Energie (divers)
Sachverhalt
A. Moulin-Grillon SA (l'exploitante) est au bénéfice d'un droit d'eau distinct et permanent sur le Doubs et exploite une centrale hydroélectrique à Saint-Ursanne dans le canton du Jura. B. Par décision sur opposition du 17 août 2016, l'Office de l'environnement de la République et Canton du Jura (ENV), après avoir constaté que le seuil de l'usine hydroélectrique exploitée par Moulin-Grillon SA constituait un obstacle difficilement franchissable pour certaines espèces de poisson, a enjoint cette dernière de prendre différentes mesures d'assainissement de montaison et de dévalaison afin de permettre ou de favoriser la migration du poisson. L'indemnisation des mesures d'assainissement était réservée. C. C.a Par courrier du 8 juin 2017, Moulin-Grillon SA (la requérante) a adressé à l'ENV une première demande de remboursement et de versement anticipé d'un montant de 384'989 francs, dont 73'503 francs de frais de conseils juridiques, pour la planification des mesures de montaison, soit une passe technique dans le cours d'eau et un ruisseau de contournement. C.b Après avoir formulé un préavis positif, l'ENV a transmis la requête à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) qui l'a transmise, avec prise de position, à Swissgrid, alors autorité compétente. C.c Par décision du 23 novembre 2017, Swissgrid a octroyé à la requérante un versement de 294'297 francs. Concernant les frais de conseils juridiques, Swissgrid a suivi la position de l'OFEV selon laquelle ils devaient être davantage documentés et pourraient faire l'objet d'une demande de financement ultérieure. D. Le 30 avril 2018, l'exploitante a déposé une étude sommaire, demandée par l'OFEV et l'ENV, réalisée par Aquarius Sarl et portant sur les variantes d'assainissement de Moulin-Grillon SA, y compris l'abandon de l'exploitation. E. E.a Par courrier du 1er octobre 2018, la requérante a adressé à l'ENV une deuxième demande de remboursement et de versement anticipé de 136'349.10 francs. Concernant les frais de conseils juridiques, elle a réclamé ceux qu'elle avait déjà fait valoir dans sa demande du 8 juin 2017, réévalués à 69'910.69 francs, ainsi que des frais de conseils juridiques engagés ultérieurement pour un montant de 13'830.05 francs couvrant la période du 1er avril 2017 au 30 juin 2018. E.b Le 10 octobre 2018, l'ENV a donné un préavis positif concernant cette demande. E.c Par décision du 24 juin 2019, l'OFEV a indemnisé la requérante d'un montant de 127'312.25 francs. Concernant les frais de conseils juridiques, l'autorité a jugé que ceux qui portaient sur les prestations en lien avec le droit d'eau (1'577.31 francs) et qui étaient relatifs au dépôt d'une plainte pénale (7'459.54 francs) n'étaient pas strictement nécessaires et ne pouvaient ainsi donner lieu à indemnisation. Elle a en revanche admis les autres frais de conseils juridiques. F. F.a Le 6 septembre 2018, l'ENV, l'OFEV et la recourante ont conclu une convention tripartite par laquelle le canton du Jura assume la construction de la mesure d'assainissement de la montaison, soit le ruisseau de contournement. F.b Le 11 décembre 2019, l'ENV a adressé à l'OFEV une demande de remboursement pour la construction dudit ruisseau. F.c Par décision du 25 février 2020, l'OFEV a octroyé un versement de 972'200.50 à l'ENV pour l'indemnisation de la mesure mise en oeuvre. G. Par courrier du 20 mai 2021, la requérante a adressé à l'ENV une troisième demande de remboursement et de versement anticipé pour un montant total de 49'704.90 francs, comprenant 4'835.30 francs liés à des prestations réalisées par le bureau Aquarius pour l'étude sommaire demandée par l'OFEV, 5'051.15 francs pour des prestations de la fiduciaire Juravenir SA en lien avec ladite étude, ainsi que 15'282.45 de frais de conseils juridiques pour une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020 et 24'536.00 francs pour des prestations de consultation en matière d'aménagement hydraulique réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante pour une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020. H. Par décision du 5 mai 2022, l'OFEV (l'autorité inférieure) a indemnisé la requérante à hauteur de 27'767.45 francs, rejetant la demande pour le surplus. L'autorité a admis d'indemniser l'entier des prestations réalisées par le bureau Aquarius et par la fiduciaire Juravenir SA. En revanche, parmi les 15'282.45 francs en lien avec les prestations d'avocat, l'autorité inférieure a estimé que seuls 2'327.18 francs étaient imputables, les autres frais étant jugés non nécessaires à la réalisation des mesures d'assainissement. Concernant les prestations de consultation en matière d'aménagement hydraulique, l'autorité inférieure a estimé que seuls 14'598.30 francs étaient imputables. I. Par mémoire du 20 juin 2022, la requérante (la recourante) a interjeté recours contre cette décision. Elle conclut principalement à ce que l'entier des coûts qui lui ont refusés, sous réserve de 280 francs comptabilisés à tort, lui soit remboursé, soit un montant supplémentaire de 21'635.85 francs. La recourante se prévaut d'une constatation inexacte des faits et d'une violation du droit d'être entendue. Au fond, elle fait notamment valoir que la décision attaquée viole les dispositions légales topiques qui prévoient une indemnisation totale des frais engagés et, qu'en outre, cette décision constitue un revirement de jurisprudence qui n'est pas objectivement justifié. J. Par réponse du 15 août 2022, l'autorité inférieure est restée sur sa position, détaillant certains de ses arguments. K. La recourante a déposé ses observations finales le 3 octobre 2022. L. Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous. Droit : 1. 1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32; art. 37 LTAF) n'en dispose pas autrement. Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (art. 7 al. 1 PA) et la recevabilité des recours qui lui sont soumis. 1.2 Conformément à l'art. 31 LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal est compétent pour connaître des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En l'espèce, l'acte attaqué n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. L'OFEV est une autorité précédente au sens de l'art. 33 let. d LTAF (annexe I/B/VII ch. 1.7 de l'ordonnance sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1]). Le Tribunal est ainsi compétent pour connaître du recours. 1.3 Etant destinataire de la décision attaquée, la recourante est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation (art. 48 al. 1 PA). La qualité pour recourir lui est donc reconnue. 1.4 En outre, les dispositions relatives au délai, à la forme et au contenu du recours sont respectées (art. 50 et 52 PA). Il est dès lors recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière. 2. 2.1 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure (art. 49 PA), y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), la constatation des faits (let. b) et l'opportunité de la décision attaquée (let. c), tous griefs que le recourant peut soulever à l'appui de son recours. 2.2 Le Tribunal fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (ATF 142 II 451 consid. 4.5.1 ; arrêts du TAF A-536/2022 du 26 octobre 2022 consid. 2.2, A-1268/2021 du 31 mai 2022 consid. 2.1). Dans de tels cas, le Tribunal ne substituera son appréciation à celle de l'autorité inférieure que s'il a de bonnes raisons de le faire (arrêt du TAF A-941/2021 du 18 août 2021 consid. 2.2). Cette réserve n'empêche pas le Tribunal d'intervenir lorsque la décision attaquée apparaît objectivement inopportune (TAF 2007/34 consid. 5 ; arrêt du TAF A-3288/2017 du 3 décembre 2018 consid. 2.1). 2.3 Conformément à la maxime inquisitoire, le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 du 27 février 2014 consid. 2.2 et ATAF 2012/23 du 15 juin 2011 consid. 4). 3. 3.1 L'objet du litige consiste à déterminer si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a refusé d'indemniser la recourante d'une partie des coûts qu'elle a fait valoir dans sa demande du 20 mai 2021. 3.2 Cette troisième demande d'indemnisation - de même que les deux précédentes - s'inscrit dans le cadre de la procédure ordonnée par l'ENV visant à l'assainissement de l'usine hydroélectrique de Moulin-Grillon SA, laquelle constitue un obstacle à la migration du poisson (consid. B). Dans le cadre de cette procédure d'assainissement, différentes variantes ont été étudiées. Une mesure d'assainissement consistant en la création d'un ruisseau de contournement a également été réalisée. La recourante a obtenu le remboursement de certains coûts liés à l'examen de ces variantes dans le cadre des deux premières demandes d'indemnisation. Dans le cadre de la troisième demande d'indemnisation ayant débouché sur la décision attaquée, la recourante revendique des coûts liés, directement ou indirectement, à l'étude sommaire du 30 avril 2018, demandée par l'OFEV et l'ENV à la recourante, réalisée par la société Aquarius et portant sur les variantes d'assainissement du seuil de l'exploitation de la recourante, y compris la variante d'abandon définitif de l'exploitation que les parties semblaient privilégier à mesure que les discussions avançaient. Une partie des coûts comprend également des frais résiduels concernant la première mesure d'assainissement de la montaison. L'autorité inférieure a refusé d'indemniser certains coûts ayant trait aux frais d'intervention du conseil juridique de la recourante et à des prestations d'ingénierie. Concernant les frais d'intervention du conseil juridique de la recourante, qui couvrent une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, l'autorité inférieure, sur les 15'282.45 francs revendiqués, en a admis 2'327.18, de sorte qu'un montant de 12'955.27 francs est litigieux. Concernant les «prestations d'ingénierie» réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique, prestations allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, l'autorité inférieure a admis d'indemniser, sur les 24'536.00 francs demandés, 15'553.82 francs, de sorte que 8'680.58 francs sont litigieux, étant à préciser que le refus d'indemniser la recourante de 280 francs (hors TVA) de frais de transport comptabilisés à tort pour une séance téléphonique n'est pas contesté. Les autres coûts ont été admis. 3.3 Juridiquement, la recourante fait grief à l'autorité inférieure d'avoir constaté les faits de manière inexacte (consid. 4) et de n'avoir pas motivé à suffisance la décision attaquée, violant ainsi son droit d'être entendue (consid. 5). Au fond, la recourante reproche à l'autorité inférieure d'avoir mal appliqué le droit fédéral concernant l'imputabilité des coûts liés à des mesures d'assainissement (consid. 6-8) et d'avoir procédé à un revirement de jurisprudence injustifié (consid. 9).
4. La recourante se plaint d'une constatation inexacte des faits sur plusieurs points. 4.1 La recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir indiqué, à tort, qu'elle n'avait pas demandé le détail des paramètres utilisés pour calculer l'indemnité forfaitaire qui lui a été proposée par courrier du 11 novembre 2019. Pourtant, à la lecture de la décision attaquée, force est de constater que l'autorité n'a pas, à tout le moins pas expressément, nié cette demande mais a indiqué que « la requérante n'a pas accepté l'offre dans le délai ». On comprend toutefois, à la lecture de son mémoire de recours, que la recourante reproche en réalité à l'autorité inférieure d'avoir considéré que sa réponse du 16 janvier 2020 valait refus de l'offre forfaitaire et entraînait ainsi la suspension de la procédure. En l'espèce, l'ENV a indiqué à la recourante, par courrier du 11 novembre 2019, qu'il avait été informé par l'OFEV des conséquences de l'ATF 145 II 140, rendu dans l'intervalle, sur la procédure d'assainissement en cours. L'ENV rapportait qu'en vertu de cette jurisprudence, les droits d'eau perpétuels ou immémoriaux, tels celui de la recourante, s'éteignent au plus tard après une période de 80 ans. Concrètement, l'exploitation hydraulique de la recourante « devait être soumise au droit actuel sans aucunement dédommagement ». L'OFEV invitait ainsi l'ENV à lancer une procédure d'octroi de concession. Le courrier précisait que « jusqu'à l'éventuel octroi de la concession, la procédure en lien avec l'assainissement de la dévalaison du poisson serait gelée ». Le courrier indiquait toutefois que les autorités cantonales et fédérales, dans le cadre d'une « démarche à l'amiable », s'étaient mises d'accord pour que l'OFEV soumette à la recourante « une ultime proposition d'indemnisation forfaitaire visant à assainir la dévalaison du poisson », soit un dédommagement forfaitaire de 250'000 francs (dont 50'000 francs pour les coûts de déconstruction) contre l'engagement de la recourante à renoncer définitivement à son exploitation, ce qui aurait alors clos la procédure d'assainissement. Un délai était imparti à la recourante pour accepter ladite proposition. En annexe figurait le courrier que l'OFEV avait adressé le 29 août 2019 à l'ENV et dans lequel on peut lire que « la procédure et les discussions actuelles en rapport avec la dévalaison du poisson ainsi que l'ampleur du dédommagement de l'exploitant selon l'art. 34 LEne sont, par conséquent, suspendues jusqu'à la fin de la procédure d'octroi de la concession ». Après avoir obtenu une prolongation de délai, la recourante a répondu par courrier du 16 janvier 2020. Elle y indique, en substance, que la proposition est très insuffisante et ne respecte pas les principes de l'ordre juridique suisse dès lors que son cas relève de l'expropriation et que l'indemnité doit se calculer en conséquence. Elle demande également à ce que lui soient communiqués les paramètres précis du calcul de ce qu'elle nomme « l'indemnité d'expropriation ». L'autorité inférieure a estimé que la recourante n'avait pas accepté l'offre dans le délai imparti et que la procédure d'assainissement en cours était alors gelée. En ces circonstances, on ne saurait faire grief à l'autorité d'avoir interprété la réponse de la recourante comme un refus de ce qui était expressément présenté comme une « ultime offre forfaitaire », bien que la recourante concluait son courrier en demandant à en connaître les paramètres de calcul. En effet, la recourante répondait avoir droit à « une indemnité d'expropriation », soit une indemnité pleine et entière, alors que l'autorité estimait, sur la base de la jurisprudence fédérale précitée, que la recourante n'avait droit à aucun dédommagement et que l'offre soumise consistait déjà en une faveur qui lui était consentie pour régler rapidement l'affaire. L'indication du caractère forfaitaire de l'offre, l'invocation de la jurisprudence fédérale et de ses implications pour le cas d'espèce marquaient que l'autorité n'entendait pas entrer en négociation. La conséquence de la non acceptation de l'offre dans le délai imparti était que la procédure d'assainissement était « gelée jusqu'à l'éventuel octroi de la concession », ainsi que cela ressort clairement du courrier précité du 11 novembre 2019. La question de savoir si l'autorité a correctement appliqué la jurisprudence fédérale et pouvait ainsi geler la procédure d'assainissement en cours jusqu'à l'éventuel octroi d'une concession n'est pas l'objet de la présente procédure, qui porte exclusivement sur l'indemnisation des coûts liés à des mesures d'assainissement. L'autorité était compétente pour suspendre la procédure et si la recourante estimait ou estime que cette manière de faire n'est pas conforme au droit, il lui appartenait - cas échéant il lui appartiendra - de faire recours sur ce point conformément aux règles procédurales idoines. On observera que même s'il fallait retenir que l'autorité ne pouvait pas valablement considérer que son offre de dédommagement forfaitaire avait été refusée sans avoir préalablement transmis à la recourante les paramètres de calcul demandés et sans lui avoir imparti un nouveau délai pour se positionner, la situation ne serait pas différente pour le présent litige. En effet, dans cette hypothèse, la recourante savait qu'elle avait deux options ; soit elle acceptait l'offre forfaitaire - ce qui eût entraîné la clôture de la procédure d'assainissement -, soit elle la refusait et dite procédure était suspendue. Ainsi, la recourante devait savoir qu'à partir du 11 novembre 2019, d'éventuels coûts qu'elle engagerait pour l'analyse d'autres mesures d'assainissement sortaient du cadre procédural tracé par l'autorité et ne pourraient ainsi donner lieu à indemnisation. Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure a correctement établi le fait litigieux - la non-admission dans le délai imparti de l'offre forfaitaire du 11 novembre 2019 - et qu'en outre, même si tel n'eût pas été le cas, cela n'eût pas prêté à conséquence pour le présent litige. 4.2 La recourante fait également grief à l'autorité inférieure d'avoir nié l'engagement tenu par l'un de ses collaborateurs lors de la séance du 6 mars 2019 et selon lequel l'entier des frais d'avocat serait pris en charge. Ni les différentes versions du procès-verbal de cette séance figurant au dossier, où les remarques de la recourante sont surlignées en vert, ni, surtout, le courriel de la recourante du 17 avril 2019 dans lequel son mandataire fait valoir une série de corrections à apporter au procès-verbal litigieux, ne mentionnent qu'un collaborateur de l'OFEV aurait tenu un tel propos. Or, on peine à concevoir que si cette phrase ait été véritablement tenue, la recourante ne l'ait pas même mentionné dans son courrier du 17 avril 2019 qui visait précisément à faire corriger le procès-verbal de la séance du 6 mars 2019, et ce d'autant plus qu'elle demandait d'autres adaptations en lien avec la question de l'imputabilité des frais d'avocat. Il en résulte que l'allégation de la recourante n'apparaît pas crédible. Ainsi, c'est à juste titre que l'autorité n'a pas tenu le fait en question pour établi. 4.3 La recourante reproche enfin à l'autorité inférieure d'avoir retenu que, lors de la séance du 6 mars 2019 toujours, la recourante aurait affirmé « que les principes sont clairs et qu'un avocat n'était en effet pas nécessaire pour cette séance ». Or, la recourante a expressément contesté avoir tenu ce propos lorsque le procès-verbal lui a été soumis, en particulier dans son courrier du 17 avril 2019. En l'espèce, la recourante reproche expressément à l'autorité inférieure de « prendre pour fait établi un fait en réalité totalement contesté ». Or, dans la mesure où il appartient à l'autorité d'établir l'état de fait, on ne saurait lui reprocher d'avoir admis un fait pour le seul motif qu'il est contesté par une partie. En outre, il paraît logique que l'OFEV, qui était présente à cette séance et qui a charge d'établir l'état de fait pour rendre sa décision, adopte finalement sa propre version. Nous ne sommes pas ici dans la situation où l'autorité inférieure aurait aveuglément fait foi en des allégations rapportées par un tiers qui seraient contestées par la recourante, donnant sans motifs raison au premier au détriment de la seconde, sans instruction ni véritable arbitrage. Tout au plus pourrait-on reprocher à l'autorité inférieure de n'avoir pas expressément indiqué, dans sa décision, que la phrase litigieuse consignée dans le procès-verbal était contestée. Quoiqu'il en soit, l'autorité inférieure n'a pas fondé sa décision attaquée sur ledit procès-verbal ni la phrase litigieuse, mais bien sur les dispositions applicables en vertu desquelles elle a estimé que les frais d'intervention d'un avocat n'étaient pas nécessaires et, par conséquent, pas remboursables. C'est uniquement en réponse à l'allégation tenue par la recourante dans le cadre de l'exercice de son droit d'être entendue selon laquelle un collaborateur de l'OFEV aurait assuré, lors de la séance du 6 mars 2019, que les frais d'avocat seraient pris en charge - allégation non crédible ainsi qu'on l'a vu ci-avant (consid. 4.2) - que l'autorité inférieure a indiqué que non seulement un tel engagement ne figurait pas au procès-verbal, mais qu'en plus ce dernier faisait, au contraire, état de ce que la présence d'un avocat n'était pas nécessaire. Ainsi, la décision de l'autorité de ne pas indemniser les frais d'avocat de la recourante ne se fonde pas sur le fait contesté par cette dernière - à savoir que la recourante aurait reconnu elle-même que l'intervention d'un avocat n'était pas nécessaire - de sorte qu'une constatation inexacte dudit fait ne saurait en tout état de cause porter à conséquence.
5. La recourante invoque également une violation de son droit d'être entendue. Si elle ne conteste pas avoir eu l'occasion de se déterminer avant que la décision ne soit rendue, elle se plaint en revanche de ce que la décision attaquée n'examine pas, ou trop brièvement, certains de ses allégués. Plus généralement, elle serait insuffisamment motivée. 5.1 Le droit d'être entendu est inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale (Cst., RS 101). Le droit d'obtenir une décision motivée, émanation du droit d'être entendue, est expressément consacré, en procédure administrative fédérale, par l'art. 35 al. 1 PA. Selon la jurisprudence, si le juge a certes l'obligation de mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, il n'est en revanche pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties ; il peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2; 136 V 351 consid. 4.2; 134 I 83 consid. 4.1; 133 III 439 consid. 3.3; 130 II 530 consid. 4.3). 5.2 Dans sa décision attaquée, l'autorité a rapporté la substance des arguments de la recourante et y a répondu de manière claire. Les raisons pour lesquelles l'autorité a rejeté lesdits arguments et arrêté la décision du 5 mai 2022 sont pleinement intelligibles et ont permis à la recourante de contester adéquatement cette dernière. Autre est la question de savoir si cette motivation est convaincante. Ainsi, la motivation de la décision attaquée satisfait aux exigences posées par la jurisprudence. En outre, les reproches faits à l'autorité inférieure de n'avoir pas pris position sur certaines allégations que la recourante avait notamment formulées à l'occasion de l'exercice de son droit d'être entendue, soit dans son courrier du 14 octobre 2021, ne sont pas pertinents. 5.2.1 En effet, la recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir passé sous silence, dans la décision attaquée, qu'un de ses collaborateurs avait lui-même admis lors de la séance du 6 mars 2019 que « Ie cas de Moulin-Grillon [était] particulièrement complexe». La recourante est d'avis que cette complexité justifiait l'intervention d'un avocat, de sorte qu'il s'agit là d'un fait important. Ainsi qu'on le verra en détail au fond ci-après dans le considérant correspondant auquel il est renvoyé (consid. 8.7), l'éventuelle complexité de l'affaire ne saurait, à elle seule, justifier l'indemnisation des frais d'intervention d'un conseil juridique. En outre, à la lecture du procès-verbal de ladite séance, rien n'indique que le collaborateur de l'OFEV faisait référence à une complexité d'ordre juridique. En ces circonstances, l'autorité inférieure n'avait pas nécessairement à prendre expressément position sur la phrase extraite dudit PV dont se prévaut la recourante, dite déclaration n'étant d'emblée pas déterminante pour le sort de la présente cause. Plus généralement, c'est à la recourante qu'il appartenait de démontrer en quoi l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire, ce qu'elle n'a pas fait à suffisance (consid. 8 ss). 5.2.2 La recourante fait également valoir que la décision attaquée ne mentionne pas que I'OFEV et l'ENV se sont engagés à supporter les frais de la procédure relative à l'étude sommaire portant sur l'analyse de variantes d'assainissement, ni ne s'attarde sur le fait que l'ENV lui-même s'était engagé à ce que les coûts soient pris en charge. En premier lieu, il faut observer que la recourante a été indemnisée totalement des frais de l'étude en question réalisée par la société Aquarius le 30 avril 2018, ce qu'elle ne conteste au demeurant pas. Ainsi, ce point n'est pas litigieux et n'a pas à figurer dans la décision. Sous réserve du prétendu engagement, lors de la séance du 6 mars 2019, d'un collaborateur de l'OFEV à assumer les frais d'avocat et sur lequel l'autorité s'est expressément prononcée, ainsi qu'on l'a vu ci-avant (consid. 4.2), la recourante ne fait valoir aucun élément probant qui indiquerait que l'autorité se soit engagée à assumer d'autres frais d'une manière plus généreuse que ne le prévoient les dispositions légales applicables. La question de savoir si d'autres frais que ceux de ladite étude, notamment ceux d'avocats, devraient être indemnisés à teneur des dispositions applicables parce qu'ils seraient nécessaires ou corrélatifs à cette étude, concerne le fond et a été traitée à suffisance par l'autorité inférieure dont le raisonnement motivé est pleinement compréhensible et au demeurant convaincant, ainsi qu'on le verra ci-après dans la partie correspondante (consid. 8 ss). Par conséquent, le grief pris de la violation du droit d'être entendu est également mal fondé sur ce point. 5.2.3 La recourante reproche également à l'autorité de ne pas avoir expliqué en quoi il est plus pertinent de retenir que la procédure d'assainissement a été gelée par Ie courrier du 11 novembre 2019 plutôt que par celui du 8 octobre 2020. On ne saurait suivre la recourante. Dès lors que l'autorité inférieure considérait que le courrier du 11 novembre 2019 gelait la procédure d'assainissement, on ne voit pas pourquoi elle aurait dû encore se prononcer sur le courrier du 8 octobre 2020. Si la procédure était déjà gelée par le premier de ces courriers, il était inutile d'examiner si le second ne pouvait pas également être compris comme valant suspension de la procédure, laquelle l'était précisément déjà. En outre, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir considéré que le courrier du 11 novembre 2019 suspendait la procédure, ainsi qu'il l'a été expliqué ci-avant (consid. 4.1). Il résulte de ce qui précède que la portée du courrier du 8 octobre 2020 était indifférente pour le sort du présent litige, de sorte qu'on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure ne de pas l'avoir examiné dans la motivation de sa décision. 5.2.4 Enfin, la recourante se plaint de ce que l'autorité n'a pas expliqué pourquoi ni comment un justiciable pourrait se passer des services d'un conseil juridique dans une situation aussi compliquée, ni en quoi il se justifierait de prendre en charge les frais environnementaux et de fiduciaire, mais non les frais d'ingénierie et d'avocat. En affirmant que l'autorité n'a pas expliqué pourquoi ni comment un justiciable pourrait se passer des services d'un conseil juridique dans une situation aussi compliquée, la recourante inverse les rôles. En effet, c'est à elle qu'il appartenait de démontrer en quoi la complexité dont elle se prévaut était d'ordre juridique et, surtout, en quoi l'intervention d'un avocat était nécessaire, ce qu'elle n'a pas fait à suffisance ainsi qu'on le verra ci-après au fond (consid. 6.10 et 8.7). En outre, le fait que l'autorité ait admis de prendre en charge les frais environnementaux et de fiduciaire n'est pas pertinent pour résoudre les questions présentement litigieuses. On ne voit en effet pas selon quelle logique l'autorité devrait apporter une même solution d'indemnisation à des frais qui sont de nature différente et qui commandent une analyse individuelle et spécifique. Ainsi, le fait que l'autorité ait pris en charge les frais environnementaux et fiduciaires ne dispensait aucunement la recourante de démontrer en quoi les frais juridique et d'ingénierie étaient nécessaires, étant au demeurant précisé que les frais d'ingénierie ont été admis dans leur principe, mais restreints dans leur étendue. Secondement, si l'autorité avait admis à tort d'indemniser les frais environnementaux et fiduciaires, cela ne la contraindrait pas à répéter son erreur d'appréciation sur d'autres frais, de sorte que la recourante ne serait pas dispensée de démontrer la nécessité des frais juridiques et d'ingénierie. Pour le reste, l'analyse de l'autorité inférieure sur l'imputabilité des frais d'avocat et d'ingénierie est pleinement compréhensible et, au demeurant, convaincante, ainsi qu'il le sera expliqué au fond dans la partie correspondante (consid. 8 ss). Par conséquent, la décision attaquée ne souffre, là encore, d'aucun défaut de motivation. 6. Au fond, la recourante fait grief à l'autorité inférieure de n'avoir pas appliqué correctement le droit fédéral s'agissant de l'imputabilité des coûts. Sur la base de ce dernier, elle estime qu'elle a droit à être indemnisée de l'entier des frais qu'elle a engagé dans le cadre de la procédure d'assainissement visant à assurer la migration du poisson, y compris les frais d'avocat et d'ingénierie. 6.1 L'art. 34 de la loi fédérale sur l'énergie (LEne, RS 730.0) dispose que « Le coût total des mesures prises en vertu de l'art. 83a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux ou de l'art. 10 de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche [LFSP, RS 923.0] doit être remboursé au détenteur d'une installation hydroélectrique ». L'art. 10 LFSP prévoit qu'en ce qui concerne les installations existantes, les cantons imposent des mesures au sens de l'art. 9 al. 1 ; ces mesures doivent toutefois être économiquement supportables. A teneur de l'art. 9 al. 1 let b LFSP, les autorités compétentes pour accorder les autorisations relevant du droit de la pêche doivent, compte tenu des conditions naturelles et, le cas échéant, d'autres intérêts, imposer toutes les mesures propres à assurer la libre migration du poisson. 6.2 Selon l'art. 32 de l'ordonnance sur l'énergie (OEne, RS 730.01), après réalisation des mesures, le détenteur d'une installation hydroélectrique remet à l'autorité cantonale compétente une liste de l'ensemble des coûts effectifs imputables (al.1). Les coûts imputables sont régis par l'annexe 3 ch. 3 (al. 2). L'autorité cantonale compétente évalue la liste des coûts effectifs quant à l'imputabilité des coûts faisant l'objet de la demande d'indemnisation et la transmet, assortie de son avis, à l'OFEV (al. 4). L'OFEV examine la liste des coûts, coordonne son évaluation avec l'autorité cantonale et émet une décision concernant l'indemnisation (al. 5). Le chiffre 3 de l'annexe 3 de l'OEne prévoit que ne sont imputables que les coûts effectifs et directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP. Ils comprennent notamment les coûts pour la planification et la construction d'installations pilotes (let. a), pour l'achat de terrains (let. b) et pour la planification et l'exécution des mesures, en particulier la construction des installations requises (let. c). 6.3 Afin de préciser certaines notions juridiques indéterminées provenant des dispositions précitées et de contribuer ainsi à une application uniforme de la législation, l'OFEV a édicté, en 2016, une publication accessible en ligne intitulée « Assainissement écologique des centrales hydrauliques existantes : Financement des mesures requises. Un module de l'aide à l'exécution "Renaturation des eaux " ». Cette publication est assimilable à une ordonnance interprétative et les indications qui y sont contenues ne sont pas constitutives de règles de droit. Toutefois, si le juge n'est pas lié par ces dernières, il doit néanmoins en tenir compte dans la mesure où elles permettent une application correcte et adaptée des dispositions légales au cas d'espèce (ATF 142 II 182 consid. 2.3.3). Concernant l'indemnisation des frais juridiques, ladite publication précise que « sont imputables uniquement les coûts directs liés à la construction [...] tels les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux ». 6.4 La recourante fait valoir que la teneur de l'art. 34 LEne, qui prévoit que « le coût total » des mesures doit être remboursé, est claire et que les exploitants des installations hydroélectriques ne doivent ainsi supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées selon la loi. Or, les frais d'avocat et d'ingénierie qu'elle a engagés s'inscrivent dans la procédure d'assainissement ordonnée par l'autorité sur la base de la LFSP afin de garantir la migration du poisson. En outre, dans la mesure où l'art. 34 LEne ne contient aucune norme de délégation, le Conseil fédéral n'était habilité qu'à édicter une ordonnance d'exécution. Ainsi, les termes de « coûts imputables » consacrés par le chiffre 3 de l'annexe 3 OEne devraient être interprétés largement, faute de contredire le texte légal. L'autorité inférieure est, elle, d'avis que l'expression de « coût total » visée à l'art. 34 LEne se réfère au tarif et non pas au type de coût. 6.5 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique ; cf. ATF 135 II 416 consid. 2.2, ATF 134 I 184 consid. 5.1). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme. Il ne s'écarte de la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (cf. ATF 145 IV 17 consid. 1.2, ATF 144 V 313 consid. 6.1, ATF 143 II 202 consid. 8.5 ; arrêt du TAF A- 5592/2019 du 23 novembre 2021 consid. 5.2.2.1). 6.6 Concernant l'interprétation littérale, les termes de « coût total » employés par l'art. 34 LEne (« vollständigen Kosten » en allemand et « i costi globali » en italien) ne permettent pas de trancher entre les thèses que s'opposent la recourante et l'autorité inférieure. Il en va de même de l'interprétation systématique. En effet, l'art. 34 LEne, intitulé « Indemnisation au sens des législations sur la protection des eaux et sur la pêche » figure dans le chapitre 6 « mesures de soutien particulières », ce qui n'apporte pas d'éléments de réponse quant à la question litigieuse. 6.7 L'interprétation historique est la plus concluante. L'art. 34 LEne, adopté le 30 septembre 2016, a la même teneur que l'ancien art. 15a bis aLEne auquel il succède. Les travaux préparatoires relatifs à cette seconde disposition font clairement ressortir que la formulation retenue, en particulier l'expression « la totalité des coûts des mesures », visait à trancher la question ayant divisé les parlementaires de savoir si le 100% ou seulement le 80% du coût des mesures d'assainissement devait être indemnisé. Il s'agissait de savoir comment coordonner les impératifs liés à l'assainissement de la force hydraulique, dont les mesures peuvent engendrer des coûts relativement importants, avec les droits acquis des exploitants de centrales hydrauliques préexistantes. La proposition initiale de la majorité de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats prévoyait l'allocation d'une contribution à hauteur de 80% du coût des mesures, couverture qui pouvait augmenter si l'exploitant prouvait qu'il n'était pas économiquement en mesure de supporter les 20% restant. La minorité était favorable à une indemnisation totale, soit à hauteur de 100% (Rapport de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats du 12 août 2008, FF 2008 7307, 7333). Le Conseil fédéral était de l'avis de la minorité (avis du Conseil fédéral du 19 septembre 2008, FF 2008 7343, 7346ss). Finalement, c'est l'avis de la minorité qui l'a emporté et il a été décidé que non pas le 80% mais bien le 100 % du coût des mesures en cause donnerait lieu à indemnisation, d'où la formulation retenue de « la totalité des coûts ». Ainsi, lorsque des coûts sont admis, l'exploitant à le droit d'être couvert pour leur totalité et non pas seulement, comme le souhaitait une partie du parlement, partiellement. En revanche, cette disposition ne fixe pas de critères qui permettraient de déterminer précisément entre les coûts admissibles pouvant concrètement donner lieu à indemnisation de ceux qui, jugés économiquement injustifiés, ne le pourraient pas. En particulier, l'interprétation historique ne permet de déduire de la formulation retenue aucune volonté du législateur d'être généreux ou permissif quant à l'appréciation des coûts admissibles. Ainsi, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme qu'à teneur de l'art. 34 LEne, l'exploitant ne doit « supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées en vertu de cette disposition ». En outre, il y a un intérêt public manifeste à une administration économe et proportionnée des deniers publics, de sorte qu'il n'est pas concevable que le législateur ait voulu indemniser les exploitants de n'importe quel coût, simplement parce qu'ils se trouveraient dans un rapport de connexité avec les mesures d'assainissement ordonnées. 6.8 Dans une perspective téléologique, l'art. 34 LEne vise à garantir les droits acquis des exploitants de centrales hydrauliques. Selon la jurisprudence, la garantie conférée par les droits acquis n'est pas absolue mais peut faire l'objet de restrictions qui ne donnent pas lieu à indemnité tant qu'elles ne portent pas atteinte à la substance du droit (ATF 139 II 36). C'est d'ailleurs sur la base de ce constat que la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats proposait l'allocation d'une contribution restreinte, à hauteur de 80% du coût des mesures, tout en réservant le cas où l'exploitant n'était pas économiquement en capacité de supporter les 20% restant, de sorte que la substance de son droit acquis était véritablement menacée par les coûts engendrés par les mesures d'assainissement requises, ce qui justifiait alors une indemnisation supérieure (consid. 6.7). Par conséquent, on ne saurait retenir que la finalité de l'art. 34 LEne impose que l'expression de « coût total » soit, d'une manière générale, interprétée généreusement, de sorte à ce que l'exploitant ne doive « supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées en vertu de cette disposition ». En outre, la caractéristique du droit acquis est sa faculté de résister à une nouvelle loi (« Gesetzesbeständikeit »). Dans cette optique, seuls les coûts qui sont dus au changement de loi peuvent donner lieu à indemnisation, et non pas ceux qui relèvent des choix de commodité ou de convenance du détenteur de l'exploitation hydraulique. Ainsi, seuls les coûts véritablement nécessaires à la réalisation des mesures imposées par la loi rentrent de la sphère de protection des droits acquis. La finalité de l'art. 34 LEne n'impose en revanche aucunement que l'appréciation du caractère « nécessaire » des coûts engagés soit permissive ou généreuse. 6.9 Ainsi, il ressort de l'interprétation de l'art. 34 LEne que l'expression de « coût total » concerne le tarif des coûts indemnisables - le 100%, et non pas seulement une proportion de ceux-ci, doit être couvert. En revanche, seuls les coûts nécessaires à l'exécution des mesures d'assainissement peuvent donner lieu à indemnisation. En effet, avec l'expression litigieuse, le législateur n'a pas voulu que n'importe quel coût se trouvant dans un rapport de connexité avec les mesures d'assainissement en cause, y compris ceux qui ne seraient pas justifiés économiquement, puissent donner lieu à indemnisation. En outre, l'intérêt public à une administration économe et proportionnée des deniers publics commande cette interprétation. Aussi, en édictant l'annexe 3 chiffre 3 de l'OEne, et en disposant que « ne sont imputables que les coûts effectifs et directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP », le Conseil fédéral a respecté la volonté du législateur et a simplement précisé la portée de l'art. 34 LEne. Ainsi, une clause de délégation expresse dans la législation n'était pas nécessaire. Concernant les frais juridiques, il résulte de ce qui précède qu'ils sont imputables lorsqu'ils sont directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures d'assainissement. Par exemple, lorsque la réalisation d'une mesure d'assainissement nécessite l'acquisition d'un terrain, les frais d'instrumentation de l'acte de vente apparaissent nécessaires. Dans certains cas, on peut imaginer qu'un avis de droit soit nécessaire pour déterminer si une mesure d'assainissement envisagée est juridiquement réalisable, par exemple parce qu'elle nécessite une intrusion profonde dans le sol qui interroge sur les limites de la propriété foncière. La nécessité des frais d'intervention juridique doit être examinée de cas en cas et pour chaque acte. D'une manière générale, les frais d'assistance et de conseil juridique ne sont pas imputables. Aussi, lorsque l'exploitant a des doutes sur le comportement de l'autorité en procédure ou concernant certaines décisions rendues dans ce cadre, les frais d'avocat engagés pour en contrôler la légalité ne sont pas indemnisables sur la base de l'art. 34 LEne. Cela est particulièrement évident lorsque les actes de l'autorité sont en réalité conformes au droit. Dans le cas contraire, l'exploitant peut interjeter recours, cas échéant après avoir obtenu une décision et, en tant qu'il obtient gain de cause, se faire indemniser selon les règles procédurales idoines, mais non pas sur la base de l'art. 34 LEne. Il s'ensuit que la règle directrice posée par l'OFEV dans sa publication selon laquelle seuls «les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux » sont imputables - règle qui n'a pas une portée juridique directement contraignante et ne dispense pas d'un examen individuel pour chaque cas - est conforme aux dispositions juridiques applicables et peut servir de référence. 6.10 Enfin, on observera qu'il appartient à l'exploitant qui requiert l'allocation d'une indemnité de démontrer concrètement en quoi les coûts dont il se prévaut sont directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP.
7. La portée des dispositions applicables ayant été précisée (consid. 6), il convient maintenant d'en faire application dans le cas d'espèce et d'examiner concrètement si les coûts litigieux dont se prévaut la recourante étaient directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures d'assainissement, respectivement si c'est à tort que l'autorité inférieure a refusé de les indemniser. Cela concerne les frais d'avocat (consid. 8) ainsi que les prestations d'ingénierie réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique (consid. 9).
8. Dans ses observations finales du 3 octobre 2022, la recourante explique notamment que l'implication d'un conseil juridique était nécessaire en ce qui concerne l'examen des (projets de) convention entre elle et les autorités (consid. 8.1), les travaux inhérents aux demandes de remboursement elles-mêmes (consid. 8.2), le suivi des modifications légales et de leurs implications éventuelles sur les procédures en cours (consid. 8.3), les questions du dédommagement en lien avec l'expropriation du droit d'eau immémorial (consid. 8.4) ainsi que les questions du débit résiduel et celles liées aux variantes juridiquement possibles dans le cadre de la décision d'assainissement (consid. 8.5). Elle fait également valoir que le comportement de l'autorité justifiait une méfiance qui nécessitait la présence d'un avocat (consid. 8.6). Plus généralement, la complexité de l'affaire justifierait l'intervention de ce dernier (consid. 8.7). 8.1 Concernant l'invocation de « l'examen des (projets de) convention », la recourante ne précise pas de quoi il s'agit concrètement, ni dans son recours du 20 juin 2022 ni dans ses observations finales du 3 octobre 2022. Il ressort de l'état de fait de la décision attaquée qu'une convention tripartite a été signée en septembre 2018 (consid. 8.1.1) et qu'une offre forfaitaire qui, en cas d'acceptation, aurait fait l'objet d'une convention, a été soumise à la recourante le 11 novembre 2019 (consid. 8.1.2). 8.1.1 Le 6 septembre 2018, la recourante, l'OFEV et l'ENV ont signé une convention qui se résume à un triple engagement, celui de l'ENV à assumer la construction d'une des mesures d'assainissement retenues, à savoir un ruisseau de contournement, celui de la recourante à céder la maîtrise de l'ouvrage ainsi que ses droits concernant le remboursement de coûts par l'OFEV, et celui de l'OFEV à rembourser intégralement en mains de l'ENV les coûts ainsi engagés. Les frais d'avocat engagés pour l'analyse de cette convention ne peuvent donner lieu à indemnisation sur la base de l'art. 34 LEne et de ses dispositions d'application. En effet, l'intervention de l'avocat relève du conseil, lequel n'est en principe pas indemnisable (consid. 6.9). En outre, la convention, au demeurant particulièrement sommaire, ne présente aucune complexité particulière au niveau juridique. Par ailleurs, elle est le fait de l'autorité. Enfin, il serait choquant que la recourante puisse être indemnisée desdits frais. En effet, la réalisation des mesures d'assainissement est en principe de la responsabilité du détenteur de l'exploitation, qui peut se faire ensuite indemniser des coûts imputables (consid. 6.1). Exceptionnellement et en faveur de la recourante, le canton du Jura a assumé la construction du ruisseau de contournement qui incombait par principe à la recourante. Celle-ci a ainsi été considérablement déchargée ; elle affirme d'ailleurs dans son mail du 30 juillet 2018 que « l'accord à trouver avec le propriétaire foncier et l'assurance à conclure en lien avec la construction sont de la seule responsabilité de l'ENV ». La formalisation de la convention, fait de l'autorité, ne visait en soi qu'à protéger les intérêts du canton du Jura sans mettre en jeu ceux de la recourante. Concrètement et dès lors qu'à teneur de la loi, les coûts sont remboursables au détenteur de l'exploitation, auquel il revient en principe de réaliser les mesures d'assainissement requises, l'ENV voulait avoir l'assurance qu'en effectuant elle-même ces dernières, elle puisse se faire indemniser, par l'OFEV, des coûts imputables ainsi engagés. En d'autres termes, la convention visait simplement à assurer que l'ENV ne se retrouve pas dans la difficulté pour obtenir l'indemnisation des coûts engendrés pour le travail qu'elle assumait en lieu et place de la recourante et qui n'exigeait rien d'autre de la part de cette dernière qu'un engagement formel à céder ses droits au remboursement, en plus de la maîtrise de l'ouvrage. 8.1.2 Par courrier du 11 novembre 2019, l'ENV a rapporté à la recourante la position de l'OFEV selon laquelle il résultait de l'ATF 145 II 140, rendu dans l'intervalle, que la procédure d'assainissement devait être gelée jusqu'à l'issue de la procédure d'octroi de concession qui devait être immédiatement engagée, tout en proposant une alternative consistant en l'engagement de la recourante à renoncer définitivement à son exploitation contre une somme forfaitaire de 250'000 francs (consid. 4.1). Les frais d'intervention du conseil juridique liés à cette proposition ne sont pas indemnisables. Certes, l'abandon d'exploitation est considéré comme un type de mesure d'assainissement. Toutefois, l'intervention du conseil juridique ne visait pas, en soi, à permettre sa réalisation, ni à savoir si elle était juridiquement réalisable. En effet, il suffisait à la recourante d'accepter l'offre qui lui était proposée pour que celle-ci devienne juridiquement contraignante. L'aide sollicitée par la recourante relevait au contraire du conseil. Plus précisément, elle voulait soumettre à son conseil attitré la légalité de la proposition que lui faisait l'autorité inférieure. Or, ainsi qu'il l'a été rappelé plus haut, l'art. 34 LEne ne vise pas à financer ce type de conseil juridique (consid. 6.9). D'ailleurs, en l'espèce, soit - première hypothèse - la recourante, après consultation de son mandataire, partageait la compréhension que l'autorité inférieure avait de l'arrêt 145 II 140 et acceptait sa proposition alors jugée généreuse. Soit - seconde hypothèse - la recourante estime que la manière de procéder de l'autorité inférieure qui consiste, sous réserve de l'acceptation d'une offre qu'elle juge insuffisante, à geler la procédure d'assainissement jusqu'à l'octroi de la concession, est contraire au droit. Dans ce cas, il lui appartient de recourir contre cette manière de faire selon les règles topiques, au besoin après avoir obtenu une décision. Si la recourante obtient gain de cause, elle pourra alors se faire indemniser de ses frais d'avocat selon les règles procédurales idoines. 8.2 Concernant le travail inhérent aux demandes de remboursement, on ne voit guère en quoi le recours à un conseil juridique était nécessaire, et la recourante ne le démontre pas davantage. La recourante avait simplement à présenter à l'autorité les coûts nécessaires assortis des moyens de preuve correspondants. Si elle n'est pas d'accord avec l'appréciation de l'autorité inférieure quant au caractère nécessaire de certains coûts, elle est certes libre de se pourvoir d'un avocat et, cas échéant, d'interjeter recours. Toutefois et ainsi qu'il l'a déjà été expliqué plusieurs fois ci-avant, ce sont les règles procédurales idoines qui règleront l'éventuel droit à une indemnité de dépens, laquelle sera traitée, pour la présente procédure, ci-après dans la partie correspondante (consid. 12). 8.3 La recourante fait encore valoir qu'un conseil juridique était nécessaire pour le suivi des modifications légales et de leurs implications éventuelles sur les procédures en cours. Premièrement, on observera que la recourante ne précise pas quelles dispositions auraient subi des modifications pour la période couverte par la demande de remboursement litigieuse. A cet égard, les art. 34 LEne, 10 LFSP et 32 OEne n'ont pas été modifiés durant cette période. En outre, même si tel avait été le cas, on voit mal que l'autorité inférieure, dont la tâche consiste à faire appliquer le droit, n'ait pas spontanément communiqué à la recourante ce que cela impliquait pour elle, au besoin par le rendu d'une décision. Enfin et plus généralement, il va de soi que l'on ne saurait admettre que l'intervention d'un conseil juridique est nécessaire simplement pour s'assurer que les dispositions topiques ne subissent pas de changement dans le temps. 8.4 La recourante fait également valoir que l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire en ce qui concerne les questions du dédommagement en lien avec « l'expropriation » du droit d'eau immémorial. La recourante ne saurait être suivie. L'éventuelle expropriation de ses droits n'est ni l'objet de la présente procédure, qui porte sur l'indemnisation du coût des mesures d'assainissement ordonnées sur la base du droit de l'environnement, ni celui de la procédure d'assainissement ayant engendré lesdits coûts. Par ailleurs, si la recourante estime que la manière de procéder de l'autorité inférieure n'est pas admissible et est, matériellement, constitutive d'une expropriation, il lui appartient de faire recours sur ce point, lequel est extrinsèque au présent litige. Concernant la détermination de l'indemnisation de la mesure d'assainissement consistant en l'abandon de l'exploitation, variante que discutaient les parties avant la jurisprudence fédérale précitée (consid. 4.1), on ne voit pas en quoi la présence d'un conseil juridique était nécessaire et la recourante ne l'explique pas davantage. La recourante, en sa qualité d'exploitante de l'installation hydroélectrique concernée, doit disposer des connaissances et compétences suffisantes pour pouvoir se prononcer sur cette question. Si la recourante voulait bénéficier d'un avis tiers, en particulier celui de son conseil juridique, elle était libre de le faire, mais on ne saurait considérer les frais ainsi engagés comme nécessaires. Pour le surplus, il peut être renvoyé à ce qui a été dit concernant la proposition de l'autorité inférieure d'indemniser forfaitairement la recourante contre son engagement à abandonner son exploitation hydroélectrique (consid. 8.1.2). 8.5 La recourante fait également valoir que l'intervention d'un avocat était nécessaire en lien avec la question du débit résiduel et les questions et variantes juridiquement possibles dans le cadre de la décision d'assainissement. Concernant la question du débit résiduel, on observera qu'une décision a été rendue à ce sujet le 24 novembre 2017 et que l'OFEV a formulé une opposition en date 22 janvier 2018, que la recourante estime non valable, de sorte qu'une procédure est en cours à ce sujet. Concernant ce qui serait « juridiquement possible » dans le cadre des différentes variantes, la recourante ne précise nullement de quoi il s'agit, de sorte que l'on ne voit pas en quoi l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire. 8.6 La recourante tente également de justifier la nécessité de l'intervention d'un avocat en invoquant la manière dont l'autorité inférieure s'est comportée et de la méfiance ainsi suscitée. Concrètement, la recourante invoque que l'autorité a pris pour un fait établi que la recourante avait affirmé, lors de la séance du 6 mars 2019, que la présence d'un avocat n'était pas nécessaire alors que le procès-verbal avait été expressément contesté par elle. Elle se plaint également de ce que l'autorité a décidé unilatéralement de geler la procédure d'assainissement alors que des discussions tripartites étaient en cours selon un processus conjointement décidé. Le recourante ne saurait être suivie. Premièrement, on ne saurait admettre que le sentiment de méfiance d'une partie à l'encontre de l'autorité puisse justifier le remboursement des frais d'avocat ainsi engagés pour l'assister durant l'entier de la procédure. Si la partie en question s'estime lésée par une décision rendue, il lui est loisible d'interjeter recours. Si elle estime que le comportement de l'autorité est systématiquement problématique et que certains membres de l'autorité sont partiaux, il lui est loisible de déposer une demande de récusation. Secondement, les illustrations que la recourante donne pour justifier sa méfiance ne sont pas convaincants. En effet, concernant la phrase consignée dans le procès-verbal de la séance du 6 mars 2019, contestée par la recourante mais admise par l'autorité inférieure, il a déjà été expliqué plus haut qu'elle n'a pas fondé sa décision sur cet élément (consid. 4.3). Le second exemple donné n'est pas davantage fondé. En effet, si l'autorité inférieure a décidé de mettre un terme aux discussions en cours, elle a admis de supporter tous les frais engagés jusqu'alors qui étaient nécessaires au sens des dispositions applicables, de sorte que cette manière de faire n'a aucunement lésé la recourante. En outre, la décision de l'autorité de procéder de cette manière faisait suite à la jurisprudence du TF rendue dans l'intervalle, de sorte qu'il ne s'agit pas d'un changement d'attitude arbitraire qui ne reposerait sur aucun motif objectif. Le comportement de l'autorité ne saurait ainsi justifier aucune méfiance particulière. 8.7 La recourante se prévaut enfin, d'une manière générale, de la complexité de l'affaire pour justifier le recours à un conseil juridique. Elle fait notamment valoir que différentes procédures sont imbriquées. A titre d'exemple cité parmi d'autres, le droit d'eau immémorial qui lui permet d'exploiter son installation hydraulique a été supprimé par une décision du canton du Jura du 29 juin 2021 contre laquelle un recours est actuellement pendant. L'argumentaire de la recourante ne convainc pas. Premièrement, elle n'explique pas concrètement en quoi la complexité dont elle se prévaut est d'ordre juridique. A cet égard, le fait qu'il y ait plusieurs procédures n'est pas déterminant. En effet, la nécessité de l'intervention d'un avocat doit s'évaluer non seulement pour chaque procédure, mais encore pour chaque acte de celle-ci. En outre, chaque fois que la recourante se voit notifier une décision, en principe aisément identifiable dès lors que celle-ci est ainsi intitulée et qu'elle comporte des voies de droit, elle peut évaluer l'opportunité de recourir à un avocat qui pourra, en cas d'intervention, faire valoir des dépens dans la procédure en cause selon les règles procédurales applicables. Par ailleurs, ces procédures sont pratiquement inhérentes à l'activité de la recourante qui exploite une installation hydraulique qui a des répercussions sur l'environnement de sorte qu'elle doit, sur le principe et sous réserve de questions ponctuelles, être capable d'y faire face seule. Ainsi, on ne saurait admettre que la seule existence de procédures connexes à la procédure d'assainissement suffise à justifier la nécessité de l'intervention d'un avocat. Plus généralement, et bien qu'elle affirme que l'intervention d'un conseil juridique a été évaluée isolément pour chaque acte et qu'elle ne concerne pas tous les pans de la procédure, il apparaît que la recourante a délégué d'une manière générale la conduite de la procédure à son conseil. En effet, la recourante prétend, dans son mémoire de recours du 20 janvier 2022, que « les prestations nécessaires à l'étude du projet et à l'exécution des mesures comprennent les frais liés à l'établissement des demandes de remboursement, le travail de correspondance de nature juridique, les séances du groupe de travail avec l'OFEV et l'ENV ainsi que la préparation des aspects légaux y liés, et l'examen des prises de position et des solutions possibles sous l'angIe juridique ». Dans ses observations finales, la recourante précise encore que l'implication de son conseil concerne « la conduite de la procédure et les aides très régulières qu'il faut apporter dans le l'analyse (juridique) des courriers et décisions des autorités (ENV, OFEV) et des réponses (juridiques) à leur apporter », sans néanmoins jamais préciser concrètement quelles problématiques juridiques devaient être résolues ou appelaient l'intervention d'un avocat. Certaines pièces au dossier démontrent d'ailleurs que l'intervention du conseil juridique a été très large. A titre d'exemple, c'est ce dernier lui-même qui, par courriel du 4 septembre 2018, a assumé la tâche d'envoyer à l'ENV une série de documents préalablement « compilés par la recourante et sa fiduciaire », soit des contrats concernant des crédits ainsi que les comptes de résultat de la société pour les années 2003 à 2016 . Aussi, lorsque l'ENV n'a pas envoyé son courrier du 11 novembre 2019 au conseil de la recourante mais seulement à cette dernière, celle-ci s'en est plainte, par l'entremise de son avocat, dans un mail du 10 décembre 2019, arguant que l'autorité inférieure savait que ce dernier était « son conseil dans ce dossier ». Or, si la recourante était libre de recourir à un avocat pour gérer l'entier ou une grande partie de la procédure, ou pour l'accompagner dans cette tâche, ces frais ne peuvent donner lieu à remboursement sur la base de l'art. 34 LEne et de ses dispositions d'application qui ne visent pas à financer, d'une manière générale, les frais d'assistance et de conseil juridique (consid. 6.9). 9. 9.1 La recourante se plaint ensuite de ce que l'autorité inférieure ne l'a pas totalement indemnisée des coûts liés aux « prestations d'ingénierie ». Il s'agit concrètement de prestations facturées par l'actionnaire de la recourante qui est également son administrateur unique. La recourante précise que celui-ci est intervenu en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique et qu'il est titulaire d'un Master of Advanced Studies en cette matière. 9.2 L'autorité inférieure a d'abord estimé que tous les frais engagés postérieurement au courrier de l'ENV du 11 novembre 2019 sortaient de la procédure et n'étaient pas imputables ; elle a ainsi retranché un montant de 6'333.80 francs. Pour les prestations d'ingénierie engagées antérieurement, l'autorité inférieure a estimé que 62.9 heures facturées avaient trait à du travail administratif pour lequel un tarif de 146 francs/heure ne se justifiait pas et devaient être comptabilisées à un tarif de 100 francs/heure. Elle a ainsi rabattu un montant de 2'893.40 francs. Au final, l'autorité inférieure a admis d'indemniser la recourante pour un montant total de 14'598.30 francs. 9.3 En l'espèce, il apparaît que l'actionnaire de la recourante, qui est aussi son administrateur unique, a géré l'entier - où une partie très importante - de la procédure pour la recourante. En effet, il ressort de ses « listing de frais » que celui-ci a participé à de multiples séances, toutes semble-t-il, soit des séances avec les services fiduciaires, avec l'avocat de la recourante et avec les autorités. Concernant les seuls « frais de correspondance », l'actionnaire-consultant a comptabilisé, pour la seule période du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, un total de 11'621.60 francs, soit 79 heures. On peut lire dans la détermination de la recourante du 14 octobre 2021 visant notamment à justifier l'intervention de celui-ci que « vu les services d'ingénieures [fournis par Aquarius Environnement & Sciences aquatiques Sarl] et de fiduciaire engagés [...], il est évident qu'à cette fin, étant donné la technicité et l'interdisciplinarité des questions qui se posent, la requérante devait être accompagnée dans la préparation du dossier, la coordination entre les experts et la communication de leurs conclusions aux autorités ». On observera également en marge que le mail du 4 septembre 2018, envoyé par le conseil juridique de la recourante et comptabilisé dans ses notes d'honoraire, mail par lequel il est simplement envoyé à l'autorité une série de documents (contrats de prêt et comptes de résultat de l'exploitante), a également été facturé par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant externe, de sorte que ce dernier a vraisemblablement comptabilisé des frais, au tarif de 146 francs/heure, soit pour avoir compilé les documents finalement envoyés par l'avocat, soit pour la lecture du mail de ce dernier qui n'avait aucune teneur juridique ni technique. Ainsi, la recourante a délégué la gestion de la procédure, pour une partie très importante en tout cas, non seulement à un conseiller juridique (consid. 8.7), mais également à son actionnaire et administrateur unique, qui a facturé des prestations en sa qualité de consultant externe, au prix du marché, TVA comprise, comme un tiers. Cette manière de procéder n'est pas admissible. Dans la mesure où la recourante exploite une centrale hydraulique, on est en droit de s'attendre à ce qu'elle dispose de certaines connaissances en la matière, au moins pour comprendre les différents rapports de spécialiste réalisés sur son mandat ou celui de l'autorité, et qu'elle n'ait pas besoin de recourir à un tiers pour les traduire ou les comprendre, ni pour « la préparation des dossiers, la coordination entre les experts et la communication de leurs conclusions aux autorités ». S'il la recourante devait s'avérer sous-dotée et qu'elle eût ainsi été contrainte de recourir à un tiers - en l'occurrence l'actionnaire et administrateur unique de la société - pour effectuer des prestations inhérentes à son activité d'exploitante d'une centrale hydraulique, lesdites prestations ne peuvent être comptabilisées au tarif du marché. Par conséquent, la recourante ne saurait se plaindre, concernant les heures consacrées à la correspondance, de leur comptabilisation à un tarif de 100 francs/heures au lieu des 146 francs/heures facturés par son actionnaire et administrateur unique. Pour les tâches effectuées par ce dernier qui ne relèvent pas de la « correspondance » mais des « dossiers et séances », soit des tâches qui comprennent notamment la participation à des séances et « un travail de coordination », leur comptabilisation, ici admise par l'autorité inférieure, à un tarif de 146 franches/heures apparaît particulièrement généreuse. Au final, la recourante a été très avantageusement indemnisée et ses griefs à ce sujet sont mal-fondés. 9.4 Concernant les frais engagés après le 11 novembre 2019, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir considéré qu'ils n'étaient pas imputables. En effet, à partir de ce moment-là et ainsi qu'il l'a déjà été expliqué (consid. 4.1), la recourante savait que soit elle acceptait l'offre forfaitaire qui lui était soumise, ce qui entraînait la clôture de la procédure, soit elle la refusait et celle-ci était gelée jusqu'à l'issue de la procédure d'octroi de concession. Ainsi, les frais engagés postérieurement à cette date sortaient en tout état de cause du cadre procédural tracé par l'autorité et n'étaient plus justifiés. Ils ne pouvaient ainsi donner lieu à aucune indemnisation. 10. 10.1 La recourante fait valoir que l'OFEV, par la décision attaquée, a modifié sa pratique établie dans le cadre de ses deux premières demandes de remboursement. Ce « revirement de jurisprudence » ne reposerait sur aucune raison objective et ne serait par conséquent pas admissible. La recourante se plaint de ce que ce changement de jurisprudence porte une atteinte grave à la sécurité juridique en ce sens qu'elle pouvait et devait partir du principe que tous les coûts qu'elle engagerait en lien avec les mesures d'assainissement lui seraient remboursés. L'autorité inférieure fait d'abord valoir que, si elle avait admis, dans sa décision du 24 juin 2019, d'indemniser une partie des frais juridiques de la recourante, c'est que ceux-ci étaient liés à l'acquisition de terrain et au droit d'eau, de sorte que l'intervention d'un avocat pouvait s'avérer nécessaire, ce qui n'est pas le cas dans la présente cause. Ainsi, la décision du 24 juin 2019 et celle, présentement attaquée, du 5 mai 2022, ne couvriraient pas des états de fait comparables. L'autorité inférieure fait en outre valoir que si elle avait décidé, à l'époque, de rembourser ces frais qui avaient été déjà engagés, elle avait clairement indiqué qu'à l'avenir les frais juridiques devraient se limiter au strict nécessaire pour la réalisation des travaux. A cet égard, l'autorité inférieure produit le mail d'accompagnement de la décision du 24 juin 2019, soit un mail du 26 juin 2019, envoyé à l'ENV et dans lequel il est précisé que les frais d'intervention du conseil juridique de la recourante en lien avec la séance du 6 mars 2019 ne pourraient plus être considérés comme nécessaires au sens de l'OEne. L'OFEV prétend que la teneur de ce mail a été communiquée par l'ENV à la recourante. 10.2 Dans ses observations finales, la recourante affirme que si l'OFEV voulait amorcer un changement de jurisprudence, elle aurait dû communiquer cette information dans la décision du 24 juin 2019, et non pas dans un mail d'accompagnement adressé à l'ENV. En outre, la recourante conteste avoir été jamais informée par l'ENV de la teneur du mail de l'OFEV du 26 juin 2019. 10.3 La pratique administrative désigne la répétition régulière et constante dans l'application d'une norme par les autorités de premières instance (Moor/Flückiger /Martenet, Droit administratif I, les fondements, 3ème éd. 2012, p. 89). La modification d'une pratique administrative obéit fondamentalement aux principes prévalant en matière de revirement de jurisprudence. Le changement de jurisprudence doit reposer sur des raisons sérieuses et objectives, telles qu'une connaissance plus exacte de l'intention du législateur, la modification des circonstances extérieures, un changement de conception juridique ou l'évolution des moeurs. Cela étant, plus la jurisprudence est constante, plus le juge sera exigeant quant à la valeur des motifs invoqués (ATF 142 V 112 consid. 4.4; 139 V 307 consid. 6.1). Au demeurant, une modification de jurisprudence s'impose s'il apparaît, après un examen sérieux et approfondi, que la loi n'a pas le sens retenu jusqu'alors ou qu'une modification des circonstances exige un changement dans l'usage d'une liberté d'appréciation (ATF 108 Ia 122 consid. 1). Si une jurisprudence se révèle erronée ou que son application a conduit à des abus répétés, elle ne saurait être maintenue (ATF 136 V 316). La sécurité du droit et le droit à la protection de la bonne foi (art. 9 Cst), cas échéant la protection de la confiance, exigent parfois qu'un revirement soit d'abord annoncé avant que, dans une espèce ultérieure seulement, il puisse devenir effectif. Ainsi en va-t-il lorsque le changement de jurisprudence est susceptible de provoquer la péremption d'un droit que l'intéressé aurait pu éviter s'il avait connu la nouvelle jurisprudence ou que ses effets sont excessivement rigoureux (ATF 142 V 551 consid. 4.1, ATF 135 II 78 consid. 3.2, ATF 111 Ia 108; Moor/Flückiger /Martenet, op. cit., p. 86). 10.4 On observera en préambule que la recourante n'a pas expliqué en quoi l'affirmation de l'autorité inférieure selon laquelle la décision attaquée ne serait pas comparable à celle du 24 juin 2019 - en raison de problématiques différentes - était mal fondée. Quoiqu'il en soit, il n'y a pas besoin de trancher cette question, ce qui nécessiterait des investigations supplémentaires en lien avec les demandes d'indemnisation passées. En effet, même s'il fallait admettre que les deux décisions sont comparables, la « pratique » qui aurait été modifiée par l'autorité inférieure consisterait en une seule décision, celle du 24 juin 2019, à l'occasion de laquelle il a été statué sur les demandes des 8 juin 2017 et 1er octobre 2018. En ces circonstances, on ne saurait parler d'une pratique bien établie de l'autorité inférieure. En outre, si les deux décisions étaient bel et bien comparables, cela signifierait alors que la décision du 24 juin 2019 a été, au regard des dispositions applicables et dont la teneur a été précisée plus haut (consid. 6), excessivement généreuse en faveur de la recourante, de sorte qu'il y aurait un motif objectif à modifier la pratique de l'autorité inférieure, qui se serait trop écartée de la volonté du législateur qui était de préserver les droits acquis des exploitants et non pas de financer d'une manière générale les frais d'assistance juridique engagés par ces derniers (consid. 6.9). Enfin, les principes de la bonne foi et de la confiance ne font aucunement obstacle au changement immédiat d'une hypothétique pratique. En effet, la recourante réclame, dans la présente procédure, des frais d'avocat pour la période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020. Ainsi, une partie des frais revendiqués a été engagée avant que la première décision, datée du 24 juin 2019, ait été rendue, de sorte que celle-ci n'a d'emblée pu fonder aucune confiance pour lesdits frais qui lui sont antérieurs. Concernant l'indemnisation des frais d'avocat postérieurs, l'OFEV avait fait part de ses réticences à la recourante dans son projet de décision du 4 avril 2019 déjà. Prenant position sur celui-ci, la recourante a estimé que « le dernier paragraphe, en particulier s'agissant des frais d'avocat, est à la fois surprenant et inadéquat. En effet, le texte que vous avez adressé à ma cliente est une proposition de décision qui porte sur une demande de versement anticipée n°2 de sorte que l'autorité n'a pas à évoquer, ni a fortiori à se prononcer sur une éventuelle future demande de remboursement n°3 ». Dans la décision 24 juin 2019, dans la partie consacrée à l'état de fait, on peut lire que la recourante « réfute les considérations de l'OFEV quant aux frais d'avocat évoqués en relation avec la prochaine demande d'indemnisation ». A cela s'ajoute que l'OFEV, dans sa publication datée de 2016 (consid. 6.3), soit avant que la recourante n'engage les frais d'avocat litigieux, indiquait clairement et expressément que « sont imputables uniquement les coûts directs liés à la construction [...] tels les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux », formulation qui n'est pas compatible avec l'interprétation extensive de la notion d'indemnisation des coûts dont se prévaut la recourante. Cette dernière avait à l'évidence connaissance de cette publication puisqu'elle allègue dans son recours que les discussions avec l'autorité avaient essentiellement été guidées par cette brochure. En résumé, la question de savoir si la décision attaquée est véritablement constitutive d'un changement de pratique peut rester ouverte. En effet, une correcte application de la loi commandait le rendu de la décision du 5 mai 2022, de sorte qu'il existait en tout état de cause un motif objectif justifiant le changement d'une hypothétique pratique qui, trop généreuse, eût alors outrepassé la volonté du législateur, au détriment d'une administration économe des deniers publics. En outre, la recourante ne peut se prévaloir du principe de la confiance pour justifier de percevoir une indemnisation plus étendue que ne le prévoit l'esprit de la loi, dès lors qu'une partie des coûts a été engagée antérieurement à la décision censée fonder une hypothétique confiance, et que l'autre a été engagée postérieurement à la manifestation de réticences par l'autorité quant à l'indemnisation future des frais d'avocat. Enfin, l'OFEV avait publié en 2016 déjà une brochure dont la teneur n'était pas compatible avec la conception extensive de l'indemnisation des coûts d'avocat revendiquée par la recourante. Il s'ensuit que le grief pris de l'interdiction du changement de pratique, mal fondé, est rejeté.
11. Il résulte de ce qui précède que le recours, mal fondé, est rejeté.
12. Eu égard à l'issue de la cause, il y a lieu de mettre des frais de procédure, par 2'000 francs, à la charge de la recourante (art. 63 al. 1 PA en relation avec les art. 1 à 3 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320). Ceux-ci sont prélevés sur l'avance de frais équivalente fournie le 29 juin 2022. Il n'est pas alloué de dépens. (dispositif à la page suivante)
Erwägungen (53 Absätze)
E. 1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32; art. 37 LTAF) n'en dispose pas autrement. Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (art. 7 al. 1 PA) et la recevabilité des recours qui lui sont soumis.
E. 1.2 Conformément à l'art. 31 LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal est compétent pour connaître des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En l'espèce, l'acte attaqué n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. L'OFEV est une autorité précédente au sens de l'art. 33 let. d LTAF (annexe I/B/VII ch. 1.7 de l'ordonnance sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1]). Le Tribunal est ainsi compétent pour connaître du recours.
E. 1.3 Etant destinataire de la décision attaquée, la recourante est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation (art. 48 al. 1 PA). La qualité pour recourir lui est donc reconnue.
E. 1.4 En outre, les dispositions relatives au délai, à la forme et au contenu du recours sont respectées (art. 50 et 52 PA). Il est dès lors recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière.
E. 2.1 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure (art. 49 PA), y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), la constatation des faits (let. b) et l'opportunité de la décision attaquée (let. c), tous griefs que le recourant peut soulever à l'appui de son recours.
E. 2.2 Le Tribunal fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (ATF 142 II 451 consid. 4.5.1 ; arrêts du TAF A-536/2022 du 26 octobre 2022 consid. 2.2, A-1268/2021 du 31 mai 2022 consid. 2.1). Dans de tels cas, le Tribunal ne substituera son appréciation à celle de l'autorité inférieure que s'il a de bonnes raisons de le faire (arrêt du TAF A-941/2021 du 18 août 2021 consid. 2.2). Cette réserve n'empêche pas le Tribunal d'intervenir lorsque la décision attaquée apparaît objectivement inopportune (TAF 2007/34 consid. 5 ; arrêt du TAF A-3288/2017 du 3 décembre 2018 consid. 2.1).
E. 2.3 Conformément à la maxime inquisitoire, le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 du 27 février 2014 consid. 2.2 et ATAF 2012/23 du 15 juin 2011 consid. 4).
E. 3.1 L'objet du litige consiste à déterminer si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a refusé d'indemniser la recourante d'une partie des coûts qu'elle a fait valoir dans sa demande du 20 mai 2021.
E. 3.2 Cette troisième demande d'indemnisation - de même que les deux précédentes - s'inscrit dans le cadre de la procédure ordonnée par l'ENV visant à l'assainissement de l'usine hydroélectrique de Moulin-Grillon SA, laquelle constitue un obstacle à la migration du poisson (consid. B). Dans le cadre de cette procédure d'assainissement, différentes variantes ont été étudiées. Une mesure d'assainissement consistant en la création d'un ruisseau de contournement a également été réalisée. La recourante a obtenu le remboursement de certains coûts liés à l'examen de ces variantes dans le cadre des deux premières demandes d'indemnisation. Dans le cadre de la troisième demande d'indemnisation ayant débouché sur la décision attaquée, la recourante revendique des coûts liés, directement ou indirectement, à l'étude sommaire du 30 avril 2018, demandée par l'OFEV et l'ENV à la recourante, réalisée par la société Aquarius et portant sur les variantes d'assainissement du seuil de l'exploitation de la recourante, y compris la variante d'abandon définitif de l'exploitation que les parties semblaient privilégier à mesure que les discussions avançaient. Une partie des coûts comprend également des frais résiduels concernant la première mesure d'assainissement de la montaison. L'autorité inférieure a refusé d'indemniser certains coûts ayant trait aux frais d'intervention du conseil juridique de la recourante et à des prestations d'ingénierie. Concernant les frais d'intervention du conseil juridique de la recourante, qui couvrent une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, l'autorité inférieure, sur les 15'282.45 francs revendiqués, en a admis 2'327.18, de sorte qu'un montant de 12'955.27 francs est litigieux. Concernant les «prestations d'ingénierie» réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique, prestations allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, l'autorité inférieure a admis d'indemniser, sur les 24'536.00 francs demandés, 15'553.82 francs, de sorte que 8'680.58 francs sont litigieux, étant à préciser que le refus d'indemniser la recourante de 280 francs (hors TVA) de frais de transport comptabilisés à tort pour une séance téléphonique n'est pas contesté. Les autres coûts ont été admis.
E. 3.3 Juridiquement, la recourante fait grief à l'autorité inférieure d'avoir constaté les faits de manière inexacte (consid. 4) et de n'avoir pas motivé à suffisance la décision attaquée, violant ainsi son droit d'être entendue (consid. 5). Au fond, la recourante reproche à l'autorité inférieure d'avoir mal appliqué le droit fédéral concernant l'imputabilité des coûts liés à des mesures d'assainissement (consid. 6-8) et d'avoir procédé à un revirement de jurisprudence injustifié (consid. 9).
E. 4 La recourante se plaint d'une constatation inexacte des faits sur plusieurs points.
E. 4.1 La recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir indiqué, à tort, qu'elle n'avait pas demandé le détail des paramètres utilisés pour calculer l'indemnité forfaitaire qui lui a été proposée par courrier du 11 novembre 2019. Pourtant, à la lecture de la décision attaquée, force est de constater que l'autorité n'a pas, à tout le moins pas expressément, nié cette demande mais a indiqué que « la requérante n'a pas accepté l'offre dans le délai ». On comprend toutefois, à la lecture de son mémoire de recours, que la recourante reproche en réalité à l'autorité inférieure d'avoir considéré que sa réponse du 16 janvier 2020 valait refus de l'offre forfaitaire et entraînait ainsi la suspension de la procédure. En l'espèce, l'ENV a indiqué à la recourante, par courrier du 11 novembre 2019, qu'il avait été informé par l'OFEV des conséquences de l'ATF 145 II 140, rendu dans l'intervalle, sur la procédure d'assainissement en cours. L'ENV rapportait qu'en vertu de cette jurisprudence, les droits d'eau perpétuels ou immémoriaux, tels celui de la recourante, s'éteignent au plus tard après une période de 80 ans. Concrètement, l'exploitation hydraulique de la recourante « devait être soumise au droit actuel sans aucunement dédommagement ». L'OFEV invitait ainsi l'ENV à lancer une procédure d'octroi de concession. Le courrier précisait que « jusqu'à l'éventuel octroi de la concession, la procédure en lien avec l'assainissement de la dévalaison du poisson serait gelée ». Le courrier indiquait toutefois que les autorités cantonales et fédérales, dans le cadre d'une « démarche à l'amiable », s'étaient mises d'accord pour que l'OFEV soumette à la recourante « une ultime proposition d'indemnisation forfaitaire visant à assainir la dévalaison du poisson », soit un dédommagement forfaitaire de 250'000 francs (dont 50'000 francs pour les coûts de déconstruction) contre l'engagement de la recourante à renoncer définitivement à son exploitation, ce qui aurait alors clos la procédure d'assainissement. Un délai était imparti à la recourante pour accepter ladite proposition. En annexe figurait le courrier que l'OFEV avait adressé le 29 août 2019 à l'ENV et dans lequel on peut lire que « la procédure et les discussions actuelles en rapport avec la dévalaison du poisson ainsi que l'ampleur du dédommagement de l'exploitant selon l'art. 34 LEne sont, par conséquent, suspendues jusqu'à la fin de la procédure d'octroi de la concession ». Après avoir obtenu une prolongation de délai, la recourante a répondu par courrier du 16 janvier 2020. Elle y indique, en substance, que la proposition est très insuffisante et ne respecte pas les principes de l'ordre juridique suisse dès lors que son cas relève de l'expropriation et que l'indemnité doit se calculer en conséquence. Elle demande également à ce que lui soient communiqués les paramètres précis du calcul de ce qu'elle nomme « l'indemnité d'expropriation ». L'autorité inférieure a estimé que la recourante n'avait pas accepté l'offre dans le délai imparti et que la procédure d'assainissement en cours était alors gelée. En ces circonstances, on ne saurait faire grief à l'autorité d'avoir interprété la réponse de la recourante comme un refus de ce qui était expressément présenté comme une « ultime offre forfaitaire », bien que la recourante concluait son courrier en demandant à en connaître les paramètres de calcul. En effet, la recourante répondait avoir droit à « une indemnité d'expropriation », soit une indemnité pleine et entière, alors que l'autorité estimait, sur la base de la jurisprudence fédérale précitée, que la recourante n'avait droit à aucun dédommagement et que l'offre soumise consistait déjà en une faveur qui lui était consentie pour régler rapidement l'affaire. L'indication du caractère forfaitaire de l'offre, l'invocation de la jurisprudence fédérale et de ses implications pour le cas d'espèce marquaient que l'autorité n'entendait pas entrer en négociation. La conséquence de la non acceptation de l'offre dans le délai imparti était que la procédure d'assainissement était « gelée jusqu'à l'éventuel octroi de la concession », ainsi que cela ressort clairement du courrier précité du 11 novembre 2019. La question de savoir si l'autorité a correctement appliqué la jurisprudence fédérale et pouvait ainsi geler la procédure d'assainissement en cours jusqu'à l'éventuel octroi d'une concession n'est pas l'objet de la présente procédure, qui porte exclusivement sur l'indemnisation des coûts liés à des mesures d'assainissement. L'autorité était compétente pour suspendre la procédure et si la recourante estimait ou estime que cette manière de faire n'est pas conforme au droit, il lui appartenait - cas échéant il lui appartiendra - de faire recours sur ce point conformément aux règles procédurales idoines. On observera que même s'il fallait retenir que l'autorité ne pouvait pas valablement considérer que son offre de dédommagement forfaitaire avait été refusée sans avoir préalablement transmis à la recourante les paramètres de calcul demandés et sans lui avoir imparti un nouveau délai pour se positionner, la situation ne serait pas différente pour le présent litige. En effet, dans cette hypothèse, la recourante savait qu'elle avait deux options ; soit elle acceptait l'offre forfaitaire - ce qui eût entraîné la clôture de la procédure d'assainissement -, soit elle la refusait et dite procédure était suspendue. Ainsi, la recourante devait savoir qu'à partir du 11 novembre 2019, d'éventuels coûts qu'elle engagerait pour l'analyse d'autres mesures d'assainissement sortaient du cadre procédural tracé par l'autorité et ne pourraient ainsi donner lieu à indemnisation. Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure a correctement établi le fait litigieux - la non-admission dans le délai imparti de l'offre forfaitaire du 11 novembre 2019 - et qu'en outre, même si tel n'eût pas été le cas, cela n'eût pas prêté à conséquence pour le présent litige.
E. 4.2 La recourante fait également grief à l'autorité inférieure d'avoir nié l'engagement tenu par l'un de ses collaborateurs lors de la séance du 6 mars 2019 et selon lequel l'entier des frais d'avocat serait pris en charge. Ni les différentes versions du procès-verbal de cette séance figurant au dossier, où les remarques de la recourante sont surlignées en vert, ni, surtout, le courriel de la recourante du 17 avril 2019 dans lequel son mandataire fait valoir une série de corrections à apporter au procès-verbal litigieux, ne mentionnent qu'un collaborateur de l'OFEV aurait tenu un tel propos. Or, on peine à concevoir que si cette phrase ait été véritablement tenue, la recourante ne l'ait pas même mentionné dans son courrier du 17 avril 2019 qui visait précisément à faire corriger le procès-verbal de la séance du 6 mars 2019, et ce d'autant plus qu'elle demandait d'autres adaptations en lien avec la question de l'imputabilité des frais d'avocat. Il en résulte que l'allégation de la recourante n'apparaît pas crédible. Ainsi, c'est à juste titre que l'autorité n'a pas tenu le fait en question pour établi.
E. 4.3 La recourante reproche enfin à l'autorité inférieure d'avoir retenu que, lors de la séance du 6 mars 2019 toujours, la recourante aurait affirmé « que les principes sont clairs et qu'un avocat n'était en effet pas nécessaire pour cette séance ». Or, la recourante a expressément contesté avoir tenu ce propos lorsque le procès-verbal lui a été soumis, en particulier dans son courrier du 17 avril 2019. En l'espèce, la recourante reproche expressément à l'autorité inférieure de « prendre pour fait établi un fait en réalité totalement contesté ». Or, dans la mesure où il appartient à l'autorité d'établir l'état de fait, on ne saurait lui reprocher d'avoir admis un fait pour le seul motif qu'il est contesté par une partie. En outre, il paraît logique que l'OFEV, qui était présente à cette séance et qui a charge d'établir l'état de fait pour rendre sa décision, adopte finalement sa propre version. Nous ne sommes pas ici dans la situation où l'autorité inférieure aurait aveuglément fait foi en des allégations rapportées par un tiers qui seraient contestées par la recourante, donnant sans motifs raison au premier au détriment de la seconde, sans instruction ni véritable arbitrage. Tout au plus pourrait-on reprocher à l'autorité inférieure de n'avoir pas expressément indiqué, dans sa décision, que la phrase litigieuse consignée dans le procès-verbal était contestée. Quoiqu'il en soit, l'autorité inférieure n'a pas fondé sa décision attaquée sur ledit procès-verbal ni la phrase litigieuse, mais bien sur les dispositions applicables en vertu desquelles elle a estimé que les frais d'intervention d'un avocat n'étaient pas nécessaires et, par conséquent, pas remboursables. C'est uniquement en réponse à l'allégation tenue par la recourante dans le cadre de l'exercice de son droit d'être entendue selon laquelle un collaborateur de l'OFEV aurait assuré, lors de la séance du 6 mars 2019, que les frais d'avocat seraient pris en charge - allégation non crédible ainsi qu'on l'a vu ci-avant (consid. 4.2) - que l'autorité inférieure a indiqué que non seulement un tel engagement ne figurait pas au procès-verbal, mais qu'en plus ce dernier faisait, au contraire, état de ce que la présence d'un avocat n'était pas nécessaire. Ainsi, la décision de l'autorité de ne pas indemniser les frais d'avocat de la recourante ne se fonde pas sur le fait contesté par cette dernière - à savoir que la recourante aurait reconnu elle-même que l'intervention d'un avocat n'était pas nécessaire - de sorte qu'une constatation inexacte dudit fait ne saurait en tout état de cause porter à conséquence.
E. 5 La recourante invoque également une violation de son droit d'être entendue. Si elle ne conteste pas avoir eu l'occasion de se déterminer avant que la décision ne soit rendue, elle se plaint en revanche de ce que la décision attaquée n'examine pas, ou trop brièvement, certains de ses allégués. Plus généralement, elle serait insuffisamment motivée.
E. 5.1 Le droit d'être entendu est inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale (Cst., RS 101). Le droit d'obtenir une décision motivée, émanation du droit d'être entendue, est expressément consacré, en procédure administrative fédérale, par l'art. 35 al. 1 PA. Selon la jurisprudence, si le juge a certes l'obligation de mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, il n'est en revanche pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties ; il peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2; 136 V 351 consid. 4.2; 134 I 83 consid. 4.1; 133 III 439 consid. 3.3; 130 II 530 consid. 4.3).
E. 5.2 Dans sa décision attaquée, l'autorité a rapporté la substance des arguments de la recourante et y a répondu de manière claire. Les raisons pour lesquelles l'autorité a rejeté lesdits arguments et arrêté la décision du 5 mai 2022 sont pleinement intelligibles et ont permis à la recourante de contester adéquatement cette dernière. Autre est la question de savoir si cette motivation est convaincante. Ainsi, la motivation de la décision attaquée satisfait aux exigences posées par la jurisprudence. En outre, les reproches faits à l'autorité inférieure de n'avoir pas pris position sur certaines allégations que la recourante avait notamment formulées à l'occasion de l'exercice de son droit d'être entendue, soit dans son courrier du 14 octobre 2021, ne sont pas pertinents.
E. 5.2.1 En effet, la recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir passé sous silence, dans la décision attaquée, qu'un de ses collaborateurs avait lui-même admis lors de la séance du 6 mars 2019 que « Ie cas de Moulin-Grillon [était] particulièrement complexe». La recourante est d'avis que cette complexité justifiait l'intervention d'un avocat, de sorte qu'il s'agit là d'un fait important. Ainsi qu'on le verra en détail au fond ci-après dans le considérant correspondant auquel il est renvoyé (consid. 8.7), l'éventuelle complexité de l'affaire ne saurait, à elle seule, justifier l'indemnisation des frais d'intervention d'un conseil juridique. En outre, à la lecture du procès-verbal de ladite séance, rien n'indique que le collaborateur de l'OFEV faisait référence à une complexité d'ordre juridique. En ces circonstances, l'autorité inférieure n'avait pas nécessairement à prendre expressément position sur la phrase extraite dudit PV dont se prévaut la recourante, dite déclaration n'étant d'emblée pas déterminante pour le sort de la présente cause. Plus généralement, c'est à la recourante qu'il appartenait de démontrer en quoi l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire, ce qu'elle n'a pas fait à suffisance (consid. 8 ss).
E. 5.2.2 La recourante fait également valoir que la décision attaquée ne mentionne pas que I'OFEV et l'ENV se sont engagés à supporter les frais de la procédure relative à l'étude sommaire portant sur l'analyse de variantes d'assainissement, ni ne s'attarde sur le fait que l'ENV lui-même s'était engagé à ce que les coûts soient pris en charge. En premier lieu, il faut observer que la recourante a été indemnisée totalement des frais de l'étude en question réalisée par la société Aquarius le 30 avril 2018, ce qu'elle ne conteste au demeurant pas. Ainsi, ce point n'est pas litigieux et n'a pas à figurer dans la décision. Sous réserve du prétendu engagement, lors de la séance du 6 mars 2019, d'un collaborateur de l'OFEV à assumer les frais d'avocat et sur lequel l'autorité s'est expressément prononcée, ainsi qu'on l'a vu ci-avant (consid. 4.2), la recourante ne fait valoir aucun élément probant qui indiquerait que l'autorité se soit engagée à assumer d'autres frais d'une manière plus généreuse que ne le prévoient les dispositions légales applicables. La question de savoir si d'autres frais que ceux de ladite étude, notamment ceux d'avocats, devraient être indemnisés à teneur des dispositions applicables parce qu'ils seraient nécessaires ou corrélatifs à cette étude, concerne le fond et a été traitée à suffisance par l'autorité inférieure dont le raisonnement motivé est pleinement compréhensible et au demeurant convaincant, ainsi qu'on le verra ci-après dans la partie correspondante (consid. 8 ss). Par conséquent, le grief pris de la violation du droit d'être entendu est également mal fondé sur ce point.
E. 5.2.3 La recourante reproche également à l'autorité de ne pas avoir expliqué en quoi il est plus pertinent de retenir que la procédure d'assainissement a été gelée par Ie courrier du 11 novembre 2019 plutôt que par celui du 8 octobre 2020. On ne saurait suivre la recourante. Dès lors que l'autorité inférieure considérait que le courrier du 11 novembre 2019 gelait la procédure d'assainissement, on ne voit pas pourquoi elle aurait dû encore se prononcer sur le courrier du 8 octobre 2020. Si la procédure était déjà gelée par le premier de ces courriers, il était inutile d'examiner si le second ne pouvait pas également être compris comme valant suspension de la procédure, laquelle l'était précisément déjà. En outre, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir considéré que le courrier du 11 novembre 2019 suspendait la procédure, ainsi qu'il l'a été expliqué ci-avant (consid. 4.1). Il résulte de ce qui précède que la portée du courrier du 8 octobre 2020 était indifférente pour le sort du présent litige, de sorte qu'on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure ne de pas l'avoir examiné dans la motivation de sa décision.
E. 5.2.4 Enfin, la recourante se plaint de ce que l'autorité n'a pas expliqué pourquoi ni comment un justiciable pourrait se passer des services d'un conseil juridique dans une situation aussi compliquée, ni en quoi il se justifierait de prendre en charge les frais environnementaux et de fiduciaire, mais non les frais d'ingénierie et d'avocat. En affirmant que l'autorité n'a pas expliqué pourquoi ni comment un justiciable pourrait se passer des services d'un conseil juridique dans une situation aussi compliquée, la recourante inverse les rôles. En effet, c'est à elle qu'il appartenait de démontrer en quoi la complexité dont elle se prévaut était d'ordre juridique et, surtout, en quoi l'intervention d'un avocat était nécessaire, ce qu'elle n'a pas fait à suffisance ainsi qu'on le verra ci-après au fond (consid. 6.10 et 8.7). En outre, le fait que l'autorité ait admis de prendre en charge les frais environnementaux et de fiduciaire n'est pas pertinent pour résoudre les questions présentement litigieuses. On ne voit en effet pas selon quelle logique l'autorité devrait apporter une même solution d'indemnisation à des frais qui sont de nature différente et qui commandent une analyse individuelle et spécifique. Ainsi, le fait que l'autorité ait pris en charge les frais environnementaux et fiduciaires ne dispensait aucunement la recourante de démontrer en quoi les frais juridique et d'ingénierie étaient nécessaires, étant au demeurant précisé que les frais d'ingénierie ont été admis dans leur principe, mais restreints dans leur étendue. Secondement, si l'autorité avait admis à tort d'indemniser les frais environnementaux et fiduciaires, cela ne la contraindrait pas à répéter son erreur d'appréciation sur d'autres frais, de sorte que la recourante ne serait pas dispensée de démontrer la nécessité des frais juridiques et d'ingénierie. Pour le reste, l'analyse de l'autorité inférieure sur l'imputabilité des frais d'avocat et d'ingénierie est pleinement compréhensible et, au demeurant, convaincante, ainsi qu'il le sera expliqué au fond dans la partie correspondante (consid. 8 ss). Par conséquent, la décision attaquée ne souffre, là encore, d'aucun défaut de motivation.
E. 6 Au fond, la recourante fait grief à l'autorité inférieure de n'avoir pas appliqué correctement le droit fédéral s'agissant de l'imputabilité des coûts. Sur la base de ce dernier, elle estime qu'elle a droit à être indemnisée de l'entier des frais qu'elle a engagé dans le cadre de la procédure d'assainissement visant à assurer la migration du poisson, y compris les frais d'avocat et d'ingénierie.
E. 6.1 L'art. 34 de la loi fédérale sur l'énergie (LEne, RS 730.0) dispose que « Le coût total des mesures prises en vertu de l'art. 83a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux ou de l'art. 10 de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche [LFSP, RS 923.0] doit être remboursé au détenteur d'une installation hydroélectrique ». L'art. 10 LFSP prévoit qu'en ce qui concerne les installations existantes, les cantons imposent des mesures au sens de l'art. 9 al. 1 ; ces mesures doivent toutefois être économiquement supportables. A teneur de l'art. 9 al. 1 let b LFSP, les autorités compétentes pour accorder les autorisations relevant du droit de la pêche doivent, compte tenu des conditions naturelles et, le cas échéant, d'autres intérêts, imposer toutes les mesures propres à assurer la libre migration du poisson.
E. 6.2 Selon l'art. 32 de l'ordonnance sur l'énergie (OEne, RS 730.01), après réalisation des mesures, le détenteur d'une installation hydroélectrique remet à l'autorité cantonale compétente une liste de l'ensemble des coûts effectifs imputables (al.1). Les coûts imputables sont régis par l'annexe 3 ch. 3 (al. 2). L'autorité cantonale compétente évalue la liste des coûts effectifs quant à l'imputabilité des coûts faisant l'objet de la demande d'indemnisation et la transmet, assortie de son avis, à l'OFEV (al. 4). L'OFEV examine la liste des coûts, coordonne son évaluation avec l'autorité cantonale et émet une décision concernant l'indemnisation (al. 5). Le chiffre 3 de l'annexe 3 de l'OEne prévoit que ne sont imputables que les coûts effectifs et directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP. Ils comprennent notamment les coûts pour la planification et la construction d'installations pilotes (let. a), pour l'achat de terrains (let. b) et pour la planification et l'exécution des mesures, en particulier la construction des installations requises (let. c).
E. 6.3 Afin de préciser certaines notions juridiques indéterminées provenant des dispositions précitées et de contribuer ainsi à une application uniforme de la législation, l'OFEV a édicté, en 2016, une publication accessible en ligne intitulée « Assainissement écologique des centrales hydrauliques existantes : Financement des mesures requises. Un module de l'aide à l'exécution "Renaturation des eaux " ». Cette publication est assimilable à une ordonnance interprétative et les indications qui y sont contenues ne sont pas constitutives de règles de droit. Toutefois, si le juge n'est pas lié par ces dernières, il doit néanmoins en tenir compte dans la mesure où elles permettent une application correcte et adaptée des dispositions légales au cas d'espèce (ATF 142 II 182 consid. 2.3.3). Concernant l'indemnisation des frais juridiques, ladite publication précise que « sont imputables uniquement les coûts directs liés à la construction [...] tels les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux ».
E. 6.4 La recourante fait valoir que la teneur de l'art. 34 LEne, qui prévoit que « le coût total » des mesures doit être remboursé, est claire et que les exploitants des installations hydroélectriques ne doivent ainsi supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées selon la loi. Or, les frais d'avocat et d'ingénierie qu'elle a engagés s'inscrivent dans la procédure d'assainissement ordonnée par l'autorité sur la base de la LFSP afin de garantir la migration du poisson. En outre, dans la mesure où l'art. 34 LEne ne contient aucune norme de délégation, le Conseil fédéral n'était habilité qu'à édicter une ordonnance d'exécution. Ainsi, les termes de « coûts imputables » consacrés par le chiffre 3 de l'annexe 3 OEne devraient être interprétés largement, faute de contredire le texte légal. L'autorité inférieure est, elle, d'avis que l'expression de « coût total » visée à l'art. 34 LEne se réfère au tarif et non pas au type de coût.
E. 6.5 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique ; cf. ATF 135 II 416 consid. 2.2, ATF 134 I 184 consid. 5.1). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme. Il ne s'écarte de la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (cf. ATF 145 IV 17 consid. 1.2, ATF 144 V 313 consid. 6.1, ATF 143 II 202 consid. 8.5 ; arrêt du TAF A- 5592/2019 du 23 novembre 2021 consid. 5.2.2.1).
E. 6.6 Concernant l'interprétation littérale, les termes de « coût total » employés par l'art. 34 LEne (« vollständigen Kosten » en allemand et « i costi globali » en italien) ne permettent pas de trancher entre les thèses que s'opposent la recourante et l'autorité inférieure. Il en va de même de l'interprétation systématique. En effet, l'art. 34 LEne, intitulé « Indemnisation au sens des législations sur la protection des eaux et sur la pêche » figure dans le chapitre 6 « mesures de soutien particulières », ce qui n'apporte pas d'éléments de réponse quant à la question litigieuse.
E. 6.7 L'interprétation historique est la plus concluante. L'art. 34 LEne, adopté le 30 septembre 2016, a la même teneur que l'ancien art. 15a bis aLEne auquel il succède. Les travaux préparatoires relatifs à cette seconde disposition font clairement ressortir que la formulation retenue, en particulier l'expression « la totalité des coûts des mesures », visait à trancher la question ayant divisé les parlementaires de savoir si le 100% ou seulement le 80% du coût des mesures d'assainissement devait être indemnisé. Il s'agissait de savoir comment coordonner les impératifs liés à l'assainissement de la force hydraulique, dont les mesures peuvent engendrer des coûts relativement importants, avec les droits acquis des exploitants de centrales hydrauliques préexistantes. La proposition initiale de la majorité de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats prévoyait l'allocation d'une contribution à hauteur de 80% du coût des mesures, couverture qui pouvait augmenter si l'exploitant prouvait qu'il n'était pas économiquement en mesure de supporter les 20% restant. La minorité était favorable à une indemnisation totale, soit à hauteur de 100% (Rapport de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats du 12 août 2008, FF 2008 7307, 7333). Le Conseil fédéral était de l'avis de la minorité (avis du Conseil fédéral du 19 septembre 2008, FF 2008 7343, 7346ss). Finalement, c'est l'avis de la minorité qui l'a emporté et il a été décidé que non pas le 80% mais bien le 100 % du coût des mesures en cause donnerait lieu à indemnisation, d'où la formulation retenue de « la totalité des coûts ». Ainsi, lorsque des coûts sont admis, l'exploitant à le droit d'être couvert pour leur totalité et non pas seulement, comme le souhaitait une partie du parlement, partiellement. En revanche, cette disposition ne fixe pas de critères qui permettraient de déterminer précisément entre les coûts admissibles pouvant concrètement donner lieu à indemnisation de ceux qui, jugés économiquement injustifiés, ne le pourraient pas. En particulier, l'interprétation historique ne permet de déduire de la formulation retenue aucune volonté du législateur d'être généreux ou permissif quant à l'appréciation des coûts admissibles. Ainsi, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme qu'à teneur de l'art. 34 LEne, l'exploitant ne doit « supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées en vertu de cette disposition ». En outre, il y a un intérêt public manifeste à une administration économe et proportionnée des deniers publics, de sorte qu'il n'est pas concevable que le législateur ait voulu indemniser les exploitants de n'importe quel coût, simplement parce qu'ils se trouveraient dans un rapport de connexité avec les mesures d'assainissement ordonnées.
E. 6.8 Dans une perspective téléologique, l'art. 34 LEne vise à garantir les droits acquis des exploitants de centrales hydrauliques. Selon la jurisprudence, la garantie conférée par les droits acquis n'est pas absolue mais peut faire l'objet de restrictions qui ne donnent pas lieu à indemnité tant qu'elles ne portent pas atteinte à la substance du droit (ATF 139 II 36). C'est d'ailleurs sur la base de ce constat que la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats proposait l'allocation d'une contribution restreinte, à hauteur de 80% du coût des mesures, tout en réservant le cas où l'exploitant n'était pas économiquement en capacité de supporter les 20% restant, de sorte que la substance de son droit acquis était véritablement menacée par les coûts engendrés par les mesures d'assainissement requises, ce qui justifiait alors une indemnisation supérieure (consid. 6.7). Par conséquent, on ne saurait retenir que la finalité de l'art. 34 LEne impose que l'expression de « coût total » soit, d'une manière générale, interprétée généreusement, de sorte à ce que l'exploitant ne doive « supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées en vertu de cette disposition ». En outre, la caractéristique du droit acquis est sa faculté de résister à une nouvelle loi (« Gesetzesbeständikeit »). Dans cette optique, seuls les coûts qui sont dus au changement de loi peuvent donner lieu à indemnisation, et non pas ceux qui relèvent des choix de commodité ou de convenance du détenteur de l'exploitation hydraulique. Ainsi, seuls les coûts véritablement nécessaires à la réalisation des mesures imposées par la loi rentrent de la sphère de protection des droits acquis. La finalité de l'art. 34 LEne n'impose en revanche aucunement que l'appréciation du caractère « nécessaire » des coûts engagés soit permissive ou généreuse.
E. 6.9 Ainsi, il ressort de l'interprétation de l'art. 34 LEne que l'expression de « coût total » concerne le tarif des coûts indemnisables - le 100%, et non pas seulement une proportion de ceux-ci, doit être couvert. En revanche, seuls les coûts nécessaires à l'exécution des mesures d'assainissement peuvent donner lieu à indemnisation. En effet, avec l'expression litigieuse, le législateur n'a pas voulu que n'importe quel coût se trouvant dans un rapport de connexité avec les mesures d'assainissement en cause, y compris ceux qui ne seraient pas justifiés économiquement, puissent donner lieu à indemnisation. En outre, l'intérêt public à une administration économe et proportionnée des deniers publics commande cette interprétation. Aussi, en édictant l'annexe 3 chiffre 3 de l'OEne, et en disposant que « ne sont imputables que les coûts effectifs et directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP », le Conseil fédéral a respecté la volonté du législateur et a simplement précisé la portée de l'art. 34 LEne. Ainsi, une clause de délégation expresse dans la législation n'était pas nécessaire. Concernant les frais juridiques, il résulte de ce qui précède qu'ils sont imputables lorsqu'ils sont directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures d'assainissement. Par exemple, lorsque la réalisation d'une mesure d'assainissement nécessite l'acquisition d'un terrain, les frais d'instrumentation de l'acte de vente apparaissent nécessaires. Dans certains cas, on peut imaginer qu'un avis de droit soit nécessaire pour déterminer si une mesure d'assainissement envisagée est juridiquement réalisable, par exemple parce qu'elle nécessite une intrusion profonde dans le sol qui interroge sur les limites de la propriété foncière. La nécessité des frais d'intervention juridique doit être examinée de cas en cas et pour chaque acte. D'une manière générale, les frais d'assistance et de conseil juridique ne sont pas imputables. Aussi, lorsque l'exploitant a des doutes sur le comportement de l'autorité en procédure ou concernant certaines décisions rendues dans ce cadre, les frais d'avocat engagés pour en contrôler la légalité ne sont pas indemnisables sur la base de l'art. 34 LEne. Cela est particulièrement évident lorsque les actes de l'autorité sont en réalité conformes au droit. Dans le cas contraire, l'exploitant peut interjeter recours, cas échéant après avoir obtenu une décision et, en tant qu'il obtient gain de cause, se faire indemniser selon les règles procédurales idoines, mais non pas sur la base de l'art. 34 LEne. Il s'ensuit que la règle directrice posée par l'OFEV dans sa publication selon laquelle seuls «les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux » sont imputables - règle qui n'a pas une portée juridique directement contraignante et ne dispense pas d'un examen individuel pour chaque cas - est conforme aux dispositions juridiques applicables et peut servir de référence.
E. 6.10 Enfin, on observera qu'il appartient à l'exploitant qui requiert l'allocation d'une indemnité de démontrer concrètement en quoi les coûts dont il se prévaut sont directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP.
E. 7 La portée des dispositions applicables ayant été précisée (consid. 6), il convient maintenant d'en faire application dans le cas d'espèce et d'examiner concrètement si les coûts litigieux dont se prévaut la recourante étaient directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures d'assainissement, respectivement si c'est à tort que l'autorité inférieure a refusé de les indemniser. Cela concerne les frais d'avocat (consid. 8) ainsi que les prestations d'ingénierie réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique (consid. 9).
E. 8 Dans ses observations finales du 3 octobre 2022, la recourante explique notamment que l'implication d'un conseil juridique était nécessaire en ce qui concerne l'examen des (projets de) convention entre elle et les autorités (consid. 8.1), les travaux inhérents aux demandes de remboursement elles-mêmes (consid. 8.2), le suivi des modifications légales et de leurs implications éventuelles sur les procédures en cours (consid. 8.3), les questions du dédommagement en lien avec l'expropriation du droit d'eau immémorial (consid. 8.4) ainsi que les questions du débit résiduel et celles liées aux variantes juridiquement possibles dans le cadre de la décision d'assainissement (consid. 8.5). Elle fait également valoir que le comportement de l'autorité justifiait une méfiance qui nécessitait la présence d'un avocat (consid. 8.6). Plus généralement, la complexité de l'affaire justifierait l'intervention de ce dernier (consid. 8.7).
E. 8.1 Concernant l'invocation de « l'examen des (projets de) convention », la recourante ne précise pas de quoi il s'agit concrètement, ni dans son recours du 20 juin 2022 ni dans ses observations finales du 3 octobre 2022. Il ressort de l'état de fait de la décision attaquée qu'une convention tripartite a été signée en septembre 2018 (consid. 8.1.1) et qu'une offre forfaitaire qui, en cas d'acceptation, aurait fait l'objet d'une convention, a été soumise à la recourante le 11 novembre 2019 (consid. 8.1.2).
E. 8.1.1 Le 6 septembre 2018, la recourante, l'OFEV et l'ENV ont signé une convention qui se résume à un triple engagement, celui de l'ENV à assumer la construction d'une des mesures d'assainissement retenues, à savoir un ruisseau de contournement, celui de la recourante à céder la maîtrise de l'ouvrage ainsi que ses droits concernant le remboursement de coûts par l'OFEV, et celui de l'OFEV à rembourser intégralement en mains de l'ENV les coûts ainsi engagés. Les frais d'avocat engagés pour l'analyse de cette convention ne peuvent donner lieu à indemnisation sur la base de l'art. 34 LEne et de ses dispositions d'application. En effet, l'intervention de l'avocat relève du conseil, lequel n'est en principe pas indemnisable (consid. 6.9). En outre, la convention, au demeurant particulièrement sommaire, ne présente aucune complexité particulière au niveau juridique. Par ailleurs, elle est le fait de l'autorité. Enfin, il serait choquant que la recourante puisse être indemnisée desdits frais. En effet, la réalisation des mesures d'assainissement est en principe de la responsabilité du détenteur de l'exploitation, qui peut se faire ensuite indemniser des coûts imputables (consid. 6.1). Exceptionnellement et en faveur de la recourante, le canton du Jura a assumé la construction du ruisseau de contournement qui incombait par principe à la recourante. Celle-ci a ainsi été considérablement déchargée ; elle affirme d'ailleurs dans son mail du 30 juillet 2018 que « l'accord à trouver avec le propriétaire foncier et l'assurance à conclure en lien avec la construction sont de la seule responsabilité de l'ENV ». La formalisation de la convention, fait de l'autorité, ne visait en soi qu'à protéger les intérêts du canton du Jura sans mettre en jeu ceux de la recourante. Concrètement et dès lors qu'à teneur de la loi, les coûts sont remboursables au détenteur de l'exploitation, auquel il revient en principe de réaliser les mesures d'assainissement requises, l'ENV voulait avoir l'assurance qu'en effectuant elle-même ces dernières, elle puisse se faire indemniser, par l'OFEV, des coûts imputables ainsi engagés. En d'autres termes, la convention visait simplement à assurer que l'ENV ne se retrouve pas dans la difficulté pour obtenir l'indemnisation des coûts engendrés pour le travail qu'elle assumait en lieu et place de la recourante et qui n'exigeait rien d'autre de la part de cette dernière qu'un engagement formel à céder ses droits au remboursement, en plus de la maîtrise de l'ouvrage.
E. 8.1.2 Par courrier du 11 novembre 2019, l'ENV a rapporté à la recourante la position de l'OFEV selon laquelle il résultait de l'ATF 145 II 140, rendu dans l'intervalle, que la procédure d'assainissement devait être gelée jusqu'à l'issue de la procédure d'octroi de concession qui devait être immédiatement engagée, tout en proposant une alternative consistant en l'engagement de la recourante à renoncer définitivement à son exploitation contre une somme forfaitaire de 250'000 francs (consid. 4.1). Les frais d'intervention du conseil juridique liés à cette proposition ne sont pas indemnisables. Certes, l'abandon d'exploitation est considéré comme un type de mesure d'assainissement. Toutefois, l'intervention du conseil juridique ne visait pas, en soi, à permettre sa réalisation, ni à savoir si elle était juridiquement réalisable. En effet, il suffisait à la recourante d'accepter l'offre qui lui était proposée pour que celle-ci devienne juridiquement contraignante. L'aide sollicitée par la recourante relevait au contraire du conseil. Plus précisément, elle voulait soumettre à son conseil attitré la légalité de la proposition que lui faisait l'autorité inférieure. Or, ainsi qu'il l'a été rappelé plus haut, l'art. 34 LEne ne vise pas à financer ce type de conseil juridique (consid. 6.9). D'ailleurs, en l'espèce, soit - première hypothèse - la recourante, après consultation de son mandataire, partageait la compréhension que l'autorité inférieure avait de l'arrêt 145 II 140 et acceptait sa proposition alors jugée généreuse. Soit - seconde hypothèse - la recourante estime que la manière de procéder de l'autorité inférieure qui consiste, sous réserve de l'acceptation d'une offre qu'elle juge insuffisante, à geler la procédure d'assainissement jusqu'à l'octroi de la concession, est contraire au droit. Dans ce cas, il lui appartient de recourir contre cette manière de faire selon les règles topiques, au besoin après avoir obtenu une décision. Si la recourante obtient gain de cause, elle pourra alors se faire indemniser de ses frais d'avocat selon les règles procédurales idoines.
E. 8.2 Concernant le travail inhérent aux demandes de remboursement, on ne voit guère en quoi le recours à un conseil juridique était nécessaire, et la recourante ne le démontre pas davantage. La recourante avait simplement à présenter à l'autorité les coûts nécessaires assortis des moyens de preuve correspondants. Si elle n'est pas d'accord avec l'appréciation de l'autorité inférieure quant au caractère nécessaire de certains coûts, elle est certes libre de se pourvoir d'un avocat et, cas échéant, d'interjeter recours. Toutefois et ainsi qu'il l'a déjà été expliqué plusieurs fois ci-avant, ce sont les règles procédurales idoines qui règleront l'éventuel droit à une indemnité de dépens, laquelle sera traitée, pour la présente procédure, ci-après dans la partie correspondante (consid. 12).
E. 8.3 La recourante fait encore valoir qu'un conseil juridique était nécessaire pour le suivi des modifications légales et de leurs implications éventuelles sur les procédures en cours. Premièrement, on observera que la recourante ne précise pas quelles dispositions auraient subi des modifications pour la période couverte par la demande de remboursement litigieuse. A cet égard, les art. 34 LEne, 10 LFSP et 32 OEne n'ont pas été modifiés durant cette période. En outre, même si tel avait été le cas, on voit mal que l'autorité inférieure, dont la tâche consiste à faire appliquer le droit, n'ait pas spontanément communiqué à la recourante ce que cela impliquait pour elle, au besoin par le rendu d'une décision. Enfin et plus généralement, il va de soi que l'on ne saurait admettre que l'intervention d'un conseil juridique est nécessaire simplement pour s'assurer que les dispositions topiques ne subissent pas de changement dans le temps.
E. 8.4 La recourante fait également valoir que l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire en ce qui concerne les questions du dédommagement en lien avec « l'expropriation » du droit d'eau immémorial. La recourante ne saurait être suivie. L'éventuelle expropriation de ses droits n'est ni l'objet de la présente procédure, qui porte sur l'indemnisation du coût des mesures d'assainissement ordonnées sur la base du droit de l'environnement, ni celui de la procédure d'assainissement ayant engendré lesdits coûts. Par ailleurs, si la recourante estime que la manière de procéder de l'autorité inférieure n'est pas admissible et est, matériellement, constitutive d'une expropriation, il lui appartient de faire recours sur ce point, lequel est extrinsèque au présent litige. Concernant la détermination de l'indemnisation de la mesure d'assainissement consistant en l'abandon de l'exploitation, variante que discutaient les parties avant la jurisprudence fédérale précitée (consid. 4.1), on ne voit pas en quoi la présence d'un conseil juridique était nécessaire et la recourante ne l'explique pas davantage. La recourante, en sa qualité d'exploitante de l'installation hydroélectrique concernée, doit disposer des connaissances et compétences suffisantes pour pouvoir se prononcer sur cette question. Si la recourante voulait bénéficier d'un avis tiers, en particulier celui de son conseil juridique, elle était libre de le faire, mais on ne saurait considérer les frais ainsi engagés comme nécessaires. Pour le surplus, il peut être renvoyé à ce qui a été dit concernant la proposition de l'autorité inférieure d'indemniser forfaitairement la recourante contre son engagement à abandonner son exploitation hydroélectrique (consid. 8.1.2).
E. 8.5 La recourante fait également valoir que l'intervention d'un avocat était nécessaire en lien avec la question du débit résiduel et les questions et variantes juridiquement possibles dans le cadre de la décision d'assainissement. Concernant la question du débit résiduel, on observera qu'une décision a été rendue à ce sujet le 24 novembre 2017 et que l'OFEV a formulé une opposition en date 22 janvier 2018, que la recourante estime non valable, de sorte qu'une procédure est en cours à ce sujet. Concernant ce qui serait « juridiquement possible » dans le cadre des différentes variantes, la recourante ne précise nullement de quoi il s'agit, de sorte que l'on ne voit pas en quoi l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire.
E. 8.6 La recourante tente également de justifier la nécessité de l'intervention d'un avocat en invoquant la manière dont l'autorité inférieure s'est comportée et de la méfiance ainsi suscitée. Concrètement, la recourante invoque que l'autorité a pris pour un fait établi que la recourante avait affirmé, lors de la séance du 6 mars 2019, que la présence d'un avocat n'était pas nécessaire alors que le procès-verbal avait été expressément contesté par elle. Elle se plaint également de ce que l'autorité a décidé unilatéralement de geler la procédure d'assainissement alors que des discussions tripartites étaient en cours selon un processus conjointement décidé. Le recourante ne saurait être suivie. Premièrement, on ne saurait admettre que le sentiment de méfiance d'une partie à l'encontre de l'autorité puisse justifier le remboursement des frais d'avocat ainsi engagés pour l'assister durant l'entier de la procédure. Si la partie en question s'estime lésée par une décision rendue, il lui est loisible d'interjeter recours. Si elle estime que le comportement de l'autorité est systématiquement problématique et que certains membres de l'autorité sont partiaux, il lui est loisible de déposer une demande de récusation. Secondement, les illustrations que la recourante donne pour justifier sa méfiance ne sont pas convaincants. En effet, concernant la phrase consignée dans le procès-verbal de la séance du 6 mars 2019, contestée par la recourante mais admise par l'autorité inférieure, il a déjà été expliqué plus haut qu'elle n'a pas fondé sa décision sur cet élément (consid. 4.3). Le second exemple donné n'est pas davantage fondé. En effet, si l'autorité inférieure a décidé de mettre un terme aux discussions en cours, elle a admis de supporter tous les frais engagés jusqu'alors qui étaient nécessaires au sens des dispositions applicables, de sorte que cette manière de faire n'a aucunement lésé la recourante. En outre, la décision de l'autorité de procéder de cette manière faisait suite à la jurisprudence du TF rendue dans l'intervalle, de sorte qu'il ne s'agit pas d'un changement d'attitude arbitraire qui ne reposerait sur aucun motif objectif. Le comportement de l'autorité ne saurait ainsi justifier aucune méfiance particulière.
E. 8.7 La recourante se prévaut enfin, d'une manière générale, de la complexité de l'affaire pour justifier le recours à un conseil juridique. Elle fait notamment valoir que différentes procédures sont imbriquées. A titre d'exemple cité parmi d'autres, le droit d'eau immémorial qui lui permet d'exploiter son installation hydraulique a été supprimé par une décision du canton du Jura du 29 juin 2021 contre laquelle un recours est actuellement pendant. L'argumentaire de la recourante ne convainc pas. Premièrement, elle n'explique pas concrètement en quoi la complexité dont elle se prévaut est d'ordre juridique. A cet égard, le fait qu'il y ait plusieurs procédures n'est pas déterminant. En effet, la nécessité de l'intervention d'un avocat doit s'évaluer non seulement pour chaque procédure, mais encore pour chaque acte de celle-ci. En outre, chaque fois que la recourante se voit notifier une décision, en principe aisément identifiable dès lors que celle-ci est ainsi intitulée et qu'elle comporte des voies de droit, elle peut évaluer l'opportunité de recourir à un avocat qui pourra, en cas d'intervention, faire valoir des dépens dans la procédure en cause selon les règles procédurales applicables. Par ailleurs, ces procédures sont pratiquement inhérentes à l'activité de la recourante qui exploite une installation hydraulique qui a des répercussions sur l'environnement de sorte qu'elle doit, sur le principe et sous réserve de questions ponctuelles, être capable d'y faire face seule. Ainsi, on ne saurait admettre que la seule existence de procédures connexes à la procédure d'assainissement suffise à justifier la nécessité de l'intervention d'un avocat. Plus généralement, et bien qu'elle affirme que l'intervention d'un conseil juridique a été évaluée isolément pour chaque acte et qu'elle ne concerne pas tous les pans de la procédure, il apparaît que la recourante a délégué d'une manière générale la conduite de la procédure à son conseil. En effet, la recourante prétend, dans son mémoire de recours du 20 janvier 2022, que « les prestations nécessaires à l'étude du projet et à l'exécution des mesures comprennent les frais liés à l'établissement des demandes de remboursement, le travail de correspondance de nature juridique, les séances du groupe de travail avec l'OFEV et l'ENV ainsi que la préparation des aspects légaux y liés, et l'examen des prises de position et des solutions possibles sous l'angIe juridique ». Dans ses observations finales, la recourante précise encore que l'implication de son conseil concerne « la conduite de la procédure et les aides très régulières qu'il faut apporter dans le l'analyse (juridique) des courriers et décisions des autorités (ENV, OFEV) et des réponses (juridiques) à leur apporter », sans néanmoins jamais préciser concrètement quelles problématiques juridiques devaient être résolues ou appelaient l'intervention d'un avocat. Certaines pièces au dossier démontrent d'ailleurs que l'intervention du conseil juridique a été très large. A titre d'exemple, c'est ce dernier lui-même qui, par courriel du 4 septembre 2018, a assumé la tâche d'envoyer à l'ENV une série de documents préalablement « compilés par la recourante et sa fiduciaire », soit des contrats concernant des crédits ainsi que les comptes de résultat de la société pour les années 2003 à 2016 . Aussi, lorsque l'ENV n'a pas envoyé son courrier du 11 novembre 2019 au conseil de la recourante mais seulement à cette dernière, celle-ci s'en est plainte, par l'entremise de son avocat, dans un mail du 10 décembre 2019, arguant que l'autorité inférieure savait que ce dernier était « son conseil dans ce dossier ». Or, si la recourante était libre de recourir à un avocat pour gérer l'entier ou une grande partie de la procédure, ou pour l'accompagner dans cette tâche, ces frais ne peuvent donner lieu à remboursement sur la base de l'art. 34 LEne et de ses dispositions d'application qui ne visent pas à financer, d'une manière générale, les frais d'assistance et de conseil juridique (consid. 6.9).
E. 9.1 La recourante se plaint ensuite de ce que l'autorité inférieure ne l'a pas totalement indemnisée des coûts liés aux « prestations d'ingénierie ». Il s'agit concrètement de prestations facturées par l'actionnaire de la recourante qui est également son administrateur unique. La recourante précise que celui-ci est intervenu en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique et qu'il est titulaire d'un Master of Advanced Studies en cette matière.
E. 9.2 L'autorité inférieure a d'abord estimé que tous les frais engagés postérieurement au courrier de l'ENV du 11 novembre 2019 sortaient de la procédure et n'étaient pas imputables ; elle a ainsi retranché un montant de 6'333.80 francs. Pour les prestations d'ingénierie engagées antérieurement, l'autorité inférieure a estimé que 62.9 heures facturées avaient trait à du travail administratif pour lequel un tarif de 146 francs/heure ne se justifiait pas et devaient être comptabilisées à un tarif de 100 francs/heure. Elle a ainsi rabattu un montant de 2'893.40 francs. Au final, l'autorité inférieure a admis d'indemniser la recourante pour un montant total de 14'598.30 francs.
E. 9.3 En l'espèce, il apparaît que l'actionnaire de la recourante, qui est aussi son administrateur unique, a géré l'entier - où une partie très importante - de la procédure pour la recourante. En effet, il ressort de ses « listing de frais » que celui-ci a participé à de multiples séances, toutes semble-t-il, soit des séances avec les services fiduciaires, avec l'avocat de la recourante et avec les autorités. Concernant les seuls « frais de correspondance », l'actionnaire-consultant a comptabilisé, pour la seule période du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, un total de 11'621.60 francs, soit 79 heures. On peut lire dans la détermination de la recourante du 14 octobre 2021 visant notamment à justifier l'intervention de celui-ci que « vu les services d'ingénieures [fournis par Aquarius Environnement & Sciences aquatiques Sarl] et de fiduciaire engagés [...], il est évident qu'à cette fin, étant donné la technicité et l'interdisciplinarité des questions qui se posent, la requérante devait être accompagnée dans la préparation du dossier, la coordination entre les experts et la communication de leurs conclusions aux autorités ». On observera également en marge que le mail du 4 septembre 2018, envoyé par le conseil juridique de la recourante et comptabilisé dans ses notes d'honoraire, mail par lequel il est simplement envoyé à l'autorité une série de documents (contrats de prêt et comptes de résultat de l'exploitante), a également été facturé par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant externe, de sorte que ce dernier a vraisemblablement comptabilisé des frais, au tarif de 146 francs/heure, soit pour avoir compilé les documents finalement envoyés par l'avocat, soit pour la lecture du mail de ce dernier qui n'avait aucune teneur juridique ni technique. Ainsi, la recourante a délégué la gestion de la procédure, pour une partie très importante en tout cas, non seulement à un conseiller juridique (consid. 8.7), mais également à son actionnaire et administrateur unique, qui a facturé des prestations en sa qualité de consultant externe, au prix du marché, TVA comprise, comme un tiers. Cette manière de procéder n'est pas admissible. Dans la mesure où la recourante exploite une centrale hydraulique, on est en droit de s'attendre à ce qu'elle dispose de certaines connaissances en la matière, au moins pour comprendre les différents rapports de spécialiste réalisés sur son mandat ou celui de l'autorité, et qu'elle n'ait pas besoin de recourir à un tiers pour les traduire ou les comprendre, ni pour « la préparation des dossiers, la coordination entre les experts et la communication de leurs conclusions aux autorités ». S'il la recourante devait s'avérer sous-dotée et qu'elle eût ainsi été contrainte de recourir à un tiers - en l'occurrence l'actionnaire et administrateur unique de la société - pour effectuer des prestations inhérentes à son activité d'exploitante d'une centrale hydraulique, lesdites prestations ne peuvent être comptabilisées au tarif du marché. Par conséquent, la recourante ne saurait se plaindre, concernant les heures consacrées à la correspondance, de leur comptabilisation à un tarif de 100 francs/heures au lieu des 146 francs/heures facturés par son actionnaire et administrateur unique. Pour les tâches effectuées par ce dernier qui ne relèvent pas de la « correspondance » mais des « dossiers et séances », soit des tâches qui comprennent notamment la participation à des séances et « un travail de coordination », leur comptabilisation, ici admise par l'autorité inférieure, à un tarif de 146 franches/heures apparaît particulièrement généreuse. Au final, la recourante a été très avantageusement indemnisée et ses griefs à ce sujet sont mal-fondés.
E. 9.4 Concernant les frais engagés après le 11 novembre 2019, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir considéré qu'ils n'étaient pas imputables. En effet, à partir de ce moment-là et ainsi qu'il l'a déjà été expliqué (consid. 4.1), la recourante savait que soit elle acceptait l'offre forfaitaire qui lui était soumise, ce qui entraînait la clôture de la procédure, soit elle la refusait et celle-ci était gelée jusqu'à l'issue de la procédure d'octroi de concession. Ainsi, les frais engagés postérieurement à cette date sortaient en tout état de cause du cadre procédural tracé par l'autorité et n'étaient plus justifiés. Ils ne pouvaient ainsi donner lieu à aucune indemnisation.
E. 10.1 La recourante fait valoir que l'OFEV, par la décision attaquée, a modifié sa pratique établie dans le cadre de ses deux premières demandes de remboursement. Ce « revirement de jurisprudence » ne reposerait sur aucune raison objective et ne serait par conséquent pas admissible. La recourante se plaint de ce que ce changement de jurisprudence porte une atteinte grave à la sécurité juridique en ce sens qu'elle pouvait et devait partir du principe que tous les coûts qu'elle engagerait en lien avec les mesures d'assainissement lui seraient remboursés. L'autorité inférieure fait d'abord valoir que, si elle avait admis, dans sa décision du 24 juin 2019, d'indemniser une partie des frais juridiques de la recourante, c'est que ceux-ci étaient liés à l'acquisition de terrain et au droit d'eau, de sorte que l'intervention d'un avocat pouvait s'avérer nécessaire, ce qui n'est pas le cas dans la présente cause. Ainsi, la décision du 24 juin 2019 et celle, présentement attaquée, du 5 mai 2022, ne couvriraient pas des états de fait comparables. L'autorité inférieure fait en outre valoir que si elle avait décidé, à l'époque, de rembourser ces frais qui avaient été déjà engagés, elle avait clairement indiqué qu'à l'avenir les frais juridiques devraient se limiter au strict nécessaire pour la réalisation des travaux. A cet égard, l'autorité inférieure produit le mail d'accompagnement de la décision du 24 juin 2019, soit un mail du 26 juin 2019, envoyé à l'ENV et dans lequel il est précisé que les frais d'intervention du conseil juridique de la recourante en lien avec la séance du 6 mars 2019 ne pourraient plus être considérés comme nécessaires au sens de l'OEne. L'OFEV prétend que la teneur de ce mail a été communiquée par l'ENV à la recourante.
E. 10.2 Dans ses observations finales, la recourante affirme que si l'OFEV voulait amorcer un changement de jurisprudence, elle aurait dû communiquer cette information dans la décision du 24 juin 2019, et non pas dans un mail d'accompagnement adressé à l'ENV. En outre, la recourante conteste avoir été jamais informée par l'ENV de la teneur du mail de l'OFEV du 26 juin 2019.
E. 10.3 La pratique administrative désigne la répétition régulière et constante dans l'application d'une norme par les autorités de premières instance (Moor/Flückiger /Martenet, Droit administratif I, les fondements, 3ème éd. 2012, p. 89). La modification d'une pratique administrative obéit fondamentalement aux principes prévalant en matière de revirement de jurisprudence. Le changement de jurisprudence doit reposer sur des raisons sérieuses et objectives, telles qu'une connaissance plus exacte de l'intention du législateur, la modification des circonstances extérieures, un changement de conception juridique ou l'évolution des moeurs. Cela étant, plus la jurisprudence est constante, plus le juge sera exigeant quant à la valeur des motifs invoqués (ATF 142 V 112 consid. 4.4; 139 V 307 consid. 6.1). Au demeurant, une modification de jurisprudence s'impose s'il apparaît, après un examen sérieux et approfondi, que la loi n'a pas le sens retenu jusqu'alors ou qu'une modification des circonstances exige un changement dans l'usage d'une liberté d'appréciation (ATF 108 Ia 122 consid. 1). Si une jurisprudence se révèle erronée ou que son application a conduit à des abus répétés, elle ne saurait être maintenue (ATF 136 V 316). La sécurité du droit et le droit à la protection de la bonne foi (art. 9 Cst), cas échéant la protection de la confiance, exigent parfois qu'un revirement soit d'abord annoncé avant que, dans une espèce ultérieure seulement, il puisse devenir effectif. Ainsi en va-t-il lorsque le changement de jurisprudence est susceptible de provoquer la péremption d'un droit que l'intéressé aurait pu éviter s'il avait connu la nouvelle jurisprudence ou que ses effets sont excessivement rigoureux (ATF 142 V 551 consid. 4.1, ATF 135 II 78 consid. 3.2, ATF 111 Ia 108; Moor/Flückiger /Martenet, op. cit., p. 86).
E. 10.4 On observera en préambule que la recourante n'a pas expliqué en quoi l'affirmation de l'autorité inférieure selon laquelle la décision attaquée ne serait pas comparable à celle du 24 juin 2019 - en raison de problématiques différentes - était mal fondée. Quoiqu'il en soit, il n'y a pas besoin de trancher cette question, ce qui nécessiterait des investigations supplémentaires en lien avec les demandes d'indemnisation passées. En effet, même s'il fallait admettre que les deux décisions sont comparables, la « pratique » qui aurait été modifiée par l'autorité inférieure consisterait en une seule décision, celle du 24 juin 2019, à l'occasion de laquelle il a été statué sur les demandes des 8 juin 2017 et 1er octobre 2018. En ces circonstances, on ne saurait parler d'une pratique bien établie de l'autorité inférieure. En outre, si les deux décisions étaient bel et bien comparables, cela signifierait alors que la décision du 24 juin 2019 a été, au regard des dispositions applicables et dont la teneur a été précisée plus haut (consid. 6), excessivement généreuse en faveur de la recourante, de sorte qu'il y aurait un motif objectif à modifier la pratique de l'autorité inférieure, qui se serait trop écartée de la volonté du législateur qui était de préserver les droits acquis des exploitants et non pas de financer d'une manière générale les frais d'assistance juridique engagés par ces derniers (consid. 6.9). Enfin, les principes de la bonne foi et de la confiance ne font aucunement obstacle au changement immédiat d'une hypothétique pratique. En effet, la recourante réclame, dans la présente procédure, des frais d'avocat pour la période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020. Ainsi, une partie des frais revendiqués a été engagée avant que la première décision, datée du 24 juin 2019, ait été rendue, de sorte que celle-ci n'a d'emblée pu fonder aucune confiance pour lesdits frais qui lui sont antérieurs. Concernant l'indemnisation des frais d'avocat postérieurs, l'OFEV avait fait part de ses réticences à la recourante dans son projet de décision du 4 avril 2019 déjà. Prenant position sur celui-ci, la recourante a estimé que « le dernier paragraphe, en particulier s'agissant des frais d'avocat, est à la fois surprenant et inadéquat. En effet, le texte que vous avez adressé à ma cliente est une proposition de décision qui porte sur une demande de versement anticipée n°2 de sorte que l'autorité n'a pas à évoquer, ni a fortiori à se prononcer sur une éventuelle future demande de remboursement n°3 ». Dans la décision 24 juin 2019, dans la partie consacrée à l'état de fait, on peut lire que la recourante « réfute les considérations de l'OFEV quant aux frais d'avocat évoqués en relation avec la prochaine demande d'indemnisation ». A cela s'ajoute que l'OFEV, dans sa publication datée de 2016 (consid. 6.3), soit avant que la recourante n'engage les frais d'avocat litigieux, indiquait clairement et expressément que « sont imputables uniquement les coûts directs liés à la construction [...] tels les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux », formulation qui n'est pas compatible avec l'interprétation extensive de la notion d'indemnisation des coûts dont se prévaut la recourante. Cette dernière avait à l'évidence connaissance de cette publication puisqu'elle allègue dans son recours que les discussions avec l'autorité avaient essentiellement été guidées par cette brochure. En résumé, la question de savoir si la décision attaquée est véritablement constitutive d'un changement de pratique peut rester ouverte. En effet, une correcte application de la loi commandait le rendu de la décision du 5 mai 2022, de sorte qu'il existait en tout état de cause un motif objectif justifiant le changement d'une hypothétique pratique qui, trop généreuse, eût alors outrepassé la volonté du législateur, au détriment d'une administration économe des deniers publics. En outre, la recourante ne peut se prévaloir du principe de la confiance pour justifier de percevoir une indemnisation plus étendue que ne le prévoit l'esprit de la loi, dès lors qu'une partie des coûts a été engagée antérieurement à la décision censée fonder une hypothétique confiance, et que l'autre a été engagée postérieurement à la manifestation de réticences par l'autorité quant à l'indemnisation future des frais d'avocat. Enfin, l'OFEV avait publié en 2016 déjà une brochure dont la teneur n'était pas compatible avec la conception extensive de l'indemnisation des coûts d'avocat revendiquée par la recourante. Il s'ensuit que le grief pris de l'interdiction du changement de pratique, mal fondé, est rejeté.
E. 11 Il résulte de ce qui précède que le recours, mal fondé, est rejeté.
E. 12 Eu égard à l'issue de la cause, il y a lieu de mettre des frais de procédure, par 2'000 francs, à la charge de la recourante (art. 63 al. 1 PA en relation avec les art. 1 à 3 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320). Ceux-ci sont prélevés sur l'avance de frais équivalente fournie le 29 juin 2022. Il n'est pas alloué de dépens. (dispositif à la page suivante)
Dispositiv
- Le recours est rejeté.
- Les frais de procédure de 2'000 francs sont mis à la charge de la recourante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà fournie le 29 juin 2022.
- Il n'est pas alloué de dépens.
- Le présent arrêt est adressé à la recourante, à l'autorité inférieure et à l'ENV. L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante. La présidente du collège :
Volltext (verifizierbarer Originaltext)
Bundesverwaltungsgericht Tribunal administratif fédéral Tribunale amministrativo federale Tribunal administrativ federal Cour I A-2711/2022 Arrêt du 28 février 2023 Composition Claudia Pasqualetto Péquignot (présidente du collège), Jürg Marcel Tiefenthal, Maurizio Greppi, juges, Manuel Chenal, greffier. Parties Moulin-Grillon SA, Route des Rangiers 60, 2882 St-Ursanne, représentée par Maître Philippe Frésard, Kellerhals Carrard Bern KIG, Effingerstrasse 1, Postfach, 3001 Bern, recourante, contre Office fédéral de l'environnement OFEV, Division Eaux, 3003 Bern, autorité inférieure. Objet énergie (divers) ; indemnisation de coûts imputables aux frais effectifs d'assainissement selon la LEne. Faits : A. Moulin-Grillon SA (l'exploitante) est au bénéfice d'un droit d'eau distinct et permanent sur le Doubs et exploite une centrale hydroélectrique à Saint-Ursanne dans le canton du Jura. B. Par décision sur opposition du 17 août 2016, l'Office de l'environnement de la République et Canton du Jura (ENV), après avoir constaté que le seuil de l'usine hydroélectrique exploitée par Moulin-Grillon SA constituait un obstacle difficilement franchissable pour certaines espèces de poisson, a enjoint cette dernière de prendre différentes mesures d'assainissement de montaison et de dévalaison afin de permettre ou de favoriser la migration du poisson. L'indemnisation des mesures d'assainissement était réservée. C. C.a Par courrier du 8 juin 2017, Moulin-Grillon SA (la requérante) a adressé à l'ENV une première demande de remboursement et de versement anticipé d'un montant de 384'989 francs, dont 73'503 francs de frais de conseils juridiques, pour la planification des mesures de montaison, soit une passe technique dans le cours d'eau et un ruisseau de contournement. C.b Après avoir formulé un préavis positif, l'ENV a transmis la requête à l'Office fédéral de l'environnement (OFEV) qui l'a transmise, avec prise de position, à Swissgrid, alors autorité compétente. C.c Par décision du 23 novembre 2017, Swissgrid a octroyé à la requérante un versement de 294'297 francs. Concernant les frais de conseils juridiques, Swissgrid a suivi la position de l'OFEV selon laquelle ils devaient être davantage documentés et pourraient faire l'objet d'une demande de financement ultérieure. D. Le 30 avril 2018, l'exploitante a déposé une étude sommaire, demandée par l'OFEV et l'ENV, réalisée par Aquarius Sarl et portant sur les variantes d'assainissement de Moulin-Grillon SA, y compris l'abandon de l'exploitation. E. E.a Par courrier du 1er octobre 2018, la requérante a adressé à l'ENV une deuxième demande de remboursement et de versement anticipé de 136'349.10 francs. Concernant les frais de conseils juridiques, elle a réclamé ceux qu'elle avait déjà fait valoir dans sa demande du 8 juin 2017, réévalués à 69'910.69 francs, ainsi que des frais de conseils juridiques engagés ultérieurement pour un montant de 13'830.05 francs couvrant la période du 1er avril 2017 au 30 juin 2018. E.b Le 10 octobre 2018, l'ENV a donné un préavis positif concernant cette demande. E.c Par décision du 24 juin 2019, l'OFEV a indemnisé la requérante d'un montant de 127'312.25 francs. Concernant les frais de conseils juridiques, l'autorité a jugé que ceux qui portaient sur les prestations en lien avec le droit d'eau (1'577.31 francs) et qui étaient relatifs au dépôt d'une plainte pénale (7'459.54 francs) n'étaient pas strictement nécessaires et ne pouvaient ainsi donner lieu à indemnisation. Elle a en revanche admis les autres frais de conseils juridiques. F. F.a Le 6 septembre 2018, l'ENV, l'OFEV et la recourante ont conclu une convention tripartite par laquelle le canton du Jura assume la construction de la mesure d'assainissement de la montaison, soit le ruisseau de contournement. F.b Le 11 décembre 2019, l'ENV a adressé à l'OFEV une demande de remboursement pour la construction dudit ruisseau. F.c Par décision du 25 février 2020, l'OFEV a octroyé un versement de 972'200.50 à l'ENV pour l'indemnisation de la mesure mise en oeuvre. G. Par courrier du 20 mai 2021, la requérante a adressé à l'ENV une troisième demande de remboursement et de versement anticipé pour un montant total de 49'704.90 francs, comprenant 4'835.30 francs liés à des prestations réalisées par le bureau Aquarius pour l'étude sommaire demandée par l'OFEV, 5'051.15 francs pour des prestations de la fiduciaire Juravenir SA en lien avec ladite étude, ainsi que 15'282.45 de frais de conseils juridiques pour une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020 et 24'536.00 francs pour des prestations de consultation en matière d'aménagement hydraulique réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante pour une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020. H. Par décision du 5 mai 2022, l'OFEV (l'autorité inférieure) a indemnisé la requérante à hauteur de 27'767.45 francs, rejetant la demande pour le surplus. L'autorité a admis d'indemniser l'entier des prestations réalisées par le bureau Aquarius et par la fiduciaire Juravenir SA. En revanche, parmi les 15'282.45 francs en lien avec les prestations d'avocat, l'autorité inférieure a estimé que seuls 2'327.18 francs étaient imputables, les autres frais étant jugés non nécessaires à la réalisation des mesures d'assainissement. Concernant les prestations de consultation en matière d'aménagement hydraulique, l'autorité inférieure a estimé que seuls 14'598.30 francs étaient imputables. I. Par mémoire du 20 juin 2022, la requérante (la recourante) a interjeté recours contre cette décision. Elle conclut principalement à ce que l'entier des coûts qui lui ont refusés, sous réserve de 280 francs comptabilisés à tort, lui soit remboursé, soit un montant supplémentaire de 21'635.85 francs. La recourante se prévaut d'une constatation inexacte des faits et d'une violation du droit d'être entendue. Au fond, elle fait notamment valoir que la décision attaquée viole les dispositions légales topiques qui prévoient une indemnisation totale des frais engagés et, qu'en outre, cette décision constitue un revirement de jurisprudence qui n'est pas objectivement justifié. J. Par réponse du 15 août 2022, l'autorité inférieure est restée sur sa position, détaillant certains de ses arguments. K. La recourante a déposé ses observations finales le 3 octobre 2022. L. Les autres faits pertinents seront examinés dans les considérants en droit ci-dessous. Droit : 1. 1.1 La procédure de recours est régie par la loi fédérale sur la procédure administrative (PA, RS 172.021), pour autant que la loi sur le Tribunal administratif fédéral (LTAF, RS 173.32; art. 37 LTAF) n'en dispose pas autrement. Le Tribunal examine d'office et librement sa compétence (art. 7 al. 1 PA) et la recevabilité des recours qui lui sont soumis. 1.2 Conformément à l'art. 31 LTAF, et sous réserve des exceptions prévues à l'art. 32 LTAF, le Tribunal est compétent pour connaître des recours contre les décisions au sens de l'art. 5 PA prises par les autorités mentionnées à l'art. 33 LTAF. En l'espèce, l'acte attaqué n'entre pas dans le champ d'exclusion de l'art. 32 LTAF. L'OFEV est une autorité précédente au sens de l'art. 33 let. d LTAF (annexe I/B/VII ch. 1.7 de l'ordonnance sur l'organisation du gouvernement et de l'administration [OLOGA, RS 172.010.1]). Le Tribunal est ainsi compétent pour connaître du recours. 1.3 Etant destinataire de la décision attaquée, la recourante est particulièrement atteinte et a un intérêt digne de protection à requérir son annulation (art. 48 al. 1 PA). La qualité pour recourir lui est donc reconnue. 1.4 En outre, les dispositions relatives au délai, à la forme et au contenu du recours sont respectées (art. 50 et 52 PA). Il est dès lors recevable, de sorte qu'il convient d'entrer en matière. 2. 2.1 En sa qualité d'autorité de recours, le Tribunal dispose d'une pleine cognition. Il revoit librement l'application du droit par l'autorité inférieure (art. 49 PA), y compris l'excès ou l'abus du pouvoir d'appréciation (let. a), la constatation des faits (let. b) et l'opportunité de la décision attaquée (let. c), tous griefs que le recourant peut soulever à l'appui de son recours. 2.2 Le Tribunal fait cependant preuve d'une certaine retenue dans l'exercice de son libre pouvoir d'examen lorsque la nature des questions litigieuses qui lui sont soumises l'exige, singulièrement lorsque leur analyse nécessite des connaissances spéciales ou encore lorsqu'il s'agit de circonstances que l'autorité qui a rendu la décision connaît mieux (ATF 142 II 451 consid. 4.5.1 ; arrêts du TAF A-536/2022 du 26 octobre 2022 consid. 2.2, A-1268/2021 du 31 mai 2022 consid. 2.1). Dans de tels cas, le Tribunal ne substituera son appréciation à celle de l'autorité inférieure que s'il a de bonnes raisons de le faire (arrêt du TAF A-941/2021 du 18 août 2021 consid. 2.2). Cette réserve n'empêche pas le Tribunal d'intervenir lorsque la décision attaquée apparaît objectivement inopportune (TAF 2007/34 consid. 5 ; arrêt du TAF A-3288/2017 du 3 décembre 2018 consid. 2.1). 2.3 Conformément à la maxime inquisitoire, le Tribunal vérifie d'office les faits constatés par l'autorité inférieure (art. 12 PA), sous réserve du devoir de collaborer des parties (art. 13 PA). Le Tribunal applique le droit d'office, sans être lié par les motifs invoqués (art. 62 al. 4 PA), ni par l'argumentation juridique développée dans la décision entreprise. Il se limite en principe aux griefs soulevés et n'examine les questions de droit non invoquées que dans la mesure où les arguments des parties ou le dossier l'y incitent (ATF 135 I 91 consid. 2.1 ; ATAF 2014/24 du 27 février 2014 consid. 2.2 et ATAF 2012/23 du 15 juin 2011 consid. 4). 3. 3.1 L'objet du litige consiste à déterminer si c'est à bon droit que l'autorité inférieure a refusé d'indemniser la recourante d'une partie des coûts qu'elle a fait valoir dans sa demande du 20 mai 2021. 3.2 Cette troisième demande d'indemnisation - de même que les deux précédentes - s'inscrit dans le cadre de la procédure ordonnée par l'ENV visant à l'assainissement de l'usine hydroélectrique de Moulin-Grillon SA, laquelle constitue un obstacle à la migration du poisson (consid. B). Dans le cadre de cette procédure d'assainissement, différentes variantes ont été étudiées. Une mesure d'assainissement consistant en la création d'un ruisseau de contournement a également été réalisée. La recourante a obtenu le remboursement de certains coûts liés à l'examen de ces variantes dans le cadre des deux premières demandes d'indemnisation. Dans le cadre de la troisième demande d'indemnisation ayant débouché sur la décision attaquée, la recourante revendique des coûts liés, directement ou indirectement, à l'étude sommaire du 30 avril 2018, demandée par l'OFEV et l'ENV à la recourante, réalisée par la société Aquarius et portant sur les variantes d'assainissement du seuil de l'exploitation de la recourante, y compris la variante d'abandon définitif de l'exploitation que les parties semblaient privilégier à mesure que les discussions avançaient. Une partie des coûts comprend également des frais résiduels concernant la première mesure d'assainissement de la montaison. L'autorité inférieure a refusé d'indemniser certains coûts ayant trait aux frais d'intervention du conseil juridique de la recourante et à des prestations d'ingénierie. Concernant les frais d'intervention du conseil juridique de la recourante, qui couvrent une période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, l'autorité inférieure, sur les 15'282.45 francs revendiqués, en a admis 2'327.18, de sorte qu'un montant de 12'955.27 francs est litigieux. Concernant les «prestations d'ingénierie» réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique, prestations allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, l'autorité inférieure a admis d'indemniser, sur les 24'536.00 francs demandés, 15'553.82 francs, de sorte que 8'680.58 francs sont litigieux, étant à préciser que le refus d'indemniser la recourante de 280 francs (hors TVA) de frais de transport comptabilisés à tort pour une séance téléphonique n'est pas contesté. Les autres coûts ont été admis. 3.3 Juridiquement, la recourante fait grief à l'autorité inférieure d'avoir constaté les faits de manière inexacte (consid. 4) et de n'avoir pas motivé à suffisance la décision attaquée, violant ainsi son droit d'être entendue (consid. 5). Au fond, la recourante reproche à l'autorité inférieure d'avoir mal appliqué le droit fédéral concernant l'imputabilité des coûts liés à des mesures d'assainissement (consid. 6-8) et d'avoir procédé à un revirement de jurisprudence injustifié (consid. 9).
4. La recourante se plaint d'une constatation inexacte des faits sur plusieurs points. 4.1 La recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir indiqué, à tort, qu'elle n'avait pas demandé le détail des paramètres utilisés pour calculer l'indemnité forfaitaire qui lui a été proposée par courrier du 11 novembre 2019. Pourtant, à la lecture de la décision attaquée, force est de constater que l'autorité n'a pas, à tout le moins pas expressément, nié cette demande mais a indiqué que « la requérante n'a pas accepté l'offre dans le délai ». On comprend toutefois, à la lecture de son mémoire de recours, que la recourante reproche en réalité à l'autorité inférieure d'avoir considéré que sa réponse du 16 janvier 2020 valait refus de l'offre forfaitaire et entraînait ainsi la suspension de la procédure. En l'espèce, l'ENV a indiqué à la recourante, par courrier du 11 novembre 2019, qu'il avait été informé par l'OFEV des conséquences de l'ATF 145 II 140, rendu dans l'intervalle, sur la procédure d'assainissement en cours. L'ENV rapportait qu'en vertu de cette jurisprudence, les droits d'eau perpétuels ou immémoriaux, tels celui de la recourante, s'éteignent au plus tard après une période de 80 ans. Concrètement, l'exploitation hydraulique de la recourante « devait être soumise au droit actuel sans aucunement dédommagement ». L'OFEV invitait ainsi l'ENV à lancer une procédure d'octroi de concession. Le courrier précisait que « jusqu'à l'éventuel octroi de la concession, la procédure en lien avec l'assainissement de la dévalaison du poisson serait gelée ». Le courrier indiquait toutefois que les autorités cantonales et fédérales, dans le cadre d'une « démarche à l'amiable », s'étaient mises d'accord pour que l'OFEV soumette à la recourante « une ultime proposition d'indemnisation forfaitaire visant à assainir la dévalaison du poisson », soit un dédommagement forfaitaire de 250'000 francs (dont 50'000 francs pour les coûts de déconstruction) contre l'engagement de la recourante à renoncer définitivement à son exploitation, ce qui aurait alors clos la procédure d'assainissement. Un délai était imparti à la recourante pour accepter ladite proposition. En annexe figurait le courrier que l'OFEV avait adressé le 29 août 2019 à l'ENV et dans lequel on peut lire que « la procédure et les discussions actuelles en rapport avec la dévalaison du poisson ainsi que l'ampleur du dédommagement de l'exploitant selon l'art. 34 LEne sont, par conséquent, suspendues jusqu'à la fin de la procédure d'octroi de la concession ». Après avoir obtenu une prolongation de délai, la recourante a répondu par courrier du 16 janvier 2020. Elle y indique, en substance, que la proposition est très insuffisante et ne respecte pas les principes de l'ordre juridique suisse dès lors que son cas relève de l'expropriation et que l'indemnité doit se calculer en conséquence. Elle demande également à ce que lui soient communiqués les paramètres précis du calcul de ce qu'elle nomme « l'indemnité d'expropriation ». L'autorité inférieure a estimé que la recourante n'avait pas accepté l'offre dans le délai imparti et que la procédure d'assainissement en cours était alors gelée. En ces circonstances, on ne saurait faire grief à l'autorité d'avoir interprété la réponse de la recourante comme un refus de ce qui était expressément présenté comme une « ultime offre forfaitaire », bien que la recourante concluait son courrier en demandant à en connaître les paramètres de calcul. En effet, la recourante répondait avoir droit à « une indemnité d'expropriation », soit une indemnité pleine et entière, alors que l'autorité estimait, sur la base de la jurisprudence fédérale précitée, que la recourante n'avait droit à aucun dédommagement et que l'offre soumise consistait déjà en une faveur qui lui était consentie pour régler rapidement l'affaire. L'indication du caractère forfaitaire de l'offre, l'invocation de la jurisprudence fédérale et de ses implications pour le cas d'espèce marquaient que l'autorité n'entendait pas entrer en négociation. La conséquence de la non acceptation de l'offre dans le délai imparti était que la procédure d'assainissement était « gelée jusqu'à l'éventuel octroi de la concession », ainsi que cela ressort clairement du courrier précité du 11 novembre 2019. La question de savoir si l'autorité a correctement appliqué la jurisprudence fédérale et pouvait ainsi geler la procédure d'assainissement en cours jusqu'à l'éventuel octroi d'une concession n'est pas l'objet de la présente procédure, qui porte exclusivement sur l'indemnisation des coûts liés à des mesures d'assainissement. L'autorité était compétente pour suspendre la procédure et si la recourante estimait ou estime que cette manière de faire n'est pas conforme au droit, il lui appartenait - cas échéant il lui appartiendra - de faire recours sur ce point conformément aux règles procédurales idoines. On observera que même s'il fallait retenir que l'autorité ne pouvait pas valablement considérer que son offre de dédommagement forfaitaire avait été refusée sans avoir préalablement transmis à la recourante les paramètres de calcul demandés et sans lui avoir imparti un nouveau délai pour se positionner, la situation ne serait pas différente pour le présent litige. En effet, dans cette hypothèse, la recourante savait qu'elle avait deux options ; soit elle acceptait l'offre forfaitaire - ce qui eût entraîné la clôture de la procédure d'assainissement -, soit elle la refusait et dite procédure était suspendue. Ainsi, la recourante devait savoir qu'à partir du 11 novembre 2019, d'éventuels coûts qu'elle engagerait pour l'analyse d'autres mesures d'assainissement sortaient du cadre procédural tracé par l'autorité et ne pourraient ainsi donner lieu à indemnisation. Il résulte de ce qui précède que l'autorité inférieure a correctement établi le fait litigieux - la non-admission dans le délai imparti de l'offre forfaitaire du 11 novembre 2019 - et qu'en outre, même si tel n'eût pas été le cas, cela n'eût pas prêté à conséquence pour le présent litige. 4.2 La recourante fait également grief à l'autorité inférieure d'avoir nié l'engagement tenu par l'un de ses collaborateurs lors de la séance du 6 mars 2019 et selon lequel l'entier des frais d'avocat serait pris en charge. Ni les différentes versions du procès-verbal de cette séance figurant au dossier, où les remarques de la recourante sont surlignées en vert, ni, surtout, le courriel de la recourante du 17 avril 2019 dans lequel son mandataire fait valoir une série de corrections à apporter au procès-verbal litigieux, ne mentionnent qu'un collaborateur de l'OFEV aurait tenu un tel propos. Or, on peine à concevoir que si cette phrase ait été véritablement tenue, la recourante ne l'ait pas même mentionné dans son courrier du 17 avril 2019 qui visait précisément à faire corriger le procès-verbal de la séance du 6 mars 2019, et ce d'autant plus qu'elle demandait d'autres adaptations en lien avec la question de l'imputabilité des frais d'avocat. Il en résulte que l'allégation de la recourante n'apparaît pas crédible. Ainsi, c'est à juste titre que l'autorité n'a pas tenu le fait en question pour établi. 4.3 La recourante reproche enfin à l'autorité inférieure d'avoir retenu que, lors de la séance du 6 mars 2019 toujours, la recourante aurait affirmé « que les principes sont clairs et qu'un avocat n'était en effet pas nécessaire pour cette séance ». Or, la recourante a expressément contesté avoir tenu ce propos lorsque le procès-verbal lui a été soumis, en particulier dans son courrier du 17 avril 2019. En l'espèce, la recourante reproche expressément à l'autorité inférieure de « prendre pour fait établi un fait en réalité totalement contesté ». Or, dans la mesure où il appartient à l'autorité d'établir l'état de fait, on ne saurait lui reprocher d'avoir admis un fait pour le seul motif qu'il est contesté par une partie. En outre, il paraît logique que l'OFEV, qui était présente à cette séance et qui a charge d'établir l'état de fait pour rendre sa décision, adopte finalement sa propre version. Nous ne sommes pas ici dans la situation où l'autorité inférieure aurait aveuglément fait foi en des allégations rapportées par un tiers qui seraient contestées par la recourante, donnant sans motifs raison au premier au détriment de la seconde, sans instruction ni véritable arbitrage. Tout au plus pourrait-on reprocher à l'autorité inférieure de n'avoir pas expressément indiqué, dans sa décision, que la phrase litigieuse consignée dans le procès-verbal était contestée. Quoiqu'il en soit, l'autorité inférieure n'a pas fondé sa décision attaquée sur ledit procès-verbal ni la phrase litigieuse, mais bien sur les dispositions applicables en vertu desquelles elle a estimé que les frais d'intervention d'un avocat n'étaient pas nécessaires et, par conséquent, pas remboursables. C'est uniquement en réponse à l'allégation tenue par la recourante dans le cadre de l'exercice de son droit d'être entendue selon laquelle un collaborateur de l'OFEV aurait assuré, lors de la séance du 6 mars 2019, que les frais d'avocat seraient pris en charge - allégation non crédible ainsi qu'on l'a vu ci-avant (consid. 4.2) - que l'autorité inférieure a indiqué que non seulement un tel engagement ne figurait pas au procès-verbal, mais qu'en plus ce dernier faisait, au contraire, état de ce que la présence d'un avocat n'était pas nécessaire. Ainsi, la décision de l'autorité de ne pas indemniser les frais d'avocat de la recourante ne se fonde pas sur le fait contesté par cette dernière - à savoir que la recourante aurait reconnu elle-même que l'intervention d'un avocat n'était pas nécessaire - de sorte qu'une constatation inexacte dudit fait ne saurait en tout état de cause porter à conséquence.
5. La recourante invoque également une violation de son droit d'être entendue. Si elle ne conteste pas avoir eu l'occasion de se déterminer avant que la décision ne soit rendue, elle se plaint en revanche de ce que la décision attaquée n'examine pas, ou trop brièvement, certains de ses allégués. Plus généralement, elle serait insuffisamment motivée. 5.1 Le droit d'être entendu est inscrit à l'art. 29 al. 2 de la Constitution fédérale (Cst., RS 101). Le droit d'obtenir une décision motivée, émanation du droit d'être entendue, est expressément consacré, en procédure administrative fédérale, par l'art. 35 al. 1 PA. Selon la jurisprudence, si le juge a certes l'obligation de mentionner, au moins brièvement, les motifs qui l'ont guidé et sur lesquels il a fondé sa décision, il n'est en revanche pas tenu de discuter tous les arguments soulevés par les parties ; il peut se limiter à ceux qui lui apparaissent pertinents (ATF 136 I 229 consid. 5.2; 136 V 351 consid. 4.2; 134 I 83 consid. 4.1; 133 III 439 consid. 3.3; 130 II 530 consid. 4.3). 5.2 Dans sa décision attaquée, l'autorité a rapporté la substance des arguments de la recourante et y a répondu de manière claire. Les raisons pour lesquelles l'autorité a rejeté lesdits arguments et arrêté la décision du 5 mai 2022 sont pleinement intelligibles et ont permis à la recourante de contester adéquatement cette dernière. Autre est la question de savoir si cette motivation est convaincante. Ainsi, la motivation de la décision attaquée satisfait aux exigences posées par la jurisprudence. En outre, les reproches faits à l'autorité inférieure de n'avoir pas pris position sur certaines allégations que la recourante avait notamment formulées à l'occasion de l'exercice de son droit d'être entendue, soit dans son courrier du 14 octobre 2021, ne sont pas pertinents. 5.2.1 En effet, la recourante reproche d'abord à l'autorité inférieure d'avoir passé sous silence, dans la décision attaquée, qu'un de ses collaborateurs avait lui-même admis lors de la séance du 6 mars 2019 que « Ie cas de Moulin-Grillon [était] particulièrement complexe». La recourante est d'avis que cette complexité justifiait l'intervention d'un avocat, de sorte qu'il s'agit là d'un fait important. Ainsi qu'on le verra en détail au fond ci-après dans le considérant correspondant auquel il est renvoyé (consid. 8.7), l'éventuelle complexité de l'affaire ne saurait, à elle seule, justifier l'indemnisation des frais d'intervention d'un conseil juridique. En outre, à la lecture du procès-verbal de ladite séance, rien n'indique que le collaborateur de l'OFEV faisait référence à une complexité d'ordre juridique. En ces circonstances, l'autorité inférieure n'avait pas nécessairement à prendre expressément position sur la phrase extraite dudit PV dont se prévaut la recourante, dite déclaration n'étant d'emblée pas déterminante pour le sort de la présente cause. Plus généralement, c'est à la recourante qu'il appartenait de démontrer en quoi l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire, ce qu'elle n'a pas fait à suffisance (consid. 8 ss). 5.2.2 La recourante fait également valoir que la décision attaquée ne mentionne pas que I'OFEV et l'ENV se sont engagés à supporter les frais de la procédure relative à l'étude sommaire portant sur l'analyse de variantes d'assainissement, ni ne s'attarde sur le fait que l'ENV lui-même s'était engagé à ce que les coûts soient pris en charge. En premier lieu, il faut observer que la recourante a été indemnisée totalement des frais de l'étude en question réalisée par la société Aquarius le 30 avril 2018, ce qu'elle ne conteste au demeurant pas. Ainsi, ce point n'est pas litigieux et n'a pas à figurer dans la décision. Sous réserve du prétendu engagement, lors de la séance du 6 mars 2019, d'un collaborateur de l'OFEV à assumer les frais d'avocat et sur lequel l'autorité s'est expressément prononcée, ainsi qu'on l'a vu ci-avant (consid. 4.2), la recourante ne fait valoir aucun élément probant qui indiquerait que l'autorité se soit engagée à assumer d'autres frais d'une manière plus généreuse que ne le prévoient les dispositions légales applicables. La question de savoir si d'autres frais que ceux de ladite étude, notamment ceux d'avocats, devraient être indemnisés à teneur des dispositions applicables parce qu'ils seraient nécessaires ou corrélatifs à cette étude, concerne le fond et a été traitée à suffisance par l'autorité inférieure dont le raisonnement motivé est pleinement compréhensible et au demeurant convaincant, ainsi qu'on le verra ci-après dans la partie correspondante (consid. 8 ss). Par conséquent, le grief pris de la violation du droit d'être entendu est également mal fondé sur ce point. 5.2.3 La recourante reproche également à l'autorité de ne pas avoir expliqué en quoi il est plus pertinent de retenir que la procédure d'assainissement a été gelée par Ie courrier du 11 novembre 2019 plutôt que par celui du 8 octobre 2020. On ne saurait suivre la recourante. Dès lors que l'autorité inférieure considérait que le courrier du 11 novembre 2019 gelait la procédure d'assainissement, on ne voit pas pourquoi elle aurait dû encore se prononcer sur le courrier du 8 octobre 2020. Si la procédure était déjà gelée par le premier de ces courriers, il était inutile d'examiner si le second ne pouvait pas également être compris comme valant suspension de la procédure, laquelle l'était précisément déjà. En outre, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir considéré que le courrier du 11 novembre 2019 suspendait la procédure, ainsi qu'il l'a été expliqué ci-avant (consid. 4.1). Il résulte de ce qui précède que la portée du courrier du 8 octobre 2020 était indifférente pour le sort du présent litige, de sorte qu'on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure ne de pas l'avoir examiné dans la motivation de sa décision. 5.2.4 Enfin, la recourante se plaint de ce que l'autorité n'a pas expliqué pourquoi ni comment un justiciable pourrait se passer des services d'un conseil juridique dans une situation aussi compliquée, ni en quoi il se justifierait de prendre en charge les frais environnementaux et de fiduciaire, mais non les frais d'ingénierie et d'avocat. En affirmant que l'autorité n'a pas expliqué pourquoi ni comment un justiciable pourrait se passer des services d'un conseil juridique dans une situation aussi compliquée, la recourante inverse les rôles. En effet, c'est à elle qu'il appartenait de démontrer en quoi la complexité dont elle se prévaut était d'ordre juridique et, surtout, en quoi l'intervention d'un avocat était nécessaire, ce qu'elle n'a pas fait à suffisance ainsi qu'on le verra ci-après au fond (consid. 6.10 et 8.7). En outre, le fait que l'autorité ait admis de prendre en charge les frais environnementaux et de fiduciaire n'est pas pertinent pour résoudre les questions présentement litigieuses. On ne voit en effet pas selon quelle logique l'autorité devrait apporter une même solution d'indemnisation à des frais qui sont de nature différente et qui commandent une analyse individuelle et spécifique. Ainsi, le fait que l'autorité ait pris en charge les frais environnementaux et fiduciaires ne dispensait aucunement la recourante de démontrer en quoi les frais juridique et d'ingénierie étaient nécessaires, étant au demeurant précisé que les frais d'ingénierie ont été admis dans leur principe, mais restreints dans leur étendue. Secondement, si l'autorité avait admis à tort d'indemniser les frais environnementaux et fiduciaires, cela ne la contraindrait pas à répéter son erreur d'appréciation sur d'autres frais, de sorte que la recourante ne serait pas dispensée de démontrer la nécessité des frais juridiques et d'ingénierie. Pour le reste, l'analyse de l'autorité inférieure sur l'imputabilité des frais d'avocat et d'ingénierie est pleinement compréhensible et, au demeurant, convaincante, ainsi qu'il le sera expliqué au fond dans la partie correspondante (consid. 8 ss). Par conséquent, la décision attaquée ne souffre, là encore, d'aucun défaut de motivation. 6. Au fond, la recourante fait grief à l'autorité inférieure de n'avoir pas appliqué correctement le droit fédéral s'agissant de l'imputabilité des coûts. Sur la base de ce dernier, elle estime qu'elle a droit à être indemnisée de l'entier des frais qu'elle a engagé dans le cadre de la procédure d'assainissement visant à assurer la migration du poisson, y compris les frais d'avocat et d'ingénierie. 6.1 L'art. 34 de la loi fédérale sur l'énergie (LEne, RS 730.0) dispose que « Le coût total des mesures prises en vertu de l'art. 83a de la loi fédérale du 24 janvier 1991 sur la protection des eaux ou de l'art. 10 de la loi fédérale du 21 juin 1991 sur la pêche [LFSP, RS 923.0] doit être remboursé au détenteur d'une installation hydroélectrique ». L'art. 10 LFSP prévoit qu'en ce qui concerne les installations existantes, les cantons imposent des mesures au sens de l'art. 9 al. 1 ; ces mesures doivent toutefois être économiquement supportables. A teneur de l'art. 9 al. 1 let b LFSP, les autorités compétentes pour accorder les autorisations relevant du droit de la pêche doivent, compte tenu des conditions naturelles et, le cas échéant, d'autres intérêts, imposer toutes les mesures propres à assurer la libre migration du poisson. 6.2 Selon l'art. 32 de l'ordonnance sur l'énergie (OEne, RS 730.01), après réalisation des mesures, le détenteur d'une installation hydroélectrique remet à l'autorité cantonale compétente une liste de l'ensemble des coûts effectifs imputables (al.1). Les coûts imputables sont régis par l'annexe 3 ch. 3 (al. 2). L'autorité cantonale compétente évalue la liste des coûts effectifs quant à l'imputabilité des coûts faisant l'objet de la demande d'indemnisation et la transmet, assortie de son avis, à l'OFEV (al. 4). L'OFEV examine la liste des coûts, coordonne son évaluation avec l'autorité cantonale et émet une décision concernant l'indemnisation (al. 5). Le chiffre 3 de l'annexe 3 de l'OEne prévoit que ne sont imputables que les coûts effectifs et directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP. Ils comprennent notamment les coûts pour la planification et la construction d'installations pilotes (let. a), pour l'achat de terrains (let. b) et pour la planification et l'exécution des mesures, en particulier la construction des installations requises (let. c). 6.3 Afin de préciser certaines notions juridiques indéterminées provenant des dispositions précitées et de contribuer ainsi à une application uniforme de la législation, l'OFEV a édicté, en 2016, une publication accessible en ligne intitulée « Assainissement écologique des centrales hydrauliques existantes : Financement des mesures requises. Un module de l'aide à l'exécution "Renaturation des eaux " ». Cette publication est assimilable à une ordonnance interprétative et les indications qui y sont contenues ne sont pas constitutives de règles de droit. Toutefois, si le juge n'est pas lié par ces dernières, il doit néanmoins en tenir compte dans la mesure où elles permettent une application correcte et adaptée des dispositions légales au cas d'espèce (ATF 142 II 182 consid. 2.3.3). Concernant l'indemnisation des frais juridiques, ladite publication précise que « sont imputables uniquement les coûts directs liés à la construction [...] tels les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux ». 6.4 La recourante fait valoir que la teneur de l'art. 34 LEne, qui prévoit que « le coût total » des mesures doit être remboursé, est claire et que les exploitants des installations hydroélectriques ne doivent ainsi supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées selon la loi. Or, les frais d'avocat et d'ingénierie qu'elle a engagés s'inscrivent dans la procédure d'assainissement ordonnée par l'autorité sur la base de la LFSP afin de garantir la migration du poisson. En outre, dans la mesure où l'art. 34 LEne ne contient aucune norme de délégation, le Conseil fédéral n'était habilité qu'à édicter une ordonnance d'exécution. Ainsi, les termes de « coûts imputables » consacrés par le chiffre 3 de l'annexe 3 OEne devraient être interprétés largement, faute de contredire le texte légal. L'autorité inférieure est, elle, d'avis que l'expression de « coût total » visée à l'art. 34 LEne se réfère au tarif et non pas au type de coût. 6.5 Selon la jurisprudence, la loi s'interprète en premier lieu selon sa lettre (interprétation littérale). Si le texte n'est pas absolument clair, si plusieurs interprétations de celui-ci sont possibles, le juge recherchera la véritable portée de la norme, en la dégageant de sa relation avec d'autres dispositions légales et de son contexte (interprétation systématique), du but poursuivi, singulièrement de l'intérêt protégé (interprétation téléologique), ainsi que de la volonté du législateur telle qu'elle ressort notamment des travaux préparatoires (interprétation historique ; cf. ATF 135 II 416 consid. 2.2, ATF 134 I 184 consid. 5.1). Le Tribunal fédéral ne privilégie aucune méthode d'interprétation, mais s'inspire d'un pluralisme pragmatique pour rechercher le sens véritable de la norme. Il ne s'écarte de la compréhension littérale du texte que s'il en découle sans ambiguïté une solution matériellement juste (cf. ATF 145 IV 17 consid. 1.2, ATF 144 V 313 consid. 6.1, ATF 143 II 202 consid. 8.5 ; arrêt du TAF A- 5592/2019 du 23 novembre 2021 consid. 5.2.2.1). 6.6 Concernant l'interprétation littérale, les termes de « coût total » employés par l'art. 34 LEne (« vollständigen Kosten » en allemand et « i costi globali » en italien) ne permettent pas de trancher entre les thèses que s'opposent la recourante et l'autorité inférieure. Il en va de même de l'interprétation systématique. En effet, l'art. 34 LEne, intitulé « Indemnisation au sens des législations sur la protection des eaux et sur la pêche » figure dans le chapitre 6 « mesures de soutien particulières », ce qui n'apporte pas d'éléments de réponse quant à la question litigieuse. 6.7 L'interprétation historique est la plus concluante. L'art. 34 LEne, adopté le 30 septembre 2016, a la même teneur que l'ancien art. 15a bis aLEne auquel il succède. Les travaux préparatoires relatifs à cette seconde disposition font clairement ressortir que la formulation retenue, en particulier l'expression « la totalité des coûts des mesures », visait à trancher la question ayant divisé les parlementaires de savoir si le 100% ou seulement le 80% du coût des mesures d'assainissement devait être indemnisé. Il s'agissait de savoir comment coordonner les impératifs liés à l'assainissement de la force hydraulique, dont les mesures peuvent engendrer des coûts relativement importants, avec les droits acquis des exploitants de centrales hydrauliques préexistantes. La proposition initiale de la majorité de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats prévoyait l'allocation d'une contribution à hauteur de 80% du coût des mesures, couverture qui pouvait augmenter si l'exploitant prouvait qu'il n'était pas économiquement en mesure de supporter les 20% restant. La minorité était favorable à une indemnisation totale, soit à hauteur de 100% (Rapport de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats du 12 août 2008, FF 2008 7307, 7333). Le Conseil fédéral était de l'avis de la minorité (avis du Conseil fédéral du 19 septembre 2008, FF 2008 7343, 7346ss). Finalement, c'est l'avis de la minorité qui l'a emporté et il a été décidé que non pas le 80% mais bien le 100 % du coût des mesures en cause donnerait lieu à indemnisation, d'où la formulation retenue de « la totalité des coûts ». Ainsi, lorsque des coûts sont admis, l'exploitant à le droit d'être couvert pour leur totalité et non pas seulement, comme le souhaitait une partie du parlement, partiellement. En revanche, cette disposition ne fixe pas de critères qui permettraient de déterminer précisément entre les coûts admissibles pouvant concrètement donner lieu à indemnisation de ceux qui, jugés économiquement injustifiés, ne le pourraient pas. En particulier, l'interprétation historique ne permet de déduire de la formulation retenue aucune volonté du législateur d'être généreux ou permissif quant à l'appréciation des coûts admissibles. Ainsi, on ne saurait suivre la recourante lorsqu'elle affirme qu'à teneur de l'art. 34 LEne, l'exploitant ne doit « supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées en vertu de cette disposition ». En outre, il y a un intérêt public manifeste à une administration économe et proportionnée des deniers publics, de sorte qu'il n'est pas concevable que le législateur ait voulu indemniser les exploitants de n'importe quel coût, simplement parce qu'ils se trouveraient dans un rapport de connexité avec les mesures d'assainissement ordonnées. 6.8 Dans une perspective téléologique, l'art. 34 LEne vise à garantir les droits acquis des exploitants de centrales hydrauliques. Selon la jurisprudence, la garantie conférée par les droits acquis n'est pas absolue mais peut faire l'objet de restrictions qui ne donnent pas lieu à indemnité tant qu'elles ne portent pas atteinte à la substance du droit (ATF 139 II 36). C'est d'ailleurs sur la base de ce constat que la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil des Etats proposait l'allocation d'une contribution restreinte, à hauteur de 80% du coût des mesures, tout en réservant le cas où l'exploitant n'était pas économiquement en capacité de supporter les 20% restant, de sorte que la substance de son droit acquis était véritablement menacée par les coûts engendrés par les mesures d'assainissement requises, ce qui justifiait alors une indemnisation supérieure (consid. 6.7). Par conséquent, on ne saurait retenir que la finalité de l'art. 34 LEne impose que l'expression de « coût total » soit, d'une manière générale, interprétée généreusement, de sorte à ce que l'exploitant ne doive « supporter aucun coût découlant ou en relation avec les mesures d'assainissement ordonnées en vertu de cette disposition ». En outre, la caractéristique du droit acquis est sa faculté de résister à une nouvelle loi (« Gesetzesbeständikeit »). Dans cette optique, seuls les coûts qui sont dus au changement de loi peuvent donner lieu à indemnisation, et non pas ceux qui relèvent des choix de commodité ou de convenance du détenteur de l'exploitation hydraulique. Ainsi, seuls les coûts véritablement nécessaires à la réalisation des mesures imposées par la loi rentrent de la sphère de protection des droits acquis. La finalité de l'art. 34 LEne n'impose en revanche aucunement que l'appréciation du caractère « nécessaire » des coûts engagés soit permissive ou généreuse. 6.9 Ainsi, il ressort de l'interprétation de l'art. 34 LEne que l'expression de « coût total » concerne le tarif des coûts indemnisables - le 100%, et non pas seulement une proportion de ceux-ci, doit être couvert. En revanche, seuls les coûts nécessaires à l'exécution des mesures d'assainissement peuvent donner lieu à indemnisation. En effet, avec l'expression litigieuse, le législateur n'a pas voulu que n'importe quel coût se trouvant dans un rapport de connexité avec les mesures d'assainissement en cause, y compris ceux qui ne seraient pas justifiés économiquement, puissent donner lieu à indemnisation. En outre, l'intérêt public à une administration économe et proportionnée des deniers publics commande cette interprétation. Aussi, en édictant l'annexe 3 chiffre 3 de l'OEne, et en disposant que « ne sont imputables que les coûts effectifs et directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP », le Conseil fédéral a respecté la volonté du législateur et a simplement précisé la portée de l'art. 34 LEne. Ainsi, une clause de délégation expresse dans la législation n'était pas nécessaire. Concernant les frais juridiques, il résulte de ce qui précède qu'ils sont imputables lorsqu'ils sont directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures d'assainissement. Par exemple, lorsque la réalisation d'une mesure d'assainissement nécessite l'acquisition d'un terrain, les frais d'instrumentation de l'acte de vente apparaissent nécessaires. Dans certains cas, on peut imaginer qu'un avis de droit soit nécessaire pour déterminer si une mesure d'assainissement envisagée est juridiquement réalisable, par exemple parce qu'elle nécessite une intrusion profonde dans le sol qui interroge sur les limites de la propriété foncière. La nécessité des frais d'intervention juridique doit être examinée de cas en cas et pour chaque acte. D'une manière générale, les frais d'assistance et de conseil juridique ne sont pas imputables. Aussi, lorsque l'exploitant a des doutes sur le comportement de l'autorité en procédure ou concernant certaines décisions rendues dans ce cadre, les frais d'avocat engagés pour en contrôler la légalité ne sont pas indemnisables sur la base de l'art. 34 LEne. Cela est particulièrement évident lorsque les actes de l'autorité sont en réalité conformes au droit. Dans le cas contraire, l'exploitant peut interjeter recours, cas échéant après avoir obtenu une décision et, en tant qu'il obtient gain de cause, se faire indemniser selon les règles procédurales idoines, mais non pas sur la base de l'art. 34 LEne. Il s'ensuit que la règle directrice posée par l'OFEV dans sa publication selon laquelle seuls «les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux » sont imputables - règle qui n'a pas une portée juridique directement contraignante et ne dispense pas d'un examen individuel pour chaque cas - est conforme aux dispositions juridiques applicables et peut servir de référence. 6.10 Enfin, on observera qu'il appartient à l'exploitant qui requiert l'allocation d'une indemnité de démontrer concrètement en quoi les coûts dont il se prévaut sont directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures au sens des art. 39a et 43a LEaux et de l'art. 10 LFSP.
7. La portée des dispositions applicables ayant été précisée (consid. 6), il convient maintenant d'en faire application dans le cas d'espèce et d'examiner concrètement si les coûts litigieux dont se prévaut la recourante étaient directement nécessaires à l'exécution économique et adéquate des mesures d'assainissement, respectivement si c'est à tort que l'autorité inférieure a refusé de les indemniser. Cela concerne les frais d'avocat (consid. 8) ainsi que les prestations d'ingénierie réalisées par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique (consid. 9).
8. Dans ses observations finales du 3 octobre 2022, la recourante explique notamment que l'implication d'un conseil juridique était nécessaire en ce qui concerne l'examen des (projets de) convention entre elle et les autorités (consid. 8.1), les travaux inhérents aux demandes de remboursement elles-mêmes (consid. 8.2), le suivi des modifications légales et de leurs implications éventuelles sur les procédures en cours (consid. 8.3), les questions du dédommagement en lien avec l'expropriation du droit d'eau immémorial (consid. 8.4) ainsi que les questions du débit résiduel et celles liées aux variantes juridiquement possibles dans le cadre de la décision d'assainissement (consid. 8.5). Elle fait également valoir que le comportement de l'autorité justifiait une méfiance qui nécessitait la présence d'un avocat (consid. 8.6). Plus généralement, la complexité de l'affaire justifierait l'intervention de ce dernier (consid. 8.7). 8.1 Concernant l'invocation de « l'examen des (projets de) convention », la recourante ne précise pas de quoi il s'agit concrètement, ni dans son recours du 20 juin 2022 ni dans ses observations finales du 3 octobre 2022. Il ressort de l'état de fait de la décision attaquée qu'une convention tripartite a été signée en septembre 2018 (consid. 8.1.1) et qu'une offre forfaitaire qui, en cas d'acceptation, aurait fait l'objet d'une convention, a été soumise à la recourante le 11 novembre 2019 (consid. 8.1.2). 8.1.1 Le 6 septembre 2018, la recourante, l'OFEV et l'ENV ont signé une convention qui se résume à un triple engagement, celui de l'ENV à assumer la construction d'une des mesures d'assainissement retenues, à savoir un ruisseau de contournement, celui de la recourante à céder la maîtrise de l'ouvrage ainsi que ses droits concernant le remboursement de coûts par l'OFEV, et celui de l'OFEV à rembourser intégralement en mains de l'ENV les coûts ainsi engagés. Les frais d'avocat engagés pour l'analyse de cette convention ne peuvent donner lieu à indemnisation sur la base de l'art. 34 LEne et de ses dispositions d'application. En effet, l'intervention de l'avocat relève du conseil, lequel n'est en principe pas indemnisable (consid. 6.9). En outre, la convention, au demeurant particulièrement sommaire, ne présente aucune complexité particulière au niveau juridique. Par ailleurs, elle est le fait de l'autorité. Enfin, il serait choquant que la recourante puisse être indemnisée desdits frais. En effet, la réalisation des mesures d'assainissement est en principe de la responsabilité du détenteur de l'exploitation, qui peut se faire ensuite indemniser des coûts imputables (consid. 6.1). Exceptionnellement et en faveur de la recourante, le canton du Jura a assumé la construction du ruisseau de contournement qui incombait par principe à la recourante. Celle-ci a ainsi été considérablement déchargée ; elle affirme d'ailleurs dans son mail du 30 juillet 2018 que « l'accord à trouver avec le propriétaire foncier et l'assurance à conclure en lien avec la construction sont de la seule responsabilité de l'ENV ». La formalisation de la convention, fait de l'autorité, ne visait en soi qu'à protéger les intérêts du canton du Jura sans mettre en jeu ceux de la recourante. Concrètement et dès lors qu'à teneur de la loi, les coûts sont remboursables au détenteur de l'exploitation, auquel il revient en principe de réaliser les mesures d'assainissement requises, l'ENV voulait avoir l'assurance qu'en effectuant elle-même ces dernières, elle puisse se faire indemniser, par l'OFEV, des coûts imputables ainsi engagés. En d'autres termes, la convention visait simplement à assurer que l'ENV ne se retrouve pas dans la difficulté pour obtenir l'indemnisation des coûts engendrés pour le travail qu'elle assumait en lieu et place de la recourante et qui n'exigeait rien d'autre de la part de cette dernière qu'un engagement formel à céder ses droits au remboursement, en plus de la maîtrise de l'ouvrage. 8.1.2 Par courrier du 11 novembre 2019, l'ENV a rapporté à la recourante la position de l'OFEV selon laquelle il résultait de l'ATF 145 II 140, rendu dans l'intervalle, que la procédure d'assainissement devait être gelée jusqu'à l'issue de la procédure d'octroi de concession qui devait être immédiatement engagée, tout en proposant une alternative consistant en l'engagement de la recourante à renoncer définitivement à son exploitation contre une somme forfaitaire de 250'000 francs (consid. 4.1). Les frais d'intervention du conseil juridique liés à cette proposition ne sont pas indemnisables. Certes, l'abandon d'exploitation est considéré comme un type de mesure d'assainissement. Toutefois, l'intervention du conseil juridique ne visait pas, en soi, à permettre sa réalisation, ni à savoir si elle était juridiquement réalisable. En effet, il suffisait à la recourante d'accepter l'offre qui lui était proposée pour que celle-ci devienne juridiquement contraignante. L'aide sollicitée par la recourante relevait au contraire du conseil. Plus précisément, elle voulait soumettre à son conseil attitré la légalité de la proposition que lui faisait l'autorité inférieure. Or, ainsi qu'il l'a été rappelé plus haut, l'art. 34 LEne ne vise pas à financer ce type de conseil juridique (consid. 6.9). D'ailleurs, en l'espèce, soit - première hypothèse - la recourante, après consultation de son mandataire, partageait la compréhension que l'autorité inférieure avait de l'arrêt 145 II 140 et acceptait sa proposition alors jugée généreuse. Soit - seconde hypothèse - la recourante estime que la manière de procéder de l'autorité inférieure qui consiste, sous réserve de l'acceptation d'une offre qu'elle juge insuffisante, à geler la procédure d'assainissement jusqu'à l'octroi de la concession, est contraire au droit. Dans ce cas, il lui appartient de recourir contre cette manière de faire selon les règles topiques, au besoin après avoir obtenu une décision. Si la recourante obtient gain de cause, elle pourra alors se faire indemniser de ses frais d'avocat selon les règles procédurales idoines. 8.2 Concernant le travail inhérent aux demandes de remboursement, on ne voit guère en quoi le recours à un conseil juridique était nécessaire, et la recourante ne le démontre pas davantage. La recourante avait simplement à présenter à l'autorité les coûts nécessaires assortis des moyens de preuve correspondants. Si elle n'est pas d'accord avec l'appréciation de l'autorité inférieure quant au caractère nécessaire de certains coûts, elle est certes libre de se pourvoir d'un avocat et, cas échéant, d'interjeter recours. Toutefois et ainsi qu'il l'a déjà été expliqué plusieurs fois ci-avant, ce sont les règles procédurales idoines qui règleront l'éventuel droit à une indemnité de dépens, laquelle sera traitée, pour la présente procédure, ci-après dans la partie correspondante (consid. 12). 8.3 La recourante fait encore valoir qu'un conseil juridique était nécessaire pour le suivi des modifications légales et de leurs implications éventuelles sur les procédures en cours. Premièrement, on observera que la recourante ne précise pas quelles dispositions auraient subi des modifications pour la période couverte par la demande de remboursement litigieuse. A cet égard, les art. 34 LEne, 10 LFSP et 32 OEne n'ont pas été modifiés durant cette période. En outre, même si tel avait été le cas, on voit mal que l'autorité inférieure, dont la tâche consiste à faire appliquer le droit, n'ait pas spontanément communiqué à la recourante ce que cela impliquait pour elle, au besoin par le rendu d'une décision. Enfin et plus généralement, il va de soi que l'on ne saurait admettre que l'intervention d'un conseil juridique est nécessaire simplement pour s'assurer que les dispositions topiques ne subissent pas de changement dans le temps. 8.4 La recourante fait également valoir que l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire en ce qui concerne les questions du dédommagement en lien avec « l'expropriation » du droit d'eau immémorial. La recourante ne saurait être suivie. L'éventuelle expropriation de ses droits n'est ni l'objet de la présente procédure, qui porte sur l'indemnisation du coût des mesures d'assainissement ordonnées sur la base du droit de l'environnement, ni celui de la procédure d'assainissement ayant engendré lesdits coûts. Par ailleurs, si la recourante estime que la manière de procéder de l'autorité inférieure n'est pas admissible et est, matériellement, constitutive d'une expropriation, il lui appartient de faire recours sur ce point, lequel est extrinsèque au présent litige. Concernant la détermination de l'indemnisation de la mesure d'assainissement consistant en l'abandon de l'exploitation, variante que discutaient les parties avant la jurisprudence fédérale précitée (consid. 4.1), on ne voit pas en quoi la présence d'un conseil juridique était nécessaire et la recourante ne l'explique pas davantage. La recourante, en sa qualité d'exploitante de l'installation hydroélectrique concernée, doit disposer des connaissances et compétences suffisantes pour pouvoir se prononcer sur cette question. Si la recourante voulait bénéficier d'un avis tiers, en particulier celui de son conseil juridique, elle était libre de le faire, mais on ne saurait considérer les frais ainsi engagés comme nécessaires. Pour le surplus, il peut être renvoyé à ce qui a été dit concernant la proposition de l'autorité inférieure d'indemniser forfaitairement la recourante contre son engagement à abandonner son exploitation hydroélectrique (consid. 8.1.2). 8.5 La recourante fait également valoir que l'intervention d'un avocat était nécessaire en lien avec la question du débit résiduel et les questions et variantes juridiquement possibles dans le cadre de la décision d'assainissement. Concernant la question du débit résiduel, on observera qu'une décision a été rendue à ce sujet le 24 novembre 2017 et que l'OFEV a formulé une opposition en date 22 janvier 2018, que la recourante estime non valable, de sorte qu'une procédure est en cours à ce sujet. Concernant ce qui serait « juridiquement possible » dans le cadre des différentes variantes, la recourante ne précise nullement de quoi il s'agit, de sorte que l'on ne voit pas en quoi l'intervention d'un conseil juridique était nécessaire. 8.6 La recourante tente également de justifier la nécessité de l'intervention d'un avocat en invoquant la manière dont l'autorité inférieure s'est comportée et de la méfiance ainsi suscitée. Concrètement, la recourante invoque que l'autorité a pris pour un fait établi que la recourante avait affirmé, lors de la séance du 6 mars 2019, que la présence d'un avocat n'était pas nécessaire alors que le procès-verbal avait été expressément contesté par elle. Elle se plaint également de ce que l'autorité a décidé unilatéralement de geler la procédure d'assainissement alors que des discussions tripartites étaient en cours selon un processus conjointement décidé. Le recourante ne saurait être suivie. Premièrement, on ne saurait admettre que le sentiment de méfiance d'une partie à l'encontre de l'autorité puisse justifier le remboursement des frais d'avocat ainsi engagés pour l'assister durant l'entier de la procédure. Si la partie en question s'estime lésée par une décision rendue, il lui est loisible d'interjeter recours. Si elle estime que le comportement de l'autorité est systématiquement problématique et que certains membres de l'autorité sont partiaux, il lui est loisible de déposer une demande de récusation. Secondement, les illustrations que la recourante donne pour justifier sa méfiance ne sont pas convaincants. En effet, concernant la phrase consignée dans le procès-verbal de la séance du 6 mars 2019, contestée par la recourante mais admise par l'autorité inférieure, il a déjà été expliqué plus haut qu'elle n'a pas fondé sa décision sur cet élément (consid. 4.3). Le second exemple donné n'est pas davantage fondé. En effet, si l'autorité inférieure a décidé de mettre un terme aux discussions en cours, elle a admis de supporter tous les frais engagés jusqu'alors qui étaient nécessaires au sens des dispositions applicables, de sorte que cette manière de faire n'a aucunement lésé la recourante. En outre, la décision de l'autorité de procéder de cette manière faisait suite à la jurisprudence du TF rendue dans l'intervalle, de sorte qu'il ne s'agit pas d'un changement d'attitude arbitraire qui ne reposerait sur aucun motif objectif. Le comportement de l'autorité ne saurait ainsi justifier aucune méfiance particulière. 8.7 La recourante se prévaut enfin, d'une manière générale, de la complexité de l'affaire pour justifier le recours à un conseil juridique. Elle fait notamment valoir que différentes procédures sont imbriquées. A titre d'exemple cité parmi d'autres, le droit d'eau immémorial qui lui permet d'exploiter son installation hydraulique a été supprimé par une décision du canton du Jura du 29 juin 2021 contre laquelle un recours est actuellement pendant. L'argumentaire de la recourante ne convainc pas. Premièrement, elle n'explique pas concrètement en quoi la complexité dont elle se prévaut est d'ordre juridique. A cet égard, le fait qu'il y ait plusieurs procédures n'est pas déterminant. En effet, la nécessité de l'intervention d'un avocat doit s'évaluer non seulement pour chaque procédure, mais encore pour chaque acte de celle-ci. En outre, chaque fois que la recourante se voit notifier une décision, en principe aisément identifiable dès lors que celle-ci est ainsi intitulée et qu'elle comporte des voies de droit, elle peut évaluer l'opportunité de recourir à un avocat qui pourra, en cas d'intervention, faire valoir des dépens dans la procédure en cause selon les règles procédurales applicables. Par ailleurs, ces procédures sont pratiquement inhérentes à l'activité de la recourante qui exploite une installation hydraulique qui a des répercussions sur l'environnement de sorte qu'elle doit, sur le principe et sous réserve de questions ponctuelles, être capable d'y faire face seule. Ainsi, on ne saurait admettre que la seule existence de procédures connexes à la procédure d'assainissement suffise à justifier la nécessité de l'intervention d'un avocat. Plus généralement, et bien qu'elle affirme que l'intervention d'un conseil juridique a été évaluée isolément pour chaque acte et qu'elle ne concerne pas tous les pans de la procédure, il apparaît que la recourante a délégué d'une manière générale la conduite de la procédure à son conseil. En effet, la recourante prétend, dans son mémoire de recours du 20 janvier 2022, que « les prestations nécessaires à l'étude du projet et à l'exécution des mesures comprennent les frais liés à l'établissement des demandes de remboursement, le travail de correspondance de nature juridique, les séances du groupe de travail avec l'OFEV et l'ENV ainsi que la préparation des aspects légaux y liés, et l'examen des prises de position et des solutions possibles sous l'angIe juridique ». Dans ses observations finales, la recourante précise encore que l'implication de son conseil concerne « la conduite de la procédure et les aides très régulières qu'il faut apporter dans le l'analyse (juridique) des courriers et décisions des autorités (ENV, OFEV) et des réponses (juridiques) à leur apporter », sans néanmoins jamais préciser concrètement quelles problématiques juridiques devaient être résolues ou appelaient l'intervention d'un avocat. Certaines pièces au dossier démontrent d'ailleurs que l'intervention du conseil juridique a été très large. A titre d'exemple, c'est ce dernier lui-même qui, par courriel du 4 septembre 2018, a assumé la tâche d'envoyer à l'ENV une série de documents préalablement « compilés par la recourante et sa fiduciaire », soit des contrats concernant des crédits ainsi que les comptes de résultat de la société pour les années 2003 à 2016 . Aussi, lorsque l'ENV n'a pas envoyé son courrier du 11 novembre 2019 au conseil de la recourante mais seulement à cette dernière, celle-ci s'en est plainte, par l'entremise de son avocat, dans un mail du 10 décembre 2019, arguant que l'autorité inférieure savait que ce dernier était « son conseil dans ce dossier ». Or, si la recourante était libre de recourir à un avocat pour gérer l'entier ou une grande partie de la procédure, ou pour l'accompagner dans cette tâche, ces frais ne peuvent donner lieu à remboursement sur la base de l'art. 34 LEne et de ses dispositions d'application qui ne visent pas à financer, d'une manière générale, les frais d'assistance et de conseil juridique (consid. 6.9). 9. 9.1 La recourante se plaint ensuite de ce que l'autorité inférieure ne l'a pas totalement indemnisée des coûts liés aux « prestations d'ingénierie ». Il s'agit concrètement de prestations facturées par l'actionnaire de la recourante qui est également son administrateur unique. La recourante précise que celui-ci est intervenu en sa qualité de consultant en aménagement hydraulique et qu'il est titulaire d'un Master of Advanced Studies en cette matière. 9.2 L'autorité inférieure a d'abord estimé que tous les frais engagés postérieurement au courrier de l'ENV du 11 novembre 2019 sortaient de la procédure et n'étaient pas imputables ; elle a ainsi retranché un montant de 6'333.80 francs. Pour les prestations d'ingénierie engagées antérieurement, l'autorité inférieure a estimé que 62.9 heures facturées avaient trait à du travail administratif pour lequel un tarif de 146 francs/heure ne se justifiait pas et devaient être comptabilisées à un tarif de 100 francs/heure. Elle a ainsi rabattu un montant de 2'893.40 francs. Au final, l'autorité inférieure a admis d'indemniser la recourante pour un montant total de 14'598.30 francs. 9.3 En l'espèce, il apparaît que l'actionnaire de la recourante, qui est aussi son administrateur unique, a géré l'entier - où une partie très importante - de la procédure pour la recourante. En effet, il ressort de ses « listing de frais » que celui-ci a participé à de multiples séances, toutes semble-t-il, soit des séances avec les services fiduciaires, avec l'avocat de la recourante et avec les autorités. Concernant les seuls « frais de correspondance », l'actionnaire-consultant a comptabilisé, pour la seule période du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020, un total de 11'621.60 francs, soit 79 heures. On peut lire dans la détermination de la recourante du 14 octobre 2021 visant notamment à justifier l'intervention de celui-ci que « vu les services d'ingénieures [fournis par Aquarius Environnement & Sciences aquatiques Sarl] et de fiduciaire engagés [...], il est évident qu'à cette fin, étant donné la technicité et l'interdisciplinarité des questions qui se posent, la requérante devait être accompagnée dans la préparation du dossier, la coordination entre les experts et la communication de leurs conclusions aux autorités ». On observera également en marge que le mail du 4 septembre 2018, envoyé par le conseil juridique de la recourante et comptabilisé dans ses notes d'honoraire, mail par lequel il est simplement envoyé à l'autorité une série de documents (contrats de prêt et comptes de résultat de l'exploitante), a également été facturé par l'actionnaire et administrateur unique de la recourante en sa qualité de consultant externe, de sorte que ce dernier a vraisemblablement comptabilisé des frais, au tarif de 146 francs/heure, soit pour avoir compilé les documents finalement envoyés par l'avocat, soit pour la lecture du mail de ce dernier qui n'avait aucune teneur juridique ni technique. Ainsi, la recourante a délégué la gestion de la procédure, pour une partie très importante en tout cas, non seulement à un conseiller juridique (consid. 8.7), mais également à son actionnaire et administrateur unique, qui a facturé des prestations en sa qualité de consultant externe, au prix du marché, TVA comprise, comme un tiers. Cette manière de procéder n'est pas admissible. Dans la mesure où la recourante exploite une centrale hydraulique, on est en droit de s'attendre à ce qu'elle dispose de certaines connaissances en la matière, au moins pour comprendre les différents rapports de spécialiste réalisés sur son mandat ou celui de l'autorité, et qu'elle n'ait pas besoin de recourir à un tiers pour les traduire ou les comprendre, ni pour « la préparation des dossiers, la coordination entre les experts et la communication de leurs conclusions aux autorités ». S'il la recourante devait s'avérer sous-dotée et qu'elle eût ainsi été contrainte de recourir à un tiers - en l'occurrence l'actionnaire et administrateur unique de la société - pour effectuer des prestations inhérentes à son activité d'exploitante d'une centrale hydraulique, lesdites prestations ne peuvent être comptabilisées au tarif du marché. Par conséquent, la recourante ne saurait se plaindre, concernant les heures consacrées à la correspondance, de leur comptabilisation à un tarif de 100 francs/heures au lieu des 146 francs/heures facturés par son actionnaire et administrateur unique. Pour les tâches effectuées par ce dernier qui ne relèvent pas de la « correspondance » mais des « dossiers et séances », soit des tâches qui comprennent notamment la participation à des séances et « un travail de coordination », leur comptabilisation, ici admise par l'autorité inférieure, à un tarif de 146 franches/heures apparaît particulièrement généreuse. Au final, la recourante a été très avantageusement indemnisée et ses griefs à ce sujet sont mal-fondés. 9.4 Concernant les frais engagés après le 11 novembre 2019, on ne saurait reprocher à l'autorité inférieure d'avoir considéré qu'ils n'étaient pas imputables. En effet, à partir de ce moment-là et ainsi qu'il l'a déjà été expliqué (consid. 4.1), la recourante savait que soit elle acceptait l'offre forfaitaire qui lui était soumise, ce qui entraînait la clôture de la procédure, soit elle la refusait et celle-ci était gelée jusqu'à l'issue de la procédure d'octroi de concession. Ainsi, les frais engagés postérieurement à cette date sortaient en tout état de cause du cadre procédural tracé par l'autorité et n'étaient plus justifiés. Ils ne pouvaient ainsi donner lieu à aucune indemnisation. 10. 10.1 La recourante fait valoir que l'OFEV, par la décision attaquée, a modifié sa pratique établie dans le cadre de ses deux premières demandes de remboursement. Ce « revirement de jurisprudence » ne reposerait sur aucune raison objective et ne serait par conséquent pas admissible. La recourante se plaint de ce que ce changement de jurisprudence porte une atteinte grave à la sécurité juridique en ce sens qu'elle pouvait et devait partir du principe que tous les coûts qu'elle engagerait en lien avec les mesures d'assainissement lui seraient remboursés. L'autorité inférieure fait d'abord valoir que, si elle avait admis, dans sa décision du 24 juin 2019, d'indemniser une partie des frais juridiques de la recourante, c'est que ceux-ci étaient liés à l'acquisition de terrain et au droit d'eau, de sorte que l'intervention d'un avocat pouvait s'avérer nécessaire, ce qui n'est pas le cas dans la présente cause. Ainsi, la décision du 24 juin 2019 et celle, présentement attaquée, du 5 mai 2022, ne couvriraient pas des états de fait comparables. L'autorité inférieure fait en outre valoir que si elle avait décidé, à l'époque, de rembourser ces frais qui avaient été déjà engagés, elle avait clairement indiqué qu'à l'avenir les frais juridiques devraient se limiter au strict nécessaire pour la réalisation des travaux. A cet égard, l'autorité inférieure produit le mail d'accompagnement de la décision du 24 juin 2019, soit un mail du 26 juin 2019, envoyé à l'ENV et dans lequel il est précisé que les frais d'intervention du conseil juridique de la recourante en lien avec la séance du 6 mars 2019 ne pourraient plus être considérés comme nécessaires au sens de l'OEne. L'OFEV prétend que la teneur de ce mail a été communiquée par l'ENV à la recourante. 10.2 Dans ses observations finales, la recourante affirme que si l'OFEV voulait amorcer un changement de jurisprudence, elle aurait dû communiquer cette information dans la décision du 24 juin 2019, et non pas dans un mail d'accompagnement adressé à l'ENV. En outre, la recourante conteste avoir été jamais informée par l'ENV de la teneur du mail de l'OFEV du 26 juin 2019. 10.3 La pratique administrative désigne la répétition régulière et constante dans l'application d'une norme par les autorités de premières instance (Moor/Flückiger /Martenet, Droit administratif I, les fondements, 3ème éd. 2012, p. 89). La modification d'une pratique administrative obéit fondamentalement aux principes prévalant en matière de revirement de jurisprudence. Le changement de jurisprudence doit reposer sur des raisons sérieuses et objectives, telles qu'une connaissance plus exacte de l'intention du législateur, la modification des circonstances extérieures, un changement de conception juridique ou l'évolution des moeurs. Cela étant, plus la jurisprudence est constante, plus le juge sera exigeant quant à la valeur des motifs invoqués (ATF 142 V 112 consid. 4.4; 139 V 307 consid. 6.1). Au demeurant, une modification de jurisprudence s'impose s'il apparaît, après un examen sérieux et approfondi, que la loi n'a pas le sens retenu jusqu'alors ou qu'une modification des circonstances exige un changement dans l'usage d'une liberté d'appréciation (ATF 108 Ia 122 consid. 1). Si une jurisprudence se révèle erronée ou que son application a conduit à des abus répétés, elle ne saurait être maintenue (ATF 136 V 316). La sécurité du droit et le droit à la protection de la bonne foi (art. 9 Cst), cas échéant la protection de la confiance, exigent parfois qu'un revirement soit d'abord annoncé avant que, dans une espèce ultérieure seulement, il puisse devenir effectif. Ainsi en va-t-il lorsque le changement de jurisprudence est susceptible de provoquer la péremption d'un droit que l'intéressé aurait pu éviter s'il avait connu la nouvelle jurisprudence ou que ses effets sont excessivement rigoureux (ATF 142 V 551 consid. 4.1, ATF 135 II 78 consid. 3.2, ATF 111 Ia 108; Moor/Flückiger /Martenet, op. cit., p. 86). 10.4 On observera en préambule que la recourante n'a pas expliqué en quoi l'affirmation de l'autorité inférieure selon laquelle la décision attaquée ne serait pas comparable à celle du 24 juin 2019 - en raison de problématiques différentes - était mal fondée. Quoiqu'il en soit, il n'y a pas besoin de trancher cette question, ce qui nécessiterait des investigations supplémentaires en lien avec les demandes d'indemnisation passées. En effet, même s'il fallait admettre que les deux décisions sont comparables, la « pratique » qui aurait été modifiée par l'autorité inférieure consisterait en une seule décision, celle du 24 juin 2019, à l'occasion de laquelle il a été statué sur les demandes des 8 juin 2017 et 1er octobre 2018. En ces circonstances, on ne saurait parler d'une pratique bien établie de l'autorité inférieure. En outre, si les deux décisions étaient bel et bien comparables, cela signifierait alors que la décision du 24 juin 2019 a été, au regard des dispositions applicables et dont la teneur a été précisée plus haut (consid. 6), excessivement généreuse en faveur de la recourante, de sorte qu'il y aurait un motif objectif à modifier la pratique de l'autorité inférieure, qui se serait trop écartée de la volonté du législateur qui était de préserver les droits acquis des exploitants et non pas de financer d'une manière générale les frais d'assistance juridique engagés par ces derniers (consid. 6.9). Enfin, les principes de la bonne foi et de la confiance ne font aucunement obstacle au changement immédiat d'une hypothétique pratique. En effet, la recourante réclame, dans la présente procédure, des frais d'avocat pour la période allant du 1er juillet 2018 au 31 mars 2020. Ainsi, une partie des frais revendiqués a été engagée avant que la première décision, datée du 24 juin 2019, ait été rendue, de sorte que celle-ci n'a d'emblée pu fonder aucune confiance pour lesdits frais qui lui sont antérieurs. Concernant l'indemnisation des frais d'avocat postérieurs, l'OFEV avait fait part de ses réticences à la recourante dans son projet de décision du 4 avril 2019 déjà. Prenant position sur celui-ci, la recourante a estimé que « le dernier paragraphe, en particulier s'agissant des frais d'avocat, est à la fois surprenant et inadéquat. En effet, le texte que vous avez adressé à ma cliente est une proposition de décision qui porte sur une demande de versement anticipée n°2 de sorte que l'autorité n'a pas à évoquer, ni a fortiori à se prononcer sur une éventuelle future demande de remboursement n°3 ». Dans la décision 24 juin 2019, dans la partie consacrée à l'état de fait, on peut lire que la recourante « réfute les considérations de l'OFEV quant aux frais d'avocat évoqués en relation avec la prochaine demande d'indemnisation ». A cela s'ajoute que l'OFEV, dans sa publication datée de 2016 (consid. 6.3), soit avant que la recourante n'engage les frais d'avocat litigieux, indiquait clairement et expressément que « sont imputables uniquement les coûts directs liés à la construction [...] tels les frais d'avocat et de notaire strictement nécessaires pour la réalisation des travaux », formulation qui n'est pas compatible avec l'interprétation extensive de la notion d'indemnisation des coûts dont se prévaut la recourante. Cette dernière avait à l'évidence connaissance de cette publication puisqu'elle allègue dans son recours que les discussions avec l'autorité avaient essentiellement été guidées par cette brochure. En résumé, la question de savoir si la décision attaquée est véritablement constitutive d'un changement de pratique peut rester ouverte. En effet, une correcte application de la loi commandait le rendu de la décision du 5 mai 2022, de sorte qu'il existait en tout état de cause un motif objectif justifiant le changement d'une hypothétique pratique qui, trop généreuse, eût alors outrepassé la volonté du législateur, au détriment d'une administration économe des deniers publics. En outre, la recourante ne peut se prévaloir du principe de la confiance pour justifier de percevoir une indemnisation plus étendue que ne le prévoit l'esprit de la loi, dès lors qu'une partie des coûts a été engagée antérieurement à la décision censée fonder une hypothétique confiance, et que l'autre a été engagée postérieurement à la manifestation de réticences par l'autorité quant à l'indemnisation future des frais d'avocat. Enfin, l'OFEV avait publié en 2016 déjà une brochure dont la teneur n'était pas compatible avec la conception extensive de l'indemnisation des coûts d'avocat revendiquée par la recourante. Il s'ensuit que le grief pris de l'interdiction du changement de pratique, mal fondé, est rejeté.
11. Il résulte de ce qui précède que le recours, mal fondé, est rejeté.
12. Eu égard à l'issue de la cause, il y a lieu de mettre des frais de procédure, par 2'000 francs, à la charge de la recourante (art. 63 al. 1 PA en relation avec les art. 1 à 3 du règlement du 21 février 2008 concernant les frais, dépens et indemnités fixés par le Tribunal administratif fédéral [FITAF, RS 173.320). Ceux-ci sont prélevés sur l'avance de frais équivalente fournie le 29 juin 2022. Il n'est pas alloué de dépens. (dispositif à la page suivante) Par ces motifs, le Tribunal administratif fédéral prononce :
1. Le recours est rejeté.
2. Les frais de procédure de 2'000 francs sont mis à la charge de la recourante. Ils sont prélevés sur l'avance de frais déjà fournie le 29 juin 2022.
3. Il n'est pas alloué de dépens.
4. Le présent arrêt est adressé à la recourante, à l'autorité inférieure et à l'ENV. L'indication des voies de droit se trouve à la page suivante. La présidente du collège : Le greffier : Claudia Pasqualetto Péquignot Manuel Chenal Indication des voies de droit : La présente décision peut être attaquée devant le Tribunal fédéral, 1000 Lausanne 14, par la voie du recours en matière de droit public, dans les trente jours qui suivent la notification (art. 82 ss, 90 ss et 100 LTF). Ce délai est réputé observé si les mémoires sont remis au plus tard le dernier jour du délai, soit au Tribunal fédéral soit, à l'attention de ce dernier, à La Poste Suisse ou à une représentation diplomatique ou consulaire suisse (art. 48 al. 1 LTF). Le mémoire doit être rédigé dans une langue officielle, indiquer les conclusions, les motifs et les moyens de preuve, et être signé. La décision attaquée et les moyens de preuve doivent être joints au mémoire, pour autant qu'ils soient en mains de la partie recourante (art. 42 LTF). Expédition : Le présent arrêt est adressé :
- à la recourante (acte judiciaire)
- à l'autorité inférieure (n° de réf. [...] ; acte judiciaire)
- à l'ENV (courrier A)