; DROIT FISCAL; IMPÔT; IMPÔT FÉDÉRAL DIRECT; IMPÔT SUR LE BÉNÉFICE DES ENTREPRISES; CALCUL DE L'IMPÔT; BÉNÉFICE NET; FARDEAU DE LA PREUVE | Le montant correspondant à la location d'un fonds de commerce (installation et clientièle d'un cabinet dentaire) non admis au titre de charge, la contribuable ayant échoué à établir le caractère de charge justifiée par l'usage commercial du montant litigieux. La reprise dans le bénéfice imposable dudit montant est confirmée. | LIPM.24.al1; LIPM.57
Erwägungen (1 Absätze)
E. 1 ère section dans la cause X______ S.A. représentée par Me Antoine Berthoud, avocat contre ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE et ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS _________ Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 7 janvier 2013 (JTAPI/25/2013) EN FAIT
1) a. Le litige concerne l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) pour l'année 2005 de X______ S.à r.l. (ci-après : X______ ou la contribuable). Cette dernière, fondée le 15 mars 2002, sise à Genève à Y______, était une société à responsabilité limitée dont le but statutaire est l'exploitation et la gestion de cliniques et laboratoires dentaires, notamment à l'enseigne « X______ », ainsi que de centres médicaux, la production et la commercialisation de produits dentaires et médicaux, et la formation en médecine et médecine dentaire. Monsieur Z______ était associé gérant de X______ pour une part de CHF 10'000.-, avec signature collective à deux. Madame A______ était gérante avec signature collective à deux et B______ S.A. (ci-après : B______) était associée pour une part de CHF 10'000.-. B______, inscrite au registre du commerce depuis le 26 août 1994, est une société dont Mme A______ était administratrice présidente avec signature individuelle depuis le 8 mai 2001 et dont Monsieur A______, son mari, était administrateur auparavant, et à nouveau depuis le 4 décembre 2003.
b. Depuis le 28 juin 2006, date de ses nouveaux statuts, X______ a été transformée en société anonyme dont Mme A______ était et est encore administratrice avec signature individuelle. Le but statutaire est demeuré inchangé jusqu'au 28 octobre 2013, date à laquelle la raison sociale est devenue X______ S.A. et le but statutaire a été légèrement modifié tout en étant toujours centré sur l'exploitation et la gestion de cliniques et laboratoires dentaires.
2) Le 20 septembre 2006, X______ a remis sa déclaration concernant l'année 2005 à l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE). Les comptes arrêtés au 31 décembre 2005 contenaient une « reprise de cabinet » pour CHF 50'000.- et une charge de « location fonds de commerce » pour CHF 36'000.- ainsi qu'un poste « loyer, frais de locaux » pour CHF 57'139,80.
3) Le 22 décembre 2006, l'AFC-GE a demandé à la contribuable une copie du contrat de cession du fonds de commerce de CHF 50'000.- et toutes informations utiles concernant le poste « location fonds de commerce », notamment une copie du contrat de location.
4) Le 16 février 2007, la contribuable a exposé à l'AFC-GE qu'un accord de cession du fonds de commerce avait été signé le 24 janvier 2002 entre C______ S.A. (ci-après : C______) et B______. Le document portait la signature de M. A______, pour C______ et de Mme A______ pour B______. Selon un document du 25 janvier 2002, le fonds de commerce du cabinet dentaire sis à Y______, et appartenant à C______, était cédé à X______ au prix de CHF 50'000.-. B______ s'engageait à rembourser ce montant à C______, M. Z______ assurerait la fonction de médecin répondant de la clinique dentaire et avec l'accord de la régie, le bail à loyer serait repris par la société dès le 1 er janvier 2002. Etait également joint un courrier de B______, adressé à la contribuable, daté du 1 er janvier 2004, signé par M. A______ : « Suite à un accord convenu, nous vous prions par la présente de transférer avec validité au 1 er janvier 2004 le crédit en notre faveur de CHF 50'000.- concernant l'acquisition du fonds de commerce du cabinet dentaire sis à Y______, Genève sur la société D______ S.A. ». A également été produit un courrier de D______ S.A. (ci-après : D______), daté du 1 er janvier 2005, adressé à la contribuable et signé par M. A______ : « Nous vous confirmons notre accord afin d'annuler notre créance de CHF 50'000.-, ainsi que la contrepartie reprise de commerce, vu le fait que votre société n'arrive pas à régler cette créance depuis le 25 janvier 2002 ». La contribuable a encore remis à l'AFC-GE un accord intervenu le 1 er octobre 2005 entre elle-même, représentée par Mme A______ et D______, représentée par M. A______, aux termes duquel, notamment, D______ s'engageait à « recompenser » immédiatement à M. Z______ la somme de CHF 50'000.- constituant la créance de ce dernier en faveur de X______. Les parties confirmaient que le fonds de commerce du cabinet dentaire était, dès le 1 er janvier 2005, propriété de D______. Selon le principe de la location-vente, X______ acceptait pour le fonds de commerce concerné de payer à D______ un loyer mensuel de CHF 3'000.- dès le 1 er janvier 2005. Le loyer ne serait plus dû une fois que la totalité de la valeur déterminée serait remboursée, ce qui serait considéré comme une cession du fonds de commerce en faveur de X______.
5) Le 8 octobre 2010, l'AFC-GE a notifié deux bordereaux de taxation ICC et IFD 2005 à la contribuable. La somme de CHF 36'000.-, correspondant à la location du fonds de commerce était une charge non justifiée par l'usage commercial et devait par conséquent être ajoutée au bénéfice net déclaré de CHF 3'526.-.
6) Le 3 novembre 2010, un bureau fiduciaire, mandaté par la contribuable a réclamé contre les bordereaux ICC et IFD 2005. Au vu des pièces déjà en mains de l'AFC-GE, il était manifeste que le fonds de commerce n'appartenait pas à la contribuable. C'était la raison pour laquelle elle payait une location. Sans fonds de commerce, elle ne pouvait pas exploiter le cabinet dentaire. Il s'agissait d'une charge justifiée par l'usage commercial.
7) Le 3 novembre 2011, l'AFC-GE a rendu deux décisions sur réclamation maintenant les taxations litigieuses. M. A______ était administrateur président de C______, anciennement E______ S.A., et de D______. Il détenait 98 % du capital-actions de C______. L'épouse de M. A______ était administratrice de X______. C______ exploitait un cabinet dentaire à Y______ jusqu'en 2001. Les états financiers de la société ne comportaient pas de goodwill. Par accord du 25 mars 2002, C______, ayant changé d'activité, avait cédé à X______ le fonds de commerce du cabinet dentaire. Dans son bilan 2002, X______ avait comptabilisé à l'actif un goodwill de CHF 50'000.- lié à la reprise du fonds de commerce du cabinet dentaire. Le 1 er octobre 2005, X______ avait cédé ce goodwill à D______. Le contrat était signé par Mme et M. A______. Etant donné que l'exploitation du cabinet dentaire n'avait pas été transférée à D______ et que les deux sociétés étaient animées par les époux A______, l'AFC-GE considérait que la cession du goodwill ne serait pas intervenue entre tiers dans les mêmes conditions. Cette cession était dès lors considérée comme une non-valeur. De ce fait, les charges comptabilisées par la contribuable pour la location du fonds de commerce engendrées par cette cession ne pouvaient pas être admises en déduction du bénéfice réalisé.
8) Le 5 décembre 2011, X______ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre les décisions sur réclamation en concluant à leur annulation et à l'annulation de la reprise de CHF 36'000.- dans le bénéfice imposable. Dans la taxation de D______, le montant de CHF 36'000.- litigieux avait été intégralement imposé comme produit. Cette imposition n'avait pas été modifiée dans la procédure de contrôle de cette société engagée par l'AFC-GE. Il fallait distinguer le goodwill du fonds de commerce. Pour un cabinet dentaire de l'importance de celui exploité par la recourante, le fonds de commerce était avant tout constitué par ses installations et aussi sa clientèle. Le goodwill n'était constitué que par la clientèle. Verser un loyer annuel de CHF 36'000.- pour des installations aussi importantes que celles utilisées par le cabinet dentaire n'apparaissait pas du tout insolite ni exorbitant. L'absence de comptabilisation du goodwill par C______ avait été retenue à tort par l'AFC-GE, car lorsqu'une société développait sa propre clientèle, elle ne pouvait activer cette valeur dans son bilan, à l'inverse du goodwill acquis d'un tiers. Ce n'était pas pour autant que la clientèle n'avait aucune valeur, ni que son exploitation ne se justifiait pas par une contre-prestation sous la forme d'une location ou d'une acquisition.
9) Le 15 mai 2012, l'AFC-GE a répondu au recours en maintenant sa position. Les documents remis par la contribuable pour attester du montant litigieux contenaient de nombreuses contradictions. Le 1 er novembre 2004, M. A______ au nom de X______ avait écrit à l'AFC-GE concernant sa taxation 2003 pour préciser que la somme de CHF 50'000.- avait été honorée et comptabilisée selon les conditions de l'accord de reprise. Le cédant, C______ n'avait aucun lien quelconque direct ou indirect d'actionnariat avec X______. Quant à l'amortissement de ce poste, aucun plan n'avait été prévu car la valeur du fonds de commerce ne subissait pas de perte car elle comprenait le goodwill pour la clientèle. En dépit de l'accord du 1 er octobre 2005 qui portait sur une location-vente du fonds de commerce, elle avait comptabilisé une location uniquement. En outre, la somme de CHF 50'000.- aurait dû être amortie et le commerce cédé après seize mois de paiements, hors la charge de CHF 36'000.- au titre de « location, fonds de commerce » apparaissait dans ses comptes de pertes et profits 2006, 2007, 2008, 2009 et 2010. Même sans l'accord visé, la location du fonds de commerce pour un montant annuel de CHF 36'000.- alors qu'il était estimé à CHF 50'000.- était clairement disproportionnée. En outre, une charge qui devait couvrir le loyer des installations n'expliquait pas le montant de CHF 57'139,80 sous le poste « loyer, frais de locaux ». L'ensemble des contradictions énumérées ci-dessus réduisait à néant le caractère probant des documents produits. La réalité économique de l'opération en lien avec le fonds de commerce du cabinet dentaire n'ayant pas été prouvée, et les accords produits étant intervenus entre des sociétés qui étaient toutes dirigées par M. ou Mme A______, la charge n'était pas commercialement justifiée et la reprise devait être confirmée.
10) Le 10 juillet 2012, la contribuable a exposé que l'AFC-GE n'alléguait pas que X______ était titulaire ou propriétaire des installations et de la clientèle du cabinet dentaire qu'elle avait exploité. Il était dès lors légitime et nécessaire qu'elle indemnise le propriétaire de ces valeurs matérielles et immatérielles. Rien ne démontrait que ces biens n'appartenaient pas à D______ en 2005. Cette société était par conséquent légitimée à encaisser le montant de CHF 36'000.- versé au titre de mise à disposition des installations et de la clientèle. En outre, en n'admettant pas la déduction dudit montant et en le prenant en compte pour la taxation de D______, l'AFC-GE réalisait une forme indirecte de double imposition économique, les sociétés étant proches.
11) Le 10 août 2012, l'AFC-GE a exposé que la notion de prestations en faveur d'un proche était large. Un tiers était proche d'un actionnaire lorsque la prestation concernée lui avait été octroyée à des conditions ne correspondant pas à celles prévalant sur le marché.
12) Le 7 janvier 2013, le TAPI a rejeté le recours. La forme juridique des relations, d'où provenait le revenu imposable, n'était pas nécessairement décisive du point de vue fiscal. Les transactions entre sociétés du même groupe devaient correspondre à ce qui se ferait entre tiers. L'autorité pouvait s'en tenir à la réalité économique. L'on pouvait sérieusement douter de l'indépendance commerciale entre les différentes entités juridiques présentes, les époux A______ dirigeant toutes les sociétés impliquées. La contribuable avait échoué à prouver que la charge en cause était commercialement justifiée. Ses déclarations contenaient de nombreuses contradictions déjà relevées par l'AFC-GE.
13) Le 14 février 2013, X______ a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : chambre administrative) contre le jugement du TAPI, en concluant à son annulation ainsi qu'à celle de la reprise de CHF 36'000.- effectuée dans la détermination de son bénéfice imposable, et à l'octroi d'une indemnité de procédure. La portée du courrier du 1 er novembre 2004 - auquel le TAPI avait attaché une importance prépondérante dans son raisonnement - devait être relativisée. M. A______ n'avait jamais été organe de X______ et était d'ailleurs séparé de biens de son épouse qui était organe de X______. L'acquisition du fonds de commerce, selon le contrat et accord de janvier 2002 pour un montant de CHF 50'000.-, avait été effectivement régulièrement comptabilisée par X______, le paiement du prix n'avait pas été effectué comme l'attestait le détail des comptes pour l'exercice 2002 qui montrait que B______ était restée créancière du montant correspondant à celui de la reprise du cabinet. Plusieurs documents postérieurs démontraient que X______ n'avait été en mesure de régler cette dette ni en 2004, ni au 1 er janvier 2005. Le terme « honoré » utilisé dans le courrier du 1 er novembre 2004 ne pouvait manifestement pas signifier que le montant avait été payé mais plutôt que cet engagement devait être respecté puisqu'une dette figurait dans le bilan de X______. Le contrat de location-vente du 1 er octobre 2005 ne devait pas être comptabilisé de la même manière qu'une vente ferme. Il s'agissait d'un leasing. La propriété de la chose ou des droits vendus n'était transmise à l'acquéreur qu'après le règlement intégral du prix. Cela impliquait que les mensualités versées devaient être enregistrées en charges. L'actif antérieurement comptabilisé et sa dette en contrepartie avaient été extournés.
14) Le 27 février 2013, le TAPI a déposé son dossier sans formuler d'observations.
15) Le 18 mars 2013, l'AFC-GE a conclu au rejet du recours. A la lumière des éléments du dossier, il apparaissait que la réalité économique de l'opération en lien avec le fonds de commerce du cabinet dentaire intervenu entre des sociétés qui étaient toutes dirigées par M. ou Mme A______ n'avait pas été prouvée. Alors même que la somme de CHF 50'000.- aurait dû être amortie et le commerce cédé à X______ après seize mois de paiement, X______ continuait, en contradiction avec l'accord du 1 er octobre 2005, à comptabiliser une charge de CHF 36'000.- à titre de « location, fonds de commerce » dans ses comptes de pertes et profits 2006, 2007, 2008, 2009 et 2010.
16) Le 3 avril 2013, le juge délégué a fixé aux parties un délai au 3 mai 2013 pour formuler toutes requêtes ou observations complémentaires, après quoi la cause serait gardée à juger.
17) Le 3 mai 2013, la contribuable a persisté dans ses conclusions. L'AFC-GE admettait expressément que X______ n'avait jamais réglé le montant initialement convenu pour l'achat du fonds de commerce et n'en était dès lors pas propriétaire en 2005. Quels que soient les liens entre les différentes sociétés en cause, X______ ne pouvait pas utiliser sans contre-prestation un fonds de commerce qui ne lui appartenait pas. Conformément au principe de périodicité, les éléments mis en avant par l'AFC-GE concernant d'autres périodes que 2005 étaient sans incidence.
18) L'AFC-GE n'a pas déposé d'observations. EN DROIT
1) Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
2) Le litige porte sur la reprise d'un montant de CHF 36'000.- correspondant au poste « location, fonds de commerce » de son compte de pertes et profits, dans le bénéfice imposable ICC et IFD 2005 de la recourante. La question étant traitée de la même manière en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé, le présent arrêt traite simultanément des deux impôts, comme cela est admis par la jurisprudence (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1; Arrêts du Tribunal fédéral 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 1.1; 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 1).
3) a. L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net (art. 57 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11; art. 11 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 - LHID - RS 642.14; art. 24 al. 1 de la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 - LIPM - D 3 15). Il se détermine en premier lieu par le compte de résultat (ATF 136 II 88 consid. 3.1). L'objet de l'impôt correspond à l'accroissement de la fortune de l'entreprise durant l'exercice fiscal; il frappe la différence de fonds propres entre le début et la fin de la période déterminante (ATF 136 II 88 consid. 3.1). Les mêmes règles valent pour l'ICC en vertu des art. 24 al. 1 LHID et 12 let. e LIPM.
b. En définissant le bénéfice imposable par renvoi au solde du compte de résultats, l'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance (Massgeblichkeitsprinzip), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2; 132 I 175 consid. 2.2; Arrêts du Tribunal fédéral 2C_645/2012 du 13 février 2013 consid. 3.1; 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 4.4; 2C_895/2008 du 9 juin 2009 consid. 2.1). L'art. 58 al. 1 LIFD contient de telles normes fiscales correctrices. Ainsi, aux termes de l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice imposable net comprend le solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (let. a) ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que notamment les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés, les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b), et les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats (let. c).
c. L'art. 58 al. 1 let. b LIFD n'a pas de portée propre s'agissant d'une règle matérielle d'établissement régulier des comptes. Selon la doctrine, « les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés devant être activés car la comptabilisation de telles dépenses au débit du compte de résultat viole le droit commercial » (R. DANON, in D. YERSIN/Y. NOËL [éd.], Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2008, p. 716 ss).
4) a. En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut : l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. Si des indices paraissent mettre en doute l'exactitude de la déclaration, l'administration, après investigation, pourra s'en écarter et modifier les éléments du revenu en faveur ou en défaveur de ce dernier (X. OBERSON, Droit fiscal suisse, 4 e éd., 2012, p. 513 ss; P. AGNER/B. JUNG/G. STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n. 2 ad art. 130, p. 421; I. ALTHAUS-HOURIET, in D. YERSIN, Y. NOËL [éd.], op. cit., p. 1196 ss).
b. En droit fiscal, le principe de la libre appréciation de la preuve s'applique. L'autorité forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6 ème éd., Zurich 2002, p. 403/404; J.-M. RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 139). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (Arrêts du Tribunal fédéral 2C_574/2009 du 21 avril 2010 consid. 4.2.7; 2C_47/2009 du 26 mai 2009 consid. 5.3; 2A.374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.2; ATA/632/2012 du 18 septembre 2012 consid. 7; ATA/95/2012 du 21 février 2012; M. ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungs-verfahren, Zürich 1989, p. 109 consid. 4.3).
c. En matière fiscale, les règles sur le fardeau de la preuve impliquent que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_111/2012 du 25 juillet 2012 consid. 4.6; ATA/778/2011 du 20 décembre 2011; ATA/747/2011 du 6 décembre 2011; E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, op. cit ., p. 416 et les nombreuses références citées). Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures.
d. S'agissant plus spécialement de charges représentant des prestations insolites, il appartient à la société contribuable d'établir leur caractère de charge justifiée par l'usage commercial, afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seules des raisons commerciales et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation insolite (ATF 119 Ib 431 consid. 2c; Arrêts du Tribunal fédéral 2C_275/2010 du 24 août 2010 et 2A.355/2004 du 20 juin 2005).
5) La charge litigieuse de CHF 36'000.- figurant dans les comptes de la recourante sous la rubrique « location fonds de commerce » couvre, selon les dernières explications fournies par la contribuable, un leasing du fonds de commerce d'une valeur de CHF 50'000.-, dont elle bénéficie depuis la reprise du cabinet dentaire en 2002, mais qu'elle n'a pas pu payer. Le fonds de commerce serait principalement constitué d'installations et de la clientèle du cabinet dentaire. A l'appui de ses explications, la recourante a produit plusieurs documents visant à attester l'existence de cette charge et les cessions du fonds aux différentes sociétés impliquées. Or, les documents produits par la contribuable font apparaître plusieurs contradictions et incohérences mettant en doute la réalité des transactions qui fondent la charge litigieuse. Dans son courrier adressé à l'AFC-GE le 1 er novembre 2004, la contribuable précise que C______, dont M. A______ est administrateur, n'a aucun lien quelconque direct ou indirect avec la contribuable. Or, les relations entre les sociétés liées à la cession de ce fonds de commerce sont établies, puisqu'elles ont toutes pour administrateur l'un ou l'autre des époux A______. La contribuable a affirmé à l'AFC-GE le 1 er novembre 2004, qu'elle avait honoré le montant de CHF 50'000.-. Toutefois, en contradiction avec cette affirmation, elle produit dans sa déclaration pour l'impôt 2005 un accord de location-vente du même fonds de commerce qui appartiendrait à une autre société. S'il fallait prendre en considération l'accord du 1 er octobre 2005, il devrait être qualifié de modalité de paiement du prix d'acquisition du fonds de commerce. Le montant de CHF 36'000.- correspondrait alors à des frais d'acquisition d'un actif immobilisé, lesquels font partie du bénéfice net imposable aux termes de l'art. 58 al. 1 let b LIFD. De plus, avec un loyer de CHF 3'000.- par mois, les CHF 50'000.- retenus pour le fonds de commerce auraient été amortis en dix-sept mois. Or, les déclarations fiscales des années 2006, 2007, 2008, 2009 et 2010 de la contribuable font toujours apparaître un montant de CHF 36'000.- dans le compte de résultat pour la location du fonds de commerce. Tous ces éléments ne permettent pas d'établir la réalité économique des opérations liées à la cession du fonds de commerce du cabinet dentaire et à sa « location-vente ». Force est de constater que la contribuable a échoué à prouver l'existence d'une charge justifiée par l'usage commercial et, partant, la reprise dans le bénéfice imposable du montant de CHF 36'000.- doit être confirmée.
6) Le recours sera en conséquence rejeté.
7) Au vu de l'issue du litige, un émolument de CHF 1'000.- sera mis à la charge de la recourante (art. 87 al. 1 LPA), et il ne lui sera pas alloué d'indemnité de procédure (art. 87 al. 2 LPA).
* * * * *
Dispositiv
- LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE à la forme : déclare recevable le recours interjeté le 14 février 2013 par X______ S.A. contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 7 janvier 2013 ; au fond : le rejette ; met à la charge de la recourante un émolument de CHF 1'000.- ; dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure ; dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public ; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire ; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi ; communique le présent arrêt à Me Antoine Berthoud, avocat de la recourante, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance . Siégeants : M. Thélin, président, MM. Verniory et Pagan, juges. Au nom de la chambre administrative : la greffière-juriste : S. Hüsler Enz le président siégeant : Ph. Thélin Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties. Genève, le la greffière :
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Genève Cour de justice (Cour de droit public) Chambre administrative 04.02.2014 A/4516/2011
; DROIT FISCAL; IMPÔT; IMPÔT FÉDÉRAL DIRECT; IMPÔT SUR LE BÉNÉFICE DES ENTREPRISES; CALCUL DE L'IMPÔT; BÉNÉFICE NET; FARDEAU DE LA PREUVE | Le montant correspondant à la location d'un fonds de commerce (installation et clientièle d'un cabinet dentaire) non admis au titre de charge, la contribuable ayant échoué à établir le caractère de charge justifiée par l'usage commercial du montant litigieux. La reprise dans le bénéfice imposable dudit montant est confirmée. | LIPM.24.al1; LIPM.57
A/4516/2011 ATA/56/2014 du 04.02.2014 sur JTAPI/25/2013 (ICCIFD), REJETE Descripteurs :; DROIT FISCAL; IMPÔT; IMPÔT FÉDÉRAL DIRECT; IMPÔT SUR LE BÉNÉFICE DES ENTREPRISES; CALCUL DE L'IMPÔT; BÉNÉFICE NET; FARDEAU DE LA PREUVE Normes : LIPM.24.al1; LIPM.57 Résumé : Le montant correspondant à la location d'un fonds de commerce (installation et clientièle d'un cabinet dentaire) non admis au titre de charge, la contribuable ayant échoué à établir le caractère de charge justifiée par l'usage commercial du montant litigieux. La reprise dans le bénéfice imposable dudit montant est confirmée. En fait En droit RÉPUBLIQUE ET CANTON DE GENÈVE POUVOIR JUDICIAIRE A/4516/2011 - ICCIFD ATA/56/2014 COUR DE JUSTICE Chambre administrative Arrêt du 4 février 2014 1 ère section dans la cause X______ S.A. représentée par Me Antoine Berthoud, avocat contre ADMINISTRATION FISCALE CANTONALE et ADMINISTRATION FÉDÉRALE DES CONTRIBUTIONS _________ Recours contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 7 janvier 2013 (JTAPI/25/2013) EN FAIT
1) a. Le litige concerne l'impôt cantonal et communal (ci-après : ICC) et l'impôt fédéral direct (ci-après : IFD) pour l'année 2005 de X______ S.à r.l. (ci-après : X______ ou la contribuable). Cette dernière, fondée le 15 mars 2002, sise à Genève à Y______, était une société à responsabilité limitée dont le but statutaire est l'exploitation et la gestion de cliniques et laboratoires dentaires, notamment à l'enseigne « X______ », ainsi que de centres médicaux, la production et la commercialisation de produits dentaires et médicaux, et la formation en médecine et médecine dentaire. Monsieur Z______ était associé gérant de X______ pour une part de CHF 10'000.-, avec signature collective à deux. Madame A______ était gérante avec signature collective à deux et B______ S.A. (ci-après : B______) était associée pour une part de CHF 10'000.-. B______, inscrite au registre du commerce depuis le 26 août 1994, est une société dont Mme A______ était administratrice présidente avec signature individuelle depuis le 8 mai 2001 et dont Monsieur A______, son mari, était administrateur auparavant, et à nouveau depuis le 4 décembre 2003.
b. Depuis le 28 juin 2006, date de ses nouveaux statuts, X______ a été transformée en société anonyme dont Mme A______ était et est encore administratrice avec signature individuelle. Le but statutaire est demeuré inchangé jusqu'au 28 octobre 2013, date à laquelle la raison sociale est devenue X______ S.A. et le but statutaire a été légèrement modifié tout en étant toujours centré sur l'exploitation et la gestion de cliniques et laboratoires dentaires.
2) Le 20 septembre 2006, X______ a remis sa déclaration concernant l'année 2005 à l'administration fiscale cantonale (ci-après : AFC-GE). Les comptes arrêtés au 31 décembre 2005 contenaient une « reprise de cabinet » pour CHF 50'000.- et une charge de « location fonds de commerce » pour CHF 36'000.- ainsi qu'un poste « loyer, frais de locaux » pour CHF 57'139,80.
3) Le 22 décembre 2006, l'AFC-GE a demandé à la contribuable une copie du contrat de cession du fonds de commerce de CHF 50'000.- et toutes informations utiles concernant le poste « location fonds de commerce », notamment une copie du contrat de location.
4) Le 16 février 2007, la contribuable a exposé à l'AFC-GE qu'un accord de cession du fonds de commerce avait été signé le 24 janvier 2002 entre C______ S.A. (ci-après : C______) et B______. Le document portait la signature de M. A______, pour C______ et de Mme A______ pour B______. Selon un document du 25 janvier 2002, le fonds de commerce du cabinet dentaire sis à Y______, et appartenant à C______, était cédé à X______ au prix de CHF 50'000.-. B______ s'engageait à rembourser ce montant à C______, M. Z______ assurerait la fonction de médecin répondant de la clinique dentaire et avec l'accord de la régie, le bail à loyer serait repris par la société dès le 1 er janvier 2002. Etait également joint un courrier de B______, adressé à la contribuable, daté du 1 er janvier 2004, signé par M. A______ : « Suite à un accord convenu, nous vous prions par la présente de transférer avec validité au 1 er janvier 2004 le crédit en notre faveur de CHF 50'000.- concernant l'acquisition du fonds de commerce du cabinet dentaire sis à Y______, Genève sur la société D______ S.A. ». A également été produit un courrier de D______ S.A. (ci-après : D______), daté du 1 er janvier 2005, adressé à la contribuable et signé par M. A______ : « Nous vous confirmons notre accord afin d'annuler notre créance de CHF 50'000.-, ainsi que la contrepartie reprise de commerce, vu le fait que votre société n'arrive pas à régler cette créance depuis le 25 janvier 2002 ». La contribuable a encore remis à l'AFC-GE un accord intervenu le 1 er octobre 2005 entre elle-même, représentée par Mme A______ et D______, représentée par M. A______, aux termes duquel, notamment, D______ s'engageait à « recompenser » immédiatement à M. Z______ la somme de CHF 50'000.- constituant la créance de ce dernier en faveur de X______. Les parties confirmaient que le fonds de commerce du cabinet dentaire était, dès le 1 er janvier 2005, propriété de D______. Selon le principe de la location-vente, X______ acceptait pour le fonds de commerce concerné de payer à D______ un loyer mensuel de CHF 3'000.- dès le 1 er janvier 2005. Le loyer ne serait plus dû une fois que la totalité de la valeur déterminée serait remboursée, ce qui serait considéré comme une cession du fonds de commerce en faveur de X______.
5) Le 8 octobre 2010, l'AFC-GE a notifié deux bordereaux de taxation ICC et IFD 2005 à la contribuable. La somme de CHF 36'000.-, correspondant à la location du fonds de commerce était une charge non justifiée par l'usage commercial et devait par conséquent être ajoutée au bénéfice net déclaré de CHF 3'526.-.
6) Le 3 novembre 2010, un bureau fiduciaire, mandaté par la contribuable a réclamé contre les bordereaux ICC et IFD 2005. Au vu des pièces déjà en mains de l'AFC-GE, il était manifeste que le fonds de commerce n'appartenait pas à la contribuable. C'était la raison pour laquelle elle payait une location. Sans fonds de commerce, elle ne pouvait pas exploiter le cabinet dentaire. Il s'agissait d'une charge justifiée par l'usage commercial.
7) Le 3 novembre 2011, l'AFC-GE a rendu deux décisions sur réclamation maintenant les taxations litigieuses. M. A______ était administrateur président de C______, anciennement E______ S.A., et de D______. Il détenait 98 % du capital-actions de C______. L'épouse de M. A______ était administratrice de X______. C______ exploitait un cabinet dentaire à Y______ jusqu'en 2001. Les états financiers de la société ne comportaient pas de goodwill. Par accord du 25 mars 2002, C______, ayant changé d'activité, avait cédé à X______ le fonds de commerce du cabinet dentaire. Dans son bilan 2002, X______ avait comptabilisé à l'actif un goodwill de CHF 50'000.- lié à la reprise du fonds de commerce du cabinet dentaire. Le 1 er octobre 2005, X______ avait cédé ce goodwill à D______. Le contrat était signé par Mme et M. A______. Etant donné que l'exploitation du cabinet dentaire n'avait pas été transférée à D______ et que les deux sociétés étaient animées par les époux A______, l'AFC-GE considérait que la cession du goodwill ne serait pas intervenue entre tiers dans les mêmes conditions. Cette cession était dès lors considérée comme une non-valeur. De ce fait, les charges comptabilisées par la contribuable pour la location du fonds de commerce engendrées par cette cession ne pouvaient pas être admises en déduction du bénéfice réalisé.
8) Le 5 décembre 2011, X______ a recouru auprès du Tribunal administratif de première instance (ci-après : TAPI) contre les décisions sur réclamation en concluant à leur annulation et à l'annulation de la reprise de CHF 36'000.- dans le bénéfice imposable. Dans la taxation de D______, le montant de CHF 36'000.- litigieux avait été intégralement imposé comme produit. Cette imposition n'avait pas été modifiée dans la procédure de contrôle de cette société engagée par l'AFC-GE. Il fallait distinguer le goodwill du fonds de commerce. Pour un cabinet dentaire de l'importance de celui exploité par la recourante, le fonds de commerce était avant tout constitué par ses installations et aussi sa clientèle. Le goodwill n'était constitué que par la clientèle. Verser un loyer annuel de CHF 36'000.- pour des installations aussi importantes que celles utilisées par le cabinet dentaire n'apparaissait pas du tout insolite ni exorbitant. L'absence de comptabilisation du goodwill par C______ avait été retenue à tort par l'AFC-GE, car lorsqu'une société développait sa propre clientèle, elle ne pouvait activer cette valeur dans son bilan, à l'inverse du goodwill acquis d'un tiers. Ce n'était pas pour autant que la clientèle n'avait aucune valeur, ni que son exploitation ne se justifiait pas par une contre-prestation sous la forme d'une location ou d'une acquisition.
9) Le 15 mai 2012, l'AFC-GE a répondu au recours en maintenant sa position. Les documents remis par la contribuable pour attester du montant litigieux contenaient de nombreuses contradictions. Le 1 er novembre 2004, M. A______ au nom de X______ avait écrit à l'AFC-GE concernant sa taxation 2003 pour préciser que la somme de CHF 50'000.- avait été honorée et comptabilisée selon les conditions de l'accord de reprise. Le cédant, C______ n'avait aucun lien quelconque direct ou indirect d'actionnariat avec X______. Quant à l'amortissement de ce poste, aucun plan n'avait été prévu car la valeur du fonds de commerce ne subissait pas de perte car elle comprenait le goodwill pour la clientèle. En dépit de l'accord du 1 er octobre 2005 qui portait sur une location-vente du fonds de commerce, elle avait comptabilisé une location uniquement. En outre, la somme de CHF 50'000.- aurait dû être amortie et le commerce cédé après seize mois de paiements, hors la charge de CHF 36'000.- au titre de « location, fonds de commerce » apparaissait dans ses comptes de pertes et profits 2006, 2007, 2008, 2009 et 2010. Même sans l'accord visé, la location du fonds de commerce pour un montant annuel de CHF 36'000.- alors qu'il était estimé à CHF 50'000.- était clairement disproportionnée. En outre, une charge qui devait couvrir le loyer des installations n'expliquait pas le montant de CHF 57'139,80 sous le poste « loyer, frais de locaux ». L'ensemble des contradictions énumérées ci-dessus réduisait à néant le caractère probant des documents produits. La réalité économique de l'opération en lien avec le fonds de commerce du cabinet dentaire n'ayant pas été prouvée, et les accords produits étant intervenus entre des sociétés qui étaient toutes dirigées par M. ou Mme A______, la charge n'était pas commercialement justifiée et la reprise devait être confirmée.
10) Le 10 juillet 2012, la contribuable a exposé que l'AFC-GE n'alléguait pas que X______ était titulaire ou propriétaire des installations et de la clientèle du cabinet dentaire qu'elle avait exploité. Il était dès lors légitime et nécessaire qu'elle indemnise le propriétaire de ces valeurs matérielles et immatérielles. Rien ne démontrait que ces biens n'appartenaient pas à D______ en 2005. Cette société était par conséquent légitimée à encaisser le montant de CHF 36'000.- versé au titre de mise à disposition des installations et de la clientèle. En outre, en n'admettant pas la déduction dudit montant et en le prenant en compte pour la taxation de D______, l'AFC-GE réalisait une forme indirecte de double imposition économique, les sociétés étant proches.
11) Le 10 août 2012, l'AFC-GE a exposé que la notion de prestations en faveur d'un proche était large. Un tiers était proche d'un actionnaire lorsque la prestation concernée lui avait été octroyée à des conditions ne correspondant pas à celles prévalant sur le marché.
12) Le 7 janvier 2013, le TAPI a rejeté le recours. La forme juridique des relations, d'où provenait le revenu imposable, n'était pas nécessairement décisive du point de vue fiscal. Les transactions entre sociétés du même groupe devaient correspondre à ce qui se ferait entre tiers. L'autorité pouvait s'en tenir à la réalité économique. L'on pouvait sérieusement douter de l'indépendance commerciale entre les différentes entités juridiques présentes, les époux A______ dirigeant toutes les sociétés impliquées. La contribuable avait échoué à prouver que la charge en cause était commercialement justifiée. Ses déclarations contenaient de nombreuses contradictions déjà relevées par l'AFC-GE.
13) Le 14 février 2013, X______ a interjeté recours auprès de la chambre administrative de la Cour de justice (ci-après : chambre administrative) contre le jugement du TAPI, en concluant à son annulation ainsi qu'à celle de la reprise de CHF 36'000.- effectuée dans la détermination de son bénéfice imposable, et à l'octroi d'une indemnité de procédure. La portée du courrier du 1 er novembre 2004 - auquel le TAPI avait attaché une importance prépondérante dans son raisonnement - devait être relativisée. M. A______ n'avait jamais été organe de X______ et était d'ailleurs séparé de biens de son épouse qui était organe de X______. L'acquisition du fonds de commerce, selon le contrat et accord de janvier 2002 pour un montant de CHF 50'000.-, avait été effectivement régulièrement comptabilisée par X______, le paiement du prix n'avait pas été effectué comme l'attestait le détail des comptes pour l'exercice 2002 qui montrait que B______ était restée créancière du montant correspondant à celui de la reprise du cabinet. Plusieurs documents postérieurs démontraient que X______ n'avait été en mesure de régler cette dette ni en 2004, ni au 1 er janvier 2005. Le terme « honoré » utilisé dans le courrier du 1 er novembre 2004 ne pouvait manifestement pas signifier que le montant avait été payé mais plutôt que cet engagement devait être respecté puisqu'une dette figurait dans le bilan de X______. Le contrat de location-vente du 1 er octobre 2005 ne devait pas être comptabilisé de la même manière qu'une vente ferme. Il s'agissait d'un leasing. La propriété de la chose ou des droits vendus n'était transmise à l'acquéreur qu'après le règlement intégral du prix. Cela impliquait que les mensualités versées devaient être enregistrées en charges. L'actif antérieurement comptabilisé et sa dette en contrepartie avaient été extournés.
14) Le 27 février 2013, le TAPI a déposé son dossier sans formuler d'observations.
15) Le 18 mars 2013, l'AFC-GE a conclu au rejet du recours. A la lumière des éléments du dossier, il apparaissait que la réalité économique de l'opération en lien avec le fonds de commerce du cabinet dentaire intervenu entre des sociétés qui étaient toutes dirigées par M. ou Mme A______ n'avait pas été prouvée. Alors même que la somme de CHF 50'000.- aurait dû être amortie et le commerce cédé à X______ après seize mois de paiement, X______ continuait, en contradiction avec l'accord du 1 er octobre 2005, à comptabiliser une charge de CHF 36'000.- à titre de « location, fonds de commerce » dans ses comptes de pertes et profits 2006, 2007, 2008, 2009 et 2010.
16) Le 3 avril 2013, le juge délégué a fixé aux parties un délai au 3 mai 2013 pour formuler toutes requêtes ou observations complémentaires, après quoi la cause serait gardée à juger.
17) Le 3 mai 2013, la contribuable a persisté dans ses conclusions. L'AFC-GE admettait expressément que X______ n'avait jamais réglé le montant initialement convenu pour l'achat du fonds de commerce et n'en était dès lors pas propriétaire en 2005. Quels que soient les liens entre les différentes sociétés en cause, X______ ne pouvait pas utiliser sans contre-prestation un fonds de commerce qui ne lui appartenait pas. Conformément au principe de périodicité, les éléments mis en avant par l'AFC-GE concernant d'autres périodes que 2005 étaient sans incidence.
18) L'AFC-GE n'a pas déposé d'observations. EN DROIT
1) Interjeté en temps utile devant la juridiction compétente, le recours est recevable (art. 132 de la loi sur l'organisation judiciaire du 26 septembre 2010 - LOJ - E 2 05; art. 62 al. 1 let. a de la loi sur la procédure administrative du 12 septembre 1985 - LPA - E 5 10).
2) Le litige porte sur la reprise d'un montant de CHF 36'000.- correspondant au poste « location, fonds de commerce » de son compte de pertes et profits, dans le bénéfice imposable ICC et IFD 2005 de la recourante. La question étant traitée de la même manière en droit fédéral et en droit cantonal harmonisé, le présent arrêt traite simultanément des deux impôts, comme cela est admis par la jurisprudence (ATF 135 II 260 consid. 1.3.1; Arrêts du Tribunal fédéral 2C_394/2013 du 24 octobre 2013 consid. 1.1; 2C_60/2013 du 14 août 2013 consid. 1).
3) a. L'impôt sur le bénéfice a pour objet le bénéfice net (art. 57 de la loi fédérale sur l'impôt fédéral direct du 14 décembre 1990 - LIFD - RS 642.11; art. 11 de la loi fédérale sur l'harmonisation des impôts directs des cantons et des communes du 14 décembre 1990 - LHID - RS 642.14; art. 24 al. 1 de la loi sur l'imposition des personnes morales du 23 septembre 1994 - LIPM - D 3 15). Il se détermine en premier lieu par le compte de résultat (ATF 136 II 88 consid. 3.1). L'objet de l'impôt correspond à l'accroissement de la fortune de l'entreprise durant l'exercice fiscal; il frappe la différence de fonds propres entre le début et la fin de la période déterminante (ATF 136 II 88 consid. 3.1). Les mêmes règles valent pour l'ICC en vertu des art. 24 al. 1 LHID et 12 let. e LIPM.
b. En définissant le bénéfice imposable par renvoi au solde du compte de résultats, l'art. 58 al. 1 let. a LIFD énonce le principe de l'autorité du bilan commercial ou de déterminance (Massgeblichkeitsprinzip), selon lequel le bilan commercial est déterminant en droit fiscal. Les comptes établis conformément aux règles du droit commercial lient les autorités fiscales, à moins que le droit fiscal ne prévoie des règles correctrices spécifiques. L'autorité fiscale peut en revanche s'écarter du bilan remis par le contribuable lorsque des dispositions impératives du droit commercial sont violées ou que des normes fiscales correctrices l'exigent (ATF 137 II 353 consid. 6.2; 132 I 175 consid. 2.2; Arrêts du Tribunal fédéral 2C_645/2012 du 13 février 2013 consid. 3.1; 2C_499/2011 du 9 juillet 2012 consid. 4.4; 2C_895/2008 du 9 juin 2009 consid. 2.1). L'art. 58 al. 1 LIFD contient de telles normes fiscales correctrices. Ainsi, aux termes de l'art. 58 al. 1 LIFD, le bénéfice imposable net comprend le solde du compte de résultat, compte tenu du solde reporté de l'exercice précédent (let. a) ainsi que tous les prélèvements opérés sur le résultat commercial avant le calcul du solde du compte de résultat qui ne servent pas à couvrir des dépenses justifiées par l'usage commercial, tels que notamment les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés, les distributions ouvertes ou dissimulées de bénéfice et les avantages procurés à des tiers qui ne sont pas justifiés par l'usage commercial (let. b), et les produits qui n'ont pas été comptabilisés dans le compte de résultats (let. c).
c. L'art. 58 al. 1 let. b LIFD n'a pas de portée propre s'agissant d'une règle matérielle d'établissement régulier des comptes. Selon la doctrine, « les frais d'acquisition, de production ou d'amélioration d'actifs immobilisés devant être activés car la comptabilisation de telles dépenses au débit du compte de résultat viole le droit commercial » (R. DANON, in D. YERSIN/Y. NOËL [éd.], Impôt fédéral direct, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2008, p. 716 ss).
4) a. En procédure de taxation, la maxime inquisitoire prévaut : l'autorité n'est pas liée par les éléments imposables reconnus ou déclarés par le contribuable. Si des indices paraissent mettre en doute l'exactitude de la déclaration, l'administration, après investigation, pourra s'en écarter et modifier les éléments du revenu en faveur ou en défaveur de ce dernier (X. OBERSON, Droit fiscal suisse, 4 e éd., 2012, p. 513 ss; P. AGNER/B. JUNG/G. STEINMANN, Commentaire de la loi sur l'impôt fédéral direct, 2001, n. 2 ad art. 130, p. 421; I. ALTHAUS-HOURIET, in D. YERSIN, Y. NOËL [éd.], op. cit., p. 1196 ss).
b. En droit fiscal, le principe de la libre appréciation de la preuve s'applique. L'autorité forme librement sa conviction en analysant la force probante des preuves administrées, en choisissant entre les preuves contradictoires ou les indices contraires qu'elle a recueillis. Cette liberté d'appréciation, qui doit s'exercer dans le cadre de la loi, n'est limitée que par l'interdiction de l'arbitraire (E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, System des schweizerischen Steuerrechts, 6 ème éd., Zurich 2002, p. 403/404; J.-M. RIVIER, Droit fiscal suisse, L'imposition du revenu et de la fortune, 2e éd., Lausanne 1998, p. 139). Il n'est pas indispensable que la conviction de l'autorité de taxation confine à une certitude absolue qui exclurait toute autre possibilité; il suffit qu'elle découle de l'expérience de la vie et du bon sens et qu'elle soit basée sur des motifs objectifs (Arrêts du Tribunal fédéral 2C_574/2009 du 21 avril 2010 consid. 4.2.7; 2C_47/2009 du 26 mai 2009 consid. 5.3; 2A.374/2006 du 30 octobre 2006 consid. 4.2; ATA/632/2012 du 18 septembre 2012 consid. 7; ATA/95/2012 du 21 février 2012; M. ZWEIFEL, Die Sachverhaltsermittlung im Steuerveranlagungs-verfahren, Zürich 1989, p. 109 consid. 4.3).
c. En matière fiscale, les règles sur le fardeau de la preuve impliquent que l'autorité fiscale établisse les faits qui justifient l'assujettissement et qui augmentent la taxation, tandis que le contribuable doit prouver les faits qui diminuent la dette ou la suppriment (Arrêt du Tribunal fédéral 2C_111/2012 du 25 juillet 2012 consid. 4.6; ATA/778/2011 du 20 décembre 2011; ATA/747/2011 du 6 décembre 2011; E. BLUMENSTEIN/P. LOCHER, op. cit ., p. 416 et les nombreuses références citées). Par ailleurs, le contribuable doit prouver l'exactitude de sa déclaration d'impôt et de ses explications ultérieures.
d. S'agissant plus spécialement de charges représentant des prestations insolites, il appartient à la société contribuable d'établir leur caractère de charge justifiée par l'usage commercial, afin que les autorités fiscales puissent s'assurer que seules des raisons commerciales et non les étroites relations personnelles et économiques entre la société et le bénéficiaire de la prestation, ont conduit à la prestation insolite (ATF 119 Ib 431 consid. 2c; Arrêts du Tribunal fédéral 2C_275/2010 du 24 août 2010 et 2A.355/2004 du 20 juin 2005).
5) La charge litigieuse de CHF 36'000.- figurant dans les comptes de la recourante sous la rubrique « location fonds de commerce » couvre, selon les dernières explications fournies par la contribuable, un leasing du fonds de commerce d'une valeur de CHF 50'000.-, dont elle bénéficie depuis la reprise du cabinet dentaire en 2002, mais qu'elle n'a pas pu payer. Le fonds de commerce serait principalement constitué d'installations et de la clientèle du cabinet dentaire. A l'appui de ses explications, la recourante a produit plusieurs documents visant à attester l'existence de cette charge et les cessions du fonds aux différentes sociétés impliquées. Or, les documents produits par la contribuable font apparaître plusieurs contradictions et incohérences mettant en doute la réalité des transactions qui fondent la charge litigieuse. Dans son courrier adressé à l'AFC-GE le 1 er novembre 2004, la contribuable précise que C______, dont M. A______ est administrateur, n'a aucun lien quelconque direct ou indirect avec la contribuable. Or, les relations entre les sociétés liées à la cession de ce fonds de commerce sont établies, puisqu'elles ont toutes pour administrateur l'un ou l'autre des époux A______. La contribuable a affirmé à l'AFC-GE le 1 er novembre 2004, qu'elle avait honoré le montant de CHF 50'000.-. Toutefois, en contradiction avec cette affirmation, elle produit dans sa déclaration pour l'impôt 2005 un accord de location-vente du même fonds de commerce qui appartiendrait à une autre société. S'il fallait prendre en considération l'accord du 1 er octobre 2005, il devrait être qualifié de modalité de paiement du prix d'acquisition du fonds de commerce. Le montant de CHF 36'000.- correspondrait alors à des frais d'acquisition d'un actif immobilisé, lesquels font partie du bénéfice net imposable aux termes de l'art. 58 al. 1 let b LIFD. De plus, avec un loyer de CHF 3'000.- par mois, les CHF 50'000.- retenus pour le fonds de commerce auraient été amortis en dix-sept mois. Or, les déclarations fiscales des années 2006, 2007, 2008, 2009 et 2010 de la contribuable font toujours apparaître un montant de CHF 36'000.- dans le compte de résultat pour la location du fonds de commerce. Tous ces éléments ne permettent pas d'établir la réalité économique des opérations liées à la cession du fonds de commerce du cabinet dentaire et à sa « location-vente ». Force est de constater que la contribuable a échoué à prouver l'existence d'une charge justifiée par l'usage commercial et, partant, la reprise dans le bénéfice imposable du montant de CHF 36'000.- doit être confirmée.
6) Le recours sera en conséquence rejeté.
7) Au vu de l'issue du litige, un émolument de CHF 1'000.- sera mis à la charge de la recourante (art. 87 al. 1 LPA), et il ne lui sera pas alloué d'indemnité de procédure (art. 87 al. 2 LPA).
* * * * * PAR CES MOTIFS LA CHAMBRE ADMINISTRATIVE à la forme : déclare recevable le recours interjeté le 14 février 2013 par X______ S.A. contre le jugement du Tribunal administratif de première instance du 7 janvier 2013; au fond : le rejette; met à la charge de la recourante un émolument de CHF 1'000.-; dit qu'il n'est pas alloué d'indemnité de procédure; dit que, conformément aux art. 82 ss de la loi fédérale sur le Tribunal fédéral du 17 juin 2005 (LTF - RS 173.110), le présent arrêt peut être porté dans les trente jours qui suivent sa notification par-devant le Tribunal fédéral, par la voie du recours en matière de droit public; le mémoire de recours doit indiquer les conclusions, motifs et moyens de preuve et porter la signature du recourant ou de son mandataire; il doit être adressé au Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par voie postale ou par voie électronique aux conditions de l'art. 42 LTF. Le présent arrêt et les pièces en possession du recourant, invoquées comme moyens de preuve, doivent être joints à l'envoi; communique le présent arrêt à Me Antoine Berthoud, avocat de la recourante, à l'administration fiscale cantonale, à l'administration fédérale des contributions ainsi qu'au Tribunal administratif de première instance . Siégeants : M. Thélin, président, MM. Verniory et Pagan, juges. Au nom de la chambre administrative : la greffière-juriste : S. Hüsler Enz le président siégeant : Ph. Thélin Copie conforme de cet arrêt a été communiquée aux parties. Genève, le la greffière :