Expropriation
Sachverhalt
A. A._______, B._______, C._______, D._______ (ci-après : les recourants ou les expropriés) sont propriétaires de la parcelle n° (...) du Registre foncier de la Commune de Genève, section Plainpalais (RF), (...). D'une surface totale de (...) m2, elle est sise en zone d'affectation 2 de construction. Elle supporte une habitation à plusieurs logements d'une surface au sol de (...) m2 avec neuf niveaux, soit un sous-sol, un rez-de-chaussée, six étages et des combles, comprenant (...) appartements, et un jardin d'une surface de (...) m2. Elle n'a pas de places de parking autres que la rue et un local à vélos au sous-sol. B. B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : les CFF, l'intimée ou l'expropriante) et l'Etat de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (le CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol. B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent les recourants pour la parcelle susmentionnée, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (également la CFE ou l'autorité inférieure). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal de céans (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011, in : ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêts du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012). B.c Par décision du 16 octobre 2013, la CFE a autorisé les CFF à prendre possession anticipée des droits sur l'immeuble n° (...) RF. Le CEVA a été mis en service fin 2019. C. C.a Le 24 mai 2019, aucun accord n'ayant été trouvé, les CFF ont saisi la CFE d'une requête en estimation du montant de l'indemnité à verser pour la constitution d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° (...) RF ainsi que d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de restriction du droit de bâtir sur une surface de 24 m2, sous le jardin à l'extrême angle sud-ouest de la parcelle, à une profondeur de 4.66 m à 4.87 m sous la surface du terrain. C.b Par décision du 15 septembre 2022, la CFE (ci-après aussi : l'autorité inférieure) a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° (...) RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 4'620 francs. C.c Par mémoire du 26 octobre 2022, les expropriés ont saisi le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF ou le Tribunal) d'un recours contre la décision de la CFE du 15 septembre 2022, concluant principalement à la condamnation de l'expropriante à leur payer une indemnité de 4'870'000 francs. C.d Par mémoire du 14 novembre 2022, l'intimée a saisi le Tribunal d'un recours joint contre la décision de la CFE du 15 septembre 2022, concluant principalement à ce qu'aucune indemnité n'était due aux expropriés C.e Par arrêt A-4908/2022 du 3 octobre 2023, le TAF a partiellement admis le recours de l'expropriante et celui des expropriés et a renvoyé l'affaire à l'autorité inférieure pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants. Le Tribunal a constaté que l'autorité inférieure avait violé le droit d'être entendu des parties à plusieurs égards et que ces violations ne pouvaient pas être réparées en instance de recours. Il a en particulier relevé que la motivation était insuffisante. En conséquence, il a renvoyé la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle procède à une nouvelle détermination de la valeur vénale du terrain de la parcelle n° (...) RF, en exposant de manière claire et détaillée le prix retenu ainsi que la méthode de calcul utilisée. Le Tribunal a en revanche estimé que l'autorité inférieure avait retenu à juste titre que les expropriés devaient être indemnisés pour la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir et qu'aucun préjudice ne résultait de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire. D. Par nouvelle décision du 9 septembre 2024, l'autorité inférieure a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° (...) RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 4'620 francs. L'autorité inférieure a expliqué avoir déterminé le prix au m2 de terrain sur la base de la méthode de la densité telle que prévue par une directive cantonale de l'Office cantonal du logement et de la planification foncière du canton de Genève (ci-après : OCLPF). Selon l'autorité inférieure, cette directive, initialement prévue pour les plans financiers en zone de développement, est utilisée dans toutes les estimations à destination des établissements bancaires genevois et serait applicable par analogie à la zone ordinaire où se trouve la parcelle des recourants. Invoquant une pratique de l'OCLPF, l'autorité inférieure a retenu un prix de base de 1'000 francs, qu'elle a multiplié par l'indice d'utilisation du sol fixé à 3.82 afin d'établir le prix au mètre carré du terrain. Le montant ainsi obtenu, arrondi à 3'850 francs pour tenir compte des caractéristiques favorables du bien, a ensuite été multiplié par la surface de la parcelle des recourants effectivement affectée par les servitudes, soit 24 m2, puis par un taux de dépréciation arrêté à 5 %. E. Par mémoire de recours du 14 octobre 2024, les expropriés ont formé recours contre cette décision auprès du TAF. Ils concluent à l'annulation de la décision contestée et demandent que l'indemnité d'expropriation qui leur revient soit arrêtée à 130'382.40 francs. Subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision. Les recourants font notamment grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir appliqué la méthode statistique, comme l'aurait exigé le Tribunal dans son arrêt de renvoi. Ils produisent à cet égard une expertise privée fondée sur cette méthode et concluent à la fixation du prix au mètre carré de leur terrain à 27'163 francs. Ils contestent en outre le taux de dépréciation de 5%, qu'ils jugent trop faible et insuffisamment motivé, et soutiennent qu'un taux d'au moins 20 % devrait être retenu. F. Dans sa réponse du 29 octobre 2024, l'autorité inférieure a pour l'essentiel renvoyé à sa décision attaquée. Elle a notamment précisé que, par souci d'unité et d'égalité de traitement, elle avait appliqué la même méthode à l'ensemble des dossiers relatifs au CEVA lorsque les parcelles étaient bâties. G. Dans sa réponse du 19 décembre 2024, l'intimée a conclu au rejet du recours et s'est ralliée, en substance, à la décision attaquée. Elle a en outre fait valoir qu'une application stricte de la méthode statistique n'aurait pas permis aux expropriés de justifier le prix au m2 réclamé. H. Dans leurs observations du 14 août 2025, les recourants sont restés sur leur position et ont, pour l'essentiel, repris et détaillé les arguments de leur recours. Ils ont notamment fait valoir que la méthode utilisée par l'autorité inférieure n'était pas adéquate pour estimer la valeur de leur terrain sis en zone ordinaire. A cet égard, ils ont exposé que l'indice de densité est une notion propre aux zones de développement, soit des zones dans lesquelles les prix sont contrôlés par l'Etat. La valeur des terrains dans ces zones ne serait ainsi en aucun cas comparable à la valeur des terrains dans des zones ordinaires dites à « prix libre ». Ils reprochent également à l'autorité inférieure de s'être référée à une pratique de l'OCLPF qui n'est aucunement documentée. I.
Erwägungen (37 Absätze)
E. 1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal administratif fédéral examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
E. 1.2 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la Commission d'estimation peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (cf. aussi les art. 31 et 33 let. f LTAF). Le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige.
E. 1.3 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la Commission d'estimation leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 al. 1 PA, selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. arrêts du TAF A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 1.2, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.2.1, A-3465/2015 du 15 septembre 2016 consid. 1.2).
E. 1.4 En l'espèce, les expropriés sont propriétaires de la parcelle n° (...) RF, sur laquelle la constitution des servitudes a été autorisée. Ils ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, sont spécialement atteints par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à sa modification, en cela qu'ils requièrent l'octroi d'une indemnité plus élevée que celle accordée par l'autorité inférieure. Les expropriés ont donc qualité pour recourir.
E. 2 Déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable quant à la forme. Il convient d'entrer en matière sur celui-ci.
E. 3.1 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2, arrêt du TAF A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1; arrêt du TF 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit.; arrêt du TAF A-471/2020 du 20 décembre 2021 consid. 2.1).
E. 3.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (cf. art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3; ATAF 2012/23 consid. 4, 2008/23 consid. 3.3). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela (cf. arrêts du TAF A 552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 3, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.6.2).
E. 3.3 En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité d'expropriation. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 LEx; ATF 138 II 77 consid. 3.1; arrêt du TF 1C_606/2013 du 27 novembre 2013 consid. 3.2; arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 3). La loi part du principe que la Commission d'estimation consulte en premier lieu ses propres membres spécialisés pour comprendre les questions techniques et locales. Une expertise externe n'est nécessaire que si la commission ne dispose pas elle-même d'experts parmi ses membres (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1; arrêts du TAF A-3816/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 7.2, A-5498/2018 du 10 juillet 2019 consid. 4).
E. 4.1 L'objet du présent litige consiste à déterminer si l'autorité inférieure, dans sa décision du 9 septembre 2024, a correctement fixé l'indemnité à 4'620 francs pour la constitution, par voie d'expropriation, sur la parcelle n° (...) RF appartenant aux expropriés, d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, ainsi que d'une servitude de restriction du droit de bâtir et d'une servitude de tolérance de l'exploitation ferroviaire. Cette décision fait suite à l'arrêt A-4908/2022 du 3 octobre 2023 par lequel le TAF a annulé une première décision de l'autorité inférieure et lui a renvoyé l'affaire en lui donnant certaines instructions.
E. 4.2 Pour calculer le montant de l'indemnité due aux expropriées en raison de la constitution de servitudes affectant leur terrain, l'autorité inférieure a multiplié la surface de la parcelle impactée par le prix du m2, avant d'appliquer un taux de dépréciation de 5 %. L'intimée soutient que ce taux ne ferait plus partie de l'objet du litige à ce stade de la procédure. Selon elle, dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, le Tribunal se serait limité à exiger une motivation plus détaillée de ce pourcentage, sans en remettre en cause le principe. L'intimée ne saurait être suivie. En effet, dès lors que le pourcentage de dépréciation n'avait pas été motivé de manière suffisante dans la première décision de l'autorité inférieure, ainsi qu'en a jugé le Tribunal dans son arrêt de renvoi, les recourants n'ont pas été en mesure d'exercer utilement leur droit de recours, pas plus que le Tribunal n'a pu exercer pleinement son pouvoir de contrôle sur ce point. Ce dernier a en outre jugé qu'il ne pouvait réparer les violations du droit d'être entendu des recourants et n'a fourni aucune motivation propre à justifier le bien-fondé du taux retenu par l'autorité inférieure. En ces circonstances, il est évident que le pourcentage de 5% n'a pas été entériné par le Tribunal dans son arrêt de renvoi. Au demeurant, si ce pourcentage ne pouvait plus être modifié, il faudrait dénier aux recourants un intérêt pratique à le contester, puisque le seul intérêt à obtenir une motivation différente ou complémentaire ne peut en principe fonder un intérêt digne de protection à recourir. Ces derniers se verraient ainsi privés de la possibilité de faire vérifier le respect des instructions du Tribunal, qui enjoignaient à l'autorité inférieure de motiver ce taux (consid. 9 infra). Il résulte de que qui précède que, contrairement à ce que soutient l'intimée, les critiques des recourants quant au pourcentage de dépréciation ne sortent pas de l'objet du litige.
E. 5 Les recourants font d'abord grief à l'autorité inférieure de ne pas s'être conformée aux instructions du Tribunal figurant dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023. Ils lui reprochent, à cet égard, de ne pas avoir appliqué la méthode statistique que le Tribunal lui aurait enjoint de mettre en oeuvre, ainsi que de ne pas avoir suffisamment motivé le taux de dépréciation de 5 % retenu, en dépit de l'exigence explicite formulée sur ce point. Les recourants soutiennent, pour leur part, qu'un taux de dépréciation de 20 % devrait être appliqué. Les recourants reprochent également à l'autorité inférieure d'avoir calculé la valeur vénale de leur parcelle, sise en zone ordinaire, selon les principes régissant la zone de développement, et ce sans aucune explication, se bornant à affirmer que les établissements bancaires procèdent de la sorte, sans autre motivation ni production de moyens de preuve. Enfin, les recourants se prévalent d'une expertise qu'ils ont produite, laquelle évalue la valeur de leur bien-fonds sur la base de 13 transactions intervenues entre 2016 et 2022, et conclut à ce que la valeur de leur terrain soit arrêté à 27'163 francs le m2.
E. 6.1 L'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée est liée par les instructions de la décision de renvoi de l'autorité de recours, ces dernières étant impératives au sens de l'art. 61 al. 1 PA (parmi d'autres : ATF 143 IV 214 consid. 5.2.1). Sont contraignants tant le dispositif de la décision de renvoi que les motifs sur lesquels celui-ci s'appuie (arrêt du TF 9C_472/2013 consid. 4.3). Ces instructions doivent être incluses dans le dispositif, directement ou avec renvoi aux considérants, pour disposer d'un caractère impératif (ATF 120 V 233 consid. 1a; Madeleine Hirsig-Vouilloz, Commentaire romand, loi fédérale sur la procédure administrative, 2024, art. 61 n° 25-26). Dans le dispositif de son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, le Tribunal a renvoyé l'affaire à l'autorité inférieure pour instructions complémentaires et nouvelle décision dans le sens des considérants. Dans ces derniers, le Tribunal a notamment relevé que l'autorité inférieure n'avait pas suffisamment explicité son raisonnement, violant ainsi son devoir de motivation.
E. 6.2 Le droit d'être entendu (art. 29 PA) implique notamment l'obligation fondamentale pour les autorités de motiver leur décision (cf. art. 35 PA; ATF 141 V 557 consid. 3.2.1). La motivation doit au moins exposer brièvement les considérations qui ont guidé l'autorité et sur lesquelles elle a fondé sa décision. Il importe que les intéressés puissent comprendre le raisonnement effectué par l'autorité inférieure afin, cas échéant, de pouvoir exercer efficacement leur droit de recours. En outre, plus la marge de manoeuvre de l'autorité est grande, plus les exigences en matière de motivation sont élevées (ATF 142 II 324 consid. 3.6; 129 I 232 consid. 3.3; 112 Ia 107 consid. 2b; arrêt du TAF A-2366/2018 du 24 mai 2018 consid. 4.1). Cette règle s'applique en particulier à la CFE, autorité spécialisée qui jouit d'une grande marge d'appréciation et qui doit faire application de normes ouvertes comprenant des notions juridiques indéterminées (arrêts du TAF A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 4.8; A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 7.2.2).
E. 6.3 Pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière, la violation du droit d'être entendu peut exceptionnellement être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2, 135 I 279 consid. 2.6.1; arrêt du TAF A-4343/2018 du 1er février 2021 consid. 3.2). Une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2).
E. 7.1 Dans sa première décision datée du 15 septembre 2022 - annulée par arrêt A-4908/2022 du Tribunal du 3 octobre 2023 (consid. 7.2 infra) - l'autorité inférieure avait arrêté la valeur du terrain de la parcelle des recourants à 3'850 francs/m2 « sur la base du calcul de densité ». L'autorité inférieure avait calculé une densité de 3.82 en divisant les droits à bâtir, fixée à 3'255 m2, par la surface totale du terrain, soit (...) m2. Constatant que la construction d'un potentiel second sous-sol sur la parcelle était rendue impossible par les servitudes imposées, l'autorité inférieure avait estimé, en tenant compte des contraintes dont est affectée la parcelle (copropriété, bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, servitudes de droit privé, etc.), que l'entrave à la construction de plus d'un niveau de sous-sol justifiait une indemnité de 5%, calculée sur la partie de 24 m2 affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir, soit 4'620 francs (24 X 3'850 X 5%).
E. 7.2 Dans son arrêt de renvoi A-4908/2022 du 3 octobre 2023, le Tribunal a annulé la décision de l'autorité inférieure du 15 septembre 2022 et lui renvoyée l'affaire pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal a estimé que les raisons pour lesquelles l'autorité inférieure avait arrêté la valeur vénale du terrain à 3'850 francs le m2 n'étaient pas compréhensibles (cf. en particulier consid. 4.4.2 et 5.5.2 dudit arrêt). En bref, le Tribunal avait relevé les insuffisances suivantes. Premièrement, la méthode utilisée par l'autorité inférieure ne ressortait pas de sa décision. Deuxièmement, il n'était pas possible de comprendre comment elle était parvenue à 3'255 m2 de droits à bâtir. Troisièmement, la raison pour laquelle la CFE divisait ces droits à bâtir par la surface de la parcelle, soit (...) m2, afin d'obtenir un indice de densité de 3.82, n'était pas explicite. Quatrièmement, l'impact de cet indice sur la valeur du terrain au mètre carré demeurait obscur, de même que les motifs et la base sur lesquels reposait la valorisation d'un point de densité à environ 1'000 francs par mètre carré, aboutissant à un prix du terrain de 3'850 francs par mètre carré. Le Tribunal avait en outre estimé que l'autorité inférieure n'avait pas suffisamment motivé le pourcentage de dépréciation retenu de 5%. A cet égard, l'autorité inférieure avait dressé une liste des facteurs de dépréciation se terminant par l'abréviation « etc. », ce qui laissait entendre que tous les éléments pris en compte n'avaient pas été rapporté. Le Tribunal préconisait en substance que la prise en compte de ces facteurs soit explicitée et que le pourcentage de dépréciation soit déterminé par référence à la jurisprudence applicable en la matière, tout en admettant qu'un certain schématisme était inévitable. Le Tribunal a indiqué que l'autorité inférieure « devra déterminer le prix au m2 du terrain à bâtir dans la mesure du possible, à l'aide de la méthode statistique », ajoutant que « quelle que soit la méthode finalement retenue par l'autorité spécialisée, elle devra la mentionner dans sa décision et expliquer clairement et en détails comment elle arrive au prix du m2 du terrain qu'elle retient » (consid. 5.5.5 de l'arrêt A-4908/2022).
E. 7.3 Dans la décision attaquée du 9 septembre 2024, objet du présent recours, l'autorité inférieure a d'abord fixé l'indice de densité de la parcelle des recourants à 3.82 en divisant les « droits à bâtir », arrêtés à 3'255 m2, par la surface totale de la parcelle, soit (...) m2. Elle a ensuite multiplié cet indice par le prix du terrain qu'elle a déterminé à l'aide de la directive de l'OCLPF (ci-après : la Directive). À cet égard, et après avoir relevé que la Directive fixe le prix au mètre carré à 688 francs lorsque la densité est comprise entre 1.2 et 1.8 et le prix plafond à 1'238 francs lorsque la densité est supérieure à 1.8, l'autorité inférieure a arrêté le prix de la parcelle des expropriés à 1'000 francs, en indiquant qu'il s'agissait, en pratique, du minimum retenu par l'OCLPF. L'autorité a ensuite multiplié ce montant de 1000 francs par l'indice de densité de 3.82 pour arriver à un montant de 3'820 francs qu'elle a arrondi à 3'850 francs pour tenir compte des caractéristiques favorables du bien, précisant qu'il est situé en ville, dans un quartier historiquement recherché, esthétiquement abouti et constitué de bâtiments élégants et de belle facture, tranquille et à proximité d'un vaste parc, des commerces et des transports publics, notamment et singulièrement à proximité immédiate de la nouvelle gare CFF de (...). L'autorité inférieure a ensuite adapté, au cas d'espèce, les pourcentages de dépréciation issus de la jurisprudence fédérale appliqués dans d'autres situations. Elle a en particulier relevé que l'entrave à la construction d'un second sous-sol avait conduit le TAF, confirmé par le TF, a retenir une moins-value de 10%. Relevant qu'en l'espèce, le bien était détenu en copropriété, qu'il faisait l'objet d'une protection patrimoniale et que la possibilité entravée de construction devrait faire face à une rentabilité non assurée, elle a fixé un pourcentage de dépréciation moindre, arrêté à 5%. La partie affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir étant de 24 m2, l'autorité inférieure a arrêté l'indemnité due par l'expropriant aux recourants à 4'620 francs (24 X 3'850 X 5%).
E. 8 En l'espèce, contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'autorité inférieure n'a pas violé les instructions de renvoi du TAF du seul fait qu'elle n'a pas exposé les raisons pour lesquelles elle n'a pas recouru à la méthode statistique. En effet, après avoir invité l'autorité inférieure à déterminer, dans la mesure du possible, le prix au mètre carré du terrain à bâtir au moyen de cette méthode, le Tribunal a précisé que « quelle que soit la méthode finalement retenue par l'autorité spécialisée, elle devra la mentionner dans sa décision et expliquer clairement et en détail comment elle parvient au prix au mètre carré du terrain retenu » (consid. 5.5.5 de l'arrêt A-4908/2022). Il en découle que l'autorité inférieure demeurait libre d'appliquer une autre méthode que la méthode statistique, pour autant que celle-ci soit explicitée, compréhensible et pertinente au regard du cas d'espèce. Or, en violation de ces instructions de renvoi, l'autorité inférieure n'explique pas de manière claire et compréhensible la manière dont elle a appliqué la méthode de la densité, notamment en ce qui concerne la détermination du prix au mètre carré retenu.
E. 8.1 En effet, en premier lieu, l'autorité inférieure a retenu un indice d'utilisation du sol de 3.82 en divisant 3'255 m2 de droits à bâtir par la surface totale de la parcelle, soit (...) m2. La CFE ne précise toujours pas de quelle manière elle a calculé les 3'255 m2 de « droits à bâtir ». L'autorité inférieure reprend ce chiffre de l'expertise interne du 3 septembre 2021, qui ne comprend aucune explication à ce sujet. Or, dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, le Tribunal avait expressément indiqué qu'une explication faisait défaut sur ce point. Ainsi, le Tribunal ne parvient toujours pas à comprendre de quelle manière cette surface a été déterminée, de sorte qu'il n'est pas en mesure de contrôler le bien-fondé de l'indice d'utilisation du sol fixé par l'autorité inférieure à 3.82.
E. 8.2 En second lieu, l'autorité inférieure a multiplié cet indice d'utilisation du sol par 1'000 francs. Bien que cela ne ressorte pas explicitement de la décision attaquée, ce montant de 1'000 francs devrait correspondre à la valeur par m2 de plancher, le résultat obtenu de 3'820 (arrondi à 3'850) francs correspondant lui à la valeur par m2 de terrain. Or, le raisonnement de l'autorité inférieure reste peu clair.
E. 8.2.1 Premièrement, le choix de fixer le prix du m2 constructible en se fondant sur une Directive dont l'objectif est de « fixer les plafonds admis dans les plans financiers des opérations immobilières soumises au contrôle de l'OCLPF pour les prix des terrains sis en zone de développement, en vue d'encourager leur mise en valeur tout en répondant aux besoins prépondérants d'intérêt général définis par la loi » n'est pas évident. La pertinence de cette Directive cantonale pour trancher le cas d'espèce n'apparaissant pas clairement, et au vu des critiques soulevées par les recourants sur ce point, le Tribunal a invité l'autorité inférieure, en sa qualité d'autorité spécialisée, à fournir des explications complémentaires par ordonnance du 15 août 2025. En réponse, l'autorité inférieure s'est limitée à indiquer que cette méthode, « certes fondée sur des éléments initialement pris en compte par les autorités dans le cadre de plans financiers en zone de développement, s'applique parfaitement aux parcelles situées en zone ordinaire, dans la mesure où l'élaboration de plans financiers de projets de construction serait similaire dans les deux types de zones, les paramètres pris en compte étant grosso modo les mêmes ». Une telle explication, particulièrement succincte et formulée en termes généraux, n'est pas claire pour le Tribunal. D'une part, les « paramètres pris en compte » ne sont pas explicités, de sorte que l'argumentation de l'autorité inférieure demeure ambiguë et sujette à interprétation. D'autre part, il ne suffit pas que des paramètres identiques soient considérés encore faut-il qu'ils soient valorisés de manière comparable.
E. 8.2.2 Deuxièmement, la manière dont l'autorité inférieure a concrètement appliqué la Directive en cause demeure obscure, en particulier s'agissant de la détermination du prix du mètre carré de surface de plancher arrêté à 1'000 francs. L'autorité inférieure a en effet indiqué que « pour une densité comprise entre 1.2 et 1.8, le prix au m2 fixé par la Directive est de 688 francs [et] pour une densité supérieure à 1.8, le prix plafond est fixé à 1'238 francs », que le prix retenu de 1'000 francs est « prix minimum retenu en pratique par l'OCLPF en ville de Genève » et qu'il s'agit d'un « montant retenu par simplification et souci d'équité compris entre les montants minimaux et maximaux retenus par l'OCLPF ». Cette motivation ne convainc pas. D'une part, si l'on suit la logique de l'autorité inférieure, et compte tenu du fait que l'indice d'utilisation du sol de la parcelle des recourants est nettement supérieur à 1.8, on ne comprend pas pour quelle raison elle n'a pas retenu le montant maximal de 1'238 francs. D'autre part, le montant de 688 francs mentionné par l'autorité inférieure figure dans la colonne de la Directive relative au prix du mètre carré constructible (soit le prix du mètre carré de surface brute de plancher), tandis que le montant de 1'238 francs correspond au prix du mètre carré de terrain figurant dans une autre colonne, celle de droite. La détermination d'une fourchette allant de 688 à 1'238 francs semble ainsi résulter d'une confusion entre ces deux catégories distinctes, sans que l'autorité inférieure n'apporte la moindre explication à cet égard. Enfin, pour déterminer le montant de 1'000 à l'intérieur de cette fourchette, l'autorité inférieure s'est référée à « la pratique » de l'OCLPF, sans aucune autre indication. Or, le Tribunal n'a aucune connaissance de cette pratique, ni de ces conditions exactes d'application. Au surplus, à supposer que celle-ci consiste bel et bien à retenir un prix minimal de 1'000 francs pour des densités comprises entre 1.2 et 1.8, on ne voit pas pour quelle raison ce montant minimal aurait été retenu en l'espèce, alors même que la densité atteint 3.82.
E. 9 En revanche, le pourcentage de dépréciation de 5% retenue par l'autorité inférieure a été établi en respect des instructions données par le Tribunal dans son arrêt de renvoi (consid. 9.1 infra) et ne prête pas flanc à la critique sur le fond (consid. 9.2 infra).
E. 9.1 Dans ses instructions de renvoi, le Tribunal avait enjoint l'autorité inférieure d'indiquer tous les critères retenus pour fixer ce pourcentage (arrêt A-4908/2022 consid 6.5.5). A cet égard, l'autorité inférieure avait, dans sa première décision, fixé le pourcentage de dépréciation à 5% « en tenant compte des contraintes dont est affectée la parcelle (bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, servitudes de droit privé, etc.) ». L'expression « etc. » laissait entendre que des facteurs non mentionnés avaient été prise en compte, de sorte que les recourants avaient été privés de la possible d'en contester la pertinence. Par ailleurs, le Tribunal avait également exigé que l'autorité inférieure se réfère à la jurisprudence en la matière pour fixer le taux de dépréciation (arrêt A-4908/2022 consid. 6.5.6). Dans sa décision du 9 septembre 2024, l'autorité inférieure a satisfait à ces deux exigences.
E. 9.1.1 En effet, d'une part, elle a détaillé de manière exhaustive les contraintes affectant la parcelle concernée et justifiant l'application d'un pourcentage réduit : la pluralité de propriétaires, la protection patrimoniale du bâtiment existant ainsi que le caractère incertain, voire aléatoire, de la rentabilité. En particulier, l'expression « etc. » a été supprimée, de sorte que les recourants savaient précisément quels critères avaient été retenus pour fixer le pourcentage de 5 %, et pouvaient ainsi exercer utilement leur droit de recours. En outre, la justification de ces facteurs a été précisée par l'autorité inférieure de manière pleinement compréhensible. Le fait que ces éléments soient pour l'essentiel ceux qui avaient été retenus dans la décision attaquée est ici sans importance.
E. 9.1.2 D'autre part, l'autorité inférieure a indiqué s'être fondée sur la jurisprudence du TAF (arrêt A-4111/2020 du 16 septembre 2021 consid. 7.2.5.2), confirmée par le Tribunal fédéral (arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023), selon laquelle une entrave à la construction d'un second sous-sol peut justifier une moins-value de l'ordre de 10 %, notamment lorsque la rentabilité du projet est aléatoire et que la parcelle est grevée de servitudes de droit privé. Elle a considéré qu'en l'espèce, les contraintes affectant la parcelle des recourants - à savoir la copropriété, la rentabilité incertaine et la protection patrimoniale - étaient plus importantes que dans la cause précitée, ce qui conduisait à retenir une dépréciation moindre, fixée à 5 %. Ainsi, en se référant à la jurisprudence pertinente et en développant un raisonnement compréhensible, l'autorité inférieure a respecté les instructions de renvoi du Tribunal.
E. 9.2 S'agissant du fond, le taux de dépréciation retenu ne prête pas le flanc à la critique.
E. 9.2.1 En effet, les trois contraintes affectant la parcelle des recourants, telles qu'énumérées par l'autorité inférieure, constituent indéniablement des facteurs défavorables à la réalisation d'un projet de construction. Par ailleurs, dès lors que ces contraintes apparaissent plus importantes que celles retenues dans la cause A-4111/2020 - dans laquelle le Tribunal, par un arrêt confirmé par le Tribunal fédéral, a admis qu'une entrave à la construction d'un second sous-sol justifiait une dépréciation de l'ordre de 10% - il se justifie de retenir, en l'espèce, un taux inférieur. Dans ce contexte, le taux de 5 % échappe à la critique, d'autant plus que, d'une part, un certain schématisme est inhérent à ce type d'évaluation, comme le Tribunal l'a déjà relevé à plusieurs reprises, y compris dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, et que, d'autre part, l'autorité inférieure, en tant qu'autorité spécialisée, dispose d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal ne revoit qu'avec retenue, pour autant que le raisonnement suivi soit compréhensible et exempt d'incohérences, ce qui est le cas en l'espèce.
E. 9.2.2 Les critiques des recourants ne sont, au surplus, pas convaincantes. Dans leur recours du 14 octobre 2024, ils se limitent à affirmer, de manière lapidaire, que « cette dépréciation doit être d'au moins 20 % », en se référant à l'arrêt A-4111/2020 sans autre développement. Or, dans cette affaire, citée par l'autorité inférieure elle-même, le Tribunal a fixé différents taux de dépréciation en fonction des parcelles - et des portions de celles-ci - concernées. Le taux de 20 % auquel les recourants semblent faire allusion visait à compenser la suppression quasi totale de la possibilité de construire en sous-sol, la profondeur exploitable étant alors presque nulle sur la partie de la parcelle en cause. Tel n'est manifestement pas le cas en l'espèce, dès lors que l'exploitation d'un premier niveau de sous-sol - au demeurant déjà réalisé - n'est nullement entravée. De même, la critique tirée d'une prétendue contradiction dans la méthode suivie par l'autorité inférieure ne saurait être retenue. Les recourants lui reprochent d'avoir appliqué, pour la détermination du prix du terrain au mètre carré, une méthode propre aux terrains non bâtis, tout en se fondant, pour fixer le taux de dépréciation, sur des éléments liés au caractère bâti de la parcelle, à savoir notamment la protection patrimoniale du bâtiment. Une telle argumentation ne convainc pas. En effet, dans la mesure où la partie affectée par les servitudes - soit un second niveau de sous-sol - n'est pas construite, l'indemnité doit être calculée en fonction de la valeur du terrain en tant que terrain à bâtir, sans tenir compte des constructions existantes, ainsi que le Tribunal l'avait déjà expressément précisé dans son arrêt de renvoi (arrêt A-4908/2022 consid. 5.5.1, 5.5.4 et 5.6). En revanche, les contraintes retenues par l'autorité inférieure influencent concrètement la faisabilité et la rentabilité d'un projet de construction en sous-sol, ce que les recourants ne contestent du reste pas. Il est dès lors pleinement cohérent d'en tenir compte dans l'appréciation du taux de dépréciation.
E. 10.1 Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure ne s'est, pour partie, pas conformée aux instructions de renvoi du Tribunal, d'une part, et qu'elle n'a pas satisfait à son devoir de motivation, d'autre part. Dans la mesure où les instructions de renvoi faisaient principalement suite à une violation du droit d'être entendu, en raison notamment d'une motivation insuffisante, ces deux violations se confondent largement.
E. 10.2 Compte tenu de la large marge d'appréciation dont jouit l'autorité inférieure, que l'instance de recours ne revoit qu'avec retenue (consid. 3.2 supra), il n'apparaît pas opportun que le Tribunal réforme lui-même la décision attaquée. Par ailleurs, il ne ressort ni du dossier ni des allégués des parties qu'il existerait une urgence particulière à statuer immédiatement sur leurs prétentions, lesquelles sont de nature exclusivement financière. Les recourants justifient leur requête tendant à la mise en oeuvre d'une expertise judiciaire par l'affirmation selon laquelle l'autorité inférieure ne serait « manifestement pas disposée à suivre les instructions de la juridiction supérieure ». Une telle prémisse ne saurait être admise. Au demeurant, il ressort de la décision attaquée que l'autorité inférieure s'est partiellement conformée aux instructions de renvoi (cf. consid. 9 supra). Dans ces circonstances, la requête des recourants, formulée à titre subsidiaire, doit être rejetée. Il y a lieu de renvoyer la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle procède à une nouvelle fixation de la valeur vénale du terrain litigieux, en exposant de manière claire et détaillée le prix retenu ainsi que la méthode de calcul employée. Conformément à une jurisprudence bien établie et rappelée dans l'arrêt de renvoi, la CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question. L'autorité peut également faire appel à plusieurs méthodes et retenir un prix moyen ou pondéré. L'autorité inférieure peut également coordonner différentes méthodes.
E. 10.3 En revanche, et contrairement à ce que prétend l'expropriante, l'autorité inférieure ne peut se fonder sur les valeurs qu'elle a fixées dans d'autres décisions non attaquées, et ce même si les parcelles concernées devaient être comparables à celle des recourants. En effet, ces derniers remettent précisément en cause le bien-fondé de la méthode utilisée par l'autorité inférieure pour fixer les indemnités d'expropriation. En outre, le fait que ces décisions n'aient pas été attaquées est sans importance dans la présente cause. En particulier, on ne saurait restreindre le droit des recourants au motif que d'autres sujets de droit ont renoncé à exercer leur droit de recours. Il est en effet constant qu'un tiers ne peut disposer des droits d'autrui.
E. 11 Demeure à trancher la question des frais et dépens.
E. 11.1.1 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 9.1.2).
E. 11.1.2 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5, 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié à l'ATF 133 II 30; arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1). Dans les procédures d'expropriation, les frais de procédure ne doivent en général pas être trop élevés (cf. arrêt du TF 1E.9/2006 du 20 septembre 2006 consid. 3; arrêts du TAF A-471/2020 précité consid. 13.2 A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 11.2).
E. 11.2.1 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel il appartient à l'expropriante de supporter les frais de procédure. Ils sont in casu fixés à 1'500 francs et mis à la charge de l'intimée.
E. 11.2.2 Les recourants obtiennent partiellement gain de cause. Ils ont choisi de se faire représenter et ont conclu à l'octroi de dépens mais n'ont pas soumis de note d'honoraires. Une indemnité de dépens, fixée ex aequo et bono à 1'500 francs. L'expropriante n'a pas droit à des dépens, conformément à l'art. 116 al. 1 LEx. (le dispositif est porté à la page suivante)
Dispositiv
- Le recours des expropriés est partiellement admis, dans le sens des considérants.
- Le chiffre 1 du dispositif de la décision du 9 septembre 2024 de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement est annulé.
- L'affaire est renvoyée à l'autorité inférieure pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
- Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge de l'expropriante. Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
- Une indemnité de dépens de 1'500 francs est allouée aux expropriés, à la charge de l'expropriante.
- Le présent arrêt est adressé aux expropriés, à l'expropriante et à l'autorité inférieure. L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante. La présidente du collège :
Volltext (verifizierbarer Originaltext)
Bundesverwaltungsgericht
Tribunal administratif fédéral
Tribunale amministrativo federale
Tribunal administrativ federal
Cour I
A-6449/2024
Arrêt du 8 mai 2026
Composition
Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège),
Maurizio Greppi, Jürg Marcel Tiefenthal, juges;
Manuel Chenal, greffier,
Parties
1. A._______,
(...)
2. B._______,
(...)
3. C._______,
(...)
4. D._______,
(...)
tous représentés par Maître François Bellanger, avocat, PONCET TURRETTINI AVOCATS, Rue de Hesse 8, Case postale, 1211 Genève 4,
recourants,
contre
Chemins de fer fédéraux suisses CFF Infrastructure, Rue de la Gare de Triage 5, 1020 Renens VD,
représentée par Maître Benoît Carron, Bonnard Lawson Région Genève SA, Route du Grand-Lancy 2, Case postale, 1211 Genève 26,
intimée,
Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement, Adresse postale : c/o Cédric-Laurent Michel, Cour de Justice, Place du Bourg-de-Four 1, Case postale 3108, 1211 Genève 3,
autorité inférieure.
Objet
expropriation - fixation d'une indemnité; décision du 9 septembre 2024.
Faits :
A. A._______, B._______, C._______, D._______ (ci-après : les recourants ou les expropriés) sont propriétaires de la parcelle n° (...) du Registre foncier de la Commune de Genève, section Plainpalais (RF), (...). D'une surface totale de (...) m2, elle est sise en zone d'affectation 2 de construction. Elle supporte une habitation à plusieurs logements d'une surface au sol de (...) m2 avec neuf niveaux, soit un sous-sol, un rez-de-chaussée, six étages et des combles, comprenant (...) appartements, et un jardin d'une surface de (...) m2. Elle n'a pas de places de parking autres que la rue et un local à vélos au sous-sol.
B.
B.a Le 6 mars 2006, les Chemins de fer fédéraux suisses CFF SA (ci-après : les CFF, l'intimée ou l'expropriante) et l'Etat de Genève ont déposé une demande d'approbation des plans auprès de l'Office fédéral des transports (l'OFT) pour le projet ferroviaire Cornavin-Eaux Vives-Annemasse (le CEVA). Ce projet présentait sur 77 % de son tracé des installations en sous-sol.
B.b Par décision du 5 mai 2008, l'OFT a approuvé les plans du projet CEVA, accordé aux CFF et à l'Etat de Genève le droit d'exproprier les propriétaires concernés, parmi lesquels figurent les recourants pour la parcelle susmentionnée, selon les plans d'emprise et les tableaux des droits à exproprier, et prescrit que les demandes en indemnités déposées lors de la mise à l'enquête soient transmises à la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement (également la CFE ou l'autorité inférieure). Cette décision a été confirmée tant par le Tribunal de céans (cf. arrêt du Tribunal administratif fédéral [TAF] A-3713/2008 du 15 juin 2011, in : ATAF 2012/23) que par le Tribunal fédéral (cf. arrêts du Tribunal fédéral [TF] 1C_342/2011, 1C_343/2011, 1C_344/2011 et 1C_348/2011 du 15 mars 2012).
B.c Par décision du 16 octobre 2013, la CFE a autorisé les CFF à prendre possession anticipée des droits sur l'immeuble n° (...) RF. Le CEVA a été mis en service fin 2019.
C.
C.a Le 24 mai 2019, aucun accord n'ayant été trouvé, les CFF ont saisi la CFE d'une requête en estimation du montant de l'indemnité à verser pour la constitution d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire sur l'entier de la parcelle n° (...) RF ainsi que d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire et d'une servitude de restriction du droit de bâtir sur une surface de 24 m2, sous le jardin à l'extrême angle sud-ouest de la parcelle, à une profondeur de 4.66 m à 4.87 m sous la surface du terrain.
C.b Par décision du 15 septembre 2022, la CFE (ci-après aussi : l'autorité inférieure) a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° (...) RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 4'620 francs.
C.c Par mémoire du 26 octobre 2022, les expropriés ont saisi le Tribunal administratif fédéral (ci-après : le TAF ou le Tribunal) d'un recours contre la décision de la CFE du 15 septembre 2022, concluant principalement à la condamnation de l'expropriante à leur payer une indemnité de 4'870'000 francs.
C.d Par mémoire du 14 novembre 2022, l'intimée a saisi le Tribunal d'un recours joint contre la décision de la CFE du 15 septembre 2022, concluant principalement à ce qu'aucune indemnité n'était due aux expropriés
C.e Par arrêt A-4908/2022 du 3 octobre 2023, le TAF a partiellement admis le recours de l'expropriante et celui des expropriés et a renvoyé l'affaire à l'autorité inférieure pour complément d'instruction et nouvelle décision dans le sens des considérants.
Le Tribunal a constaté que l'autorité inférieure avait violé le droit d'être entendu des parties à plusieurs égards et que ces violations ne pouvaient pas être réparées en instance de recours. Il a en particulier relevé que la motivation était insuffisante. En conséquence, il a renvoyé la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle procède à une nouvelle détermination de la valeur vénale du terrain de la parcelle n° (...) RF, en exposant de manière claire et détaillée le prix retenu ainsi que la méthode de calcul utilisée.
Le Tribunal a en revanche estimé que l'autorité inférieure avait retenu à juste titre que les expropriés devaient être indemnisés pour la constitution des servitudes de superficie pour tunnel ferroviaire et de restriction au droit de bâtir et qu'aucun préjudice ne résultait de la servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire.
D. Par nouvelle décision du 9 septembre 2024, l'autorité inférieure a fixé l'indemnité pour la constitution par expropriation sur la parcelle n° (...) RF d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, d'une servitude de restriction au droit de bâtir et d'une servitude de tolérance d'exploitation ferroviaire à 4'620 francs.
L'autorité inférieure a expliqué avoir déterminé le prix au m2 de terrain sur la base de la méthode de la densité telle que prévue par une directive cantonale de l'Office cantonal du logement et de la planification foncière du canton de Genève (ci-après : OCLPF). Selon l'autorité inférieure, cette directive, initialement prévue pour les plans financiers en zone de développement, est utilisée dans toutes les estimations à destination des établissements bancaires genevois et serait applicable par analogie à la zone ordinaire où se trouve la parcelle des recourants. Invoquant une pratique de l'OCLPF, l'autorité inférieure a retenu un prix de base de 1'000 francs, qu'elle a multiplié par l'indice d'utilisation du sol fixé à 3.82 afin d'établir le prix au mètre carré du terrain. Le montant ainsi obtenu, arrondi à 3'850 francs pour tenir compte des caractéristiques favorables du bien, a ensuite été multiplié par la surface de la parcelle des recourants effectivement affectée par les servitudes, soit 24 m2, puis par un taux de dépréciation arrêté à 5 %.
E. Par mémoire de recours du 14 octobre 2024, les expropriés ont formé recours contre cette décision auprès du TAF. Ils concluent à l'annulation de la décision contestée et demandent que l'indemnité d'expropriation qui leur revient soit arrêtée à 130'382.40 francs. Subsidiairement, ils concluent au renvoi de la cause à l'autorité inférieure pour nouvelle décision.
Les recourants font notamment grief à l'autorité inférieure de ne pas avoir appliqué la méthode statistique, comme l'aurait exigé le Tribunal dans son arrêt de renvoi. Ils produisent à cet égard une expertise privée fondée sur cette méthode et concluent à la fixation du prix au mètre carré de leur terrain à 27'163 francs. Ils contestent en outre le taux de dépréciation de 5%, qu'ils jugent trop faible et insuffisamment motivé, et soutiennent qu'un taux d'au moins 20 % devrait être retenu.
F. Dans sa réponse du 29 octobre 2024, l'autorité inférieure a pour l'essentiel renvoyé à sa décision attaquée. Elle a notamment précisé que, par souci d'unité et d'égalité de traitement, elle avait appliqué la même méthode à l'ensemble des dossiers relatifs au CEVA lorsque les parcelles étaient bâties.
G. Dans sa réponse du 19 décembre 2024, l'intimée a conclu au rejet du recours et s'est ralliée, en substance, à la décision attaquée. Elle a en outre fait valoir qu'une application stricte de la méthode statistique n'aurait pas permis aux expropriés de justifier le prix au m2 réclamé.
H. Dans leurs observations du 14 août 2025, les recourants sont restés sur leur position et ont, pour l'essentiel, repris et détaillé les arguments de leur recours. Ils ont notamment fait valoir que la méthode utilisée par l'autorité inférieure n'était pas adéquate pour estimer la valeur de leur terrain sis en zone ordinaire. A cet égard, ils ont exposé que l'indice de densité est une notion propre aux zones de développement, soit des zones dans lesquelles les prix sont contrôlés par l'Etat. La valeur des terrains dans ces zones ne serait ainsi en aucun cas comparable à la valeur des terrains dans des zones ordinaires dites à « prix libre ». Ils reprochent également à l'autorité inférieure de s'être référée à une pratique de l'OCLPF qui n'est aucunement documentée.
I. Considérant que le choix de la méthode d'évaluation retenue par l'autorité inférieure nécessitait des éclaircissements, le Tribunal a invité celle-ci, par ordonnance du 15 août 2025, à fournir des explications complémentaires.
J. Par réponse non datée reçue le 1er septembre 2025, l'autorité inférieure a indiqué que la méthode de la densité se fonde certes sur des éléments pris initialement en compte par les autorités dans le cadre de plans financiers en zone de développement, mais qu'elle s'applique parfaitement aux parcelles situées en zone primaire, dans la mesure où la mise sur pied de plans financiers de projets de construction est similaire en zone ordinaire et en zone de développement, les paramètres prises en compte étant grosso modo les mêmes. S'agissant du montant de base de 1'000 francs par mètre carré, multiplié par l'indice de densité de la parcelle (3.82) afin de déterminer le prix effectif au mètre carré, l'autorité a indiqué qu'il s'agissait d'une valeur retenue par simplification et par souci d'équité, se situant dans la fourchette des montants minimaux et maximaux admis par l'OCLPF. Quant à l'expertise produite par les recourants au stade du recours, fondée sur la méthode comparative, l'autorité inférieure a relevé qu'elle reposait sur un nombre trop limité de références pour être pertinente. Elle a en outre souligné que les circonstances ayant conduit aux prix des transactions invoquées n'étant pas connues, ceux-ci devaient être considérés comme spéculatifs.
K. Par détermination du 2 septembre 2025, l'intimée est restée sur sa position. Elle a expliqué que l'expertise produite par les recourants n'était pas pertinente. À cet égard, elle a relevé que celle-ci reposait sur le postulat erroné selon lequel la valeur du terrain correspondrait simplement à la valeur actuelle du bien-fonds bâti diminuée du coût de construction. Une telle approche conduirait à la conséquence insoutenable que toute plus-value immobilière serait intégralement imputée à l'augmentation de la valeur du terrain, et non également à celle du bâti. Selon l'intimée, pour déterminer le prix au mètre carré du terrain des recourants, l'autorité inférieure aurait pu se fonder sur les valeurs retenues dans des procédures d'expropriation voisines entrées en force. Il ressort de celles-ci que le prix au mètre carré varie entre 2'000 et 6'200 francs, ce qui est très éloigné du montant revendiqué par les recourants. L'intimée estime en outre que le taux de dépréciation invoqué par ces derniers n'est pas conforme à la jurisprudence applicable en la matière.
L. Dans leurs observations finales du 7 avril 2026, les recourants ont fait valoir que, contrairement à ce qu'affirme l'autorité inférieure, les paramètres pris en compte dans les plans financiers de projets de construction diffèrent sensiblement entre les zones ordinaires et les zones de développement, de sorte que l'application de la méthode fondée sur la densité à leur parcelle ne serait pas appropriée.
Ils contestent en outre la pertinence de se référer aux prix arrêtés par l'autorité inférieure dans des procédures parallèles concernant des parcelles voisines, comme le proposent les expropriants. À cet égard, ils soutiennent que ces prix, non publics, n'ont pas été produits dans la présente procédure et que les décisions de l'autorité inférieure n'ont pas été confirmées par le TAF. Selon eux, ces montants sont dès lors dépourvus de valeur probante, dès lors que la méthode même utilisée par l'autorité inférieure est contestée. Ils estiment également que la manière dont l'autorité inférieure a déterminé le taux de dépréciation est incohérente.
Enfin, les recourants ont requis que, dans l'hypothèse où l'expertise qu'ils ont produite ne serait pas suivie, le Tribunal ordonne une expertise judiciaire, au motif que l'autorité inférieure refuserait de se conformer aux instructions qui lui ont été données.
M. Les autres faits et arguments pertinents des parties seront repris en tant que besoin dans les considérants en droit du présent arrêt.
Droit :
1.
1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale du 20 décembre 1968 sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi du 17 juin 2005 sur le Tribunal administratif fédéral n'en dispose pas autrement (art. 37 LTAF, RS 173.32). Le Tribunal administratif fédéral examine d'office sa compétence (art. 7 PA) et librement la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
1.2 Conformément à l'art. 77 al. 1 de la loi fédérale du 20 juin 1930 sur l'expropriation (LEx, RS 711), les décisions de la Commission d'estimation peuvent faire l'objet d'un recours devant le Tribunal administratif fédéral (cf. aussi les art. 31 et 33 let. f LTAF). Le Tribunal de céans est donc compétent pour connaître du présent litige.
1.3 Selon l'art. 78 al. 1 LEx, ont qualité pour recourir les parties principales, ainsi que les titulaires de droits de gage, de charges foncières et d'usufruits, dans la mesure où la décision de la Commission d'estimation leur fait subir une perte. Pour le surplus, sont applicables les exigences générales de l'art. 48 al. 1 PA, selon lesquelles peut interjeter recours quiconque a participé à la procédure devant l'autorité inférieure, est spécialement atteint par la décision attaquée et a un intérêt digne de protection à son annulation ou à sa modification (cf. arrêts du TAF A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 1.2, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.2.1, A-3465/2015 du 15 septembre 2016 consid. 1.2).
1.4 En l'espèce, les expropriés sont propriétaires de la parcelle n° (...) RF, sur laquelle la constitution des servitudes a été autorisée. Ils ont pris part à la procédure devant l'autorité inférieure, sont spécialement atteints par la décision attaquée et ont un intérêt digne de protection à sa modification, en cela qu'ils requièrent l'octroi d'une indemnité plus élevée que celle accordée par l'autorité inférieure. Les expropriés ont donc qualité pour recourir.
2. Déposé dans le délai et les formes prescrites (art. 50 et 52 PA), le recours est recevable quant à la forme. Il convient d'entrer en matière sur celui-ci.
3.
3.1 Le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Il applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise (cf. ATAF 2015/23 consid. 2, arrêt du TAF A-953/2016 du 30 août 2017 consid. 1.4.2). Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (cf. ATF 135 I 91 consid. 2.1; arrêt du TF 4A_627/2015 du 9 juin 2016 consid. 1.2; ATAF 2016/18 consid. 3 et réf. cit.; arrêt du TAF A-471/2020 du 20 décembre 2021 consid. 2.1).
3.2 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition (cf. art. 49 PA). Il fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son pouvoir d'examen lorsque la nature des questions qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales, notamment techniques, que l'autorité inférieure, dotée d'un large pouvoir d'appréciation, est mieux à même de mettre en oeuvre et d'apprécier (cf. ATF 135 II 296 consid. 4.4.3, 133 II 35 consid. 3; ATAF 2012/23 consid. 4, 2008/23 consid. 3.3). En principe, les éléments techniques retenus par les instances spécialisées ne sont vérifiés quant à leur contenu - et l'autorité judiciaire ne s'en écarte - que lorsqu'il existe de sérieux motifs pour cela (cf. arrêts du TAF A 552/2016 du 3 juillet 2018 consid. 3, A-4998/2015 du 17 novembre 2016 consid. 1.6.2).
3.3 En l'occurrence, on se trouve bien dans un tel cas de figure. L'autorité inférieure dispose d'un important pouvoir d'appréciation pour fixer le montant de l'indemnité d'expropriation. Elle est d'ailleurs composée - hormis son président et ses suppléants - de membres appartenant à différents groupes de professions et disposant des connaissances techniques, linguistiques et locales nécessaires à l'estimation (cf. art. 59 al. 6 LEx; ATF 138 II 77 consid. 3.1; arrêt du TF 1C_606/2013 du 27 novembre 2013 consid. 3.2; arrêt du TAF A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 3). La loi part du principe que la Commission d'estimation consulte en premier lieu ses propres membres spécialisés pour comprendre les questions techniques et locales. Une expertise externe n'est nécessaire que si la commission ne dispose pas elle-même d'experts parmi ses membres (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1; arrêts du TAF A-3816/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 2.2, A-3199/2017 du 11 mars 2021 consid. 7.2, A-5498/2018 du 10 juillet 2019 consid. 4).
4.
4.1 L'objet du présent litige consiste à déterminer si l'autorité inférieure, dans sa décision du 9 septembre 2024, a correctement fixé l'indemnité à 4'620 francs pour la constitution, par voie d'expropriation, sur la parcelle n° (...) RF appartenant aux expropriés, d'une servitude de superficie pour tunnel ferroviaire, ainsi que d'une servitude de restriction du droit de bâtir et d'une servitude de tolérance de l'exploitation ferroviaire.
Cette décision fait suite à l'arrêt A-4908/2022 du 3 octobre 2023 par lequel le TAF a annulé une première décision de l'autorité inférieure et lui a renvoyé l'affaire en lui donnant certaines instructions.
4.2 Pour calculer le montant de l'indemnité due aux expropriées en raison de la constitution de servitudes affectant leur terrain, l'autorité inférieure a multiplié la surface de la parcelle impactée par le prix du m2, avant d'appliquer un taux de dépréciation de 5 %. L'intimée soutient que ce taux ne ferait plus partie de l'objet du litige à ce stade de la procédure. Selon elle, dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, le Tribunal se serait limité à exiger une motivation plus détaillée de ce pourcentage, sans en remettre en cause le principe.
L'intimée ne saurait être suivie. En effet, dès lors que le pourcentage de dépréciation n'avait pas été motivé de manière suffisante dans la première décision de l'autorité inférieure, ainsi qu'en a jugé le Tribunal dans son arrêt de renvoi, les recourants n'ont pas été en mesure d'exercer utilement leur droit de recours, pas plus que le Tribunal n'a pu exercer pleinement son pouvoir de contrôle sur ce point. Ce dernier a en outre jugé qu'il ne pouvait réparer les violations du droit d'être entendu des recourants et n'a fourni aucune motivation propre à justifier le bien-fondé du taux retenu par l'autorité inférieure. En ces circonstances, il est évident que le pourcentage de 5% n'a pas été entériné par le Tribunal dans son arrêt de renvoi. Au demeurant, si ce pourcentage ne pouvait plus être modifié, il faudrait dénier aux recourants un intérêt pratique à le contester, puisque le seul intérêt à obtenir une motivation différente ou complémentaire ne peut en principe fonder un intérêt digne de protection à recourir. Ces derniers se verraient ainsi privés de la possibilité de faire vérifier le respect des instructions du Tribunal, qui enjoignaient à l'autorité inférieure de motiver ce taux (consid. 9 infra). Il résulte de que qui précède que, contrairement à ce que soutient l'intimée, les critiques des recourants quant au pourcentage de dépréciation ne sortent pas de l'objet du litige.
5.
Les recourants font d'abord grief à l'autorité inférieure de ne pas s'être conformée aux instructions du Tribunal figurant dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023. Ils lui reprochent, à cet égard, de ne pas avoir appliqué la méthode statistique que le Tribunal lui aurait enjoint de mettre en oeuvre, ainsi que de ne pas avoir suffisamment motivé le taux de dépréciation de 5 % retenu, en dépit de l'exigence explicite formulée sur ce point. Les recourants soutiennent, pour leur part, qu'un taux de dépréciation de 20 % devrait être appliqué. Les recourants reprochent également à l'autorité inférieure d'avoir calculé la valeur vénale de leur parcelle, sise en zone ordinaire, selon les principes régissant la zone de développement, et ce sans aucune explication, se bornant à affirmer que les établissements bancaires procèdent de la sorte, sans autre motivation ni production de moyens de preuve. Enfin, les recourants se prévalent d'une expertise qu'ils ont produite, laquelle évalue la valeur de leur bien-fonds sur la base de 13 transactions intervenues entre 2016 et 2022, et conclut à ce que la valeur de leur terrain soit arrêté à 27'163 francs le m2.
6.
6.1 L'autorité à laquelle l'affaire est renvoyée est liée par les instructions de la décision de renvoi de l'autorité de recours, ces dernières étant impératives au sens de l'art. 61 al. 1 PA (parmi d'autres : ATF 143 IV 214 consid. 5.2.1). Sont contraignants tant le dispositif de la décision de renvoi que les motifs sur lesquels celui-ci s'appuie (arrêt du TF 9C_472/2013 consid. 4.3). Ces instructions doivent être incluses dans le dispositif, directement ou avec renvoi aux considérants, pour disposer d'un caractère impératif (ATF 120 V 233 consid. 1a; Madeleine Hirsig-Vouilloz, Commentaire romand, loi fédérale sur la procédure administrative, 2024, art. 61 n° 25-26).
Dans le dispositif de son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, le Tribunal a renvoyé l'affaire à l'autorité inférieure pour instructions complémentaires et nouvelle décision dans le sens des considérants. Dans ces derniers, le Tribunal a notamment relevé que l'autorité inférieure n'avait pas suffisamment explicité son raisonnement, violant ainsi son devoir de motivation.
6.2 Le droit d'être entendu (art. 29 PA) implique notamment l'obligation fondamentale pour les autorités de motiver leur décision (cf. art. 35 PA; ATF 141 V 557 consid. 3.2.1). La motivation doit au moins exposer brièvement les considérations qui ont guidé l'autorité et sur lesquelles elle a fondé sa décision. Il importe que les intéressés puissent comprendre le raisonnement effectué par l'autorité inférieure afin, cas échéant, de pouvoir exercer efficacement leur droit de recours. En outre, plus la marge de manoeuvre de l'autorité est grande, plus les exigences en matière de motivation sont élevées (ATF 142 II 324 consid. 3.6; 129 I 232 consid. 3.3; 112 Ia 107 consid. 2b; arrêt du TAF A-2366/2018 du 24 mai 2018 consid. 4.1). Cette règle s'applique en particulier à la CFE, autorité spécialisée qui jouit d'une grande marge d'appréciation et qui doit faire application de normes ouvertes comprenant des notions juridiques indéterminées (arrêts du TAF A-3820/2022 du 18 avril 2023 consid. 4.8; A-4923/2017 du 3 juillet 2018 consid. 7.2.2).
6.3 Pour autant qu'elle ne soit pas d'une gravité particulière, la violation du droit d'être entendu peut exceptionnellement être réparée lorsque la partie lésée a la possibilité de s'exprimer devant une autorité de recours jouissant d'un plein pouvoir d'examen (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2, 135 I 279 consid. 2.6.1; arrêt du TAF A-4343/2018 du 1er février 2021 consid. 3.2). Une réparation de la violation du droit d'être entendu peut également se justifier, même en présence d'un vice grave, lorsque le renvoi constituerait une vaine formalité et aboutirait à un allongement inutile de la procédure, ce qui serait incompatible avec l'intérêt de la partie concernée à ce que sa cause soit tranchée dans un délai raisonnable (cf. ATF 142 II 218 consid. 2.8.1, 137 I 195 consid. 2.3.2).
7.
7.1 Dans sa première décision datée du 15 septembre 2022 - annulée par arrêt A-4908/2022 du Tribunal du 3 octobre 2023 (consid. 7.2 infra) - l'autorité inférieure avait arrêté la valeur du terrain de la parcelle des recourants à 3'850 francs/m2 « sur la base du calcul de densité ». L'autorité inférieure avait calculé une densité de 3.82 en divisant les droits à bâtir, fixée à 3'255 m2, par la surface totale du terrain, soit (...) m2. Constatant que la construction d'un potentiel second sous-sol sur la parcelle était rendue impossible par les servitudes imposées, l'autorité inférieure avait estimé, en tenant compte des contraintes dont est affectée la parcelle (copropriété, bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, servitudes de droit privé, etc.), que l'entrave à la construction de plus d'un niveau de sous-sol justifiait une indemnité de 5%, calculée sur la partie de 24 m2 affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir, soit 4'620 francs (24 X 3'850 X 5%).
7.2 Dans son arrêt de renvoi A-4908/2022 du 3 octobre 2023, le Tribunal a annulé la décision de l'autorité inférieure du 15 septembre 2022 et lui renvoyée l'affaire pour nouvelle décision. En substance, le Tribunal a estimé que les raisons pour lesquelles l'autorité inférieure avait arrêté la valeur vénale du terrain à 3'850 francs le m2 n'étaient pas compréhensibles (cf. en particulier consid. 4.4.2 et 5.5.2 dudit arrêt). En bref, le Tribunal avait relevé les insuffisances suivantes. Premièrement, la méthode utilisée par l'autorité inférieure ne ressortait pas de sa décision. Deuxièmement, il n'était pas possible de comprendre comment elle était parvenue à 3'255 m2 de droits à bâtir. Troisièmement, la raison pour laquelle la CFE divisait ces droits à bâtir par la surface de la parcelle, soit (...) m2, afin d'obtenir un indice de densité de 3.82, n'était pas explicite. Quatrièmement, l'impact de cet indice sur la valeur du terrain au mètre carré demeurait obscur, de même que les motifs et la base sur lesquels reposait la valorisation d'un point de densité à environ 1'000 francs par mètre carré, aboutissant à un prix du terrain de 3'850 francs par mètre carré.
Le Tribunal avait en outre estimé que l'autorité inférieure n'avait pas suffisamment motivé le pourcentage de dépréciation retenu de 5%. A cet égard, l'autorité inférieure avait dressé une liste des facteurs de dépréciation se terminant par l'abréviation « etc. », ce qui laissait entendre que tous les éléments pris en compte n'avaient pas été rapporté. Le Tribunal préconisait en substance que la prise en compte de ces facteurs soit explicitée et que le pourcentage de dépréciation soit déterminé par référence à la jurisprudence applicable en la matière, tout en admettant qu'un certain schématisme était inévitable.
Le Tribunal a indiqué que l'autorité inférieure « devra déterminer le prix au m2 du terrain à bâtir dans la mesure du possible, à l'aide de la méthode statistique », ajoutant que « quelle que soit la méthode finalement retenue par l'autorité spécialisée, elle devra la mentionner dans sa décision et expliquer clairement et en détails comment elle arrive au prix du m2 du terrain qu'elle retient » (consid. 5.5.5 de l'arrêt A-4908/2022).
7.3 Dans la décision attaquée du 9 septembre 2024, objet du présent recours, l'autorité inférieure a d'abord fixé l'indice de densité de la parcelle des recourants à 3.82 en divisant les « droits à bâtir », arrêtés à 3'255 m2, par la surface totale de la parcelle, soit (...) m2. Elle a ensuite multiplié cet indice par le prix du terrain qu'elle a déterminé à l'aide de la directive de l'OCLPF (ci-après : la Directive). À cet égard, et après avoir relevé que la Directive fixe le prix au mètre carré à 688 francs lorsque la densité est comprise entre 1.2 et 1.8 et le prix plafond à 1'238 francs lorsque la densité est supérieure à 1.8, l'autorité inférieure a arrêté le prix de la parcelle des expropriés à 1'000 francs, en indiquant qu'il s'agissait, en pratique, du minimum retenu par l'OCLPF. L'autorité a ensuite multiplié ce montant de 1000 francs par l'indice de densité de 3.82 pour arriver à un montant de 3'820 francs qu'elle a arrondi à 3'850 francs pour tenir compte des caractéristiques favorables du bien, précisant qu'il est situé en ville, dans un quartier historiquement recherché, esthétiquement abouti et constitué de bâtiments élégants et de belle facture, tranquille et à proximité d'un vaste parc, des commerces et des transports publics, notamment et singulièrement à proximité immédiate de la nouvelle gare CFF de (...). L'autorité inférieure a ensuite adapté, au cas d'espèce, les pourcentages de dépréciation issus de la jurisprudence fédérale appliqués dans d'autres situations. Elle a en particulier relevé que l'entrave à la construction d'un second sous-sol avait conduit le TAF, confirmé par le TF, a retenir une moins-value de 10%. Relevant qu'en l'espèce, le bien était détenu en copropriété, qu'il faisait l'objet d'une protection patrimoniale et que la possibilité entravée de construction devrait faire face à une rentabilité non assurée, elle a fixé un pourcentage de dépréciation moindre, arrêté à 5%. La partie affectée par les servitudes de superficie et de restriction au droit de bâtir étant de 24 m2, l'autorité inférieure a arrêté l'indemnité due par l'expropriant aux recourants à 4'620 francs (24 X 3'850 X 5%).
8.
En l'espèce, contrairement à ce que soutiennent les recourants, l'autorité inférieure n'a pas violé les instructions de renvoi du TAF du seul fait qu'elle n'a pas exposé les raisons pour lesquelles elle n'a pas recouru à la méthode statistique. En effet, après avoir invité l'autorité inférieure à déterminer, dans la mesure du possible, le prix au mètre carré du terrain à bâtir au moyen de cette méthode, le Tribunal a précisé que « quelle que soit la méthode finalement retenue par l'autorité spécialisée, elle devra la mentionner dans sa décision et expliquer clairement et en détail comment elle parvient au prix au mètre carré du terrain retenu » (consid. 5.5.5 de l'arrêt A-4908/2022). Il en découle que l'autorité inférieure demeurait libre d'appliquer une autre méthode que la méthode statistique, pour autant que celle-ci soit explicitée, compréhensible et pertinente au regard du cas d'espèce.
Or, en violation de ces instructions de renvoi, l'autorité inférieure n'explique pas de manière claire et compréhensible la manière dont elle a appliqué la méthode de la densité, notamment en ce qui concerne la détermination du prix au mètre carré retenu.
8.1 En effet, en premier lieu, l'autorité inférieure a retenu un indice d'utilisation du sol de 3.82 en divisant 3'255 m2 de droits à bâtir par la surface totale de la parcelle, soit (...) m2. La CFE ne précise toujours pas de quelle manière elle a calculé les 3'255 m2 de « droits à bâtir ». L'autorité inférieure reprend ce chiffre de l'expertise interne du 3 septembre 2021, qui ne comprend aucune explication à ce sujet. Or, dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, le Tribunal avait expressément indiqué qu'une explication faisait défaut sur ce point. Ainsi, le Tribunal ne parvient toujours pas à comprendre de quelle manière cette surface a été déterminée, de sorte qu'il n'est pas en mesure de contrôler le bien-fondé de l'indice d'utilisation du sol fixé par l'autorité inférieure à 3.82.
8.2 En second lieu, l'autorité inférieure a multiplié cet indice d'utilisation du sol par 1'000 francs. Bien que cela ne ressorte pas explicitement de la décision attaquée, ce montant de 1'000 francs devrait correspondre à la valeur par m2 de plancher, le résultat obtenu de 3'820 (arrondi à 3'850) francs correspondant lui à la valeur par m2 de terrain. Or, le raisonnement de l'autorité inférieure reste peu clair.
8.2.1 Premièrement, le choix de fixer le prix du m2 constructible en se fondant sur une Directive dont l'objectif est de « fixer les plafonds admis dans les plans financiers des opérations immobilières soumises au contrôle de l'OCLPF pour les prix des terrains sis en zone de développement, en vue d'encourager leur mise en valeur tout en répondant aux besoins prépondérants d'intérêt général définis par la loi » n'est pas évident. La pertinence de cette Directive cantonale pour trancher le cas d'espèce n'apparaissant pas clairement, et au vu des critiques soulevées par les recourants sur ce point, le Tribunal a invité l'autorité inférieure, en sa qualité d'autorité spécialisée, à fournir des explications complémentaires par ordonnance du 15 août 2025. En réponse, l'autorité inférieure s'est limitée à indiquer que cette méthode, « certes fondée sur des éléments initialement pris en compte par les autorités dans le cadre de plans financiers en zone de développement, s'applique parfaitement aux parcelles situées en zone ordinaire, dans la mesure où l'élaboration de plans financiers de projets de construction serait similaire dans les deux types de zones, les paramètres pris en compte étant grosso modo les mêmes ». Une telle explication, particulièrement succincte et formulée en termes généraux, n'est pas claire pour le Tribunal. D'une part, les « paramètres pris en compte » ne sont pas explicités, de sorte que l'argumentation de l'autorité inférieure demeure ambiguë et sujette à interprétation. D'autre part, il ne suffit pas que des paramètres identiques soient considérés encore faut-il qu'ils soient valorisés de manière comparable.
8.2.2 Deuxièmement, la manière dont l'autorité inférieure a concrètement appliqué la Directive en cause demeure obscure, en particulier s'agissant de la détermination du prix du mètre carré de surface de plancher arrêté à 1'000 francs. L'autorité inférieure a en effet indiqué que « pour une densité comprise entre 1.2 et 1.8, le prix au m2 fixé par la Directive est de 688 francs [et] pour une densité supérieure à 1.8, le prix plafond est fixé à 1'238 francs », que le prix retenu de 1'000 francs est « prix minimum retenu en pratique par l'OCLPF en ville de Genève » et qu'il s'agit d'un « montant retenu par simplification et souci d'équité compris entre les montants minimaux et maximaux retenus par l'OCLPF ». Cette motivation ne convainc pas. D'une part, si l'on suit la logique de l'autorité inférieure, et compte tenu du fait que l'indice d'utilisation du sol de la parcelle des recourants est nettement supérieur à 1.8, on ne comprend pas pour quelle raison elle n'a pas retenu le montant maximal de 1'238 francs. D'autre part, le montant de 688 francs mentionné par l'autorité inférieure figure dans la colonne de la Directive relative au prix du mètre carré constructible (soit le prix du mètre carré de surface brute de plancher), tandis que le montant de 1'238 francs correspond au prix du mètre carré de terrain figurant dans une autre colonne, celle de droite. La détermination d'une fourchette allant de 688 à 1'238 francs semble ainsi résulter d'une confusion entre ces deux catégories distinctes, sans que l'autorité inférieure n'apporte la moindre explication à cet égard. Enfin, pour déterminer le montant de 1'000 à l'intérieur de cette fourchette, l'autorité inférieure s'est référée à « la pratique » de l'OCLPF, sans aucune autre indication. Or, le Tribunal n'a aucune connaissance de cette pratique, ni de ces conditions exactes d'application. Au surplus, à supposer que celle-ci consiste bel et bien à retenir un prix minimal de 1'000 francs pour des densités comprises entre 1.2 et 1.8, on ne voit pas pour quelle raison ce montant minimal aurait été retenu en l'espèce, alors même que la densité atteint 3.82.
9. En revanche, le pourcentage de dépréciation de 5% retenue par l'autorité inférieure a été établi en respect des instructions données par le Tribunal dans son arrêt de renvoi (consid. 9.1 infra) et ne prête pas flanc à la critique sur le fond (consid. 9.2 infra).
9.1 Dans ses instructions de renvoi, le Tribunal avait enjoint l'autorité inférieure d'indiquer tous les critères retenus pour fixer ce pourcentage (arrêt A-4908/2022 consid 6.5.5). A cet égard, l'autorité inférieure avait, dans sa première décision, fixé le pourcentage de dépréciation à 5% « en tenant compte des contraintes dont est affectée la parcelle (bâtiment protégé, rentabilité aléatoire, servitudes de droit privé, etc.) ». L'expression « etc. » laissait entendre que des facteurs non mentionnés avaient été prise en compte, de sorte que les recourants avaient été privés de la possible d'en contester la pertinence. Par ailleurs, le Tribunal avait également exigé que l'autorité inférieure se réfère à la jurisprudence en la matière pour fixer le taux de dépréciation (arrêt A-4908/2022 consid. 6.5.6). Dans sa décision du 9 septembre 2024, l'autorité inférieure a satisfait à ces deux exigences.
9.1.1 En effet, d'une part, elle a détaillé de manière exhaustive les contraintes affectant la parcelle concernée et justifiant l'application d'un pourcentage réduit : la pluralité de propriétaires, la protection patrimoniale du bâtiment existant ainsi que le caractère incertain, voire aléatoire, de la rentabilité. En particulier, l'expression « etc. » a été supprimée, de sorte que les recourants savaient précisément quels critères avaient été retenus pour fixer le pourcentage de 5 %, et pouvaient ainsi exercer utilement leur droit de recours. En outre, la justification de ces facteurs a été précisée par l'autorité inférieure de manière pleinement compréhensible. Le fait que ces éléments soient pour l'essentiel ceux qui avaient été retenus dans la décision attaquée est ici sans importance.
9.1.2 D'autre part, l'autorité inférieure a indiqué s'être fondée sur la jurisprudence du TAF (arrêt A-4111/2020 du 16 septembre 2021 consid. 7.2.5.2), confirmée par le Tribunal fédéral (arrêt du TF 1C_662/2021 du 17 février 2023), selon laquelle une entrave à la construction d'un second sous-sol peut justifier une moins-value de l'ordre de 10 %, notamment lorsque la rentabilité du projet est aléatoire et que la parcelle est grevée de servitudes de droit privé. Elle a considéré qu'en l'espèce, les contraintes affectant la parcelle des recourants - à savoir la copropriété, la rentabilité incertaine et la protection patrimoniale - étaient plus importantes que dans la cause précitée, ce qui conduisait à retenir une dépréciation moindre, fixée à 5 %.
Ainsi, en se référant à la jurisprudence pertinente et en développant un raisonnement compréhensible, l'autorité inférieure a respecté les instructions de renvoi du Tribunal.
9.2 S'agissant du fond, le taux de dépréciation retenu ne prête pas le flanc à la critique.
9.2.1 En effet, les trois contraintes affectant la parcelle des recourants, telles qu'énumérées par l'autorité inférieure, constituent indéniablement des facteurs défavorables à la réalisation d'un projet de construction. Par ailleurs, dès lors que ces contraintes apparaissent plus importantes que celles retenues dans la cause A-4111/2020 - dans laquelle le Tribunal, par un arrêt confirmé par le Tribunal fédéral, a admis qu'une entrave à la construction d'un second sous-sol justifiait une dépréciation de l'ordre de 10% - il se justifie de retenir, en l'espèce, un taux inférieur. Dans ce contexte, le taux de 5 % échappe à la critique, d'autant plus que, d'une part, un certain schématisme est inhérent à ce type d'évaluation, comme le Tribunal l'a déjà relevé à plusieurs reprises, y compris dans son arrêt de renvoi du 3 octobre 2023, et que, d'autre part, l'autorité inférieure, en tant qu'autorité spécialisée, dispose d'un pouvoir d'appréciation que le Tribunal ne revoit qu'avec retenue, pour autant que le raisonnement suivi soit compréhensible et exempt d'incohérences, ce qui est le cas en l'espèce.
9.2.2 Les critiques des recourants ne sont, au surplus, pas convaincantes. Dans leur recours du 14 octobre 2024, ils se limitent à affirmer, de manière lapidaire, que « cette dépréciation doit être d'au moins 20 % », en se référant à l'arrêt A-4111/2020 sans autre développement. Or, dans cette affaire, citée par l'autorité inférieure elle-même, le Tribunal a fixé différents taux de dépréciation en fonction des parcelles - et des portions de celles-ci - concernées. Le taux de 20 % auquel les recourants semblent faire allusion visait à compenser la suppression quasi totale de la possibilité de construire en sous-sol, la profondeur exploitable étant alors presque nulle sur la partie de la parcelle en cause. Tel n'est manifestement pas le cas en l'espèce, dès lors que l'exploitation d'un premier niveau de sous-sol - au demeurant déjà réalisé - n'est nullement entravée.
De même, la critique tirée d'une prétendue contradiction dans la méthode suivie par l'autorité inférieure ne saurait être retenue. Les recourants lui reprochent d'avoir appliqué, pour la détermination du prix du terrain au mètre carré, une méthode propre aux terrains non bâtis, tout en se fondant, pour fixer le taux de dépréciation, sur des éléments liés au caractère bâti de la parcelle, à savoir notamment la protection patrimoniale du bâtiment. Une telle argumentation ne convainc pas. En effet, dans la mesure où la partie affectée par les servitudes - soit un second niveau de sous-sol - n'est pas construite, l'indemnité doit être calculée en fonction de la valeur du terrain en tant que terrain à bâtir, sans tenir compte des constructions existantes, ainsi que le Tribunal l'avait déjà expressément précisé dans son arrêt de renvoi (arrêt A-4908/2022 consid. 5.5.1, 5.5.4 et 5.6). En revanche, les contraintes retenues par l'autorité inférieure influencent concrètement la faisabilité et la rentabilité d'un projet de construction en sous-sol, ce que les recourants ne contestent du reste pas. Il est dès lors pleinement cohérent d'en tenir compte dans l'appréciation du taux de dépréciation.
10.
10.1 Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure ne s'est, pour partie, pas conformée aux instructions de renvoi du Tribunal, d'une part, et qu'elle n'a pas satisfait à son devoir de motivation, d'autre part. Dans la mesure où les instructions de renvoi faisaient principalement suite à une violation du droit d'être entendu, en raison notamment d'une motivation insuffisante, ces deux violations se confondent largement.
10.2 Compte tenu de la large marge d'appréciation dont jouit l'autorité inférieure, que l'instance de recours ne revoit qu'avec retenue (consid. 3.2 supra), il n'apparaît pas opportun que le Tribunal réforme lui-même la décision attaquée. Par ailleurs, il ne ressort ni du dossier ni des allégués des parties qu'il existerait une urgence particulière à statuer immédiatement sur leurs prétentions, lesquelles sont de nature exclusivement financière. Les recourants justifient leur requête tendant à la mise en oeuvre d'une expertise judiciaire par l'affirmation selon laquelle l'autorité inférieure ne serait « manifestement pas disposée à suivre les instructions de la juridiction supérieure ». Une telle prémisse ne saurait être admise. Au demeurant, il ressort de la décision attaquée que l'autorité inférieure s'est partiellement conformée aux instructions de renvoi (cf. consid. 9 supra). Dans ces circonstances, la requête des recourants, formulée à titre subsidiaire, doit être rejetée. Il y a lieu de renvoyer la cause à l'autorité inférieure afin qu'elle procède à une nouvelle fixation de la valeur vénale du terrain litigieux, en exposant de manière claire et détaillée le prix retenu ainsi que la méthode de calcul employée.
Conformément à une jurisprudence bien établie et rappelée dans l'arrêt de renvoi, la CFE - composée d'experts bénéficiant de compétences spécialisées - dispose d'un large pouvoir d'appréciation dans le choix de la méthode. Elle peut même développer sa propre méthode du moment qu'elle respecte le droit fédéral (cf. ATF 138 II 77 consid. 3.1 et 6), l'important étant d'avoir recours à un moyen objectif pour calculer la valeur vénale et qui se révèle adéquat par rapport à l'objet en question. L'autorité peut également faire appel à plusieurs méthodes et retenir un prix moyen ou pondéré. L'autorité inférieure peut également coordonner différentes méthodes.
10.3 En revanche, et contrairement à ce que prétend l'expropriante, l'autorité inférieure ne peut se fonder sur les valeurs qu'elle a fixées dans d'autres décisions non attaquées, et ce même si les parcelles concernées devaient être comparables à celle des recourants. En effet, ces derniers remettent précisément en cause le bien-fondé de la méthode utilisée par l'autorité inférieure pour fixer les indemnités d'expropriation. En outre, le fait que ces décisions n'aient pas été attaquées est sans importance dans la présente cause. En particulier, on ne saurait restreindre le droit des recourants au motif que d'autres sujets de droit ont renoncé à exercer leur droit de recours. Il est en effet constant qu'un tiers ne peut disposer des droits d'autrui.
11.
Demeure à trancher la question des frais et dépens.
11.1
11.1.1 Contrairement aux art. 63 et 64 PA, le principe de la mise des frais à la charge de la partie qui succombe ne s'applique pas en matière d'expropriation. Par conséquent, les dispositions du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral (FITAF, RS 173.320.2) ne trouvent application que dans la mesure où elles sont compatibles avec l'art. 116 al. 1 LEx. Tel est en particulier le cas pour ce qui concerne les règles générales relatives au calcul de l'émolument judiciaire (cf. art. 2 al. 1 FITAF) et les dispositions relatives à la fixation de l'indemnité de dépens (cf. art. 8 ss FITAF; arrêt du TAF A-4923/2017 précité consid. 9.1.2).
11.1.2 Aux termes de l'art. 116 al. 1 LEx, les frais causés par la procédure d'expropriation devant le Tribunal administratif fédéral, y compris les dépens alloués à l'exproprié, sont supportés par l'expropriant. Lorsque les conclusions de l'exproprié sont rejetées intégralement ou en majeure partie, les frais peuvent être répartis autrement. Les frais causés inutilement seront supportés dans chaque cas par celui qui les a occasionnés. Selon la pratique du Tribunal fédéral et du Tribunal administratif fédéral, il est notamment possible de réduire ou de supprimer l'indemnité de partie lorsque l'exproprié succombe intégralement ou en majeure partie (cf. arrêts du TF 1A.269/2006 du 28 février 2007 consid. 5, 1A.108/2006 du 7 novembre 2006 consid. 5 non publié à l'ATF 133 II 30; arrêt du TAF A-2600/2018 précité consid. 8.1). Dans les procédures d'expropriation, les frais de procédure ne doivent en général pas être trop élevés (cf. arrêt du TF 1E.9/2006 du 20 septembre 2006 consid. 3; arrêts du TAF A-471/2020 précité consid. 13.2 A-859/2018 du 10 décembre 2020 consid. 11.2).
11.2
11.2.1 En l'espèce, il n'y a pas lieu de déroger au principe énoncé à l'art. 116 al. 1 LEx, selon lequel il appartient à l'expropriante de supporter les frais de procédure. Ils sont in casu fixés à 1'500 francs et mis à la charge de l'intimée.
11.2.2 Les recourants obtiennent partiellement gain de cause. Ils ont choisi de se faire représenter et ont conclu à l'octroi de dépens mais n'ont pas soumis de note d'honoraires. Une indemnité de dépens, fixée ex aequo et bono à 1'500 francs. L'expropriante n'a pas droit à des dépens, conformément à l'art. 116 al. 1 LEx.
(le dispositif est porté à la page suivante)
Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours des expropriés est partiellement admis, dans le sens des considérants.
2. Le chiffre 1 du dispositif de la décision du 9 septembre 2024 de la Commission fédérale d'estimation du 1er arrondissement est annulé.
3.
L'affaire est renvoyée à l'autorité inférieure pour instruction complémentaire et nouvelle décision dans le sens des considérants.
4. Les frais de procédure de 1'500 francs sont mis à la charge de l'expropriante.
Ce montant doit être versé sur le compte du Tribunal après l'entrée en force du présent arrêt. Le délai de paiement est de 30 jours à compter de la date de facturation. Le bulletin de versement sera envoyé par courrier séparé.
5. Une indemnité de dépens de 1'500 francs est allouée aux expropriés, à la charge de l'expropriante.
6. Le présent arrêt est adressé aux expropriés, à l'expropriante et à l'autorité inférieure.
L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante.
La présidente du collège :
Le greffier :
Claudia Pasqualetto Péquignot
Manuel Chenal
Indication des voies de droit :
La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF).
Expédition :
Le présent arrêt est adressé :
- aux recourants (Acte judiciaire)
- à l'intimée (Acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...]; Acte judiciaire)