limités verticalement (art. 13 al. 3 ORN). Lorsque des tronçons existants sont intégrés dans le réseau des routes nationales, les alignements et les distances par rapport à la chaussée fixés selon le droit cantonal s'appliquent jusqu'à la définition légale des alignements des routes nationales (art. 13 al. 4 ORN). 7.4.4 L'art. 13 al. 3 ORN revêt le caractère d'une norme potestative (Kann-Vorschrift). Cette norme réglementaire accorde à l'autorité de première instance à la fois une liberté de décision (Entscheidungsspielraum) en ce qu'elle « peut » fixer des distances en dérogation aux distances prévues, et une latitude de jugement (Beurteilungsspielraum), en faisant usage d'une notion juridique indéterminée, soit « lorsque les circonstances l'exigent ». Dans un tel cas, l'autorité administrative de première instance dispose d'un large pouvoir d'appréciation, en sus de la latitude de jugement qui lui revient de droit dans l'interprétation de la notion juridique indéterminée. Le Tribunal administratif fédéral respecte cette liberté d'appréciation, en ne s'écartant pas de la solution retenue par l'autorité administrative de première instance sans nécessité, lorsque celle-ci se distingue par une compétence particulière en la matière. En d'autres termes, il doit laisser cette dernière choisir entre plusieurs solutions opportunes et ne pas substituer sans motif pertinent à une solution convenable une autre solution également convenable (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3 ; arrêt du Tribunal fédéral 2C_1030/2017 du 5 juillet 2018 consid. 3.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-645 précité consid. 6.4). Le Tribunal n'annule le prononcé attaqué que si l'autorité inférieure a mésusé de son pouvoir d'appréciation, en s'écartant sans raison des principes reconnus par la jurisprudence et la doctrine, en se laissant guider par des considérations non objectives, étrangères au but visé par les dispositions applicables, en ne tenant pas compte de circonstances pertinentes ou en violant des principes généraux du droit, tels l'interdiction de l'arbitraire, l'égalité de traitement, la bonne foi ou la proportionnalité (cf. ATF 133 II 35 consid. 3 ; arrêts du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.6, A-645/2020 précité consid. 6.4, A-4864/2018 du 1er novembre 2019 consid. 3). 7.4.5 Finalement, une décision viole le droit à l'égalité de traitement ancré à l'art. 8 al. 1 Cst. lorsqu'elle établit des distinctions juridiques qui ne se justifient par aucun motif raisonnable au regard de la situation de fait à réglementer ou qu'elle omet de faire des distinctions qui s'imposent sur le vu des circonstances, c'est-à-dire lorsque ce qui est semblable n'est pas traité de manière identique et ce qui est dissemblable ne l'est pas de manière différente (cf. ATF 137 I 58 consid. 4.4, 136 I 297 consid. 6.1, 134 I 23 consid. 9.1 et réf. cit. ; ATAF 2011/19 consid. 49.2.1 ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-2786/2018 précité consid. 7.3.1). En particulier, la fixation d'alignements en dérogation aux distances réglementaires et, le cas échéant l'ampleur des dérogations, dépendent des circonstances concrètes du cas d'espèce ainsi que de la pesée des intérêts à effectuer et doivent être justifiées par des motifs objectifs (cf. art. 13 al. 3 ORN ; arrêt du Tribunal administratif fédéral A-4973/2019 précité consid. 4.4.7). 7.5 7.5.1 Les alignements constituent des restrictions de droit public à la propriété foncière. La fixation d'alignements sur les parcelles de la recourante restreint ses droits de propriété puisqu'ils lui imposent de requérir l'autorisation de l'intimé pour pouvoir ériger ou transformer des constructions entre ceux-ci ou débordant sur ceux-ci. Cependant, contrairement à ce que la recourante allègue, les alignements ne constituent pas en soi des interdictions de construire. Jusqu'à l'entrée en vigueur du présent projet, la recourante n'est toutefois pas complètement libre puisqu'elle est restreinte par les alignements de la route nationale actuellement en vigueur (art. 13 al. 4 ORN). Le projet de l'intimé redéfinit les alignements fixés jusqu'à présent, pour les motifs évoqués dans la demande d'approbation du projet de l'intimé du 18 février 2019. Cette redéfinition a pour effet que certaines parcelles de la recourante sont moins fortement impactées par les alignements de la route nationale N05 (parcelles nos 12516, 14433, 9470) alors que d'autres le sont plus (parcelles nos 17022, 9847, 11965, 16624, 4952, 12049, 2594, 2609, 2610, 2634). La parcelle n° 8098, située dans le secteur de La Coquemène, n'est, quant à elle, pas du tout touchée par l'alignement projeté. Le droit de propriété de la recourante sur cette parcelle n'est donc pas restreint par l'alignement de la route nationale, alors que l'alignement approuvé en 1971 par le DFI la touchait dans sa limite sud-ouest (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 1 sur 7, pièce n° 22 du projet de l'OFROU). Pour cette parcelle, il n'y a donc pas lieu d'examiner si les conditions de l'art. 36 Cst sont respectées. 7.5.2 Pour les autres parcelles, les restrictions projetées reposent sur des bases légales suffisantes. En effet, le concept des alignements, leurs buts et leurs effets sont prévus par les art. 22 à 25 LRN, soit une loi fédérale au sens formel claire et détaillée. Les distances sont quant à elles prévues par l'art. 13 ORN, une loi fédérale au sens matériel, ce qui est suffisant vu qu'il s'agit d'une concrétisation des principes fixés dans une loi au sens formel. En outre, les restrictions prévues sont justifiées notamment par les intérêts publics de la sécurité du trafic et de l'hygiène des habitations. En effet, les parcelles en cause de la recourante sont situées au-dessus de l'autoroute ou juste à côté de celle-ci. Il importe donc que l'OFROU soit consulté en cas de projet de construction ou de transformation pour vérifier concrètement le respect de ces intérêts publics. Ces deux intérêts suffisent pour justifier les restrictions projetées. Par ailleurs, s'il est vrai qu'un éventuel élargissement de la route dans l'avenir semble peu probable à l'intérieur de la Ville de Neuchâtel vu le milieu densément bâti, il ne peut pas être exclu définitivement. L'intérêt public à l'existence d'une infrastructure routière suffisante (art. 83 al. 1 Cst.) justifie également les restrictions aux droits de propriété de la recourante. 7.5.3 S'agissant du principe de la proportionnalité, la fixation d'alignements est tout d'abord apte à protéger la sécurité du trafic et l'hygiène des habitations et, le cas échéant, la nécessité d'un élargissement éventuel de la route dans l'avenir, dans la mesure où leur existence permet à l'OFROU de contrôler, dans le cadre d'une éventuelle procédure cantonale d'autorisation de construire ou de transformer, si un projet concret situé à l'intérieur ou empiétant sur les alignements projetés est compatible avec ces intérêts publics. En particulier, il pourra vérifier que ces projets n'endommagent pas les tunnels ou les tranchées couvertes de l'autoroute se trouvant en-dessous ou à côté des parcelles en cause et que l'hygiène d'habitations à proximité de l'autoroute est respectée. La recourante ne mentionne pas d'exemples d'autres mesures qui seraient moins incisives et qui permettraient ce contrôle préventif du respect de ces intérêts publics par l'autorité fédérale, compétente pour l'infrastructure routière nationale et le trafic individuel. Entre autres, la fixation d'alignements constitue une mesure moins restrictive que la création de zones réservées, régies par les art. 14 à 18 LRN, prévues en vue d'assurer la libre disposition des terrains nécessaires à la construction des routes nationales (cf. art. 14 al. 1 LRN). En effet, des travaux de construction en leur sein ne peuvent être autorisés que s'ils ne rendent pas la construction de la route plus difficile ou plus onéreuse et ne nuisent pas à la fixation des alignements (cf. art. 16 al. 1 LRN), alors que de tels travaux à l'intérieur d'alignements doivent être autorisés lorsqu'ils ne portent pas atteinte aux intérêts publics de l'art. 22 LRN (cf. art. 24 al. 1 LNR). 7.5.4 Dès lors, il convient d'examiner si les effets du projet sur la situation concrète de chacune des parcelles mentionnées par la recourante sont raisonnablement exigibles de sa part. 7.5.4.1 De manière générale, il ressort du rapport technique de l'intimé que les tunnels sous Neuchâtel sont des ouvrages à moyenne voire faible profondeur, donc avec une faible épaisseur de couverture sur la voûte. Aucun alignement vertical n'a été proposé malgré la présence d'un grand nombre de bâtiments dans l'emprise des alignements (cf. pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 22 sv.). En d'autres termes, les alignements fixés horizontalement n'ont pas été limités verticalement (cf. art. 13 al. 3 ORN) et d'éventuels projets de construction ou de transformation les touchant doivent obtenir l'autorisation de l'intimé, également si l'autoroute est souterraine à l'endroit en question. Par ailleurs, pour les bretelles d'entrée et de sortie ainsi que les rampes, il faut définir au moins 10 m par rapport au bord de la chaussée extérieure stabilisée. Pour les giratoires de raccordement sur le réseau secondaire dans les secteurs qui n'ont pas de zone à bâtir à proximité directe, l'alignement est également défini à 10 m du bord de la chaussée stabilisée (cf. rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). 7.5.4.2 Le bien-fonds n° 17022, d'une surface de 3'093 m2, est situé au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel de Serrières, dans le secteur de La Coquemène. Il est presque entièrement à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 1 sur 7, pièce n° 22 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place et un local technique (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel, joint à l'opposition de la recourante du 28 juin 2019). En l'espèce, si la recourante mentionne dans ce secteur un échange de terrains avec Swisslife et de nouveaux aménagements publics, elle n'explique pas concrètement quels intérêts propres seraient concernés, ni en quoi le nouvel alignement la toucherait de manière inacceptable ou empêcherait la réalisation de ces projets. Le Tribunal ne voit pas non plus de motifs pertinents justifiant de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Il retient que l'alignement projeté sur la parcelle n° 17022 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.3 Le bien-fonds n° 12516, d'une surface de 1'950 m2, est situé à côté de l'autoroute N05, laquelle revient en surface à cet endroit. (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 2 sur 7, pièce n° 23 du projet de l'OFROU). Il abrite un accès, une place, une partie d'un entrepôt ainsi qu'une habitation (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). L'alignement projeté traverse son extrémité sud, sur laquelle se trouve la route et la place. La recourante n'explique aucunement en quoi l'alignement projeté, lequel impacte la parcelle de manière nettement moins importante que l'alignement existant depuis 2001, serait déraisonnable. Le Tribunal ne voit pas non plus quel motif pertinent lui permettrait de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Il considère que l'alignement projeté sur la parcelle n° 12516 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.4 Le bien-fonds n° 14433, d'une surface de 19'047 m2, est situé dans le secteur de Vauseyon au nord de l'autoroute N05. Une petite partie au sud de celui-ci est traversé par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 3 sur 7, pièces n° 24 du projet de l'OFROU). Il abrite notamment un jardin, un pré-champ, une forêt, une route, un chemin, un accès, une place, un trottoir ainsi que des hangars, un bureau, un entrepôt, un atelier, un pavillon, une remise et une partie d'un restaurant (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). L'extrémité sud du bâtiment de la rue des Tunnels 49 est effectivement mordue par l'alignement projeté, tout comme il l'était d'ailleurs dans une plus grande mesure par l'alignement adopté en 1980. La recourante ne détaille pas quels sont les enjeux importants qu'elle mentionne. Elle n'indique pas non plus dans quelle mesure les parkings ou Viteos SA, une société anonyme détenue intégralement par des collectivités publiques du canton de Neuchâtel et active dans l'approvisionnement, la production et la distribution d'électricité, de gaz, d'eau, de chaleur et de froid, seraient touchés de manière inacceptable par l'alignement projeté, ni quels intérêts justifieraient un alignement fixé à moins de 10 m de la chaussée. Partant, là aussi, l'alignement projeté sur la parcelle n° 14433 respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.5 Le bien-fonds n° 11965, d'une surface de 2'468 m2, est situé au sud de l'autoroute N05 dans le secteur du Petit Pontarlier. Sa partie est est englobée dans l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 3 sur 7, pièce n° 24 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, un garage, une remise ainsi qu'une partie d'habitation (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Le fait que la réserve constructible de la recourante passe pour plus de la moitié dans l'alignement ne l'empêche pas a priori de l'utiliser, pour autant qu'un éventuel projet ne porte pas atteinte aux intérêts publics susmentionnés (art. 24 al. 1 LRN), notamment à la sécurité du trafic. En effet, la route nationale étant souterraine à cet endroit, la protection de son infrastructure est particulièrement importante et il se justifie que l'intimé soit consulté en cas d'éventuel projet de construction ou de transformation. Partant, l'alignement projeté respecte là aussi le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.6 Le bien-fonds n° 9847, d'une surface de 5'592 m2, est situé en partie au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Les Parcs. Il est en grande partie à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m depuis l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plans 3 et 4 sur 7, pièces nos 24 et 25 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, une école et un centre sportif (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Or, la recourante n'explique pas dans quelle mesure le fait que cette parcelle abrite un collège et est prévue pour le futur projet « Myosotis » nécessiterait de déroger à la distance règlementaire de 25 m, ni quels intérêts concrets justifieraient une telle dérogation, alors que la parcelle se situe en partie sur la route nationale. Ici également, il y a lieu de respecter la liberté de décision et la latitude de jugement de l'autorité inférieure et de considérer la restriction du droit de propriété de la recourante comme raisonnable. 7.5.4.7 Le bien-fonds n° 16624, d'une surface de 1'639 m2, est situé au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Saint-Jean. Il se trouve en grande partie dans l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route, lequel coupe sa partie sud (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 4 sur 7, pièce n° 25 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, un accès, une place, une école, un local technique, une remise et une passerelle (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Dans ses écritures de la présente procédure de recours, la recourante n'explique pas les raisons qui justifieraient en l'espèce une dérogation à la distance règlementaire. Le Tribunal ne voit pas non plus de motifs pertinents qui nécessiteraient de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. 7.5.4.8 Le bien-fonds n° 4952, d'une surface de 482 m2, est situé dans le secteur Les Rochettes. Il se trouve au-dessus de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, et au nord des voies ferrées CFF. Il est sis entièrement à l'intérieur de l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 5 sur 7, pièce n° 26 du projet de l'OFROU). Il abrite un accès, une place, une habitation, un commerce et deux remises (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). Or, la recourante n'explique pas en quoi la requalification de l'espace urbain pour une zone multimodale avec les CFF justifierait de fixer une distance d'alignement plus petite. En outre, l'alignement projeté englobe ou empiète également sur les parcelles entourant la parcelle n° 4952. Cela signifie que la dérogation à la distance règlementaire devrait être importante pour que cette parcelle puisse en bénéficier. Une telle dérogation ne se justifie pas, vu l'emplacement de ladite parcelle. Partant, là également la décision de l'autorité inférieure ne viole pas le droit de propriété de la recourante. 7.5.4.9 Le bien-fonds n° 12049, d'une surface de 849 m2, est situé au nord l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est. Sa partie sud est traversée par l'alignement projeté, fixé à 25 m de l'axe de la route (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 5 sur 7, pièce n° 26 du projet de l'OFROU). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place, et un trottoir (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). La recourante n'explique pas quels intérêts justifieraient une dérogation à la distance réglementaire pour cette parcelle et le Tribunal n'en voit pas non plus. Il y a lieu de retenir que la restriction projetée est acceptable et respecte le principe de la proportionnalité au sens étroit. 7.5.4.10 Le droit distinct et permanent n° D9471, à charge de l'immeuble n° 9470, est situé au sud de l'autoroute N05, passant dans le tunnel Est, dans le secteur Nid-du-Crô. Une petite partie de son extrémité nord-est est empiétée par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 6 sur 7, pièce n° 27 du projet de l'OFROU ; rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). Si la recourante explique ce que la parcelle abrite, elle n'éclaircit pas en quoi ces constructions seraient incompatibles avec l'alignement projeté ni quels intérêts justifieraient un alignement plus étroit. En outre, l'alignement projeté est moins contraignant que celui adopté en 1980. Le Tribunal ne voit pas quels motifs pertinents permettraient de s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. Là également, sa décision est proportionnée. 7.5.4.11 Le bien-fonds n° 2594, d'une surface de 5'844 m2, est situé au sud de l'autoroute N05, passant dans la tranchée couverte de Monruz. Il est coupé au nord par l'alignement projeté, fixé à 10 m de la chaussée, tel que prévu pour les routes de raccordement (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 7 sur 7, pièce n° 28 du projet de l'OFROU ; rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20 sv.). Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès, une place, de l'eau stagnante, un transformateur et des toilettes publiques (cf. extrait du RF cantonal de Neuchâtel). La recourante ne motive pas quelles raisons justifieraient de fixer une distance d'alignement plus petite que celle projetée. Là également, il y a lieu de retenir que la décision attaquée restreint le droit de propriété de la recourante de manière proportionnelle. 7.5.4.12 Le bien-fonds n° 2609, d'une surface de 3'781 m2, est situé en partie au-dessus de l'autoroute N05, passant dans la tranchée couverte de Monruz. Il est traversé au sud par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. A l'ouest, il est empiété par l'alignement, fixé à 10 m du bord de la chaussée. Il abrite un jardin, un accès, une place, une habitation, un garage, trois remises et une serre. Le bien-fonds n° 2610, d'une surface de 4'126 m2, jouxte le bien-fonds n° 2609 et est situé au sud de celui-ci. Il se trouve en partie au-dessus de l'autoroute N05. Il est traversé au nord par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. Il abrite un jardin, un accès, une place, de l'eau stagnante, un pavillon et un hangar à bateaux. Le bien-fonds n° 2634 d'une surface de 11'322 m2, est situé en petite partie au-dessus de l'autoroute et en grande partie au nord de celle-ci. Il est traversé au sud par l'alignement projeté, fixé à 30 m de l'axe de la route. Il abrite un jardin, une route, un chemin, un accès et une place. Ces trois bien-fonds sont situés dans les secteurs Beaurivage/Les Favarges (cf. Commune de Neuchâtel, Plan 7 sur 7, pièce n° 28 du projet de l'OFROU ; extraits du RF cantonal de Neuchâtel). L'art. 13 al. 3 ORN permet des dérogations à la distance de 25 m prévue par l'art. 13 al. 1 let. a ORN, celles-ci pouvant, selon les circonstances, tant être inférieures que supérieures à 25 m. En l'occurrence, il ressort du rapport technique de l'intimé que dans les galeries couvertes, comme pour la tranchée couverte de Monruz, la statique de l'ouvrage est principalement assurée par le cadre en béton armé. La distance standard de l'alignement a été définie selon le standard à 30.0 m à partir de l'axe central, respectant ainsi en principe une distance minimale de 20 m par rapport au bord extérieur de la structure porteuse de la tranchée, pour respecter son effet porteur. Les tranchées couvertes étant des ouvrages avec une faible épaisseur de couverture, aucun alignement vertical n'a été proposé s(cf. pièce no 43 du dossier d'approbation des plans, p. 22). Or, l'autorité inférieure, laquelle se distingue - tout comme l'intimé - par des compétences particulières en matière de sécurité routière, dispose d'un large pouvoir d'appréciation en la matière. Le fait qu'une petite partie de l'extrémité sud de la Villa Perret (parcelle n° 2609) est touchée par l'alignement projeté et que la recourante ambitionne de créer un nouveau quartier sur le bien-fonds n° 2634 ne constituent pas des motifs suffisants pour s'écarter de la solution retenue par l'autorité inférieure. En effet, les intérêts publics à la sécurité du trafic et à l'hygiène des habitations pèsent particulièrement lourd. Par ailleurs, il est également dans l'intérêt des utilisateurs de la Villa Perret et des futurs habitants du nouveau quartier d'habitation que l'OFROU puisse examiner la compatibilité d'éventuels projets de construction et de transformation avec ces intérêts publics. 7.5.5 Finalement, la décision attaquée respecte le droit à l'égalité de traitement de la recourante en cela qu'elle définit les alignements et leur largeur sur ses parcelles conformément aux standards de l'OFROU (cf. rapport technique, pièce n° 43 du dossier d'approbation des plans, p. 20) et qu'elle établit des distinctions en fonction de la situation locale, des constructions et des infrastructures à protéger, soit des motifs objectifs, et non en fonction de la qualité du propriétaire de chaque parcelle (propriétaire privé / collectivité publique). La recourante n'explique d'ailleurs pas concrètement en quoi la décision attaquée violerait son droit à l'égalité de traitement. 7.6 Sur le vu de ce qui précède, le Tribunal retient que les restrictions des droits de propriété de la recourante respectent les conditions de l'art. 36 Cst. La garantie de la propriété de la recourante n'est donc pas violée par le projet litigieux. En outre, il considère qu'en fixant les alignements litigieux, l'autorité inférieure n'a pas violé le droit, ni n'a abusé de son pouvoir d'appréciation. Il n'y a donc pas lieu de s'écarter de la solution qu'elle a retenue. Partant, le recours doit être rejeté sur ce point. 8. Pour résumer, le Tribunal retient que le droit d'être entendue de la recourante n'a pas été violé (cf. consid. 3.4). Par ailleurs, il a admis sa requête de preuve visant au dépôt et à la consultation des dossiers officiels et complets de l'intimé et de l'autorité inférieure relatifs au projet et rejette sa requête de vision locale (cf. consid. 4.3). En outre, il retient que la procédure ordinaire d'approbation des plans a été respectée (cf. consid. 5.6), que le projet ne viole pas l'autonomie communale de la recourante (cf. consid. 6.3) ni ses droits de propriété (cf. consid. 7.6). Partant, l'autorité inférieure a approuvé à juste titre le projet litigieux et les plans y relatifs sur le territoire de la Ville de Neuchâtel et rejeté l'opposition de cette dernière. Mal fondé, le recours doit dès lors être rejeté. 9. Demeure à examiner la question des frais de procédure et des dépens dans la présente procédure de recours. 9.1 Les frais de procédure sont mis en règle générale à la charge de la partie qui succombe (art. 63 al. 1, 1ère phrase, PA). Aucun frais de procédure n'est mis à la charge des autorités inférieures, ni des autorités fédérales recourantes et déboutées ; si l'autorité recourante qui succombe n'est pas une autorité fédérale, les frais de procédure sont mis à sa charge dans la mesure où le litige porte sur ses intérêts pécuniaires (art. 63 al. 2 PA). En principe, une commune recourant contre un projet d'infrastructure impopulaire - la plupart du temps dans le cadre d'une procédure d'approbation des plans - agit sans intérêts pécuniaires (cf. arrêts du Tribunal administratif fédéral A-1353/2014 du 30 juillet 2015 consid. 10.1.4, A-3814/2014 du 9 juillet 2015 consid. 6 ; Moser/Beusch/Kneubühler, Prozessieren vor dem Bundesverwaltungsgericht, 2e éd. 2013, n° 4.47, n. 137; Kneubühler, Die Kostenverlegung im Beschwerdeverfahren des Bundes, ZBl 2005, p. 457). C'est le cas en l'espèce et aucun frais de procédure n'est mis à la charge de la recourante qui succombe. Partant, il n'est pas perçu de frais de procédure dans la présente procédure. Aucune avance de frais n'a d'ailleurs été prélevée. 9.2 L'autorité de recours peut allouer, d'office ou sur requête, à la partie ayant entièrement ou partiellement gain de cause une indemnité pour les frais indispensables et relativement élevés qui lui ont été occasionnés (cf. art. 64 al. 1 PA et art. 7 al. 1, 2 et 4 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320.2]). Les autorités fédérales et, en règle générale, les autres autorités parties n'ont pas droit aux dépens (cf. art. 7 al. 3 FITAF). 9.3 En l'espèce, il n'y a pas lieu d'allouer de dépens à la recourante qui succombe. L'autorité inférieure et l'intimé n'y ont pas droit non plus en tant qu'autorités fédérales. (le dispositif est porté à la page suivante) Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Il n'est pas perçu de frais de procédure.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'intimé (recommandé)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. 622.2-00326 ; acte judiciaire)
- au Conseil d'Etat de la République et Canton de Neuchâtel L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante. Le président du collège : La greffière : Jérôme Candrian Johanna Hirsch-Sadik Indication des voies de droit : La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF). Expédition :