CACIV.2024.80

A.B.________ est entré au service de la fondation A.________ (ci-après : l’employeur) en 1995 et, par contrat du 27 septembre 2010, en a été nommé «directeur général» avec effet au 1eraoût 2010 et pour une durée indéterminée.

B.Par «accord de résiliation d’un commun accord du contrat de travail» du 23 février 2016 (ci-après : l’Accord), les parties sont convenues de mettre fin aux relations contractuelles qui les liaient, avec effet au 31 août 2016. Le même 23 février 2016, les parties ont signé un «complément à la convention de résiliation d’un commun accord du contrat de travail» (ci-après : le Complément). Selon leur préambule, ces deux conventions ont été conclues après que «[…] divers problèmes ont été constatés au niveau de la direction de l’institution», respectivement «[…] dans la gestion de l’institution».Il sera revenu sur leur contenu plus loin, dans la mesure utile.

C.a) Après avoir obtenu une autorisation de procéder le 2 novembre 2021, B.________ a saisi le Tribunal civil, le 16 février 2022, d’une demande en paiement dirigée contre A.________, en concluant, avec suite de frais et dépens, à ce que l’employeur soit condamnée à lui verser «la somme de CHF 13'734.30 brut à titre de son salaire du mois d’août 2016, plus intérêts moratoires à 5 % l’an dès le 26 août 2016», ainsi que «la somme de CHF 8'576.20 brut à titre de 13èmesalaire de l’année 2016, plus intérêts moratoires à 5 % l’an dès le 26 août 2016». À l’appui, il alléguait que l’article 6 de l’Accord stipulait que les parties avaient réglé les divers points découlant de son contrat de travail, «sous réserve du paiement de son salaire – y compris 13èmeau prorata – jusqu’à la fin du délai de congé» et que A.________ ne lui avait versé ni son salaire d’août 2016, ni la part au 13èmesalaire pour cette année-là.

b) Par réponse du 14 juin 2022, A.________ a conclu au rejet de la demande dans toutes ses conclusions, avec suite de frais et dépens, y compris ceux de la conciliation. À l’appui, l’employeur alléguait que dans le contexte de la procédure budgétaire 2016, elle avait fait appel à deux mandataires externes, soit Me C.________, avocat, et D.________, expert-comptable, lesquels avaient, le 17 février 2016, analysé et rendu un rapport sur les pratiques des membres du collège de direction en matière de frais professionnels pour les années 2014 et 2015. Cette analyse avait fait ressortir de graves problèmes de gestion, dont notamment le fait que B.________ avait utilisé et permis à certains membres de la direction et à son épouse d’utiliser la carte [aa] de l’employeur pour des achats privés, bénéficiant ainsi de rabais octroyés en faveur de A.________ ; que B.________ s’était octroyé, ainsi qu’à d’autres directeurs, entre 2011 et 2014 et aux frais de l’employeur, des bonus hors comptabilité des salaires sous forme de bons d’achat ou de prélèvements d’essence privés ; qu’il avait décidé un remboursement supplémentaire annuel de 2'000 francs pour la direction au titre de frais de véhicules et avait facturé à A.________ des frais de véhicules privés, alors qu’une indemnité censée couvrir ces frais était déjà perçue ; qu’il avait acquis, aux frais de A.________ mais pour son compte personnel et celui d’un autre directeur, en compensation d’heures supplémentaires et de vacances, quatre vélos électriques pour un montant de 16'150 francs, sans droit et sans intégrer ce montant dans la comptabilité des salaires. À la découverte de ces éléments, l’employeur avait confronté B.________, puis accepté de lui offrir une fin consensuelle des rapports de travail en signant avec lui l’Accord et le Complément. Le premier prévoyait que les parties résiliaient d’un commun accord le contrat les liant, que B.________ était libéré de son obligation de travailler et qu’il confirmait ne plus avoir de prétention, échue ou non et à quelque titre que ce soit, à faire valoir contre l’employeur du fait de la relation de travail, sous réserve du versement de son salaire jusqu’à la fin du délai de congé, y compris le 13èmesalaire au prorata. Quant au Complément, il prévoyait notamment que B.________ «garanti[ssait] à A.________ qu’il n’y a[vait] pas d’autres éléments problématiques dans la gestion de l’employeur que ceux mentionnés dans le rapport ci-annexé», qu’il avait «déjà remboursé CHF 13'180.- valeur 22 février 2016, correspondant aux vélos électriques et aux frais de véhicules supplémentaires 2014 et 2015», qu’il «s’engage[ait] à rembourser CHF 3'700.- dans les 30 jours, correspondant au bonus 2014» ; qu’il« garanti[ssait] qu’il n’y a[vait] aucun autre montant à rembourser» et que A.________ renonçait à «toute autre prétention contre son employé», à la condition notamment «qu’il n’y ait pas de cas autres que ceux relevés par le rapport de D.________ et C.________». Or, suite à la reddition du rapport d’audit, l’employeur avait découvert que B.________ s’était octroyé sans droit d’autres avantages que ceux décrits dans le rapport, notamment le paiement sur le salaire de décembre 2013 d’un prétendu solde d’heures supplémentaires et l’achat de deux porte-vélos. B.________ n’avait pas droit à la rémunération de ses heures supplémentaires et le nombre de celles qui avaient été indemnisées était en tous cas contesté. Quant aux porte-vélos, ils ne correspondaient à aucune contre-prestation due par l’employeur. A.________ avait donc subi un dommage – de 17'512.30 francs pour les heures supplémentaires + 1'459.35 francs à titre de 13èmesalaire sur ces heures + 1'651.90 francs de cotisations sociales sur les deux montants précités + 1'135 francs pour les porte-vélos – et invoquait ces montants en compensation. B.________ avait violé les conventions, de sorte que l’engagement de A.________ de renoncer à toute autre prétention contre lui était tombé. La créance de B.________ avait été valablement éteinte par compensation.

c) Le 20 septembre 2022, B.________ a déposé une réplique et confirmé ses conclusions. Il contestait les allégués de la réponse et alléguait notamment que les problèmes de gestion qui lui étaient reprochés concernaient des montants qui se trouvaient dans son champ de compétence – soit jusqu’à 4'000 francs par objet – et dans le cadre des budgets validés ; que l’employeur n’apportait aucun fait nouveau démontrant la justification des éléments qu’il prétendait vouloir compenser ; que les bonus avaient été validés par la signature du président du conseil de fondation ; que les porte-vélos avaient été remboursés en même temps que les deux vélos électriques, en février 2016 ; que les heures supplémentaires payées correspondaient à des heures réellement effectuées, dûment enregistrées par un moyen de contrôle et justifiées par des «activités supplémentaires».

d) Le 13 janvier 2023, A.________ a déposé une duplique et confirmé les conclusions de sa réponse. Selon elle, les porte-vélos et les bonus de 2011 à 2013 que B.________ s’était octroyés sans droit sous forme de bons d’achat et d’achats privés n’avaient jamais été remboursés, l’utilisation de ressources de A.________, notamment pour le compte privé de B.________, avait causé un dommage à la fondation et, suite aux irrégularités découvertes, elle avait dû rembourser de l’argent à l’État de Neuchâtel, remboursement opéré par déduction de subventions.

e) Conformément à l’ordonnance de preuves rendue le 11 janvier 2024 par le Tribunal civil, plusieurs témoins ont été entendus et les parties ont été interrogées les 19 février et 22 avril 2024. Une troisième audience, consacrée aux plaidoiries finales, s’est tenue le 26 août 2024.

f) Par jugement du 7 novembre 2024, le Tribunal civil a condamné A.________ à verser à B.________ la somme brute de 22'310.55 francs, avec intérêt à 5 % l’an dès le 1erseptembre 2016, rejeté toute autre prétention des parties, statué sans frais judiciaires et condamné A.________ à verser à B.________ une indemnité de dépens de 10'000 francs, débours et TVA compris.

Le Tribunal civil a d’abord analysé la question du versement du salaire d’août 2016 et du 13èmesalaire pour l’année 2016, en se fondant sur les articles 322 ss CO. À cet égard, il a retenu que sous réserve d’une compensation avec les prétentions que faisait valoir A.________, le salaire mensuel brut jusqu’au 31 août 2016 – date de fin des relations contractuelles selon l’Accord – était dû, de même que le 13èmesalaire au prorata. Le montant total brut dû par A.________ à ce titre s’élevait à 22'310.55 francs, avec intérêts à 5 % l’an dès le 1erseptembre 2016.

Le Tribunal civil a ensuite examiné les prétentions soulevées en compensation par A.________, sous l’angle de l’article 321eal. 1 CO. Retenant que A.________ estimait que B.________ avait violé la garantie donnée par la signature du Complément – à savoir qu’il n’existait «pas d’autre (sic) éléments problématiques dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le rapport» annexé au Complément – et qu’elle faisait donc valoir plusieurs créances résultant selon elle de comportements problématiques de B.________ en compensation de la créance de son ancien employé en paiement d’éléments de son salaire, le Tribunal civil a examiné chacune des violations invoquées, soit celles en lien avec les heures supplémentaires de 2013, la part au 13èmesalaire et les cotisations sociales y relatives, les porte-vélos, les bonus entre 2011 et 2013 et les achats privés effectués auprès de [aa] et [bb]. Au terme de son analyse, le Tribunal civil est parvenu à la conclusion que A.________ ne pouvait pas invoquer la violation du Complément par B.________, ni,a fortiori, compenser les prétentions salariales admises. Le raisonnement du Tribunal civil sera explicité plus loin, dans la mesure utile.

D.a) Le 9 décembre 2024, A.________ appelle de ce jugement en concluant, sous suite de frais judiciaires et dépens des deux instances, à son annulation et au rejet de la demande en paiement du 16 février 2022 de B.________. Ses griefs seront exposés plus loin.

b) Par ordonnance du 12 décembre 2024, la présidente de la Cour de céans a notifié l’appel à l’intimé pour le dépôt d’une réponse dans un délai de 30 jours.

c) Le 3 février 2025, le mandataire de l’intimé, Me E.________, a informé la Cour, certificat médical à l’appui, qu’il était subitement tombé malade le 28 janvier 2025, avec une incapacité totale de travail jusqu’au 9 février 2025., Il précisait qu’il entendait solliciter la restitution, au sens de l’article 148 CPC, du délai pour déposer la réponse.

Le 4 février 2025, le juge instructeur a transmis une copie de ce courrier à l’appelante et informé les parties de la suspension de la cause jusqu’à réception de la demande de restitution du délai de réponse.

d) Le 19 février 2025, une requête en restitution de délai a été déposée, ainsi que la réponse et ses annexes. Par la plume de son mandataire, l’intimé conclut au rejet de l’appel, sous suite de frais et dépens.

e) L’appelante ne s’étant pas opposée à la demande de restitution de délai, la réponse et ses annexes lui ont été transmises le 6 mars 2025 ; le juge instructeur précisait que rien ne justifiait d’ordonner la poursuite de l’échange des écritures et qu’il serait statué sur pièces et sans débats, le sort des pièces produites au stade de la procédure d’appel étant réservé, ce qui avait pour conséquence que la procédure probatoire était désormais close ; le cas échéant, le droit inconditionnel de réplique pouvait être exercé dans les 20 jours.

f) Après avoir sollicité et obtenu la prolongation du délai pour ce faire, l’appelante a répliqué le 4 avril 2025, confirmant ses conclusions et contestant la recevabilité des pièces déposées à l’appui de la réponse.

g) L’intimée a dupliqué le 15 mai 2025, confirmant les conclusions de sa réponse.

h) L’appelante s’est déterminée sur la duplique, le 4 juin 2025, confirmant les conclusions de son appel.

i) L’intimée n’ayant pas réagi dans le délai imparti, le juge instructeur a informé les parties, le 2 juillet 2025, que la cause était gardée pour être jugée.

C O N S I DÉ R A N T

I.                      Procédure

1.Interjeté dans les formes et délai légaux contre une décision de première instance dans une cause où la valeur litigieuse au dernier état des conclusions dépasse 10'000 francs, l’appel est recevable (308 à 318 CPC).

2.Bien que la recevabilité de la réponse ne soit pas contestée par l’appelante, la question doit être examinée d’office.

2.1.a) Selon l’article 147 CPC, une partie est défaillante lorsqu’elle omet d’accomplir un acte de procédure dans le délai prescrit ou ne se présente pas lorsqu’elle est citée à comparaître (al. 1) ; la procédure suit alors son cours sans qu’il soit tenu compte du défaut, à moins que la loi n’en dispose autrement (al. 2). Selon l’article 148 CPC, le tribunal peut accorder un délai supplémentaire ou citer les parties à une nouvelle audience lorsque la partie défaillante en fait la requête et rend vraisemblable que le défaut ne lui est pas imputable ou n’est imputable qu’à une faute légère (al. 1) ; la requête est présentée dans les dix jours qui suivent celui où la cause du défaut a disparu (al. 2).

b)L’article 148 CPC n’exclut pas expressément la restitution d’un délai légal. La jurisprudence, rejoignant la doctrine majoritaire, admet que les délais légaux en général (sous réserve des délais de droit matériel et de ceux prévus dans la LP), et particulièrement les délais de recours ou d’appel, peuvent être restitués selon l’article 148 CPC (Tappy,in: CR CPC, 2eéd., n. 8 et 9adart. 148 et les réf. cit.). Cette disposition soumet une éventuelle restitution à des exigences formelles, notamment une requête et le respect de délais, et à une seule exigence matérielle, soit l’absence de faute ou une faute seulement légère. Il suffit, selon le texte légal lui-même, que ces conditions soient rendues vraisemblables. Le requérant supporte le fardeau de la preuve. La requête de restitution doit être motivée, c'est-à-dire indiquer l'empêchement, et elle doit être accompagnée des moyens de preuve disponibles (arrêt du TF du22.12.2015 [5A_927/2015]cons. 5.1 et les réf. cit.). La maladie ou l'accident peuvent, à titre d'exemples, être considérés comme un empêchement non fautif et par conséquent permettre la restitution d'un délai de recours, s'ils mettent la partie recourante ou son représentant légal objectivement ou subjectivement dans l'impossibilité d'agir par soi-même ou de charger une tierce personne d'agir en son nom dans le délai (ATF 119 II 86cons. 2,112 V 255; arrêt du TF du02.06.2017 [9C_54/2017]cons. 2.2 et les réf. cit.).

2.2.En l’espèce, compte tenu de la suspension prévue à l’article 145 al. 1 let. c CPC, le délai pour déposer la réponse arrivait à échéance le 31 janvier 2025.

Il ressort des explications et des pièces déposées que le mandataire de l’intimé s’est trouvé en incapacité de travail totale depuis lanuit du 27 au 28 janvier, jusqu’au 9 février 2025. La demande de restitution du délai de réponse est donc intervenue dans le délai prescrit à l’article148 al. 2 CPC. Dès lors que l’incapacité est survenue dans les jours précédant l’échéance du délai de réponse (durant lesquels il est usuel que les mandataires se consacrent assidûment à la cause et à la finalisation de l’écriture), que le mémoire d’appel était volumineux (34 pages), que l’affaire– qui comporte aussi un volet pénal – dure depuis la fin de l’année 2016 et que Me E.________ représentait l’intimé depuis lors, la demande de restitution du délai doit être admise, ce qui a pour conséquence que la réponse a été déposée en temps utile.

3.a) Dès lors que la réponse a été déposée en temps utile, il convient d’examiner la recevabilité des pièces déposées avec cette réponse.

3.1.Selon l’article317 al. 1 CPC, les faits et moyens de preuve nouveaux sont admissibles en appel pour autant qu'ils soient invoqués ou produits sans retard (let. a) et qu'ils n'aient pas pu l'être en première instance, bien que la partie qui s'en prévaut ait fait preuve de la diligence requise (let. b). Il s'agit de conditions cumulatives. S'agissant des faits qui préexistaient au jugement de première instance, il appartient au plaideur qui entend les invoquer devant l’instance d’appel de démontrer qu’il a fait preuve de la diligence requise, ce qui implique notamment d’exposer précisément les raisons pour lesquelles le moyen de preuve n’a pas pu être produit en première instance (arrêt du TF du23.01.2017 [5A_792/2016]). Le législateur a opté pour une prise en compte restrictive des faits et moyens de preuve nouveaux et des conclusions nouvelles en appel, afin d’attirer l’attention des parties sur l'importance de la procédure de première instance ; avec le système mis en place par l'article 317 CPC, la partie qui aurait été négligente devant le premier juge en subira les conséquences puisque les allégués, offres de preuve ou conclusions nouveaux tardivement présentés seront déclarés irrecevables (arrêt de la Cour de céans du 28.08.2023[CACIV.2023.55] cons. 5 et les réf. cit.).

3.2.En annexe à sa réponse, l’intimé a déposé sept pièces.

a)Les décisions d’octroi d’une prime en faveur de l’intimé pour les années 2011, 2013 et 2014 figurent déjà au dossier pénal qui a été produit en première instance ; il ne s’agit donc pas de pièces nouvelles.

b) L’«attestation des cotisations 2016» datée du 15 février 2017, le tableau de «répartition de la valeur d’acquisition des vélos et porte-vélos» et la confirmation de commande envoyée par courriel du 22 juin 2024 à F.________ par l’intimé ne figurent en revanche pas au dossier de première instance. Ces pièces ne peuvent toutefois pas être prises en compte, à mesure que l’intimé ne prétend pas qu’il n’aurait pas pu, en faisant preuve de la diligence imposée par les circonstances, les déposer avant la clôture de l’instruction devant le Tribunal civil.

c) L’annexe 3 à la réponse est la copie d’une facture du 8 août 2014 adressée par un magasin de vélos à A.________, avec des annotations manuscrites. Des copies de cettefacture figurent déjà à plusieurs reprises au dossier de première instance, mais certaines annotations manuscrites ne sont pas les mêmes sur tous ces exemplaires. Quoi qu’il en soit de la possibilité de produire ces pièces devant le juge civil, les annotations faites sur ces documents ne sont pas déterminantes pour le sort du litige.

II.                     Interprétation du contrat

4.L’appelante ne conteste pas devoir à l’intimé un montant brut de 22'310.55 francs, avec intérêts à 5 % l’an dès le 1erseptembre 2016, à titre de salaire d’août 2016 et de 13èmesalaire au prorata pour la même année. Elle reproche par contre au premier juge de ne pas avoir admis que cette créance était compensée avec ses propres prétentions contre B.________, découlant selon elle de la violation du Complément par son ancien employé, en lien avec les heures supplémentaires de 2013, les porte-vélos, les bonus pour les années 2011 à 2013 et les achats privés effectués auprès de [aa] et [bb].

4.1.a) Les articles 2 et 3 du Complément sont libellés comme suit :

2.      B.________ garantit à A.________ qu’il n’y a pas d’autre (sic) éléments problématiques dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le rapport ci-annexé (notamment en terme de soustraction fiscale et d’assurances sociales).

B.________ indique avoir déjà remboursé CHF 13'180.- valeur 22 février 2016, correspondant aux vélos éléctrique (sic) et aux frais de véhicules supplémentaires 2014 et

2015. Il s’engage à rembourser CHF 3'700.- dans les 30 jours, correspondant au bonus 2014 (essence prise en 2014 et 2015).

Il garantit qu’il n’y a aucun autre montant à rembourser.

3.      Sous réserve (i) qu’il n’y ait pas de cas autres que ceux relevés par le rapport de D.________ et C.________, (ii) que les garanties données par B.________ à l’article 2 soient correctes et (iii) sous réserve de la bonne exécution de l’accord de résiliation conventionnelle signé ce jour, A.________ confirme qu’elle renonce à toute autre prétention contre son employé.».

b) Selon l’appelante, il existe d’«autre (sic) éléments problématiques dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le rapport ci-annexé[…] », respectivement des «cas autres que ceux relevés par le rapport de D.________ et C.________».

À cet égard, la Convention précise, en son préambule :

Les parties exposent ce qui suit :

-suite à l’examen effectué par D.________ et C.________ courant janvier et février 2016, divers problèmes ont été constatés dans la gestion de l’institution ;

-en l’état, il s’agit des éléments mentionnés dans le rapport ci-annexé ;

-par convention de ce jour, les parties ont mis fin d’un commun accord au contrat de travail qui les liait, pour le 31 août 2016.

-aux conditions de la présente convention et de celle de résiliation conventionnelle des rapports de travail, A.________ est disposée à renoncer à entreprendre des démarches juridiques à l’encontre de l’employé».

c) Les parties ne contestent pas que le «rapport» mentionné dans ce préambule est, comme retenu par l’autorité précédente, le courrier du 17 février 2016, intitulé «projet de Règlement des frais Professionnels des membres du collège de direction», établi D.________ et Me C.________  (ci-après : le Rapport).

d) Par contre, leurs avis divergent quant au sens à donner aux articles 2 et 3 du Complément.

Selon l’intimé, «il est incontestable qu’en signant le Complément susmentionné, les parties entendaient clairement par"autres éléments problématiques" seulement les éléments problématiques dont elles n’avaient pas connaissance à ce moment-là qui pourraient être découverts par la suite». Concernant les heures supplémentaires de 2013,«il est donc essentiel pour A.________, comme l’estime à bon droit le tribunal, de démontrer qu’elle n’[en] aurait pas eu connaissance […] au moment de conclure les accords le 23 février 2016». S’agissant des bonus, l’intimé relève que l’appelante a admis «avoir eu connaissance du versement des bonus 2011 à 2013 lors de la signature des accords», ce qui rendrait sa prétention compensatrice «d’emblée irrecevable». Il en va de même des achats privés effectués auprès de [aa] et [bb]. Selon l’intimé, il s’agirait alors de déterminer quels étaient les éléments dont l’appelante avait connaissance au moment de signer les conventions le 23 février 2016.

Pour l’appelante au contraire, «il n’est pas déterminant de savoir si [elle-même] avait effectivement connaissance [d’un] fait au moment où elle a signé la convention de fin des rapports de travail, mais bel et bien de déterminer si cet élément était"mentionné" ou"relevé" dans le rapport du 17 février 2016 annexé à la convention du 23 février 2016 (et non dans les annexes d’ailleurs […])». Reproduisant une partie du texte de la convention – art. 2 al. 1 et art. 3 –, elle souligne qu’«on parle bien des éléments"mentionnés" et/ou"relevés" dans le rapport du 17 février 2016». En outre, selon l’appelante, compte tenu du préambule de la convention, «les parties ont clairement exclu les annexes mentionnées à ce rapport. Seuls sont ainsi déterminants les faits expressément mentionnés dans le rapport et non pas ceux pouvant se trouver dans les annexes».

4.2.D’après l’article 18 al. 1 CO, pour apprécier la forme et les clauses d'un contrat, il y a lieu de rechercher la réelle et commune intention des parties, sans s'arrêter aux expressions ou dénominations inexactes dont elles ont pu se servir, soit par erreur, soit pour déguiser la véritable nature de la convention. Pour déterminer, en particulier, le contenu d'une clause contractuelle, le juge doit rechercher, dans un premier temps, la réelle et commune intention des parties (interprétation subjective), le cas échéant empiriquement, sur la base d'indices. Constituent des indices en ce sens non seulement la teneur des déclarations de volonté – écrites ou orales –, mais encore le contexte général, soit toutes les circonstances permettant de découvrir la volonté réelle des parties, qu'il s'agisse de déclarations antérieures à la conclusion du contrat ou de faits postérieurs à celle-ci, en particulier le comportement ultérieur des parties établissant quelles étaient à l'époque les conceptions des contractants eux-mêmes. Ce n'est que si le juge ne parvient pas à déterminer la volonté réelle et commune des parties, ni dans le sens d'un accord, ni dans le sens d'un désaccord, qu'il doit encore rechercher, par interprétation objective, si le contrat doit néanmoins être considéré comme conclu selon le principe de la confiance (arrêt du TF du13.06.2024 [4A_308/2023]cons. 2.1). L’interprétation normative (ou objective) vise à rechercher la volonté objective des parties, en déterminant le sens que, d'après les règles de la bonne foi, chacune d'elles pouvait et devait raisonnablement prêter aux déclarations de volonté de l'autre (ATF 133 III 61; arrêts du TF du06.11.2023 [4A_496/2022]cons. 4.2 ; du08.04.2019 [4A_469/2017]cons. 3.3).

4.3.En première instance, les parties n’ont guère évoqué leur compréhension de l’Accord et du Complément, mais ont principalement discuté le bien-fondé des prétentions que chacune faisait valoir à l’encontre de l’autre. En rapport avec les prétentions soulevées par l’appelante, ont notamment été discutées les questions de savoir si l’intimé avait une fonction de cadre dirigeant ou de simple employé ; s’il avait le droit d’effectuer des heures supplémentaires et, le cas échéant, s’il avait droit de ce fait à une rémunération ou à un congé supplémentaire ; s’il avait droit à des bonus et/ou d’autres avantages et, le cas échéant, sous quelle forme et à hauteur de quel montant. La procédure probatoire n’a ainsi pas porté sur la compréhension qu’avaient les parties des clauses mentionnées plus haut, au moment de signer l’Accord et le Complément. Les interrogatoires n’ont notamment pas porté sur le contenu de la convention des parties du 23 février 2016, les discussions l’ayant précédée et la compréhension qu’en avaient les parties.

Dans ces conditions et en l’état du dossier, la Cour de céans ne dispose pas de suffisamment d’éléments et d’indices pour reconstruirea posteriorile processus de la manifestation des volontés des parties et ainsi établir la réelle et effective intention de chacune. Il s’agira donc d’interpréter le Complément selon la méthode objective, d’après les règles de la bonne foi et le principe de la confiance.

À cet égard, il faut rappeler que l’employeur se trouvait aux prises avec un directeur qui avait admis avoir effectué différents prélèvements qui excédaient ce que la société lui devait. Au moment des premiers soupçons, l’employeur s’est adjoint les services d’un expert-comptable et d’un avocat pour tenter de tirer les choses au clair. Ces experts ont délivré un rapport, accompagné d’annexes. Des discussions ont ensuite eu lieu entre l’employeur et l’employé, pour mettre fin de manière conventionnelle au contrat de travail et liquider leurs rapports.

Cela a conduit à la signature, le 23 février 2016, de deux conventions : un premier «Accord de résiliation d’un commun accord du contrat de travail» et un deuxième «Accord […] (complément à la convention de résiliation d’un commun accord du contrat de travail». Ces deux accords doivent se lire en parallèle, ce qu’on déduit non seulement du fait qu’ils règlent pour l’un l’issue du rapport entre parties sous l’angle des prétentions traditionnellement issues du contrat de travail et pour l’autre les paiements ou remboursements issus des malversations du directeur, mais aussi du fait qu’au chiffre 1 du Complément, celui-ci indique que ce complément «est une condition essentielle ayant présidé à l’accord d’A.________ avec la résiliation amiable de son contrat» et au chiffre 3 «(iii) sous réserve de la bonne exécution de l’accord de résiliation conventionnelle signée ce jour, … ». Cela assoit l’interdépendance des deux conventions.

L’objectif de ces dernières était de régler toutes les prétentions réciproques entre les parties, les unes liées strictement au contrat de travail et les autres issues des problèmes de gestion imputables à B.________. Cette deuxième convention prenait en compte les «éléments mentionnés dans le rapport ci-annexé». Les parties intégraient ainsi dans leur accord le rapport des experts, qui s’y trouvait (physiquement) annexé, mais sans ses propres pièces annexes. Dans le Complément, B.________ garantissait à A.________ qu’il n’y avait pas «d’autre (sic) éléments problématiques dans la gestion de la fondation que ceux mentionnés dans le rapport». Après avoir énuméré ce que le travailleur avait déjà remboursé et ce qu’il s’engageait à rembourser encore, il était précisé «qu’il [l’employé] garantit qu’il n’y a aucun autre montant à rembourser». C’est dire que les parties soldaient leurs rapports, s’agissant des créances de l’employeur suite aux problèmes de gestion, en se référant à ce que le rapport avait mis en exergue. Ce sont ces éléments qui étaient réputés connus de l’employeur et le solde de toute compte se réfère à ces éléments et eux seuls.

Dans l’hypothèse où des éléments hors du rapport apparaîtraient, en contradiction avec la garantie donnée par l’employé qu’il n’y avait plus rien d’autre à rembourser, il s’agirait en quelque sorte d’éléments cachés, peu importe si une analyse nouvelle et plus détaillée (qui ne peut être le fait d’un «profane», en l’occurrence, un employeur qui a dû s’adjoindre les services d’un expert-comptable et d’un avocat pour tirer la situation au clair) des pièces annexées au rapport révèlerait les éléments omis dans le rapport. Le complément à la convention principale vise les éléments mis en exergue dans le rapport et ne règle pas le sort des éventuelles prétentions qui auraient pu être décelées par une nouvelle analyse des annexes, mais qui ne figurent pas dans le rapport. En outre, l’accord de résiliation lui-même, s’il aborde les heures supplémentaires du travailleur, le fait seulement sous l’angle des prétentions que ce dernier pourrait encore élever au moment de la résiliation conventionnelle du contrat de travail (voir le libellé du ch. 5 qui précise que les «vacances et éventuelles heures supplémentaires [seront prises] durant le délai de congé» et qu’il n’y a «aucune autre compensation» à cet égard) ; cet accord vise donc les créances du travailleur contre l’ex-employeur. Il n’englobe pas une éventuelle créance de l’employeur contre l’employé qui se serait attribué un paiement rattaché à des heures supplémentaires qui n’auraient pas été à indemniser. De telles heures supplémentaires, rémunérées par l’employeur, ne sont pas non plus traitées dans le complément à l’accord, sauf si elles sont mentionnées dans le rapport des experts, vu la nécessité d’interpréter les deux conventions en parallèle. En d’autres termes, le règlement des heures supplémentaires tel que prévu dans l’accord de résiliation visait à solder les prétentions du travailleur, mais n’excluait pas, si les conditions en étaient par ailleurs réalisées, que l’employeur qui découvrirait que l’employé, en sa qualité de directeur, s’était attribué des versements de rémunération attachés à des heures supplémentaires, soit non effectuées, soit non dues, puisse encore le faire valoir. Ceci, sauf si le rapport des experts les mettait en évidence, le complément à la convention les ayant alors appréhendées.

Il résulte de ce qui précède que l’examen des créances soulevées en compensation par l’employeur et de la question de savoir s’il peut invoquer cette compensation nonobstant la signature des deux accords du 23 février 2016, dépend de savoir si les créances concernées ont été expressément indiquées dans le rapport des experts, auxquels l’employeur pouvait de bonne foi se fier sans avoir à effectuer un examen technique des pièces annexes (dans le même ordre d’idée, lorsqu’unedue diligencese réfère à une comptabilité, les parties peuvent de bonne foi partir de l’idée qu’elle intègre complètement les éléments comptables du journal et que si les éléments de ce journal ont été sciemment cachés, elles pourraient revenir sur leur accord au titre des défauts cachés). Les éléments qui ne figurent pas dans le Rapport peuvent donc en soi être réclamés en compensation, y compris les créances liées à des heures supplémentaires qui auraient été payées indument à l’employé, puisque l’accord de résiliation, s’il règle la question des heures supplémentaires, ne le fait que sous l’angle de celles que l’employé peut encore réclamer durant le délai de congé, mais non sur celles qu’il se serait rémunérées à tort.

C’est dire que l’examen auquel doit procéder la Cour est celui de savoir si les prétentions soulevées en compensation par l’employeur sont rattachées à une problématique expressément identifiée et mise en exergue dans le Rapport ou non.

III.Heures supplémentaires de 2013

5.En première instance, l’appelante a invoqué un montant de 20'623.55 francs (17'512.30 + 1'459.35 + 1'651.90) en compensation de la prétention – admise – de l’intimé en paiement d’éléments de son salaire en lien avec la fin des rapports de travail. Elle alléguait qu’il correspondait au paiement d’heures supplémentaires, y compris la part au 13esalaire sur ces heures et les cotisations sociales y relatives, que l’intimé s’était indûment accordé.

5.1.La première juge a considéré que dans le rapport du 17 février 2016, il était question «des heures supplémentaires des membres de la direction». En particulier, l’analyse reposait sur les fiches de timbrage (notamment de l’intimé) et il était aussi question «du"détail des heures supplémentaires" [de l’intimé] et de G.________ en relation avec les manifestations (état au 17 décembre 2015)», selon des notes de bas de page renvoyant à des annexes. Cependant, le dossier ne permettait ni de savoir sur quelle période portaient les documents analysés, ni s’ils comprenaient l’indication d’une diminution d’heures supplémentaires de l’intimé en 2013. De plus, le dossier ne contenait pas ces pièces. La première juge en a déduit qu’elle ne pouvait pas retenir sans aucun doute que l’appelante n’avait aucune connaissance des heures supplémentaires en question au moment où les conventions du 23 février 2016 avaient été signées et, ce faisant, que l’intimé les avait violées. L’appelante ne pouvait donc pas opposer la compensation et cela valait aussi pour les montants relatifs à la part au 13èmesalaire sur ces heures supplémentaires et aux cotisations sociales.

5.2.a) L’appelante critique le fait que l’instance précédente se soit référée aux annexes au rapport du 17 février 2016, dans la mesure où celles-ci avaient été exclues. Selon elle, il n’est en outre pas déterminant qu’elle ait eu connaissance, au moment de la signature des conventions, d’heures supplémentaires payées à l’intimé en 2013, contrairement à ce qu’a retenu la première juge ; au contraire, seuls étaient déterminants les élémentsmentionnésourelevésdans le Rapport et tel n’était pas le cas de ces heures supplémentaires. L’intimé n’avait ni allégué de circonstances qui auraient permis de s’écarter du texte de la convention, ni contesté que ce point n’était pas mentionné dans le Rapport. L’appelante reproche encore à la première juge de ne pas avoir analysé sa prétention au fond, soit la question de savoir si cette créance en lien avec les heures supplémentaires de 2013, y compris la part au 13èmesalaire et les cotisations sociales y relatives, était fondée, respectivement si elle était en droit de l’invoquer en compensation.

b) Pour l’intimé, en signant le Complément, les parties entendaient par «autres éléments problématiques» seulement les problématiques dont elles n’avaient pas connaissance à ce moment-là et qui pourraient être découvertes par la suite. L’appelante aurait donc dû démontrer ne pas avoir eu, à ce moment-là, connaissance du paiement de ces heures supplémentaires en 2013, ce qu’elle n’avait pas fait. Par ailleurs, ces heures supplémentaires avaient été payées de manière légale et transparente et elles correspondaient à des heures effectivement réalisées et dûment documentées dans le système de timbrage.

5.3.a) La première question à résoudre ici est celle de savoir si la problématique relative aux heures supplémentaires de 2013 est mentionnée/relevée dans le Rapport, au sens développé ci-dessus (cons. 4.3). Autrement dit, il faut déterminer si ledit Rapport a mis en exergue le fait que l’intimé a obtenu en 2013 le paiement d’heures supplémentaires auquel il n’avait pas droit.

b) Le Rapport contient un chapitre intitulé «heures supplémentaires» qui, selon son contenu, vise à déterminer le nombre d’heures de travail par semaine que doivent les membres de la direction, dans quelle mesure des heures de travail supplémentaires peuvent être comptées et la manière dont celles-ci peuvent être compensées. Après des considérations juridiques purement théoriques – notamment concernant l’article 321cCO et la notion de cadre dirigeant –, ce chapitre du Rapport identifie un problème «de preuve quant aux soldes d’heures effectuées par les employés». Toutefois, il n’est nulle part spécifiquement question des heures supplémentaires de l’intimé et encore moins de celles dont il a obtenu le paiement en 2013. La référence faite aux pièces annexes dont on comprend, selon les intitulés, qu’elles concernent des heures supplémentaires notamment de l’intimé – «Annexe 25 : fiches timbrage B.________, G.________ et H.________» et «Annexe 26 : détail des heures supplémentaires de B.________ et G.________ lors de manifestations, daté du 17 décembre 2015» – n’y change rien. En effet, comme on l’a vu plus haut (cons. 4.3), il n’est pas raisonnable, sous l’angle des principes de la confiance et de la bonne foi, de soutenir qu’après lecture du Rapport, A.________ avait connaissance de tous les comportements problématiques de B.________ possiblement décelables par une analyse des annexes au Rapport, puisque précisément A.________ a mandaté des spécialistes (un avocat et un expert-comptable) pour mettre en exergue dans un rapport écrit les comportements problématiques de la part de son directeur. Les annexes constituant les documents qui ont été analysés par Me C.________ et D.________ pour établir leur rapport, A.________ pouvait se fier au seul contenu du Rapport, et il est conforme aux principes de bonne foi et de confiance qu’elle se soit engagée à ne pas élever de prétentions contre B.________ pour les comportements problématiques de l’intéressé pointés dans le rapport des experts (et dont elle a eu connaissance à la lecture de ce rapport), mais pas pour ceux ayant échappé à l’analyse de l’avocat et de l’expert-comptable mandatés. Contrairement à ce qu’a retenu la première juge, il n’importe donc pas de savoir sur quelle période portent ces annexes, ni ce qu’elles contiennent exactement, ni même si elles figurent au dossier ou non. Dans ces conditions, on retiendra que la question des heures supplémentaires de 2013 n’a pas été relevée/mentionnée dans le Rapport, de sorte qu’il s’agit bien d’un «autre élément problématique», respectivement d’«un cas autre que ceux relevés par le rapport de D.________ et C.________».

c) Ceci a pour conséquence, conformément à l’article 3 du Complément et dans la mesure où il s’agit d’uneautreprétention – c’est-à-dire d’une prétention découlant d’un «élément problématique» qui n’est pas relevé/mentionné dans le Rapport –, que l’appelante est en droit de la faire valoir à l’encontre de l’intimé. Cela étant, la Cour de céans ne pourra pas statuer sur le fond de cette prétention puisque, comme l’a souligné l’appelante, cette question n’a pas été traitée par la première juge. Il serait contraire au principe du double degré cantonal de juridiction de statuer sur ce point en deuxième instance, alors que la première instance ne s’est pas du tout prononcée. En application de l’article 318 al. 1 let. b CPC, la cause doit être renvoyée à l’autorité précédente pour analyse au fond de la prétention de l’appelante en restitution et, le cas échéant, en compensation, relative au montant versé à l’intimé en décembre 2013 à titre d’indemnisation pour des heures supplémentaires, y compris la part au 13èmesalaire et les cotisations sociales y relatives. Le Tribunal civil devra en particulier déterminer si, comme le prétend l’appelante, l’intimé avait une fonction de cadre dirigeant ; si la convention collective de travail et la directive invoquées par l’appelante sont applicables à l’intimé et quelles en sont les conséquences ; si l’intimé avait le droit d’effectuer des heures supplémentaires et, le cas échéant, si et comment ces heures pouvaient être indemnisées. Si le Tribunal civil parvient à la conclusion que la prétention de l’appelante est bien fondée, il devra encore déterminer si cette dernière peut l’invoquer en compensation au regard des articles 120 et 321eCO.

IV.Porte-vélos

6.En première instance, l’appelante a invoqué un montant de 1'135 francs en compensation de la prétention – admise – de l’intimé en paiement d’éléments de son salaire en lien avec la fin des rapports de travail. Elle alléguait qu’il s’agissait du montant relatif à l’achat de deux porte-vélos, acquisition effectuée sans droit par l’intimé pour son compte personnel, mais aux frais de la fondation. L’intimé objectait qu’il avait déjà volontairement remboursé ce montant en février 2016, en même temps que le prix de deux vélos électriques.

6.1.La première juge a retenu que la question de la facture relative aux porte-vélos, acquis pour un total de 1'135 francs, ne ressortait pas du Rapport. Cependant, elle a considéré que l’intimé avait remboursé les deux porte-vélos en même temps qu’il avait remboursé les deux vélos électriques acquis pour son compte. Il ressortait de la facture concernant les vélos électriques que ceux de l’intimé, dont les prix étaient respectivement de 4'740 et 4'390 francs, n’avaient finalement été facturés que 4'000 francs l’unité, montant auquel il fallait ajouter 25 francs à titre de taxe de recyclage de la batterie. Pour les deux vélos de l’intimé, l’appelante avait donc finalement dépensé 8'050 francs au total (2x [4'000 + 25]). Le 22 février 2016, l’intimé avait remboursé un montant global de 13'180 francs, dont 4'000 francs pour «RBT Frais forf.VHC 2014/15», 4'415 francs (soit 4'390 + 25 selon une note manuscrite) pour «Rachat Vélo 28.06.2014» et 4'765 francs (soit 4'740 + 25 selon une note manuscrite) pour «Rachat vélo 14.08.2014». Cela correspondait à un total 9'180 francs en lien avec les deux vélos (4'415 + 4'765), lesquels étaient d’ailleurs mentionnés dans le Complément. Dès lors qu’il y avait une différence de 1'130 francs entre le montant remboursé en lien avec les deux vélos (9'180 francs) et celui effectivement dépensé pour ceux-ci par l’appelante (8'050 francs), il pouvait être considéré que l’intimé avait remboursé les porte-vélos, sous réserve d’un montant de cinq francs. Le Tribunal civil ne s’expliquait pas autrement la différence de 1'130 francs entre les deux montants précités. L’appelante aurait dû établir un décompte indiquant qu’il manquait cinq francs et, à réception du montant global de 13'180 francs, faire le nécessaire pour s’assurer de l’objet de celui-ci. Le remboursement avait été effectué avant la signature du Complément et la violation de celui-ci par l’intimé n’était pas établie. Par ailleurs, l’appelante n’était pas fondée à réclamer le solde de cinq francs, vu le contenu du Complément.

6.2.a) L’appelante conteste que B.________ ait remboursé le montant payé par A.________ pour les porte-vélos. Pour elle, le montant de 9'180 francs ne concerne que les deux vélos. C’est ce qui doit être compris du libellé du remboursement de l’intimé et de l’article 2 al. 2 du Complément, lesquels mentionnent expressément et uniquement les vélos. Elle reproche encore à la première juge de n’avoir pas analysé sa prétention au fond, soit la question de savoir si cette créance était fondée, respectivement si elle pouvait être invoquée en compensation.

b) L’intimé fait valoir qu’il a remboursé les porte-vélos en même temps que les deux vélos électriques, le 22 février 2016, de sorte que l’appelante ne peut invoquer aucune prétention compensatrice à ce titre.

6.3.À l’instar de celle des heures supplémentaires de 2013, la question des porte-vélos n’est pas relevée/mentionnée dans le Rapport. Les parties ne prétendent pas le contraire. Par conséquent, conformément à l’article 3 du Complément et dans la mesure où il s’agit d’uneautreprétention – c’est-à-dire qui n’est pas relevée/mentionnée dans le Rapport –, l’appelante est en droit de la faire valoir à l’encontre de l’intimé et d’invoquer la compensation.

6.3.1.a) Sur le fond, il ressort du dossier que I.________ a, le 8 août 2014, adressé à A.________ une facture relative à quatre vélos électriques, pour un montant total de 16'150 francs (4'000 francs par vélo, plus 150 francs correspondant à quatre taxes de recyclage de batterie à 25 francs l’unité et à deux «Permis 45 km/h» à 25 francs l’unité). Cette facture, ainsi que le montant de 16'150 francs, sont mentionnés à la page 14 du Rapport, avec la précision suivante : «Il s’agit de la commande de quatre vélos électriques, dont B.________ nous a confirmé que deux ont été acquis pour lui-même personnellement et deux pour son collègue G.________ personnellement !» (à noter, en rapport avec le cons. 6.3/a ci-dessus, qu’il est question dans le Rapport de vélos, et non de porte-vélos ; à noter aussi que malgré le montant de 4'000 francs facturé par vélo, la facture mentionne que les prix des vélos sont respectivement de 4'290, 4'640, 4'740 et 4'390 francs).

b) Sous D. 11/34, on trouve ensuite une facture («Rechnung») du 26 juin 2024 adressée par F.________ AG à A.________, portant sur un total de 1'135 francs pour deux («Menge 2») porte-vélos («THULE FAHRRADTRÄGER EASYFOLD 931»).

c) Il ressort enfin de l’extrait de compte déposé sous D. 11/34 qu’en date du 22 février 2016, l’intimé a versé à l’appelante un montant total de 13'180 francs, composé de 4'000 francs au titre de «RBT FRAIS FORF.VHC 2014 /15», 4'415 francs au titre de «RACHAT VELO 28.6.2014 4’415» et 4'765 francs au titre de «RACHAT VELO 14.8.2014».

6.3.2.Du rapprochement de ces pièces, on déduit que l’appelante a payé au total 9'210 francs (4'000 francs par vélo + 25 francs de taxe de recyclage pour chaque batterie + 25 francs pour un «Permis 45 km/h» + 1'135 francs pour les deux porte-vélos) pour financer l’achat par l’intimé de deux porte-vélos et de deux vélos électriques, y compris les taxes de recyclage des batteries et le «Permis 45 km/h».

Quant au montant total de 9'180 francs versé le 22 février 2016 par l’intimé à l’appelante, il correspond exactement au prix mentionné du (et non au prix facturé à l’appelante pour le) 4evélo de 4'390 francs, plus le prix mentionné du (et non au prix facturé à l’appelante pour le) 3evélo de 4'740 francs, plus le prix de deux taxes de recyclage de batterie pour un total de 50 francs.

Ainsi de deux choses l’une : soit le remboursement de 9'180 francs se rapporte à l’achat par l’intimé de deux porte-vélos et de deux vélos électriques, y compris les taxes de recyclage des batteries et le «Permis 45 km/h», sous réserve d’un montant de 30 francs (9'210 – 9’180) que l’intimé resterait devoir à l’appelante, soit on considère que ce remboursement ne concerne que l’achat par l’intimé de deux vélos électriques, y compris les taxes de recyclage des batteries et le «Permis 45 km/h», auquel cas il faudrait admettre que l’intimé a remboursé 1'105 francs (9'180 – 4'000 – 4'000 – 25 – 25 – 25) de trop à l’appelante. Dans le premier cas, l’appelante pourrait faire valoir la prétention en restitution d’un montant de 30 francs – et éventuellement l’invoquer en compensation –, puisque celui-ci concerne les porte-vélos, qui constituent uneautreprétention n’ayant pas été relevée/mentionnée dans le Rapport ; dans le second cas, c’est l’intimé qui pourrait demander la restitution d’un montant de 1'105 francs à l’appelante, laquelle pourrait invoquer la compensation avec le montant de 1'135 francs qui lui resterait dû au titre des porte-vélos, qui n’auraient alors pas encore été remboursés et dont il n’est pas question dans le Rapport. Dans les deux cas, la situation économique des parties est la même : l’intimé doit encore 30 francs à l’appelante en lien avec les porte-vélos. À supposer que les parties ne parviennent pas à trouver un accord sur ce point, le Tribunal civil examinera dans le cadre du renvoi la question de la compensation des 30 francs restants, au regard des articles 120 et 321eCO.

V.Bonus 2011 à 2013 et achats privés auprès des magasins [aa] et [bb]

7.a) En première instance, l’appelante a allégué qu’il ressortait du Rapport que l’intimé s’était octroyé sans droit des bonus sous diverses formes, soit des bons d’achat [dd] d’une valeur de 500 francs en 2011, des bons d’achat d’une valeur de 3'700 francs en 2012 et des bons d’achat [bb] d’une valeur de 3'700 francs en 2013, montants qu’il n’avait pas restitués. Elle alléguait en outre que l’intimé avait réalisé des achats privés pour 1'156.10 francs auprès de [bb] et pour 1'305.60 francs auprès de [aa], sans jamais les lui rembourser. Dans la mesure où elle avait découvert, après la signature des conventions du 23 février 2016, que l’intimé s’était octroyé d’autres avantages – soit le paiement des heures supplémentaires en 2013 et les porte-vélos –, son engagement tendant à la renonciation à toute autre prétention contre son ancien employé tombait et elle pouvait réclamer ces montants.

b) Pour l’intimé, le montant des bonus revendiqué était injustifié, puisque ces dépenses avaient été validées par le président du Conseil de fondation. Quant aux achats auprès de [bb] et [aa], ils avaient été traités dans le volet pénal.

7.1.a) Le Tribunal civil a retenu que, dans le Rapport, il était déjà question de bons d’achat ayant servi au paiement des bonus de l’intimé à hauteur de 2'961 francs en 2011, 3'700 francs en 2012 et 3'700 francs en 2013 et que l’appelante avait déjà connaissance de ces montants au moment de signer le Complément, «si bien qu’elle ne peut invoquer compensation vu les termes de cet accord».

b) Concernant les achats réalisés par l’intimé pour 1'156.10 francs auprès de [bb] et pour 1'305.60 francs auprès de [aa], la juge civile a considéré que la question de «certains bonus touchés par le demandeur sous forme de bons» était abordée dans le rapport, qu’il y était «déjà question d’un montant de CHF 2'961.00 en 2011 perçu à titre de bonus par le demandeur» et que «l’annexe 8 portant le titre"détails des bonus 2011 à 2014 de G.________, H.________ et B.________" [étai]t utilisée comme document de référence», si bien qu’elle considérait que l’appelante avait déjà connaissance de ces montants à la signature du Complément, et qu’elle ne pouvait donc pas les invoquer en compensation.

7.2.L’appelante admet qu’au moment de signer le Complément, elle avait effectivement connaissance du versement – indu selon elle – des bonus 2011 à 2013, que ce soit au moyen de bons d’achat ou d’achats privés effectués auprès de [aa] et [bb], et que ces éléments figuraient dans le Rapport. Elle serait néanmoins fondée à invoquer les montants y relatifs en compensation, dans la mesure où la question des heures supplémentaires de 2013 et celle des porte-vélos n’étaient pas mentionnées dans le Rapport. En effet, sa renonciation à faire valoir des prétentions à l’encontre de l’intimé «était expressément conditionnée au fait qu’aucune autre irrégularité ne soit découverte» et une telle découverte avait eu lieu. L’appelante reproche au Tribunal civil de ne pas avoir analysé sa prétention au fond, soit la question de savoir si ses créances en lien avec les bonus étaient fondées, respectivement si elle pouvait en invoquer la compensation.

7.3.a) Pour ce qui est des bonus, l’intimé fait valoir que l’appelante admet avoir eu connaissance du versement de ceux-ci de 2011 à 2013 lors de la signature des accords du 23 février 2016 et qu’elle n’a apporté aucune preuve de la violation des conventions, de sorte que sa prétention compensatrice est irrecevable. Au surplus, les bonus avaient été accordés par le président du Conseil de fondation à l’intimé, qui les avait donc perçus de plein droit.

b) Concernant les montants des achats privés effectués auprès de [aa] et [bb], l’intimé se rallie au raisonnement du Tribunal civil.

7.4.a) Au chapitre du Rapport consacré aux «bonus de fin d’année», on peut lire que des bonus ont été remis par l’intimé, y compris à lui-même, la plupart du temps «au moyen de bons d’achats [bb], [cc], [aa] et de chèques [dd], mais aussi à quelques occasions, en payant des achats purement privés de l’employé concerné par la comptabilité de la Fondation (achats chez [ee], [ff], [cc], [bb]), voire par des prélèvements d’essence privés, aux frais de la Fondation». Il est précisé que cette pratique avait débuté en 2011 et qu’elle ne concernait que trois personnes, dont l’intimé. Au chapitre intitulé «bons d’achats» figure un tableau, dont il ressort que l’intimé a perçu de tels bons pour un montant de 3'700 francs en 2014, 2013 et 2012 et pour un montant de 2'961 francs en 2011. Il est admis par les parties que le bonus de 2014 a déjà été remboursé par l’intimé. Il n’y a dès lors pas lieu d’y revenir ici. Quant aux bonus de 2013 et 2012, ils sont expressément relevés/mentionnés dans le Rapport, chacun pour un montant de 3'700 francs. Pour 2011, le Rapport mentionne un montant de 2'961 francs qui correspond, selon toute vraisemblance, à l’addition des 500 francs de bons d’achat [dd] et des 1'305.60 francs et 1'156.10 francs d’achats privés auprès de [aa] et [bb], à 70 centimes près. Il faut en déduire que les questions relatives aux bonus de 2011 à 2013 et aux achats privés effectués auprès de [aa] et [bb] ont effectivement été relevées/mentionnées dans le Rapport.

b) Le grief de l’appelante se rapporte à l’interprétation de l’article 3 de l’Accord, dont le texte a été reproduit plus haut (cons. 4.1/a). Selon l’appelante, cette disposition signifie que si l’existence de cas non mentionnés dans le Rapport devait être avérée (ce qui revient à dire que la garantie donnée par l’intimé que de tels cas n’existent pas n’a pas été respectée), alors elle-même pourrait faire valoir contre l’appelant des prétentions découlant de faits mentionnés dans le Rapport.

c) La première juge a donné tort à l’appelante sur ce point, sans toutefois motiver sa conclusion, c’est-à-dire sans se livrer à une interprétation (objective ou subjective) de la disposition contractuelle invoquée. Une telle manière de faire, qui ne permet pas aux parties de comprendre sur quel raisonnement la conclusion repose, ne satisfait pas les exigences minimales de motivation découlant de l’article 29 al. 2 Cst. féd. En effet, le droit d'être entendu consacré par cette disposition implique pour l'autorité l'obligation de mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidée et sur lesquels elle a fondé sa décision, de manière à ce que l'intéressé puisse se rendre compte de la portée de celle-ci et l'attaquer en connaissance de cause (ATF 143 III 65cons. 5.2 ;142 II 154cons. 4.2 ;141 V 557cons. 3.2.1). Dès lors que l'on peut discerner les motifs qui ont guidé la décision de l'autorité, le droit à une décision motivée est respecté, même si la motivation présentée est erronée (ATF 141 V 557cons. 3.2.1) ;a contrario, le droit à une décision motivée n’est pas respecté lorsqu’on ne discerne pas les motifs sur lesquels repose la décision de l'autorité. La jurisprudence retient toutefois que le droit d’être entendu n’est pas une fin en soi et qu’on peut renoncer au renvoi de la cause à l’autorité précédente lorsque l’autorité de recours dispose – comme c’est le cas ici – d’un plein pouvoir d’examen et qu’un renvoi constituerait une vaine formalité (arrêt du TF du20.02.2019 [5A_904/2018]cons. 3.1 ; du28.01.2019 [5A_967/2018]cons. 3.1.2 et les réf. cit. ; du25.06.2018 [5A_504/2018]cons. 3.2).

d) En l’espèce, dès lors que la réelle intention des parties au moment de signer l’accord n’est pas déterminable, c’est à une interprétation objective qui convient de procéder, d’une part, et que, d’autre part, l’interprétation proposée par l’appelante s’oppose au texte clair de la disposition conventionnelle invoquée, le renvoi de la cause à l’autorité précédente relèverait de la vaine formalité. En effet, l’article 3 du Complément prévoit que sous réserve notamment qu’il n’y ait pas de cas (c’est-à-dire de comportements problématiques de l’intimé vis-à-vis de l’appelante) autres que ceux relevés dans le Rapport, l’intimée«confirme qu’elle renonceà touteautreprétention contre son employé.» (c’est nous qui soulignons).Le mot «autre» signifie sans ambigüité que les seules prétentions susceptibles d’être soulevées par l’appelante contre l’intimé (aux conditions mentionnées) sont cellesautresque celles liées à descas (de comportements problématiques de l’intimé vis-à-vis de l’appelante) relevés dans le Rapport. Comme déjà dit (v.supracons. 4.4), «il est conforme aux principes de bonne foi et de confiance que l’appelante se soit engagée à ne pas élever de prétentions contre B.________ pour les comportements problématiques de l’intéressé pointés dans le rapport des experts».A contrario, l’appelante se comporte contrairement aux principes de bonne foi et de confiance en cherchant à revenir sur les engagements pris sans ambigüité. Sur ce point également, les principes précités appellent à s’en tenir au texte clair des dispositions écrites formalisant l’accord des parties. Autrement dit, par leur convention du 23 février 2016, formalisée dans l’Accord et le Complément, les parties ont clairement voulu régler de manière définitive les problématiques relevées/mentionnées dans le Rapport. Ce n’est donc que pour d’éventuels autres cas (c’est-à-dire de cas non mentionnés dans le Rapport) que l’appelante se réservait le droit de soulever des prétentions contre l’intimé. L’interprétation proposée par l’appelante ne fait pas sens dans un contexte où deux parties entendaient mettre un terme aux relations de travail qui les liaient et régler les conséquences en découlant (v. ég. cons. 4.3 ci-dessus).

VI.Synthèse

8.Vu ce qui précède, l’appel doit être partiellement admis, le jugement entrepris annulé et la cause renvoyée au Tribunal civil pour une nouvelle décision au sens des considérants. Il s’agira pour le Tribunal civil de déterminer si les prétentions de l’appelante en lien avec les heures supplémentaires de 2013 sont fondées, respectivement à hauteur de quel montant. Le cas échéant, la première juge devra décider si l’appelante est en droit d’invoquer la compensation du montant ainsi fixé avec la créance de l’intimé qu’elle a déjà admise – élément qui n’a pas été contesté en appel et sur lequel le Tribunal civil n’a donc pas à revenir –, tout en tenant compte du solde de 30 francs relatif aux porte-vélos et en écartant les prétentions de l’appelante fondées sur les bonus 2011 à 2013 et les achats privés.

VII.Frais et dépens

A.De première instance

9.Le dispositif querellé ayant été annulé et la cause renvoyée à l’autorité précédente, cette dernière devra statuer dans ce cadre sur les frais judiciaires et les dépens de première instance.

B.Pour la procédure d’appel

10.Le présent litige portant sur un contrat de travail et la valeur litigieuse n’atteignant pas 30'000 francs, il ne peut être perçu de frais judiciaires (art. 114 let. c CPC). Se pose en revanche la question des dépens.

10.1.Selon l’article 106 CPC, ceux-ci doivent êtremis à la charge de la partie succombante (al. 1) et, lorsqu’aucune des parties n’obtient entièrement gain de cause, répartis selon le sort de la cause (al. 2).

10.2.En l’espèce, l’appelante obtient gain de cause sur la question des heures supplémentaires de 2013, en cela que la Cour de céans parvient à la conclusion qu’elle est en droit de faire valoir la prétention y relative – dans la mesure décrite dans les considérants qui précèdent – à l’encontre de l’intimé. En revanche, elle succombe très largement sur la question des porte-vélos et entièrement sur celle des bonus 2011 à 2013 et des achats privés effectués auprès de [aa] et [bb]. Les dépens seront dès lors répartis à hauteur de deux tiers (2/3) à la charge de l’appelante et un tiers (1/3) à celle de l’intimé.

Les parties n’ayant pas déposé de mémoires d’honoraires, la pleine indemnité de dépens sera fixée à 3'600 francs, ce qui correspond à environ dix heures d’activité – chaque partie ayant déployé une activité du même ordre – au tarif horaire usuel de 300 francs, plus les frais et la TVA.

L’appelante doit donc une indemnité de dépens de 1'200 francs à l’intimé, lequel doit à l’appelante une indemnité de dépens de 2'400 francs. Après compensation, l’appelante reste devoir 1'200 francs à l’intimé.

Par ces motifs,LA COUR D'APPEL CIVILE

1.Admet partiellement l’appel.

2.Annule la décision entreprise et renvoie la cause au Tribunal civil pour nouvelle décision au sens des considérants.

3.Dit qu’il n’est pas perçu de frais judiciaires.

4.Condamne l’appelante à verser à l’intimé, pour la procédure d’appel, une indemnité de dépens de 1'200 francs, après compensation.

Neuchâtel, le 25 août 2025