REC.2018.339

A.

A.a.

Selon son inscription au registre du commerce, la société X., […] (ci-après : l’exploitante, respectivement la recourante), a pour but l’exploitation d'une communauté d'exploitation agricole selon la législation fédérale en vigueur, d’un commerce de bétail et d’un atelier de mécanique agricole.

A.b.

Le 5 juin 2009, elle a obtenu l’autorisation de construire sur l’article [a] du cadastre de A. une stabulation libre comprenant des fosses à lisier (dossier SATAC [1]), la capacité maximale de ces installations étant fixée à 204 UGB sur la base d’une étude d’impact sur l’environnement de la Chambre neuchâteloise d'agriculture et de viticulture (CNAV) du 2 juin 2008 (ci-après : étude d’impact 2008).

Le 30 août 2011, un permis de construire a été octroyé pour la mise en conformité de ces constructions, dont les dimensions se sont avérées en cours de réalisation plus importantes que celles autorisées dans le permis de construire du 5 juin 2009 (dossier SATAC [2]). Ce deuxième permis de construire a été octroyé à la condition expresse que les exigences fixées dans les décisions d'origine et en particulier dans l'étude d'impact 2008 soient respectées dans le cadre du projet modifié.

Le 12 juillet 2011, un permis de construire a été délivré aux exploitants pour la construction d'un hangar agricole et d'un silo en tranchées sur l'article [b] du cadastre de A., au sud de la stabulation libre ayant fait l'objet des permis de construire des 5 juin 2009 et 30 août 2011 (dossier SATAC [3]).

B.

B.a.

Le Département du développement territorial et de l’environnement (ci-après : département) et le Conseil communal de C. ayant constaté que des travaux non conformes aux autorisations délivrées avaient été entrepris, la suspension immédiate des travaux et diverses mesures provisionnelles ont été ordonnées par décisions des 18 juillet et 19 septembre 2013 du département. Cette dernière décision a été confirmée par le Conseil d’État le 23 avril 2014.

Dans le courant du mois d'août 2013, l’exploitante a déposé une nouvelle demande de permis de construire pour le hangar agricole et deux silos en tranchées sur l'article [b] (SATAC [4]), complétée le 10 décembre 2014. Le 12 décembre 2013, elle a encore déposé une demande de permis de construire pour un remblayage, un accès, un mur de soutènement et une place en bitume sur les articles [c] et [a] (SATAC [5]).

B.b.

Par décision du 11 octobre 2015, le département a refusé de reconnaître la conformité à la zone agricole des aménagements prévus par les demandes de permis de construire SATAC [4] et [5]. Il a par ailleurs exigé l'établissement d'un rapport d'impact en bonne et due forme par un bureau spécialisé, en relevant que la modification du projet de hangar agricole et de silos en tranchées sur l'article [b] représentait une modification notable de l'exploitation et que les rapports fournis par les exploitants dans le cadre de l'instruction du dossier SATAC [4] ne remplissaient pas les conditions d'une telle étude. Il a ordonné diverses autres mesures, notamment la réduction du cheptel de l’entreprise à 307 vaches laitières dans un délai arrivant à échéance le 31 mars 2016 et 197 vaches laitières, voire 295 si des contrats de prise en charge d’engrais de ferme valables étaient conclus, dans un délai arrivant à échéance le 1erjuillet 2016.

B.c.

Le Conseil communal, se référant à cette décision et au préavis de synthèse négatif formulé par le SCAT sur les demandes de permis de construire [4] et [5], a refusé ces autorisations par décision du 28 octobre 2015.

C.

C.a.

L’exploitante a recouru contre ces décisions auprès du Conseil d’État, qui a rejeté son recours par décision du 21 juin 2017, puis auprès de la Cour de droit public du Tribunal cantonal, qui a également rejeté son recours le 16 avril 2018. Cette autorité a notamment relevé que le contrat de collaboration entre l’exploitante et l’agriculteur B. pour la mise en commun des prestations écologiques requises et l’établissement d’un seul bilan de fumure ("PER interentreprises" au sens de l’article 22 de l’ordonnance sur les paiements directs versés dans l’agriculture (OPD), du 23 octobre 2013, ou "communauté PER"), produit à l’appui du recours devant ladite Cour, n’avait pas été approuvé par le canton et nécessitait selon le service de l’agriculture (SAGR) un examen dans le cadre d’une étude d’impact.

C.b.

Le 17 mai 2018, l’exploitante a adressé au Tribunal fédéral un recours en matière de droit public et un recours constitutionnel subsidiaire, en demandant principalement au Tribunal fédéral d’annuler l’arrêt de la Cour de droit public et de constater qu’elle ne devait pas réduire le cheptel de l’entreprise. Le 13 juin 2018, elle a produit dans le cadre de ce recours un rapport d’impact du 8 juin 2018 établi par la CNAV (ci-après : rapport d’impact 2018). Ce rapport, décrit comme une mise à jour de celui de 2008, arrive à la conclusion que le projet de communauté PER avec l’entreprise de B. ne nécessite pas de prendre des mesures de protection importantes pour l’environnement, permet une meilleure répartition des engrais de ferme et entraîne la mise en conformité du nombre d’animaux détenus dans l’entreprise de l’exploitante.

D.

D.a.

Le 6 juillet 2018, l’exploitante a adressé au département une demande de reconsidération de sa décision du 11 octobre 2015, en déposant et invoquant le nouveau rapport d’impact établi par la CNAV. Se référant à l’article 6, alinéa 1 de la loi sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA), du 27 juin 1979, ainsi qu’aux principes applicables en matière de réexamen des décisions, elle a souligné que le rapport d’impact, intervenu après le dépôt du recours au Tribunal fédéral, ne pouvait pas être invoqué plus tôt. Elle a ajouté que cette nouvelle étude avait été établie sur la base des effectifs maximums de bétail que peuvent contenir la totalité de ses bâtiments; qu’elle attestait que 183 unités de gros bétail-fumure (UGBF) sur la totalité de celles qu’elle-même est susceptible de produire peuvent être valorisées sur l’exploitation B. et que son entreprise pouvait ainsi respecter la charge maximale de 1.8 UGBF par hectare; que l’étude démontrait que son projet constitue bien une activité tributaire du sol au sens de l’article 36 de l’ordonnance sur l’aménagement du territoire (OAT), du 28 juin 2000 et que tous les impacts possibles sur l’environnement avaient été analysés sans que la nécessité de mettre en œuvre des mesures de protection importantes ne soit apparue. Elle en a conclu que les motifs ayant conduit le département à refuser ses projets et déclarer son exploitation illégale n’étaient plus réalisés, de sorte que la décision du 11 octobre 2015 devait être reconsidérée.

D.b.

Par courrier du 6 septembre 2018, le chef suppléant du département a accusé réception de cette demande, en annonçant qu’elle serait examinée, ainsi que le rapport d’impact du 8 juin 2018, dans le cadre de la demande de création d’une communauté PER déposée par l’exploitante. Il précisé que dans l’attente d’une décision du Tribunal fédéral, la décision du 11 octobre 2015 était maintenue et confirmée.

D.c.

Par décision du 2 novembre 2018, le SAGR a constaté que selon le rapport d’impact 2018, la part de matière sèche produite sur l’ensemble de la communauté ne correspond pas au minimum de 70% exigé par l’article 36 OAT, que le Suisse-Bilanz annexé audit rapport laisse apparaître une exportation excédentaire d’engrais de 57 UGBF dépassant le 50% autorisé et que les contrats de prise en charge des engrais de ferme existants ont été conclu avec une entreprise vaudoise située au-delà du rayon d’exploitation normal pour la localité. Au vu de ces manquements, il a renoncé à investiguer davantage le rapport d’impact 2018 et le bilan de fumure et il a refusé d’approuver la communauté PER projetée.

D.d.

Le 6 novembre 2018, le chef suppléant du département a annoncé à l’exploitante qu’au vu de cette décision, il n’y avait pas lieu d’entrer en matière sur sa demande de reconsidération. Le 30 novembre 2018, à la demande de l’exploitante, il a confirmé que ce courrier constituait une décision d’irrecevabilité de la demande de reconsidération. Il a précisé que vu la décision rendue par le SAGR, les conditions de l’article 6, alinéa 1, lettre a LPJA n’étaient pas remplies et qu’en raison du recours pendant avec effet dévolutif au Tribunal fédéral, la décision du 11 octobre 2015 ne pouvait de toute manière plus être modifiée.

D.e.

Le 5 mars (recte : décembre) 2018, l’exploitante a adressé au SAGR une réclamation contre la décision du 2 novembre 2018 de ce service, que celui-ci a rejetée par décision du 20 décembre

2018. L’exploitante a recouru contre cette décision auprès du département, le 4 février 2019.

E.

Le présent recours, daté du 10 décembre 2018, est dirigé contre la décision 6 novembre 2018 du département rejetant la demande de reconsidération. Après avoir retracé les faits de manière détaillée, l’exploitante allègue d’une part que le département ne peut pas invoquer la décision du 2 novembre 2018 du SAGR, objet d’une réclamation et non encore entrée en force, pour refuser d’entrer en matière sur sa demande de reconsidération. D’autre part, elle rappelle que le pouvoir de cognition du Tribunal fédéral est limité à l’arbitraire s’agissant des faits et que l’admission de faits et moyens de preuve nouveaux est très restrictive devant cette autorité, de sorte que le rapport d’impact 2018 produit devant celle-ci risque d’être déclaré irrecevable. Elle note enfin que le rapport d’impact 2018 a été établi postérieurement au dépôt du recours devant le Tribunal fédéral, de sorte qu’il lui était impossible de le déposer en même temps que ce recours.

Elle conclut à l’annulation de la décision attaquée et, principalement, à ce qu’il soit entré en matière sur sa demande de reconsidération, subsidiairement à ce qu’il ne soit pas statué jusqu’à droit connu sur sa réclamation contre la décision du SAGR, le tout sous suite de frais, et de dépens d’au minimum 2'500 francs.

F.

F.a.

Dans ses observations sur le recours du 31 janvier 2019, le département conclut au rejet du recours dans la mesure où il est recevable. Il relève que l’étude d’impact 2018 ne correspond pas aux exigences fixées pour une telle étude par la loi sur la protection de l’environnement et qu’elle se réfère notamment à des documents Suisse-Bilan erronés et irréalistes. Il ajoute que le fait nouveau dont se prévaut la recourante, à savoir la création d’une communauté PER, n’existe pas, puisque cette communauté n’est pas reconnue par une décision exécutoire du canton.

F.b.

Le Conseil communal de C. a fait savoir, par courrier du 25 février 2019, qu’il n’avait pas d’observations à faire valoir sur le recours.

F.c.

La recourante a répondu aux observations du département le 14 mars 2019, en soutenant notamment que la procédure en cours contre la décision du SAGR du 2 novembre 2018 aurait dû inciter le département à reporter sa décision sur sa demande de reconsidération.

G.

Par arrêt du 24 juin 2019, le Tribunal fédéral a déclaré irrecevable le recours constitutionnel subsidiaire contre l’arrêt du Tribunal cantonal confirmant l’ordre donné à l’exploitante de réduire son cheptel et rejeté le recours en matière de droit public dans la mesure de sa recevabilité. Il a en particulier déclaré irrecevable le rapport d’impact 2018, en constatant que cette pièce était nouvelle et postérieure à l’arrêt attaqué.

H.

Par décision du 5 août 2019, le département a classé le recours déposé contre la décision du 20 novembre 2018 du SAGR relative à la communauté PER, la recourante ayant retiré ce recours par pli du 28 mai 2019.

Considérant en droit :

1.

Interjeté dans les formes et délai légaux, le recours doit être déclaré recevable.

2.

2.1.

Selon l'article 6, alinéa 1 LPJA, l'autorité qui a pris la décision peut la reconsidérer ou la réviser, d'office ou sur requête, lorsque des faits nouveaux se sont produits ou ont été découverts (let. a), des circonstances scientifiques ont été modifiées (let. b), la loi a été changée (let. c), ou une erreur dont la correction revêt une importance appréciable a été commise par l'administration (let. d). Indépendamment de la formulation de cette disposition, les principes déduits naguère de l'article 4 de l’ancienne Constitution fédérale (Cst. féd.), actuellement de l'article 29, alinéa 1 Cst. féd., exigent, selon la jurisprudence, qu'une autorité se saisisse d'une demande de réexamen si les circonstances se sont modifiées dans une mesure notable depuis la première décision, ou si le recourant invoque des faits ou des moyens de preuve importants qu'il ne connaissait pas lors de la première décision et dont il ne pouvait pas se prévaloir ou n'avait pas de raison de se prévaloir à cette époque. En principe, l'autorité est tenue d'entrer en matière sur la demande de reconsidération ou de révision lorsque l'une des conditions prévues par l'article 6, alinéa 1 LPJA est remplie. Si l'autorité arrive à la conclusion que tel n'est pas le cas, elle doit rendre une décision d'irrecevabilité, contre laquelle l'administré peut recourir en alléguant que l'autorité a nié à tort que les conditions requises pour statuer n'étaient pas remplies. Si l'autorité entre en matière, instruit la demande et rend une nouvelle décision au fond, celle-ci peut faire l'objet d'un recours pour des motifs de fond. Enfin, si l'autorité se borne à confirmer sa première décision, sans complément d'instruction ni adjonction de motifs, sa prise de position doit être assimilée à une décision de refus d'entrer en matière. Les demandes de réexamen ne sauraient, toutefois, servir à remettre continuellement en cause des décisions administratives entrées en force de chose jugée (RJN 2019, p. 807, consid. 2c et les références citées).

2.2.

Les cas énumérés par l’article 6, alinéa 1 LPJA comprennent implicitement les causes de révision procédurale au sens de l’article 57 LPJA, qui s’applique à toutes les autorités de la juridiction administrative primaire et secondaire. Cette dernière disposition prévoit que le Tribunal cantonal procède à la révision de sa décision, à la demande d'une partie, notamment lorsqu'elle allègue des faits nouveaux importants ou produit de nouveaux moyens de preuve (let. a). Ces moyens n’ouvrent pas la révision lorsqu’ils auraient pu être invoqués dans la procédure précédant la décision sur recours ou par la voie du recours contre cette décision (al. 3). L'article 57 LPJA s'applique aussi, par analogie, aux décisions des autorités administratives de première et seconde instances même si une autorité judiciaire s'est d'ores et déjà prononcée (arrêt de la Cour de droit public du Tribunal cantonal du 25 janvier 2016 CDP.2015.184, consid. 2b et les références citées).

2.3.

Seules les décisions entrées en force formelle peuvent faire l'objet d'une reconsidération. La décision n'acquiert pas son caractère définitif tant que les voies ordinaires n'ont pas été épuisées. Quand la décision n'est plus susceptible de recours ordinaire (en l'absence de recours ou lorsque le recours a été retiré ou rejeté), elle devient définitive et bénéficie de la force de chose décidée (ou jugée) ou de l'autorité formelle de chose décidée (ou jugée). L'irrecevabilité ou le rejet du recours qui n'est plus susceptible d'une voie de droit ordinaire ont donc pour effet que la décision attaquée entre pleinement en force: elle devient définitive (arrêt de la Cour de droit public du 4 décembre 2013 CDP.2013.223, consid. 3a et 3b).

3.

3.1.

La demande de reconsidération a été déposée alors que la procédure de recours devant le Tribunal fédéral concernant la décision du 11 octobre 2015 du département était pendante. À ce titre, la demande n’était pas recevable, comme l’a relevé le département dans la décision attaquée. Toutefois, vu l’arrêt du 24 juin 2019 du Tribunal fédéral, la décision du département est entrée en force formelle. Elle est désormais susceptible d’être reconsidérée. Pour des motifs d’économie de procédure, il convient de prendre en compte cette circonstance, survenue après l’acte attaqué, puisqu’elle est propre à influer sur la solution du litige (Schaer, Juridiction administrative neuchâteloise, Neuchâtel 1995, p. 178).

3.2.

Selon la jurisprudence, sont "nouveaux" les faits qui se sont produits jusqu’au moment où, dans la procédure principale, des allégations de fait étaient encore recevables, mais qui n’étaient pas connus du requérant malgré toute sa diligence. Les preuves, quant à elles, doivent servir à prouver soit les faits nouveaux importants qui motivent la décision, soit des faits qui étaient certes connus lors de la procédure précédente, mais qui n’avaient pas pu être prouvés, au détriment du requérant. Si les nouveaux moyens sont destinés à prouver des faits allégués antérieurement, le requérant doit aussi démontrer qu’il ne pouvait pas les invoquer dans la procédure précédente (RJN 2018, p. 797, consid. 2c).

3.3.

La recourante a transmis au département un nouveau rapport d’impact le 6 juillet 2018. Or, il ressort du dossier relatif aux recours déposés contre la décision du département du 11 octobre 2015 ([…]) confirmée par les autorités de recours successives, qu’une étude d’impact conforme aux exigences de la loi sur la protection de l’environnement et de l’ordonnance relative à l’étude de l’impact sur l’environnement a été requise par le département dans le cadre du dossier SATAC [4] initié en 2013, pour les installations déjà autorisées et les installations projetées, considérées dans leur globalité. En particulier, la recourante n’ignorait pas qu’une telle étude devait traiter de la charge d’engrais de ferme admissible sur l’exploitation, une utilisation de ces matières pouvant porter gravement atteinte à l’environnement, notamment aux eaux. En d’autres termes, la recourante aurait dû déposer une étude d’impact conforme aux exigences légales avant même la décision dont elle demande la reconsidération, et non pas en 2018 seulement.

3.4.

Par ailleurs, rien n’indique que le rapport d’impact 2018 correspond à ce qui était exigé dans le cadre du dossier SATAC [4]. En effet, il est plutôt présenté comme une mise à jour du rapport 2008, destinée à démontrer que les exigences de conformité à la zone agricole, ainsi qu’en matière de charge d’engrais, sont remplies par la création d’une communauté PER avec l’entreprise de B.. Or, la collaboration avec cette entreprise était invoquée par la recourante dans son recours au Tribunal cantonal contre la décision du 21 juin 2017 du Conseil d’État, à un stade où de nouvelles allégations de fait étaient envisageables (art. 43, al. 2 LPJA). Le rapport d’impact 2018 aurait donc pu être produit dans le cadre de cette procédure.

3.5.

Enfin, selon l'article 22 OPD, une exploitation peut convenir avec une ou plusieurs autres exploitations de réaliser en commun la totalité ou une partie des prestations écologiques requises ("PER interentreprises"). Les exploitations peuvent notamment se mettre en commun pour réaliser les exigences d'un bilan de fumure équilibré au sens de l'article 13 OPD (art. 22, al. 2, let. a OPD). Elles doivent passer à cet effet une convention, qui doit être approuvée par le canton (art. 22, al. 3 OPD). Ainsi, le SAGR, autorité compétente pour reconnaître les communautés d’exploitations agricoles selon le règlement général d'exécution de la loi sur la promotion de l'agriculture (RELPAgr), du 22 juin 2009, devait vérifier sur la base du rapport d’impact 2018 si un bilan de fumure équilibré pouvait être réalisé par la communauté PER envisagée avant d’approuver cette dernière. C’est ce que le département a annoncé à la recourante dans son courrier du 6 septembre 2018.

Le SAGR a refusé d’approuver la communauté PER envisagée par décision du 2 novembre 2018, qui a ensuite fait l’objet d’une réclamation puis d’un recours. La recourante reproche au département de ne pas avoir attendu jusqu’à droit connu sur cette décision avant de statuer sur la demande de reconsidération. Or, le recours contre la décision du SAGR a été classé décision du 5 août 2019, suite à son retrait. La décision du SAGR a donc acquis force de chose décidée, circonstance dont il faut tenir compte par économie de procédure, puisqu’elle est de nature à influencer le sort du litige. La force de chose décidée acquise par la décision du SAGR a pour conséquence que le fait nouveau invoqué par la recourante à l’appui de sa demande de reconsidération, soit la création d’une communauté PER, n’est pas réalisé. Il n’existe donc pas de motif de reconsidération au sens des articles 6, alinéa 1 et 57 LPJA.

4.

4.1.

Pour toutes ces raisons, le recours, mal fondé, doit être rejeté.

4.2.

La recourante, qui succombe, supportera les frais de la procédure. En application de la loi fixant le tarif des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administrative (LTFrais), du 6 novembre 2019, l'émolument de décision est fixé en tenant compte de la mise à contribution de l'autorité, de l'importance de la cause et de ses difficultés (art. 6). Devant le Tribunal cantonal, le Conseil d'État et les autres autorités, l'émolument de décision n'excède pas 8'000 francs, (art. 47, al. 1). Les frais de ports, d'expédition et de téléphone sont calculés forfaitairement à raison de 10 % de l'émolument arrêté (art. 52, al. 1).

En l’espèce, la cause a impliqué l’examen de quelques griefs limités à des questions de procédure. Tout bien considéré, les frais de procédure seront fixés à 990 francs au total. Le solde de l’avance de frais de 1'650 francs versée par la recourante suite à la décision du 18 décembre 2018 du service juridique de l’État, chargé de l’instruction du dossier, lui sera restitué.

4.3.

Vu le sort de la cause, il ne sera pas alloué de dépens (art. 48, al. 1 LPJA).

Par ces motifs, le Conseil d'État

décide :

1.Le recours de X, contre la décision du 6 novembre 2018 du Département du développement territorial et de l’environnement est rejeté.

2.Les frais de procédure, par 990 francs, sont mis à la charge de la recourante.

3.Le solde de l’avance de frais versée par la recourante, à savoir 660 francs, lui est restitué.

4.Il n'est pas alloué de dépens.

Neuchâtel, le 3 juin 2020

Au nom du Conseil d'état :

La présidente,               La chancelière,

M. Maire-Hefti             S. Despland