Opposition de 22 particuliers domiciliés à Vaumarcus au plan cantonal d'exploitation des matériaux lacustres. Qualité pour s'opposer en fonction de la distance aux rives du lac et des nuisances attendues. Le déplacement du périmètre d'extraction à l'ouest n'est pas possible en raison de la présence d'une zone de protection pour la reproduction de l'omble chevalier, de la proximité d'un objet protégé par l'IFP et de la frontière cantonale vaudoise. La réduction du périmètre conduirait tôt ou tard à la création de nouvelles zones d'extraction, en contrariété avec le plan directeur cantonal. La distance minimale de la zone d'extraction à la rive respecte les dispositions fédérales en matière de navigation. Contrairement à l'avis des opposants, la question de la protection du paysage a été abordée dans le rapport d'impact et il n'existe guère de motif de remettre en question les conclusions dudit rapport. Les griefs des opposants relatifs à la comparaison avec d'anciens profils topographiques ne sont pas pertinents, seule entrant en ligne de compte la topographie sous-lacustre actuelle, dans la limite de la zone d'extraction. Le phénomène d'accumulation des matériaux sur les rives est connu en d'autres lieux du lac de Neuchâtel et s'explique par différents facteurs naturels ou résultant de l'activité humaine, de sorte que le dragage (à supposer qu'il ait une influence), n'en serait pas l'unique cause. Les opposants ont dénoncé la présence de matériel usagé dans la nature. Cette dénonciation a été transmise au service compétent, qui a fait retirer à l'entreprise de dragage ledit matériel. Pour le surplus, le dénonciateur n'a pas la qualité de partie à la procédure. Levée de l'opposition, dans la mesure où elle est recevable.
Volltext (verifizierbarer Originaltext)
A.
A.a.
L'entreprise A. SA (abrégée ci-après A. ou l'entreprise) a notamment pour activité l'extraction et le traitement des matériaux lacustres dans le lac de Neuchâtel. Le 25 mars 1981, A. s'est vu octroyer par l'Etat de Neuchâtel une concession pour l'extraction de matériaux dans les zones de dragage suivantes: B., C., D., E. et F. Cette concession, plusieurs fois complétée, a été prolongée par le Conseil d'Etat jusqu'au 31 décembre 2012. L'entreprise ayant sollicité la prolongation de sa concession, l'Etat de Neuchâtel a décidé que les périmètres de dragage devaient faire l'objet d'un plan d'affectation cantonal (PAC). Ce PAC a été élaboré par l'entreprise en collaboration avec le service de l'aménagement du territoire, le service de l'environnement et de l'énergie et le service des ponts et chaussées. Il est composé d'un règlement, de divers plans et est accompagné d'un rapport d'impact sur l'environnement (ci-après: rapport d'impact ou RIE) ainsi que d'un rapport de conformité selon l'article 47 de l'ordonnance sur l'aménagement du territoire (OAT), du 28 juin 2000 (ci-après: rapport 47 OAT).
A.b.
Signé le 7 décembre 2010 par le chef du Département de la gestion du territoire, le projet de PAC a été mis à l'enquête publique du 7 janvier au 7 février 2011.
B.
Le 5 février 2011, M. G. et 21 autres personnes ont formé opposition au PAC précité, en tant qu'il concernait la commune de B. Ils ont tout d'abord demandé que la zone d'extraction soit déplacée vers l'ouest au-delà des frontières cantonales, subsidiairement que la zone d'extraction soit déplacée vers l'ouest dans les limites cantonales, de sorte qu'elle soit réduite mais exploitée plus longtemps. Ils ont ensuite indiqué que si aucune de leurs propositions n'était retenue, ils s'opposaient à tout renouvellement de la concession.
En bref, les opposants ont fait valoir que les dragues se rapprochaient de la rive avec les années à mesure que le matériel utilisé devenait plus performant, et que les zones de dragage n'étaient pas balisées, empêchant le contrôle du respect des distances. Ils ont également posé la question des conditions des concessions actuelles et futures, relevant la présence de matériel usagé dans la nature et ont relevé que la question de la pollution visuelle n'avait pas été examinée. Les opposants ont encore allégué qu'il était impossible de comparer avec les profils sous-lacustres des années précédentes et qu'aucune étude n'avait été réalisée quant aux matériaux qui s'accumulaient sur le rivage et dans les ports, à l'intérieur des zones de dragage.
C.
Le 16 mars 2011, A. a déposé ses observations sur l'opposition précitée, concluant à son rejet. S'agissant de l'atteinte au paysage, il a relevé que selon le rapport d'impact, le mode d'extraction n'occasionnait qu'un impact paysager local et momentané et qu'au surplus, les riverains s'étaient accommodés depuis des décennies de la présence des dragues sur le lac. Concernant l'accumulation de gravier invoquée par les opposants, l'entreprise a indiqué que ce processus ne provenait pas de l'activité de dragage mais pouvait s'expliquer par d'autres causes (reprise du transit naturel après le comblement des fosses, conséquences de la correction des eaux du Jura, épisodes de bise, constructions riveraines, etc.). Par ailleurs, il n'était pas possible de déplacer le périmètre de dragage à l'ouest de B. car la topographie sous-lacustre était abrupte et accidentée dans ce secteur, il y aurait empiètement sur la frontière cantonale et il s'y trouvait un important site de reproduction de l'omble chevalier. Enfin, la navigation des chalands dans les zones riveraines était parfaitement autorisée, moyennant le respect des exigences formulées dans la législation fédérale sur la navigation.
D.
Le 22 mars 2011, le Département de la gestion du territoire (ci-après: le département) a déposé ses observations sur l'opposition précitée, concluant à son rejet. Il s'est référé à l'étude d'impact, relevant que tous les services compétents avaient donné des préavis favorables. Le département a ensuite relevé, s'agissant de la localisation des secteurs, que seuls ceux dans lesquels il y avait des gisements qui pouvaient être exploités de manière rentable avaient été pris en compte, et qu'au surplus, le PAC englobait tous les secteurs pour lesquels des entreprises pourraient demander des concessions dans le futur. Concernant les dépôts de sable et de graviers, le département a indiqué que les phénomènes qui régissaient le transit alluvionnaire étaient nombreux et complexes, et que le dépôt sédimentaire sur le littoral aurait lieu même sans exploitation de matériaux. Le département a enfin relevé que les prescriptions légales sur la navigation limitaient celle-ci à proximité des rives, notamment par rapport à la vitesse des bateaux, mais qu'il n'y avait pas de conflit avec le principe du dragage dans ces mêmes secteurs.
E.
Une séance de conciliation et vision locale a eu lieu le 11 juillet 2011 en présence de M. G. ainsi que de personnes auteurs d'autres oppositions, de représentants du Conseil communal de B., de A., des auteurs de l'étude d'impact sur l'environnement, du département et du service juridique de l'Etat, chargé de l'instruction de l'opposition (ci-après: le service juridique). Chaque partie a pu exposer ses arguments, relatés dans le procès-verbal du 12 juillet 2011, puis une proposition transactionnelle a été émise. Selon cette proposition, les dragues pourraient être retirées entre le 1erjuin et le 30 septembre dans la zone comprise entre les cotes 12 et 19 sur la plan ***. La séance a été suivie d'une vision locale au bord du lac.
F.
Le 19 juillet 2011, M. G. a adressé au chef du département une dénonciation relative au matériel usagé laissé dans la nature, demandant quel service était chargé de la surveillance en la matière et quelles seraient les sanctions, relevant que ce point de son opposition était resté sans réponse. M. G. a indiqué qu'il attendait une réponse précise à ce sujet pour prendre une décision quant à la levée de [son] opposition.
G.
G.a.
Le 13 août 2011, les opposants ont indiqué qu'en l'absence de prise de position de A. sur la proposition transactionnelle formulée lors de la séance de conciliation, et faute de réponse à la dénonciation du 19 juillet 2011, ils ne retiraient pas leur opposition. Ils ont également proposé de positionner la drague "Odyssée" devant la zone portuaire communale durant la saison hivernale 2011/2012 afin de se rendre compte de l'impact des nuisances.
G.b.
Le 15 août 2011, A. s'est déterminée sur le procès-verbal du 12 juillet 2011. L'entreprise a rappelé que dans le cadre de ses premières discussions avec le Conseil communal, elle s'était engagée à retirer ses dragues entre le 1erjuillet et le 31 août entre les profils 12 et 16 du plan ***, que la proposition émise lors de la séance de conciliation engendrait des problèmes d'efficacité dans son activité mais que dans l'hypothèse d'un retrait des oppositions, elle était prête à accepter l'absence de toutes dragues entre le 15 juin et le 1erseptembre dans la zone comprise entre les profils 12 et 19 du plan susmentionné.
H.
Par courrier du 25 août 2011, le service juridique a prié les opposants de se déterminer sur la contre-proposition de A. et les a informés que leur dénonciation avait été transmise au service de la faune, des forêts et de la nature (SFFN), lequel allait interpeller l'entreprise pour qu'elle retire le matériel usagé.
I.
Le 8 septembre 2011, les opposants ont répété que s'agissant du matériel usagé, les services de l'Etat n'avaient pas fait leur travail et ont posé la question sur la manière dont serait retiré le matériel, ainsi que les conséquences et les sanctions; ils ont également sollicité une entrevue sur place avec les personnes et instances concernés. Les opposants ont par ailleurs relevé que leur proposition de positionnement de la drague Odyssée n'avait pas reçu de réponse et que la contre-proposition de A. n'était pas claire.
J.
Le 11 novembre 2011, le service juridique a informé les parties qu'une autre opposante avait accepté la contre-proposition de l'entreprise et qu'elle retirait son opposition. Par ailleurs, le service juridique avait à nouveau contacté le SFFN par rapport au matériel usagé: le 1ernovembre 2011, le conservateur de la nature avait prié l'entreprise d'éliminer jusqu'au 15 décembre 2011 les restes des câbles d'amarrage sans porter atteinte à la végétation ligneuse, sous la surveillance de l'ingénieur forestier d'arrondissement. Le service juridique a encore indiqué que la dénonciation ne faisait pas partie de la procédure, qu'il n'y serait plus revenu et a invité les opposants, cas échéant, à s'adresser directement au SFFN.
K.
Par courrier du 24 novembre 2011, les opposants ont relevé que plusieurs de leurs questions relatives au matériel usagé et aux essais de positionnement de la drague Odyssée étaient restées sans réponse; que les sédiments s'accumulaient bel et bien au point de combler un port et que ce phénomène n'existait pas au-delà des limites de la concession; et enfin qu'ils étaient disposés à lever leur opposition si la zone d'extraction située entre les cotes 12 et 19 du plan *** était abandonnée et balisée de manière à pouvoir être contrôlée de la rive.
L.
Le 12 décembre 2011, A. a exposé que la durée du retrait des dragues entres les profils 12 et 19 du plan précité s'avérerait problématique car elle allongerait les travaux d'extraction, qui ne serait pas dans l'intérêt des riverains, et contreviendrait aux impératifs de l'entreprise pour honorer les commandes de ses clients; au surplus, il n'était pas question d'abandonner cette zone d'extraction même si elle avait déjà été partiellement exploitée. Par ailleurs, la limite de dragage entre 150 et 300 m de la rive était conforme à la législation.
L'entreprise a également indiqué qu'elle avait récemment décidé d'acquérir de nouveaux engins, lesquels permettraient encore davantage de limiter l'impact en matière de bruit. Concernant enfin l'élimination du matériel usagé, l'entreprise a précisé qu'elle avait débarrassé d'anciens câbles laissés par d'autres entreprises il y a plusieurs années ainsi que 300 litres de détritus en tous genres et que la bonne exécution des travaux avait été constatée par le conservateur de la nature lors d'une vision locale le 9 décembre 2011.
M.
Le 15 décembre 2011, le service juridique a transmis les derniers échanges d'écritures aux parties, constaté qu'une solution amiable n'avait pu être trouvée et que l'instruction de l'opposition était désormais close. Le service juridique a toutefois relevé que l'accord passé entre une autre opposante et A. portant sur le retrait des dragues du 15 juin au 1erseptembre entre les cotes 12 et 19 sur le plan *** profiterait de toute manière aux opposants.
Considérant en droit:
1.
1.1.
Selon son article premier, la loi sur l'extraction de matériaux (LEM), du 31 janvier 1991, a pour but de régler l'exploitation des gisements de matériaux nécessaires à l'économie afin de répondre aux besoins du canton dans le respect de l'environnement, de la forêt, de la nature et du paysage. Selon l'article 2, cette loi s'applique à tous les gisements, même immergés, qu'ils soient superficiels ou profonds, de matériaux tels que pierre, gravier, sable, marne, glaise, terre ou tourbe, à l'exception des gisements soumis à la loi sur les mines et les carrières, du 22 mai 1935, et à toutes les formes d'exploitation de ces gisements, par des moyens mécaniques ou manuels, y compris le dragage, avec ou sans utilisation d'explosifs, ainsi qu'aux constructions, installations et aménagements nécessaires à l'extraction et à l'évacuation des matériaux.
L'ouverture et l'exploitation de gisements de matériaux à des fins industrielles, commerciales ou d'intérêt public, ainsi que la reprise d'une exploitation abandonnée ou l'extension d'une exploitation en activité doivent faire l'objet de plans spéciaux dits "plans d'extraction" (art. 5).Les plans d'extraction sont établis par la commune, éventuellement par le canton, sur la base d'un projet concret d'exploitation. Les dispositions de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire concernant la procédure d'adoption et de sanction des plans d'aménagement cantonaux et communaux sont applicables (art. 7).
1.2.
En l'occurrence, il s'agit d'un plan d'affectation cantonal. En vertu des articles 25 et 26 de la loi cantonale sur l'aménagement du territoire (LCAT), du 2 octobre 1991, les plans d'affectation cantonaux sont établis par le service l'aménagement du territoire; ils sont signés par le département après avoir été mis en circulation auprès des communes concernées et des départements et services intéressés. Puis ils sont mis à l'enquête publique pendant 30 jours. Les intéressés et les communes touchées par le plan peuvent faire une opposition écrite et motivée au Conseil d'Etat.
1.3.
En l'occurrence, l'opposition, signée et motivée, a été formée pendant le délai de mise à l'enquête du plan d'affectation cantonal, de sorte qu'elle est recevable de ce point de vue. Il convient encore de déterminer si les opposants ont qualité pour agir. Selon l'article 32, lettre a LPJA, a qualité pour recourir [et par là-même pour s'opposer] toute personne, corporation et établissement de droit public ou commune touchés par la décision et ayant un intérêt digne de protection à ce qu'elle soit annulée ou modifiée. La jurisprudence reconnaît la qualité pour recourir ou pour s'opposer à celui qui se trouve dans une relation spéciale, étroite et digne d'être prise en considération avec l'objet de la contestation. Il faut donc que l'admission de l'opposition procure à l'opposant un avantage, de nature économique, matérielle ou idéale (ATF 1C_387/2007 du 25 mars 2008, consid. 3 et références citées; RJN 2002, p. 330/331 et références citées; RJN 1995, p. 265). En aménagement du territoire, la qualité pour agir d'un tiers est toujours étroitement liée à deux facteurs interdépendants: la distance par rapport au projet et l'intensité des nuisances attendues (P. Zen-Ruffinen/C. Guy-Ecabert, Aménagement du territoire, construction, expropriation, Berne 2001, no 1655).
1.4.
En l'espèce, les opposants sont domiciliés à B. aux lieux suivants: H., I., J., K., L et M. Une opposante est domiciliée à Neuchâtel.
Les opposants domiciliés au H., au J. et I. sont éloignés des rives du lac d'environ 150 m à 300 m et vu la distance, doivent se voir reconnaître la qualité pour s'opposer. Ce sont d'ailleurs ces quartiers qui ont été pris en compte sur le plan des degrés de sensibilité au bruit et distances à respecter dans le PAC (p. 53 du rapport 47 OAT). L'on peut par contre émettre des doutes quant à la qualité pour agir des opposants domiciliés aux K., à M. ou au L., qui sont plus éloignés du bord du lac. La question peut toutefois rester ouverte étant donné que les premiers opposants cités ont cette qualité.
Quant à Mme N., elle est domiciliée à Neuchâtel. Certes, selon le registre du commerce, elle est administratrice déléguée de la société O. SA de B.; toutefois, elle n'a pas précisé s'opposer au nom de la société et de toute manière, elle ne dispose que de la signature collective à deux. Par conséquent, son opposition est irrecevable.
2.
Les griefs des opposants ne sont pas toujours très clairement exposés et certains peuvent être assimilés à de simples remarques. L'autorité de céans a tenté de les regrouper et de les résumer de la manière suivante:
·Déplacement ou réduction de la zone d'extraction
·Distances à la rive des dragues
·Pollution visuelle
·Comparaison des profils sous-lacustres
·Accumulation de matériaux sur les rives
·Matériel usagé (qui fait l'objet de la dénonciation du 19 juillet 2011 au département)
Ces griefs seront repris dans l'ordre dans les considérants ci-après.
3.
3.1.
Les opposants demandent le déplacement vers l'ouest ou la réduction de la zone d'extraction.
3.2.
Selon l'article 3 du règlement du PAC, ce dernier délimite les périmètres d'exploitation suivants: les zones de dragage et les périmètres de noyage. Les articles 5 à 8 du règlement du PAC exposent que les zones de dragage sont destinées à l'extraction de matériaux, qu'elles sont localisées à B., C., D., E. et F., qu'elles sont définies par des coordonnées kilométriques (selon un tableau détaillé) et que les zones en exploitation doivent être balisées.
Le RIE (p. 20) précise que les périmètres précités ont été repris de la prolongation de la concession d'extraction accordée le 21 mars 1981, de l'avenant du 6 mars 2000 à cette concession, des procès-verbaux du chantier de restauration de la zone littorale suite aux chantiers de la N5 et des préavis du service de l'aménagement du territoire ainsi que de l'office et musée d'archéologie.
3.3.
Dans ses observations, le département relève que seuls les secteurs dans lesquels il y a des gisements qui peuvent être exploités de manière rentable ont été pris en compte et qu'au surplus, le PAC englobe tous les secteurs pour lesquels des entreprises pourraient demander des concessions dans le futur. Quant à A., elle explique qu'il n'est pas possible de déplacer le périmètre de dragage à l'ouest de B. car la topographie sous-lacustre est abrupte et accidentée, il y aurait empiètement sur la frontière cantonale et il s'y trouve un important site de reproduction de l'omble chevalier.
3.4.
Si l'on examine le plan figurant à la page 72 de l'annexe 6 du rapport d'impact, il s'avère que l'extrême ouest de la zone d'extraction comprend le périmètre de protection de l'omblière de "P.". Dans ce périmètre, l'arrêt des travaux d'extraction est nécessaire durant la période de reproduction des ombles chevaliers, du 1ernovembre au 30 avril (art. 22 du règlement du PAC). Par conséquent, si l'on devait déplacer vers l'ouest la zone d'extraction, ce périmètre de protection se retrouverait au milieu de ladite zone, ce qui entraînerait des difficultés de cohabitation entre l'activité de l'entreprise et la faune piscicole; autrement dit, le site de reproduction serait "coincé" entre deux zones d'extraction, ce qui ne paraît pas favorable à son but. Par ailleurs, la zone d'extraction a également été fixée en tenant compte de diverses zones de protection fédérales ou cantonales. Ainsi, à l'ouest de B. (carte p. 26) se trouvent les grèves vaudoises du lac, protégées par l'inventaire fédéral des paysages, sites et monuments naturels d'importance nationale (IFP), de sorte qu'un déplacement de la zone d'extraction aurait pour effet d'empiéter sur cet objet. Enfin, et surtout, le PAC litigieux est un instrument d'aménagement du territoire neuchâtelois, qui est tenu de respecter les frontières cantonales, et le déplacement de la zone d'extraction vers l'ouest empiéterait sur le territoire lacustre vaudois.
Il ressort de ce qui précède que les périmètres de dragage ont été choisis sur la base de critères objectifs et qu'il n'est donc pas possible de les déplacer selon les vux des opposants. Ces derniers n'ont d'ailleurs pas remis en question lesdits critères en eux-mêmes.
3.5.
Quant à la réduction de la zone d'extraction, il ressort du rapport 47 OAT (p. 15) que selon l'ancien plan directeur cantonal de 1987, il fallait, en priorité, exploiter les réserves existantes et étendre les lieux d'exploitation existants, de sorte que la poursuite de l'exploitation des zones de dragage lacustres, pour lesquelles A. était au bénéfice d'une concession depuis le 25 mars 1981, répondait pleinement à ces principes.
Le nouveau plan directeur cantonal adopté en juin 2011 contient une fiche de coordination "E_31: Extraire et valoriser les matériaux minéraux", selon laquelle il faut favoriser lutilisation des sites existants et répondant aux exigences de laménagement et de lenvironnement, et justifier la nécessité douvrir ou détendre une exploitation. Le nouveau plan directeur cantonal conserve donc les mêmes objectifs en matière d'extraction de matériaux que le précédent, ce qui permet de retenir qu'au vu des besoins en matériaux, il est justifié de continuer à exploiter des sites existants; une réduction de leur périmètre conduirait tôt ou tard à devoir ouvrir de nouvelles zones d'extraction, qui constitue une solution subsidiaire comme l'on vient de le voir.
Vu ce qui précède, il n'est pas non plus possible d'accéder au vu des opposants concernant la réduction du périmètre d'extraction.
4.
4.1.
Les opposants estiment que les dragues se rapprochent de la rive avec les années, à mesure que le matériel utilisé devient plus performant, et allèguent que les zones de dragage ne sont pas balisées, ce qui empêche le contrôle du respect des distances.
4.2.
Selon l'article 8, alinéas 1 et 2 du règlement du PAC, le balisage des périmètres de dragage doit être réalisé aux frais du/des exploitant(s), conformément aux instructions du service cantonal des automobiles et de la navigation. Seules les zones en exploitation doivent être balisées.
La question de savoir si, par le passé, une absence de balisage a pu engendrer des dépassements des zones d'extraction par les dragues, peut demeurer indécise. En effet, la disposition précitée répond à la préoccupation des opposants et leur permettra de vérifier en tout temps que les dragues respectent les distances qui leur sont imposées.
4.3.
S'agissant des distances à la rive, le plan figurant à la page 26 du rapport 47 OAT montre que selon la concession d'exploitation actuelle, les dragues peuvent aller ponctuellement plus près du rivage que ce que permettrait le PAC. Selon celui-ci, la limite de dragage est arrêtée à 150 m par rapport à la rive, 250 m au large des plages publiques du 1erjuillet au 31 août (art. 11, al. 1 du règlement). La limite de 150 m est conforme à l'article 53 de l'ordonnance sur la navigation intérieure (ONI), du 8 novembre 1978, qui prévoit qu'à lexception des bateaux en service régulier circulant selon lhoraire officiel, des bateaux de police, de ladministration des douanes et des forces de sauvetage, les bateaux à moteur ne peuvent parcourir la zone riveraine intérieure que pour accoster ou partir, stationner ou franchir des passages étroits, ni naviguer à une vitesse supérieure à 10 km/h dans les zones riveraines intérieures et extérieures. Est considérée comme zone riveraine intérieure le plan deau sétendant jusquà 150 de la rive, comme zone riveraine extérieure le plan deau sétendant au-delà de la zone riveraine intérieure jusquà une distance de 300 m, soit de la rive, soit des champs de végétation aquatique situés devant la rive ou des constructions édifiées dans leau.
4.4.
Par conséquent, la distance minimale aux rives prévue par le PAC est égale ou supérieure à la distance actuellement observée dans le cadre de la concession et respecte les dispositions fédérales en matière de navigation. Elle tient compte également des activités propres à la période estivale. À ce propos, il sied de relever qu'en vertu d'un accord trouvé entre une autre opposante et A., les dragages seront suspendus entre les cotes 12 et 19 sur le plan *** du 15 juin au 1erseptembre. Enfin, dans la zone riveraine extérieure, A. sera tenue de respecter la vitesse maximale de 10 km/h lorsqu'elle déplacera les dragues.
5.
5.1.
Les opposants allèguent que la question de la pollution visuelle n'a pas été examinée.
5.2.
Cet allégué est inexact, dans la mesure où le RIE aborde la question de la protection du paysage naturel et bâti (p. 82). Ledit rapport expose que la présence de dragues sur le lac de Neuchâtel peut être considérée comme un impact paysager mais un impact local, sans comparaison avec l'empreinte paysagère qu'occasionnerait une exploitation identique à terre. Les dragues étant de surcroît mobiles, leur impact paysager n'est que momentané. Le RIE conclut que l'impact des dragues sur le paysage naturel peut être qualifié de faible et réversible.
5.3.
L'autorité de céans ne voit guère de motif de remettre cette appréciation en question. En outre, le périmètre d'extraction n'empiète sur aucun objet protégé par les législations fédérale, cantonale et communale. Sur ce dernier point, l'on relèvera que la zone de protection communale "ZP2.1 Grève du Lac" vise à sauvegarder un rivage naturel (forêt et roselière) présentant une valeur écologique élevée (cf. art. 16.2.2 du règlement d'aménagement communal du 3 juillet 1996), et non la vue sur le lac depuis le rivage.
5.4.
L'argument des opposants relatif à la pollution visuelle doit ainsi être écarté.
6.
6.1.
Les opposants allèguent, concernant le relevé sous-lacustre du plan *** du 12 janvier 2010, qu'il est impossible de comparer avec les profils sous-lacustres de 1993 et de se faire une idée de l'évolution. Il leur paraît étonnant de voir la zone de remblayage s'arrêter entre les coupes 13 et 14 alors que le remblayage s'est effectué au minimum à la coupe 16. Les opposants se demandent encore pourquoi sur le site de C. la zone de dragage se situe à la cote 380 alors qu'à B., la zone se situe à la cote 400.
6.2.
Lors de la séance de conciliation, l'un des auteurs de l'étude d'impact a fourni diverses explications techniques et indiqué en particulier que les échelles n'étaient pas toujours les mêmes et que les zones déjà extraites avaient été remblayées, notamment celles très proches de la rive qui avaient été exploitées par les anciennes dragues à godets. M. G. a déclaré comprendre les explications reçues mais estimer que toutes ces données n'étaient pas vérifiables.
6.3.
Les opposants ont produit d'anciens profils topographiques datant des précédentes concessions, qui ne sont pas à la même échelle que ceux figurant sur le plan *** de l'étude d'impact; ils ne peuvent donc être comparés tels quels. Au demeurant; il n'appartient pas à l'autorité de céans de procéder à cette comparaison, dans la mesure où ce sont les fonds sous-lacustres actuels qui sont déterminants pour l'extraction. De même, si le trait rouge représentant le fond du lac, qui figure sur les 19 coupes du plan précité, ne s'arrête pas toujours à la même altitude, c'est simplement que l'altitude des rives n'est pas identique partout; au demeurant, seule importe la topographie sous-lacustre dans la limite de dragage. Par ailleurs, les opposants prétendent que le remblayage s'est effectué au minimum à la coupe 16. Ils n'avancent toutefois aucun élément concret susceptible de remettre en cause ce qui figure sur le plan précité, de sorte que cet argument ne sera pas retenu. Enfin, la question relative à la différence de cotes des zones de dragage de C. et B. n'est guère explicitée et l'autorité de céans ne voit guère en quoi elle serait à même de remettre en cause le plan précité.
6.4.
C'est le lieu de préciser que si le principe inquisitoire oblige l'autorité à instruire d'office la cause en recherchant quelle est la réalité des faits décisifs, il y a des limites dans le devoir d'investigation de l'autorité. D'une part, les parties ont une obligation de collaborer à l'établissement des faits. Elles ont au demeurant intérêt à prouver autant que possible les faits qu'elles allèguent, les conséquences de l'absence éventuelle de preuve d'un fait devant, en vertu de l'article 8 du code civil, être supportées par celui qui entend en déduire un droit. D'autre part, les parties sont tenues de motiver le recours [respectivement: l'opposition] et d'articuler leurs griefs (R. Schaer, Juridiction administrative neuchâteloise, Neuchâtel 1995, pp. 81-82).
7.
7.1.
Les opposants estiment que les travaux d'extraction provoquent des accumulations de matériaux sur les rives et dans les ports, et que ce phénomène n'existe pas hors de la zone de dragage.
7.2.
Lors de la séance de conciliation du 11 juillet 2011, un des auteurs de l'étude d'impact et le géologue cantonal ont expliqué que l'accumulation de matériaux était également présente sur la rive sud du lac où aucune extraction n'était pratiquée, que des travaux avaient eu lieu sur la rive et que les effets de la deuxième correction des eaux du Jura n'étaient pas terminés. Quant au port privé d'une autre opposante, il a été précisé que sur la face est de la digue, le courant provoquait une accumulation de matériaux qui finissaient par "déborder" et rentrer dans le port.
7.3.
Contrairement à l'opinion des opposants, le phénomène de déplacement et d'accumulation des matériaux sur les rives du lac est effectivement observé en d'autres endroits que dans le périmètre des zones de dragage. C'est notamment le cas sur la rive sud du lac (cf. OFEFP, Cahier de l'environnement no 372, "Lutte contre l'érosion sur la Rive sud du lac de Neuchâtel), en raison des vents et des courants lacustres. La zone de B. a également fait l'objet de travaux très importants (construction de l'autoroute N5); dans ce cadre, des mesures de compensation écologique ont été prises, consistant notamment à restaurer la grève et à créer deux îles, ainsi qu'à créer une rive naturelle protégée par trois digues partiellement immergées. Par ailleurs, une digue sous-lacustre a été démolie pour des raisons liées à la sécurité de la navigation. Il apparaît dès lors qu'il existe un ensemble de facteurs susceptibles de déplacer des matériaux sur les rives et que le dragage n'est pas (dans l'hypothèse où ce fait serait avéré) seul en cause. Ce grief est donc rejeté.
8.
8.1.
Le dernier grief des opposants se confond avec la dénonciation adressée le 19 juillet 2011 au chef du Département de la gestion du territoire. Photographies à l'appui, les opposants ont dénoncé la présence de matériel usagé dans la végétation, relevant que dans le cadre, tant de la concession actuelle que du rapport d'impact du plan d'extraction mis à l'enquête, obligation était faite à A. de sortir de l'eau les câbles, corps morts, bouées ou tous autres dispositifs d'ancrage ou matériel d'exploitation usagé. Dans des courriers ultérieurs, ils réclament une séance sur place, un inventaire des matériaux et demandent quelles seront les conséquences et les sanctions
8.2.
Cette dénonciation a été transmise au SFFN et, en novembre-décembre 2011, A. a procédé au retrait des câbles usagés et autres déchets, opération contrôlée par ledit service. Le service juridique en a informé les opposants, qui réitèrent leurs demandes, indiquent n'avoir pas reçu de réponse et s'étonnent que les services de l'Etat aient donné leur aval sans commentaires, alors qu'une bonne dizaine de cas existent entre la STEP de B. et la frontière vaudoise.
8.3.
Selon la jurisprudence, est qualifiée de dénonciation toute requête présentée à une autorité à l'effet de lui faire prendre une mesure à l'égard d'une tierce autorité, qui lui est subordonnée. L'institution a comme fondement le rapport de surveillance existant entre l'autorité saisie et celle dont le comportement est dénoncé. La dénonciation n'ouvre pas une procédure administrative au sens strict du terme, et son issue en tant que telle ne consiste pas en une décision formelle. Le dénonciateur n'a aucun droit de partie (RJN 1999 p. 262).
Par conséquent, en vertu de cette jurisprudence, les opposants-dénonciateurs n'ont pas de droit de regard sur la suite qui est donnée à leur dénonciation. Cela signifie que l'autorité n'est pas tenue de les convoquer pour une vision locale ou de leur indiquer si des sanctions seront prises. C'est uniquement à des fins de transparence et pour tenter la conciliation que le service juridique les a tenus informés des démarches entreprises par le SFFN auprès de A. pour l'enlèvement du matériel usagé.
8.4.
Ce qui précède ne dispense pas l'entreprise de veiller à ne pas laisser de matériel usagé dans l'eau ou sur les rives, comme cela est expressément prévu par le rapport d'impact (cf. tableau "synthèse des impacts et mesures", p.88-89 du RIE).
9.
En conclusion, l'opposition doit être levée, dans la mesure où elle est recevable.
10.
En vertu de l'article 34, alinéa 2 de la loi sur les constructions (LConstr.), du 25 mars 1996, la procédure d'opposition est gratuite. Rien n'est prévu dans la LCAT pour les procédures d'opposition aux plans d'affectation mais il n'existe pas de motifs pour ne pas appliquer cette disposition par analogie. Au surplus, l'on relèvera que la mise à charge des frais prévue par l'article 47, alinéa 1 de la loi sur la procédure et la juridiction administratives (LPJA), du 27 juin 1979, ne concerne que la procédure de recours. Il en va de même de l'allocation de dépens (art. 48 LPJA).
Par ces motifs, le Conseil d'Etat,
décide:
1.L'opposition du 5 février 2011 de M. G. et consorts est levée, dans la mesure où elle est recevable.
2.Il est statué sans frais.
3.Il n'est pas alloué de dépens.
Neuchâtel, le 4 avril2012
Au nom du Conseil d'Etat
La présidente, La chancelière,
G. Ory S. Despland