REC.2017.184

A.

A.a.Selon le registre foncier, X. SA, à F. (ci-après : la recourante) est propriétaire du bien-fonds [a] du cadastre de B. sur lequel sont implantés trois immeubles d'habitation, sis rue C. à D. Le bien-fonds est situé immédiatement au Nord de la voie ferroviaire constituée des lignes "Daillens-Bienne" et "Berne-Neuchâtel Est" (D. 10.1; Site d'information du territoire neuchâtelois [SITN], état au 16 octobre 2017).

A.b.Cette voie ferroviaire fait partie du vaste programme initié par la Confédération suisse début 2000, destiné à réduire le bruit ferroviaire, en premier lieu par des mesures à la source, puis par des parois anti-bruit le long des voies et enfin par la pose volontaire de fenêtres antibruit sur les immeubles où les valeurs limites demeurent dépassées (D. 10.1; Office fédéral des transports [OFT], Programmes d'aménagement ferroviaire, Rapport sur l'avancement des travaux 2016, Berne 2016, ch. 4.1, p. 25ss).

A.c.Par courrier du 21 août 2013, le service de l'énergie et de l'environnement (ci-après : le service) a informé la recourante  dudit programme fédéral qui permet de financer jusqu'à 50% par la Confédération suisse la pose volontaire de fenêtres antibruit par le propriétaire sur son bâtiment (D. 10.1). Sans réponse de la recourante, le service l'a une nouvelle fois informée en mai 2014 (D. 10.2), l'invitant à répondre jusqu'au 5 juin 2014. Le 16 juin 2014, la recourante a manifesté son intérêt en retournant au service le questionnaire (D. 10.3).

A.d.Mandatée par le service pour mettre en œuvre le programme dans le canton de Neuchâtel, Y. SA a effectué une visite du site de la recourante le 9 février 2015 et a établi un rapport, sur lequel la recourante était invitée à se déterminer jusqu'au 23 mars 2015 (D. 10.4 et 10. 4a). Par courrier électronique du 24 mars 2015, la gérance de la recourante a indiqué que cette dernière était intéressée pour la pose de fenêtres antibruit "ces prochaines années, dans un délai pas encore défini" et demandait quelle était l'échéance du programme et s'il pouvait être prolongé (D. 4.3). Le même jour, le service répondait que le programme se terminait fin 2015 et qu'il se prolongera en 2016 (D. 4.3; D. 10.5). Le 9 avril 2015, il rappelait que le programme est limité dans le temps (D. 10. 6). Le 24 avril 2015, la recourante confirmait son intérêt et demandait la convention (D. 4.4) que le service lui adressera le 4 mai suivant (D. 10. 8)

A.e.Par convention signée le 21 mai 2015, la recourante s'est engagée à poser les fenêtres antibruit jusqu'au 31 décembre 2016, sous le contrôle de Y. SA (D. 4.5; D. 10.9). Cette dernière adressait à la gérance de la recourante, le 8 juin 2015, en plus du dossier qui accompagnait la convention, un rappel des principales exigences du projet (D. 10.11).

B.

B.a.Par courrier du 18 avril 2016 au service, l'OFT accusait réception des documents de clôture des projets cantonaux, à l'exception de ceux de la commune de D. pour lesquels le délai a été prolongé au 31 juillet 2017 (dernière annexe à D. 22).

B.b.Sans nouvelle de la recourante, le service a informé sa gérance le 20 octobre 2016 qu'exceptionnellement, le délai pour la fin des travaux, y compris leur réception par Y. SA, était prolongé jusqu'au 31 [recte: 30] avril 2017 (D. 4.6; D. 10.12) et que ce délai passé, les subventions ne seront plus octroyées.

B.c.Par courrier électronique du 5 décembre 2016, la gérance de la recourante informait le service que le propriétaire avait décidé de reporter les travaux au premier semestre 2017 et demandait une confirmation de la prolongation. Le service rappela que la prolongation avait déjà été donnée (supra B.a) et que la réception des travaux devra avoir lieu au plus tard le 30 avril 2017 (D. 4.7 : D. 10.13), ce que la gérance a compris (D. 4.7, message de 11h37).

B.d.L'entreprise Z. à E., entreprise choisie par la recourante, a émis un devis le 20 janvier 2017 (D. 4. 11). La recourante a autorisé les travaux le 2 février 2017 (D. 4.12) et sa gérance informait Y. SA le 13 février 2017. Le même jour, Y. SA sollicitait un complément relatif à une plus-value dans l'offre (D. 4.14) pour pouvoir se prononcer.

B.e.Le 17 mars 2017, le service exigeait de l'entreprise Z. qu'elle renseigne immédiatement Y. SA et rappelait l'échéance des travaux à fin avril ainsi que la perte des subventions en cas de retard (D. 10.14). La recourante a versé les premiers acomptes à l'entreprise Z. le 22 mars 2017 (D. 4.16-17) et a informé ses locataires des travaux, répercutés sur les loyers, le 30 mars 2017 (D. 4.9).

B.f.Le 28 avril 2017, le service constatait que seul un prototype avait été posé sur l'immeuble et que les travaux n'avaient pas encore débuté (D. 10.16). Il a alors informé la recourante qu'une décision serait rendue et que seuls les travaux exécutés jusqu'à fin mai 2017 pourraient faire l'objet d'un subventionnement.

B.g.Par décisions du 2 mai 2017 (une pour chaque immeuble), le service a pris acte de la renonciation du propriétaire à une subvention et confirmé que seuls les travaux exécutés jusqu'au 31 mai 2017 seraient exceptionnellement subventionnés.

C.

C.a.La recourante dépose trois recours identiques (D. 4-6) contre les décisions précitées. En bref, elle se prévaut d'une absence de faits pertinents dans la décision et conteste avoir renoncé aux subventions ou n'avoir rien entrepris depuis mai 2015. Elle voit dans les décisions attaquées un abus du pouvoir d'appréciation du service, un constat illégal de la renonciation aux subventions et un refus illégal d'accorder un délai supplémentaire. Elle conclut à l'annulation des décisions et à l'octroi d'un délai au 31 juillet 2017 pour terminer les travaux au bénéfice de la subvention.

C.b.Dans ses observations (D. 11), le service rappelle le cadre légal dans lequel s'inscrit le programme et se réfère aux directives de l'OFT, lequel fixe les délais de réalisation des projets. Il indique que le délai au 30 avril 2017 a été le même pour tous les propriétaires neuchâtelois, qui ont tous bénéficié d'un délai d'environ quatre ans pour planifier et exécuter les travaux. Il admet que la recourante n'a pas expressément manifesté sa renonciation mais relève le laxisme dont elle a fait preuve. Il rappelle que la recourante n'a pas respecté le délai fixé par la convention et que l'ultime délai à fin mai 2017 a été fixé dans l'espoir qu'elle puisse régler la situation. Enfin, le service décrit les opérations consécutives au dépôt des factures avec l'OFT qui s'opposent à une prolongation au 31 juillet 2017.

C.c.Dans sa réplique du 28 août 2017 (D. 17-19), la recourante confirme en substance l'argumentation du recours. Elle conteste avoir été laxiste, critique l'absence de preuves à l'appui des allégations du service, dit que les délais fixés par l'OFT s'apparentent à des recommandations et voit dans le refus de prolongation un abus du pouvoir d'appréciation du service.

C.d.A titre des mesures d'instruction, le service juridique a notamment sollicité de l'OFT sa prise de position s'agissant des délais du programme fédéral (D. 13). Par courrier du 17 août 2017, l'OFT répond (D. 15) que ni la loi ni l'OFT ne fixent de date butoir pour bénéficier de la subvention. Cet office reconnaît avoir prescrit un délai d'ordre pour que le canton agisse rapidement.

C.e.Surpris par la réponse de l'OFT, le service s'est spontanément adressé à l'office, lequel est partiellement revenu sur son courrier du 17 août 2017, indiquant qu'il est incomplet, dans la mesure où l'OFT a effectivement fixé un délai d'exécution de 2 ans, notamment dans une directive, conformément à la loi fédérale sur les subventions (D. 22 et annexes).

C.f.Prenant position, la recourante critique l'attitude du service à son égard et son intervention directe auprès de l'OFT. En bref, elle maintient que la loi fixe un délai d'ordre et que le service a illicitement restreint son pouvoir d'appréciation en considérant qu'il ne pouvait pas prolonger le délai (D. 24-26). Le service confirme son argumentation, en se fondant sur les documents de l'OFT, l'égalité de traitement entre propriétaires concernés et l'engagement pris par la recourante dans la convention (D. 28). La recourante réitère ses prises de positions précédentes et adresse le mémoire d'activités de son mandataire (D. 30).

Considérant en droit :

1.

1.1.Le litige est relatif à la pose de fenêtres antibruit sur des bâtiments exposés au bruit ferroviaire et au subventionnement de cette mesure. La loi fédérale sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (LBCF), du 24 mars 2000, complète la loi fédérale sur la protection de l'environnement (article premier LBCF) et prévoit que les cantons veillent à l'application des prescriptions concernant l'isolation acoustique des bâtiments (article 13 al. 2). Les cantons sont compétents en la matière et la procédure est cantonale (article 32 de l'ancienne Ordonnance sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (aOBCF; RO 2001 2990) du 14 novembre 2001; Message du Conseil fédéral 12.095 du 30 novembre 2012, FF 2012 477 ch. 3.2), bien que la contribution soit fédérale (article 10 al. 2 LBCF). Conformément à l'article 3 alinéa 3 de l'Arrêté d'exécution de l'ordonnance fédérale sur la protection contre le bruit, du 10 mai 1989, les décisions du service intimé en matière de bruit peuvent faire l'objet d'un recours auprès de l'autorité de céans qui est compétente à raison de la matière.

1.2.Atteinte par la décision attaquée, la recourante a un intérêt à son annulation ou à sa modification [art. 32 de la loi sur la procédure et la juridiction administrative (LPJA), du 27 juin 1979]. Elle a ainsi qualité pour recourir. Déposés dans les formes et délai légaux, les recours sont recevables.

1.3.Les trois recours concernent la même personne représentée par le même mandataire et sont dirigés contre le même intimé. Ils reposent sur des faits matériels et une argumentation identiques et portent sur les mêmes questions juridiques. Par économie de procédure (ATF 131 V 431; RJN 2014 p. 414;Bovay, Procédure administrative, 2èmeéd., Berne 2015, p. 218ss), il se justifie dès lors de joindre les trois dossiers et de statuer dans une décision unique.

1.4.L'objet de la contestation est déterminé par le dispositif de la décision contestée, laquelle prend acte de la renonciation de la recourante à la contribution de la Confédération, mais tout en prenant en considération les travaux effectués jusqu'au 31 mai 2017. En d'autres termes, la décision querellée limite le droit à la contribution aux travaux effectués jusqu'à la date précitée. Dans son mémoire de recours, la recourante conteste avoir renoncé à la contribution et demande à ce que les travaux effectués jusqu'au 31 juillet 2017 soient pris en compte pour la contribution fédérale. Par conséquent, l'objet du litige se limite aux questions de savoir s'il existe un fondement juridique à l'échéance des travaux qui conditionnerait le droit à la contribution (infra 4-5) et quelle est la nature (fixe ou prorogeable) de cette échéance (infra 6). Par conséquent, la question de savoir si la recourante a renoncé à la subvention (cf. motifs du recours, p. 5-6) n'a pas de portée propre au vu de l'objet du litige. Au préalable, il convient de déterminer le droit applicable temporellement (infra 2) et si les bâtiments de la recourante sont éligibles à la contribution fédérale (infra 3).

2.En premier lieu, il convient de déterminer, d'un point de vue temporel, le droit applicable.

2.1.Entrée en vigueur le 1eroctobre 2000, la loi fédérale sur la réduction du bruit émis par les chemins de fer (LBCF; RS 742.144) règle, dans sa teneur initiale (RO 2000 2210), la réduction du bruit émis par les chemins de fer, notamment grâce aux mesures sur l'isolation acoustique des bâtiments (article premier al. 1 et 2 let. c.). L'actuelle ordonnance sur la réduction émise par les chemins de fer (OBCF), du 4 décembre 2015, contient à l'article 16 la disposition transitoire suivante : "Les mesures de réduction du bruit approuvées en première instance avant l'entrée en vigueur [le 1erjanvier 2016] de la présente ordonnance sont régies par l'ancien droit". L'ancienne ordonnance d'application (aOBCF; RS 742.144.1; RO 2001 2990), du 14 novembre 2001, prévoyait que les mesures d'isolation acoustiques pour les locaux exposés à des immissions supérieures aux valeurs limites (mais inférieures à la valeur d'alarme) devaient être approuvées préalablement à leur réalisation par les autorités cantonales compétentes et que cette approbation tenait lieu de décision d'allouer la contribution (article 32 al. 4aOBCF).

2.2.En l'espèce, la procédure fédérale d'approbation date de 2012 (D. 10.1), le service a approché la recourante en 2013 puis en 2014 (D. 10.2) et la convention établie (en mai 2015 D. 10.9) après l'examen du dossier peut être assimilée à l'approbation cantonale préalable prévue à l'article 32 alinéa 4aOBCF.

2.3.Par conséquent, le présent litige est soumis à l'ancien droit, formé par la LBCF dans sa teneur initiale (RO 2000 2206) et par l'ancienne ordonnance du 14 novembre 2001(aOBCF).

3.

3.1.La LBCF instaure à l'article 10 deux catégories de mesures d'isolation des bâtiments existants. La première vise les bâtiments pour lesquels les valeurs d'alarme ne sont pas respectées, auquel cas les propriétaires sont obligés de poser des fenêtres antibruit et la Confédération prend en charge l'intégralité des coûts (al. 1). La seconde vise les bâtiments où seules les valeurs limites d'immission (VLI) sont dépassées, auquel cas les propriétaires peuvent, sans obligation, poser des fenêtres antibruit, et la Confédération alloue une contribution de 50% à fond perdu (al. 2). Dans les deux cas, l'autorisation de construire des bâtiments concernés doit être entrée en force avant le 1erjanvier 1985 (al. 4).

3.2.En l'espèce, les bâtiments de la recourante sont au bénéfice d'un permis de construire délivré le 18 juin 1982 (D. 16). Rien n'indique au dossier que ledit permis serait entré en force après le 1erjanvier 1985. Le degré II de sensibilité au bruit est affecté aux bâtiments (article 43 al. 1 let. b. de l'Ordonnance de protection contre le bruit (OPB), du 15 décembre 1986; SITN, état au 16 octobre 2017). Selon l'annexe 3 de l'OPB, les VLI diurnes et nocturnes sont respectivement de 60 et 50  dB(A). Les valeurs d'alarme sont respectivement de 70 et 65 dB(A). Selon l'étude préalable relatée dans la convention (D. 10.9), les VLI sont dépassées d'au maximum 8 dB(A) la nuit pour l'immeuble de la rue C., de sorte que les valeurs d'alarme ne sont pas atteintes.

3.3.Par conséquent, les immeubles de la recourante sont bien éligibles pour une contribution au sens de l'article 10 alinéa 2 LBCF et non pas au sens de l'article 10 alinéa 1 LBCF. Il s'agit donc d'un programme volontaire.

4.Selon la LCBF, les mesures sur les bâtiments devaient être achevées le 31 décembre 2015 (article 3). Le message du Conseil fédéral, du 1ermars 1999, ne commente pas la question des délais (FF 1999 4530). La loi fédérale initiale a un "effet jusqu'au 31 décembre 2015" (art. 15 al. 3). Modifiée par la loi du 27 septembre 2013 (RO 2014 469), la LBCF a été "prorogée jusqu'au 31 décembre 2028" (article 15 al. 4), mais sans prolonger le délai d'achèvement de l'article 3 ni modifier la fin de "l'effet" de la loi prévue à l'article 15 alinéa 3. Interprétée littéralement, la loi fixerait un délai légal d'achèvement des travaux à fin 2015. Toutefois, dans son message du 30 novembre 2012 sur la modification de la LBCF, le Conseil fédéral qualifie de "délai d'ordre" celui concernant l'achèvement de l'assainissement du matériel roulant [initialement fixé au 31 décembre 2009] et propose de le prolonger 31 décembre 2015. Par contre, il ne qualifie pas la délai relatif aux mesures d'isolation acoustique mais relate, pour les mesures compensatoires (10 al. 1 LBCF), qu'il n'est pas indiqué de le prolonger vu l'urgence de l'assainissement (FF 2012 443, 473). Il mentionne également que les projets qui font l'objet d'une décision entrée en force de l'OFT avant fin 2015 pourront ultérieurement obtenir une indemnisation (FF 2012 473), de sorte que pour le Conseil fédéral, l'échéance de l'article 3 LBCF s'applique en réalité plus à l'approbation du programme anti-bruit qu'à l'achèvement des travaux. Par conséquent, on ne saurait retenir que la loi fixe une date butoir pour achever les travaux.

5.

5.1.Selon la loi fédérale sur les subventions (LSu), du 5 octobre 1990 (RS 616.1), la LSu s'applique à toutes les aides financières sauf dispositions contraires d'autres lois ou arrêtés fédéraux de portée générale (art. 2 al. 1 et 2). Sont des aides financières les avantages monnayables accordés à des bénéficiaires étrangers à l'administration fédérale aux fins d'assurer ou de promouvoir la réalisation d'une tâche que l'allocataire a décidé d'assumer (art. 3 al. 1). C'est par l'intermédiaire des cantons que les demandes sont présentées et que les aides financières sont versées (art. 8). Les aides financières et les indemnités sont en règle générale allouées par voie de décision ou, lorsque l'autorité compétente jouit d'une grande marge d'appréciation, par contrat de droit public (art. 16 al. 1 et 2). Le contrat est fondé sur une proposition préalable (art. 19 al. 2) qui doit au minimum (selon le renvoi de l'art. 20 à l'art. 17) définir la nature et le montant de l'aide ou de l'indemnité et, si le montant ne peut être définitivement fixé, les frais susceptibles d'être pris en compte, le pourcentage de la participation et son montant maximal (art. 17 al. 1). En l'absence de prescriptions juridiques en la matière, le contrat fixe en outre le terme prévu pour le versement de l'aide (art. 17 al. 2 let. a par analogie). L'article 34aOBCF prévoit toutefois que les demandes de remboursement et les décomptes doivent être adressés aux cantons après l'achèvement des constructions (alinéa 1) et que le versement est réglé par l'OFT, en accord avec les cantons et se conforme à la loi fédérale sur les subventions (al. 2).

5.2.En l'espèce, la contribution litigieuse est bien prévue par le droit fédéral (art. 10 al. 2 LBCF et 2 LSu) et à ce titre, elle constitue une aide au sens de l'article 3 LSu. Le canton joue le rôle d'intermédiaire (art. 8 LSu). Elle peut ainsi faire l'objet soit d'une décision, soit d'un contrat de droit public (art. 16 LSu).

Dans une jurisprudence bien établie, le Tribunal fédéral admet que l’autorité peut recourir au contrat de droit administratif (ou contrat de droit public) non seulement lorsque la loi l’autorise expressément, mais également lorsqu’elle ne l’exclut pas, encore faut-il que la loi laisse une place à une réglementation contractuelle. Tel n’est pas le cas lorsqu’elle régit de façon détaillée la relation juridique (ATF 136 I 142; 136 II 415; RJN 2003, p. 395;Tanquerel, Manuel de droit administratif, Schulthess 2011, p. 336 ch. 989;Moor / Poltier, Droit administratif, Berne 2011, vol. II, p. 440, 458-459).

Comme le droit fédéral ne fixe pas de délai légal pour l'achèvement des travaux litigieux (supra 4), on doit admettre que la loi laisse la place à une réglementation contractuelle, ce que l'article 16 LSu confirme expressément. Par conséquent, les parties sont habilitées à concrétiser ce que la LBCF ne traite pas au moyen d'un contrat de droit public.

La convention conclue par les parties en mai 2015 (D. 10.9) met en œuvre, dans un cas particulier, le droit public fédéral inhérent à la protection contre le bruit ferroviaire (LBCF, LPE et OPB). Elle se réfère aux base légales applicables (ch. 1), décrit le système de l'article 10 LCBF (ch. 2), établit le dépassement des VLI, en-deçà des valeurs d'alarme, décrit les variante d'exécution (ch. 3), fixe un délai d'assainissement au 31 décembre 2016 (ch. 4), les exigences techniques à respecter (ch. 5) et le pourcentage de la contribution (ch. 6). La recourante a choisi la variante d'exécution par le propriétaire (p. 6).

5.3.La convention de mai 2015 est donc un contrat de droit public au sens de l'article 16 LSu, dans la mesure où son contenu (supra 5.2) correspond aux exigences formulées aux articles 16, 17, 19 et 20 LSu qui sont remplies. En effet, le contrat définit la prestation volontaire de la recourante, la nature de l'aide fédérale, le pourcentage de la participation et il fixe un terme pour l'assainissement.

Par conséquent, en signant la convention de 2015, la recourante s'est engagée à doter ses bâtiments de fenêtres antibruit jusqu'au 31 décembre 2016. Cet engagement pallie l'absence de délai légal et s'y substitue, vu la nature du contrat qui a pour objet l’exécution d’une tâche publique (protection contre le bruit), visant à produire des effets bilatéraux obligatoires (Tanquerel, op. cit., p. 331 ch.970). On doit donc en conclure que l'achèvement des travaux au 31 décembre 2016 constitue une échéance qui conditionne le droit à la contribution fédérale, en vertu de la LSu et de l'article 32 alinéa 4aOBCF, de la marge de manœuvre laissée aux parties par la LBCF et de l'engagement de la recourante. Admettre le contraire reviendrait à ôter tout effet obligatoire à cet engagement et viderait de toute portée la convention ou reviendrait à qualifier celle-ci de perpétuelle, ce qui n'est pas plus admissible (Moor / Poltier, op. cit., p. 481 note 240).

6.Il reste à déterminer si l'échéance ainsi fixée est prorogeable.

6.1.Lorsque les cantons, en vertu de la législation spéciale, allouent eux-mêmes des aides ou des indemnités soumises au droit fédéral, les autorités fédérales peuvent édicter des directives en vue d'assurer une pratique uniforme ainsi que l'égalité de traitement dans l'octroi des prestations (article 22 alinéa 1 LSu). A ce sujet, la directive de l'OFT "Réduction du bruit émis par les chemins de fer – Réalisation des mesures antibruit sur les bâtiments existants" (Berne, décembre 2006; ci-après "Directive") indique notamment que : les mesures devraient être terminées dans les 2 ans après l'envoi des documents au canton (p. 11); les demandes de prolongation doivent être justifiées et présentées avec un nouveau plan des délais; le décompte final doit avoir lieu au plus tard 6 mois après la fin du projet (p. 12). La directive relate les diverses opérations consécutives aux travaux (p. 13).

6.2.En 2015, les parties ont décidé de fixer l'achèvement des travaux à fin 2016 (supra 5.3). Selon les informations du service dans ses prises de position, ce même délai a été fixé pour tous les projets de la commune de D., par égalité de traitement entre les propriétaires concernés. Il ressort du dossier que le délai initial de clôture avait été fixé au 23 août 2014. En avril 2016, l'OFT l'a prolongé jusqu'au 31 juillet 2017 (courrier du 18 avril 2016, annexé à D. 22) pour les projets de la commune de D. De la sorte, le service pouvait établir le décompte final durant le premier semestre de 2017, dans le délai de 6 mois prévu par la Directive (p. 12). Par ailleurs, les explications confuses de l'OFT ne permettent pas d'avoir une idée précise de sa réelle marge de manœuvre, de sorte qu'on s'en tiendra à l'échéance que cet office a fixé dans son courrier du 18 avril 2016.

L'inaction de la recourante entre mai 2015 et l'été 2016 (D. 4.5 et D. 4.6; les métrés annexés au devis, D. 4.11 datent du 2 septembre 2016) et l'absence d'information de sa part durant cette période ou simplement l'envoi d'un nouveau plan des délais (Directive, p. 12) ont empêché le service de solliciter une nouvelle prolongation auprès de l'OFT. Ce service a toutefois exceptionnellement accepté de prolonger le délai au 30 avril 2017, réduisant de trois mois la durée réservée au contrôle des travaux, à l'examen du dossier et à l'établissement du décompte en vue de l'envoi à l'OFT. La date du 30 avril correspond d'ailleurs à celle sollicitée par la gérance de la recourante en décembre 2016 (D. 4.7).

6.3.Vu ce qui précède et bien qu'on puisse douter, au vue de la nature de l'engagement de la recourante (supra 5.3), de la validité d'une prolongation de l'échéance fixée dans les circonstances décrites au dossier, on retiendra que l'échéance au 30 avril 2017, finalement prolongée au 31 mai 2017, était l'ultime délai possible pour permettre au service de procéder ensuite aux démarches de clôture, compte de la date de bouclement fixé par l'OFT, dans le respect du principe de l'égalité de traitement et de la pratique uniforme souhaitée par l'OFT. Se borner à retenir la date du 31 décembre 2016 exposerait à la recourante à unereformatio in pejus.

7.La recourante prétend que le refus de prolonger le délai pour l'achèvement des travaux au 31 juillet 2017 est illégal et se prévaut, à l'appui de ce motif, d'une constatation incomplète des faits pertinents et d'un abus du pouvoir d'appréciation du service.

7.1.La recourante reproche à la décision de ne pas mentionner que le délai initial de la convention était fin 2015 et qu'il a été décidé de le prolonger à fin 2016 au vu de l'ampleur du projet. Comme on l'a vu ci-dessus, la prolongation à fin 2016 était dictée compte tenu des différents projets en cours de la commune de D. : il ne ressort pas du dossier que cette prolongation se fonderait exclusivement sur l'ampleur du dossier de la recourante. On ne saurait donc reprocher au service de ne pas avoir mentionné ce fait qui n'a pas de pertinence, dans la mesure où le dossier démontre que le service était tenu par la date du 31 juillet 2017 pour le dépôt des documents de clôture auprès du l'OFT.

7.2.Il n'est pas contesté que le service disposait d'un pouvoir d'appréciation s'agissant de la fixation du délai d'échéance des travaux. Toutefois, ce pouvoir n'était pas illimité : le service était tenu de livrer les documents de clôture à fin juillet.

La recourante voit une violation du principe de la proportionnalité, eu égard à l'intérêt public véhiculé par la LCBF. A ce sujet, elle perd de vue que comme les valeurs d'alarme ne sont pas atteintes, l'intérêt public dont elle se prévaut n'est pas prépondérant en l'absence d'obligation de prendre des mesures (article 10 alinéa 2 LBCF; FF 1999 4552; article 3 alinéa 1 LSu) et ne saurait être soulevé pour mesurer le respect du principe de la proportionnalité. Par ailleurs, le recourante ne peut pas plus se prévaloir de son intérêt privé, puisqu'elle a reporté le coût des mesures volontaires sur les loyers selon la législation en vigueur (D. 4.9) : la perte d'une partie de la subvention ne devrait pas lui porter préjudice même si elle tient à assumer la démarche volontaire initiée en terminant les travaux.

On observe également que les raisons relatées dans le recours (p. 3-4 : volonté d'obtenir d'autres variantes au devis, travaux exécutés au printemps, etc.) à l'appui du retard pris par la recourante eu égard à son engagement contractuel n'ont pas été indiquées au service. Il ressort uniquement du dossier que, environ une année et demie après la signature de la convention, la gérance indique laconiquement au service, le 5 décembre 2016, que la recourante a décidé de reporter les travaux au premier semestre de 2017 (D. 4.7). On ne saurait reprocher au service de ne pas avoir pris en considération des explications données après la décision. A ce sujet, la recourante n'explique pas pourquoi elle n'a pas fait ces démarches en 2015-2016, alors qu'elle avait déjà été informée des limitations temporelles du programme (supra A.d; D. 10.12-14).

C'est encore le service qui intervient en mars 2017 (D. 10.14) pour obtenir les renseignements attendus par Y. SA depuis un mois. Il ressort du dossier que le service a correctement fait usage de son pouvoir d'appréciation, puisqu'il a repoussé au final de 5 mois l'échéance contractuelle fixée selon l'engagement de la recourante, compressant à 2 mois au lieu de 7, le temps nécessaire au contrôle des travaux et à l'établissement des documents de décompte et de clôture, alors qu'il aurait pu se limiter à la date du 31 décembre 2016. Au contraire, il a essayé de soutenir au maximum la recourante dans ses démarches tardives, dans les limites fixées par l'OFT et le principe d'égalité de traitement. Il n'a donc pas fait preuve d'arbitraire en refusant de prolonger ce délai encore au 31 juillet 2017. Par ailleurs, la recourante n'a pas indiqué, dans ses prises de position depuis le mois d'août 2017, qu'elle aurait terminé les travaux à la date qu'elle sollicitait.

Vu ce qui précède, les griefs d'abus du pouvoir d'appréciation et de violation du principe de la proportionnalité sont mal fondés.

8.La recourante soulève, dans ses observations du 25 septembre 2017 (D. 26), un grief de violation des règles de procédure, à la suite de l'intervention directe du service auprès de l'OFT. On donne acte à la recourante que la démarche n'était pas conforme à l'article 39 LPJA. Toutefois, cette irrégularité (le service aurait dû demander au service instructeur d'intervenir à nouveau auprès de l'OFT) n'entache pas la décision attaquée et a été réparée, dans le mesure où le service instructeur a immédiatement permis à la recourante de se déterminer.

9.Entièrement mal fondé, le recours sera rejeté. La recourante, qui succombe, est condamné aux frais (art. 47 LPJA). Vu l'issue du recours, il n'est pas octroyé de dépens (art. 48 LPJA a contrario). Lorsque le tarif laisse une marge d'appréciation à l'autorité, celle-ci fixe les frais à raison de sa mise à contribution, de l'importance de la cause et de ses difficultés (art. 6 du Décret fixant le tarif des frais, des émoluments de chancellerie et des dépens en matière civile, pénale et administrative du 6 novembre 2012, TFrais; RSN 164.1). En l'espèce, la présente cause a nécessité des échanges d'écritures, une instruction, des recherches juridiques et la rédaction de la décision. Vu ce qui précède et tout bien considéré, l'émolument sera fixé à 1'000 francs auxquels s'ajoutent les débours de 100 francs (art. 44 et 49 TFrais). Le montant total est partiellement  pris sur l'avance de frais de 1'000 francs de la recourante.

Par ces motifs, le conseiller d'État, chef du Département du développement territorial et de l'environnement,

décide :

1.Prononce la jonction des causes.

2.Le recours est rejeté.

3.Un émolument de 1'000 francs et des débours s’élevant à 100 francs sont mis à la charge de la recourante et sont partiellement prélevés sur son avance de frais.

4.Il n'est pas alloué de dépens.

Neuchâtel, le 6 novembre 2017

Laurent Favre