1C_458/2025, Ordre de remise en état,

Sachverhalt

A.a. A.________est propriétaire de la parcelle n° 5'664 de la commune de Versoix (GE). D'une surface de 5'265 m², elle se situe en majeure partie en zone agricole et en partie en zone de bois et forêts. Depuis 1970, ce bien-fonds a été successivement occupé par des entreprises spécialisées dans l'entretien de citernes, aujourd'hui encore par B.________ SA, dont A.________est l'administrateur, président et directeur.

Un hangar est érigé sur la parcelle n° 5'664, depuis à tout le moins 1977 lorsqu'un permis d'occuper a été délivré par l'actuel département du territoire de la République et canton de Genève (ci-après: le département). Une cour bétonnée entourant le hangar a été aménagée à la fin des années 1980. En 1982, une autorisation portant sur l'agrandissement du bâtiment a été octroyée. Le 15 février 1983, le département a autorisé l'adjonction d'une citerne double manteau enterrée à deux compartiments. Une aire de remplissage avec sol étanche devait cependant être créée devant le distributeur pour les véhicules. Les permis correspondant ont été délivrés en 1989.

A.b. Depuis le début de l'année 2021, l'Association C.________ (ci-après: l'association) restaure le bateau " C.________ " sur la parcelle n° 5'664. À cet effet, deux conteneurs et une serre-tunnel ont été installés.

Le 1er juin 2023, D.________ Sàrl a conclu avec A.________ un contrat de bail à loyer portant sur la location de l'immeuble sis sur le bien-fonds n° 5'664 avec comme objet "l'usage de stockage" et de lieu administratif ainsi que le stationnement de véhicules à moteur.

Après s'être rendu sur place les 1er décembre 2023 et 19 janvier 2024, le département a constaté que plusieurs éléments soumis à autorisation avaient été réalisés, à savoir une cour enrobant le hangar au nord, à l'est et à l'ouest, l'installation d'une serre-tunnel au sud de la parcelle et de plusieurs containers, la construction d'un couvert en bois, d'un stockage de différents matériaux et un stationnement de nombreux véhicules.

Par décisions du 15 mars 2024, le département a exigé qu'une situation conforme au droit soit rétablie. Il a ordonné la remise en état de la cour et du terrain naturel, respectivement la suppression et l'évacuation des installations et constructions érigées sans droit.

A.________, B.________ SA, D.________ Sàrl et l'association ont recouru contre cette décision auprès du Tribunal administratif de première instance de Genève (ci-après: TAPI). Dans ce cadre, l'association a indiqué que la durée des travaux de restauration du bateau, permettant sa remise à l'eau, était estimée à 30 mois.

Par jugement du 28 novembre 2024, le TAPI a rejeté les recours et confirmé les décisions de remise en état. Statuant par arrêt du 24 juin 2025, la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève a confirmé le jugement du TAPI.

Agissant par la voie du recours en matière de droit public, A.________, B.________ SAet l'Association C.________ demandent principalement au Tribunal fédéral d'annuler l'arrêt cantonal du 24 juin 2025 et les ordres de remises en état, subsidiairement de renvoyer la cause au TAPI, respectivement à l'instance précédente, pour nouvelle décision dans le sens des considérants. Par ordonnance présidentielle du 24 septembre 2025, l'effet suspensif a été octroyé à leur recours.

La Cour de justice renonce à se déterminer et se réfère aux considérants de son arrêt. Interpellée, D.________ Sàrl conclut à l'admission du recours. Le département se détermine et conclut au rejet du recours. Invité à se prononcer, l'Office fédéral du développement territorial (ci-après: ARE) estime que l'arrêt attaqué ne prête pas le flanc à la critique. Dans des écritures complémentaires, les recourants et le département persistent dans leurs conclusions. Le 16 mars 2026, les recourants confirment encore leurs conclusions.

Erwägungen (19 Absätze)

E. 1 Dirigé contre une décision finale prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de la police des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant la Cour de justice. En tant que destinataires de l'ordre de rétablir une situation conforme au droit, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué et peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation, respectivement à sa réforme (art. 89 al. 1 LTF). Sous réserve d'une motivation suffisante des griefs, les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur les recours.

E. 2 Les recourants soutiennent qu'une remise en état ne pourrait plus être ordonnée, dans la mesure où le délai de prescription pour ce faire aurait été atteint. Ils invoquent dans ce cadre une violation de l'art. 25 al. 5 LAT .

E. 2.1 Les constructions et installations illégales qui ne peuvent pas faire l'objet d'une autorisation

a posteriori doivent en principe être démolies (ATF 136 II 359 consid. 6). Selon la jurisprudence du Tribunal fédéral, le pouvoir des autorités d'ordonner la remise en état des constructions et installations illégales dans la zone à bâtir est limité à 30 ans, pour des raisons de sécurité juridique et des difficultés pratiques qui peuvent se poser en fonction de l'autorité communale ou cantonale concernée (ATF 147 II 309 consid. 5.1; 107 Ia 121; arrêt 1C_476/2024 du 11 avril 2025 consid. 4.2). En dehors de la zone à bâtir, pour les constructions et les installations érigées en violation du principe constitutionnel de séparation entre territoire constructible et territoire non constructible (art. 75 al. 1 Cst.), ce pouvoir ne se prescrit en revanche pas, même après 30 ans (ATF 147 II 309 consid. 5).

Cependant, le 29 septembre 2023 a été adopté l'art. 25 al. 5 LAT . Entrée en vigueur le 1er janvier 2026, cette disposition prévoit que le droit au rétablissement de la situation conforme au droit se prescrit après 30 ans; le délai est respecté lorsque l'autorité compétente intervient pour la première fois avant la fin de ce délai; il n'y a pas de prescription si des biens de police, en particulier l'ordre public, la tranquillité, la sécurité ou la santé publics, sont mis en péril. En adoptant cette disposition, le législateur a soumis le droit au rétablissement de la situation conforme au droit à un délai de prescription de 30 ans, tant à l'intérieur qu'à l'extérieur de la zone à bâtir (cf. Motion n° 21.4334 de la Commission de l'environnement, de l'aménagement du territoire et de l'énergie du Conseil national, "Prescription de l'obligation de rétablir la situation conforme au droit hors de la zone à bâtir", adoptée le 17 mars 2022 par le Conseil national et le 6 décembre 2022 par le Conseil des États; Alain Griffel, Die Korrigierer vom Dienst, ZBl 125/2024, p. 225).

E. 2.2 L'arrêt querellé de la Cour de justice a été rendu le 24 juin 2025, lorsque l'art. 25 al. 5 LAT n'était pas encore en vigueur. Il a déjà été confirmé à plusieurs reprises que cette disposition ne devait pas être appliquée de manière anticipée (cf. arrêts 1C_182/2023 du 16 août 2024 consid. 3; 1C_667/2023 du 3 juin 2024 consid. 4.5.3; 1C_452/2023 du 31 mai 2024 consid. 8) et il n'existe aucune raison de revenir sur cette pratique. La Cour de justice pouvait ainsi juger le cas à l'aune du droit qui était en vigueur au moment du prononcé de son arrêt.

Il reste à déterminer si l'art. 25 al. 5 LAT doit être appliqué immédiatement par le Tribunal fédéral dans la présente affaire, puisque cette disposition est désormais entrée en vigueur depuis le 1er janvier 2026. La LAT ne contient pas de disposition transitoire sur ce point, de sorte que la question du droit applicable doit être tranchée selon les principes généraux.

E. 2.2.1 De jurisprudence constante, l'autorité de recours doit appliquer le droit en vigueur au jour où l'autorité de première instance a statué (ATF 144 II 326 consid. 2.1.1). Font exception à cette règle les cas dans lesquels une application immédiate du nouveau droit répond à un intérêt public prépondérant (ATF 141 II 393 consid. 2.4; 139 II 243 consid. 11.1; 135 II 384 consid. 2.3; 125 II 591 consid. 5e/aa). Une application immédiate du nouveau droit s'impose en instance de recours lorsque la nouvelle règle répond à un intérêt public majeur, dont l'application ne souffre aucun délai. Il convient en outre de tenir compte du pouvoir d'examen de l'instance de recours auprès de laquelle la cause est pendante: un pouvoir d'examen complet en légalité peut déjà suffire à une application immédiate du nouveau droit (ATF 141 II 393 consid. 2.4).

Le Tribunal fédéral a notamment considéré qu'il existait des raisons impérieuses justifiant l'application immédiate de la nouvelle loi dans le domaine du droit de la protection des eaux, de la nature, du patrimoine et de l'environnement (ATF 139 II 243 consid. 11.1; arrêt 1C_581/2023 du 5 décembre 2024 consid. 4.4.2). La question s'est également posée pour une cause pendante devant le Tribunal fédéral lors de l'entrée en vigueur de la LAT. Dans cette affaire, il a été jugé que la LAT n'apportait pas de durcissement des prescriptions en vigueur, mais permettait à la Confédération et aux cantons de prendre les mesures d'exécution nécessaires. À cela s'ajoutait que la LAT, au contraire de la LEaux de 1971 (RO 1972 958), n'étendait pas le pouvoir d'examen, réduit, du Tribunal fédéral. Il n'y avait partant pas lieu d'appliquer la LAT pour la première fois dans la procédure pendante devant le Tribunal fédéral (ATF 106 Ib 325 consid. 2). En revanche, compte tenu du surdimensionnement notoire des zones à bâtir, l'art. 38a al. 2 LAT comprend un intérêt public majeur justifiant une application immédiate, y compris aux causes pendantes devant la dernière instance cantonale de recours (cf. ATF 141 II 393 consid. 3).

E. 2.2.2 En l'occurrence, il n'appert pas qu'une application immédiate de l'art. 25 al. 5 LAT serait justifiée. Il est en effet uniquement question, dans le cas d'espèce, d'une situation illégale qui doit être rétablie conformément au droit et non d'autoriser une situation contraire au nouveau droit. Confirmer l'application de la pratique en vigueur au jour où l'autorité de première instance a statué ne risque ainsi pas de créer une nouvelle situation qui ne serait pas conforme au nouveau droit ni d'aggraver une situation existante. Dans de telles conditions, il n'existe pas d'intérêt public majeur justifiant une application immédiate du délai de prescription de 30 ans instauré par le nouvel art. 25 al. 5 LAT .

À cela s'ajoute que les recourants ne démontrent de toute manière pas que le délai de prescription de 30 ans aurait effectivement été atteint. Ils se contentent d'avancer que la cour enrobant le hangar aurait été construite à la fin des années 1980 et que les installations litigieuses étaient occupées par B.________ SA depuis plus de quarante ans. Or mise à part la cour en question, les faits de l'arrêt attaqué ne permettent pas de dater la construction des installations visées par l'ordre de remise en état, à savoir l'installation d'une serre-tunnel au sud de la parcelle et de plusieurs containers, la construction d'un couvert en bois entre deux containers, le stockage de différents matériaux et le stationnement de nombreux véhicules (cf. let. C.b et C.g, p. 4 de l'arrêt attaqué). À défaut de critique suffisamment motivée à cet égard, il n'est pas possible pour le Tribunal fédéral de s'écarter de l'état de fait retenu par l'instance précédente (cf. art. 105 al. 2 LTF). Aussi, statuer en tant que première et unique instance sur ces faits ne serait guère compatible avec le pouvoir d'examen réduit du Tribunal fédéral, ce qui ne respecterait au demeurant pas non plus le pouvoir d'examen complet qui doit revenir aux autorités cantonales (cf. art. 33 al. 3 let. b LAT).

En définitive, c'est sans violer le droit fédéral que la Cour de justice a nié la prescription du droit de demander la remise en état des constructions et installations litigieuses. Pour autant que recevable, le grief est rejeté.

E. 3 Dans un second grief, les recourants invoquent une violation de leur droit d'être entendus.

E. 3.1 Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1).

E. 3.2 La Cour de justice a constaté que le TAPI n'avait pas transmis les déterminations du 25 novembre 2024 du département aux recourants et qu'il avait ainsi violé leur droit d'être entendus. Cette violation avait toutefois été réparée devant l'instance précédente, dès lors que les recourants avaient pu se prononcer sur la détermination en cause.

Les recourants soutiennent que le TAPI aurait pu statuer différemment s'il avait eu connaissance de leur prise de position sur la détermination du département.

Ce grief est infondé. Les recourants ne contestent pas que la Cour de justice disposait d'un plein pouvoir d'examen et qu'elle a dès lors traité leurs griefs comme l'aurait fait le TAPI. Ils ont ainsi pu s'exprimer librement devant l'autorité de recours sur la détermination du département. Dans cette mesure, l'instance précédente pouvait considérer que la violation du droit d'être entendu des recourants avait été guérie (cf. ATF 135 II 286 consid. 5.3 in fine; arrêt 1C_650/2023 du 24 février 2026 consid. 4.3; 1C_8/2022 du 5 décembre 2022 consid. 2.2).

E. 4 Invoquant la violation des garanties de la propriété et de la liberté économique, des principes constitutionnels de la bonne foi, de l'intérêt public et de la proportionnalité, les recourants contestent les ordres de remise en état.

E. 4.1 Les garanties de la propriété et de la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. ne sont pas absolues. Comme tous droits fondamentaux, elles peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst.

Selon la jurisprudence, l'ordre de supprimer une construction ou une installation réalisée sans droit et pour laquelle une autorisation ne pouvait être accordée n'est en soi pas contraire au principe de la proportionnalité. Celui qui place l'autorité devant un fait accompli doit en effet s'attendre à ce que celle-ci se préoccupe plus de rétablir une situation conforme au droit que d'éviter les inconvénients qui en découlent pour lui (ATF 123 II 248 consid. 4a). Toutefois, l'autorité peut renoncer à une telle mesure si les dérogations à la règle sont mineures, si l'intérêt public lésé n'est pas de nature à justifier le dommage que la démolition causerait au maître de l'ouvrage, si celui-ci pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire ou encore s'il y a des chances sérieuses de faire reconnaître la construction comme conforme au droit (ATF 132 II 21 consid. 6; 123 II 248 consid. 3a/bb).

Le Tribunal fédéral examine en principe librement si une restriction de la propriété répond à un intérêt public et respecte le principe de la proportionnalité; il s'impose toutefois une certaine retenue lorsqu'il s'agit de tenir compte de circonstances locales dont les autorités cantonales ont une meilleure connaissance que lui, ou de trancher de pures questions d'appréciation (ATF 147 I 393 consid. 5.3.2). Le Tribunal fédéral doit alors examiner, dans le cadre des griefs soulevés (art. 106 al. 2 LTF), si la décision attaquée se prononce de façon complète sur les motifs d'intérêt public invoqués pour justifier l'atteinte au droit de propriété et si, dans la pesée des intérêts, les intérêts privés ont été pris en considération de manière adéquate (cf. ATF 126 I 219 consid. 2c; arrêt 1C_511/2025 du 29 janvier 2026 consid. 4.1).

E. 4.2 Lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. Le principe de la séparation de l'espace bâti et non-bâti, qui préserve différents intérêts publics, est de rang constitutionnel; il fait partie intégrante de la notion d'utilisation mesurée du sol de l'art. 75 al. 1 Cst. (arrêts 1C_162/2019 du 25 novembre 2019 consid. 3.2; 1C_176/2016 du 10 mai 2017 consid. 7.1 et les références citées; cf. également art. 14 al. 2, 16 al. 1, 22 al. 2 let. a et 24 ss LAT). Cette séparation doit par conséquent, en dehors des exceptions prévues par la loi, demeurer d'application stricte (ATF 132 II 21 consid. 6.4). Si des constructions illégales, contraires au droit de l'aménagement du territoire, sont indéfiniment tolérées en dehors de la zone constructible, le principe de la séparation du bâti et du non-bâti est remis en question et un comportement contraire au droit s'en trouve récompensé. S'ajoute à cela que la remise en état poursuit encore d'autres intérêts publics, à savoir la limitation du nombre et des dimensions des constructions en zone agricole (cf. ATF 132 II 21 consid. 6.4) ainsi que le respect du principe de l'égalité devant la loi (arrêt 1C_162/2019 du 25 novembre 2019 consid. 3.2). C'est pourquoi, en règle générale, les constructions érigées sans droit en zone agricole doivent être supprimées, à moins que - à titre exceptionnel - l'écart constaté par rapport à ce qu'admet le droit se révèle mineur et qu'une remise en état ne soit pas dans l'intérêt public. La jurisprudence réserve encore les situations dans lesquelles le bénéficiaire d'une autorisation de construire frappée de nullité pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire (ATF 136 II 359 consid. 6; 132 II 21 consid. 6).

E. 4.3 Les recourants ne contestent pas que les ordres de remise en état reposent sur une base légale suffisante au regard de la gravité de l'atteinte portée à leur droit de propriété (cf. art. 129 let . e et 130 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI; RS/GE L 5 05]).

E. 4.4 Selon les recourants, exiger d'eux la remise en état de la parcelle serait contraire au principe de la bonne foi.

Au vu des faits retenus, l'instance précédente pouvait toutefois considérer que le département n'avait pas fourni de promesses ou des assurances ni adopté un comportement qui aurait pu laisser entendre que les installations litigieuses pouvaient être érigées sans autorisation. Le constat que la parcelle avait perdu sa vocation agricole n'autorisait pas encore les recourants à ériger des installations et constructions sans respecter la procédure d'autorisation. Pour le reste, en tant que les recourants font grief à la cour cantonale d'avoir omis certains éléments, leur critique n'est pas suffisante, sous l'angle de la constatation des faits, pour démontrer qu'ils auraient été établis de façon arbitraire (cf. ATF 150 IV 360 consid. 3.2.1).

E. 4.5 Les intérêts publics visés par les ordres de remise en état ont été mis en avant par la Cour de justice, à savoir la préservation des zones agricoles, la distinction fondamentale entre espace bâti et non-bâti et le respect de la loi (cf. art. 1 al. 1 LCI qui exige une autorisation). Ce point n'est pas contesté.

E. 4.6 Les recourants remettent en cause la proportionnalité de la mesure.

E. 4.6.1 L'aptitude de la mesure n'est pas contestable, en dépit des critiques des recourants. L'évacuation et la démolition des installations litigieuses permettra effectivement d'assurer le respect de la séparation du territoire constructible et non constructible et de limiter l'utilisation du sol en zone agricole. Le fait que la parcelle contienne déjà des constructions (le hangar et une citerne) ne signifie pas pour autant qu'elle serait devenue constructible et que d'autres installations pourraient être ajoutées sans limite et autorisation. La perte alléguée de la vocation agricole n'aboutit pas davantage à une autre solution, dans la mesure où le planificateur communal a décidé de maintenir la parcelle en zone agricole.

L'intérêt économique des recourants A.________et B.________ SA, qui devraient cesser leur activité, a été prise en considération par la Cour de justice. Au terme de sa pesée des intérêts, l'instance précédente a considéré que cet intérêt privé ne suffisait pas pour renoncer à une remise en état. Elle a notamment relevé que les recourants n'avaient pas démontré le caractère indispensable des installations litigieuses pour leur activité. Nullement discuté dans le recours, ce raisonnement peut être confirmé.

E. 4.6.2 S'agissant de l'Association C.________, la Cour de justice a considéré qu'il existait des intérêts privés importants, l'association ayant été crée en vue de la sauvegarde du bateau " C.________ ". Des intérêts publics entraient également en ligne de compte, dans la mesure où l'association travaillait avec le Centre de Formation E.________ et que plusieurs communes, fondations et associations avaient financé le projet de restauration. Les juges cantonaux ont toutefois estimé que ces intérêts ne primaient pas ceux en faveur d'une remise en état, dès lors que les constructions resteraient au moins trois années, que la recourante avait mis les autorités devant le fait accompli et qu'elle n'avait pas cherché une alternative.

La recourante remet en vain en cause le raisonnement de l'instance précédente. Elle relève d'ailleurs que les installations en cause sont légères et mobiles et que de nombreuses collectivités soutiennent son projet, relativisant les difficultés qu'elle invoque pour trouver une solution alternative afin de mener à terme son activité. Un lieu alternatif permettrait par ailleurs de maintenir le partenariat mis en place avec le E.________, dont l'intérêt ne saurait du reste pas être surévalué, et de sauvegarder l'intérêt patrimonial qu'elle voit dans son projet. S'il est vrai que l'atteinte à la zone agricole sera limitée à une durée déterminée (trois années), la Cour de justice n'a en définitive pas abusé de son large pouvoir d'appréciation en considérant que la mesure de remise en état ne violait pas le principe de la proportionnalité. L'arrêt attaqué est par conséquent confirmé. Cela étant, il convient de fixer un nouveau délai au 31 octobre 2026, pour lequel la parcelle n° 5'664 devra être remise en état (cf. art. 107 al. 2 LTF). Ce délai tiendra compte de l'importance des principes applicables à la zone agricole, tout en ménageant autant que possible les intérêts des recourants à mener à bien leur projet.

E. 5 Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux, qui succombent (cf. art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF), D.________ Sàrl ayant au surplus conclu à l'admission du recours.

Dispositiv

Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le délai pour procéder aux mesures de remise en état est prolongé au 31 octobre 2026.
Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourants.
Il n'est pas alloué de dépens.
Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, au Département du territoire de la République et canton de Genève, à D.________ Sàrl, à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral du développement territorial.

Volltext (verifizierbarer Originaltext)

Bundesgericht

Tribunal fédéral

Tribunale federale

Tribunal federal

1C_458/2025

Arrêt du 1er juin 2026

Ire Cour de droit public

Composition

MM. les Juges fédéraux

Haag, Président, Chaix, Kneubühler, Müller et Merz.

Greffier : M. Hausammann.

Participants à la procédure

1. A.________,

2. B.________ SA,

3. Association C.________,

tous les trois représentés par Maîtres Dominique Burger et Stefan Gisselbaek, Avocats,

recourants,

contre

Département du territoire de la République et canton de Genève, Office des autorisations de construire, Service des affaires juridiques, case postale 22, 1211 Genève 8,

D.________ Sàrl,

Objet

Ordre de remise en état,

recours contre l'arrêt de la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève du 24 juin 2025 (A/1580/2024 - LCI ATA/714/2025).

Faits :

Considérant en droit :

Dirigé contre une décision finale prise en dernière instance cantonale dans le domaine du droit public de la police des constructions, le recours est en principe recevable comme recours en matière de droit public selon les art. 82 ss LTF, aucune des exceptions prévues à l'art. 83 LTF n'étant réalisée. Les recourants ont pris part à la procédure devant la Cour de justice. En tant que destinataires de l'ordre de rétablir une situation conforme au droit, ils sont particulièrement touchés par l'arrêt attaqué et peuvent ainsi se prévaloir d'un intérêt digne de protection à son annulation, respectivement à sa réforme (art. 89 al. 1 LTF). Sous réserve d'une motivation suffisante des griefs, les autres conditions de recevabilité sont au surplus réunies, si bien qu'il y a lieu d'entrer en matière sur les recours.

Les recourants soutiennent qu'une remise en état ne pourrait plus être ordonnée, dans la mesure où le délai de prescription pour ce faire aurait été atteint. Ils invoquent dans ce cadre une violation de l'art. 25 al. 5 LAT .

2.1. Les constructions et installations illégales qui ne peuvent pas faire l'objet d'une autorisation

2.2. L'arrêt querellé de la Cour de justice a été rendu le 24 juin 2025, lorsque l'art. 25 al. 5 LAT n'était pas encore en vigueur. Il a déjà été confirmé à plusieurs reprises que cette disposition ne devait pas être appliquée de manière anticipée (cf. arrêts 1C_182/2023 du 16 août 2024 consid. 3; 1C_667/2023 du 3 juin 2024 consid. 4.5.3; 1C_452/2023 du 31 mai 2024 consid. 8) et il n'existe aucune raison de revenir sur cette pratique. La Cour de justice pouvait ainsi juger le cas à l'aune du droit qui était en vigueur au moment du prononcé de son arrêt.

2.2.1. De jurisprudence constante, l'autorité de recours doit appliquer le droit en vigueur au jour où l'autorité de première instance a statué (ATF 144 II 326 consid. 2.1.1). Font exception à cette règle les cas dans lesquels une application immédiate du nouveau droit répond à un intérêt public prépondérant (ATF 141 II 393 consid. 2.4; 139 II 243 consid. 11.1; 135 II 384 consid. 2.3; 125 II 591 consid. 5e/aa). Une application immédiate du nouveau droit s'impose en instance de recours lorsque la nouvelle règle répond à un intérêt public majeur, dont l'application ne souffre aucun délai. Il convient en outre de tenir compte du pouvoir d'examen de l'instance de recours auprès de laquelle la cause est pendante: un pouvoir d'examen complet en légalité peut déjà suffire à une application immédiate du nouveau droit (ATF 141 II 393 consid. 2.4).

2.2.2. En l'occurrence, il n'appert pas qu'une application immédiate de l'art. 25 al. 5 LAT serait justifiée. Il est en effet uniquement question, dans le cas d'espèce, d'une situation illégale qui doit être rétablie conformément au droit et non d'autoriser une situation contraire au nouveau droit. Confirmer l'application de la pratique en vigueur au jour où l'autorité de première instance a statué ne risque ainsi pas de créer une nouvelle situation qui ne serait pas conforme au nouveau droit ni d'aggraver une situation existante. Dans de telles conditions, il n'existe pas d'intérêt public majeur justifiant une application immédiate du délai de prescription de 30 ans instauré par le nouvel art. 25 al. 5 LAT .

Dans un second grief, les recourants invoquent une violation de leur droit d'être entendus.

3.1. Garanti à l'art. 29 al. 2 Cst., le droit d'être entendu comprend notamment le droit pour l'intéressé de s'exprimer sur les éléments pertinents avant qu'une décision ne soit prise touchant sa situation juridique, d'avoir accès au dossier, de produire des preuves pertinentes, d'obtenir qu'il soit donné suite à ses offres de preuves pertinentes, de participer à l'administration des preuves essentielles ou à tout le moins de s'exprimer sur son résultat, lorsque cela est de nature à influer sur la décision à rendre (ATF 145 I 73 consid. 7.2.2.1).

3.2. La Cour de justice a constaté que le TAPI n'avait pas transmis les déterminations du 25 novembre 2024 du département aux recourants et qu'il avait ainsi violé leur droit d'être entendus. Cette violation avait toutefois été réparée devant l'instance précédente, dès lors que les recourants avaient pu se prononcer sur la détermination en cause.

Les recourants soutiennent que le TAPI aurait pu statuer différemment s'il avait eu connaissance de leur prise de position sur la détermination du département.

Invoquant la violation des garanties de la propriété et de la liberté économique, des principes constitutionnels de la bonne foi, de l'intérêt public et de la proportionnalité, les recourants contestent les ordres de remise en état.

4.1. Les garanties de la propriété et de la liberté économique ancrées aux art. 26 al. 1 et 27 al. 1 Cst. ne sont pas absolues. Comme tous droits fondamentaux, elles peuvent être restreintes aux conditions fixées à l'art. 36 Cst.

4.2. Lorsque des constructions ou des installations illicites sont réalisées en dehors de la zone à bâtir, le droit fédéral exige en principe que soit rétabli un état conforme au droit. Le principe de la séparation de l'espace bâti et non-bâti, qui préserve différents intérêts publics, est de rang constitutionnel; il fait partie intégrante de la notion d'utilisation mesurée du sol de l'art. 75 al. 1 Cst. (arrêts 1C_162/2019 du 25 novembre 2019 consid. 3.2; 1C_176/2016 du 10 mai 2017 consid. 7.1 et les références citées; cf. également art. 14 al. 2, 16 al. 1, 22 al. 2 let. a et 24 ss LAT). Cette séparation doit par conséquent, en dehors des exceptions prévues par la loi, demeurer d'application stricte (ATF 132 II 21 consid. 6.4). Si des constructions illégales, contraires au droit de l'aménagement du territoire, sont indéfiniment tolérées en dehors de la zone constructible, le principe de la séparation du bâti et du non-bâti est remis en question et un comportement contraire au droit s'en trouve récompensé. S'ajoute à cela que la remise en état poursuit encore d'autres intérêts publics, à savoir la limitation du nombre et des dimensions des constructions en zone agricole (cf. ATF 132 II 21 consid. 6.4) ainsi que le respect du principe de l'égalité devant la loi (arrêt 1C_162/2019 du 25 novembre 2019 consid. 3.2). C'est pourquoi, en règle générale, les constructions érigées sans droit en zone agricole doivent être supprimées, à moins que - à titre exceptionnel - l'écart constaté par rapport à ce qu'admet le droit se révèle mineur et qu'une remise en état ne soit pas dans l'intérêt public. La jurisprudence réserve encore les situations dans lesquelles le bénéficiaire d'une autorisation de construire frappée de nullité pouvait de bonne foi se croire autorisé à construire (ATF 136 II 359 consid. 6; 132 II 21 consid. 6).

4.3. Les recourants ne contestent pas que les ordres de remise en état reposent sur une base légale suffisante au regard de la gravité de l'atteinte portée à leur droit de propriété (cf. art. 129 let . e et 130 de la loi cantonale sur les constructions et les installations diverses du 14 avril 1988 [LCI; RS/GE L 5 05]).

4.4. Selon les recourants, exiger d'eux la remise en état de la parcelle serait contraire au principe de la bonne foi.

4.5. Les intérêts publics visés par les ordres de remise en état ont été mis en avant par la Cour de justice, à savoir la préservation des zones agricoles, la distinction fondamentale entre espace bâti et non-bâti et le respect de la loi (cf. art. 1 al. 1 LCI qui exige une autorisation). Ce point n'est pas contesté.

4.6. Les recourants remettent en cause la proportionnalité de la mesure.

4.6.1. L'aptitude de la mesure n'est pas contestable, en dépit des critiques des recourants. L'évacuation et la démolition des installations litigieuses permettra effectivement d'assurer le respect de la séparation du territoire constructible et non constructible et de limiter l'utilisation du sol en zone agricole. Le fait que la parcelle contienne déjà des constructions (le hangar et une citerne) ne signifie pas pour autant qu'elle serait devenue constructible et que d'autres installations pourraient être ajoutées sans limite et autorisation. La perte alléguée de la vocation agricole n'aboutit pas davantage à une autre solution, dans la mesure où le planificateur communal a décidé de maintenir la parcelle en zone agricole.

4.6.2. S'agissant de l'Association C.________, la Cour de justice a considéré qu'il existait des intérêts privés importants, l'association ayant été crée en vue de la sauvegarde du bateau " C.________ ". Des intérêts publics entraient également en ligne de compte, dans la mesure où l'association travaillait avec le Centre de Formation E.________ et que plusieurs communes, fondations et associations avaient financé le projet de restauration. Les juges cantonaux ont toutefois estimé que ces intérêts ne primaient pas ceux en faveur d'une remise en état, dès lors que les constructions resteraient au moins trois années, que la recourante avait mis les autorités devant le fait accompli et qu'elle n'avait pas cherché une alternative.

Au vu de ce qui précède, le recours est rejeté dans la mesure de sa recevabilité. Les frais sont mis à la charge des recourants, solidairement entre eux, qui succombent (cf. art. 66 al. 1 et 5 LTF). Il n'est pas alloué de dépens (cf. art. 68 al. 3 LTF), D.________ Sàrl ayant au surplus conclu à l'admission du recours.

Par ces motifs, le Tribunal fédéral prononce :

Le recours est rejeté dans la mesure où il est recevable. Le délai pour procéder aux mesures de remise en état est prolongé au 31 octobre 2026.

Les frais judiciaires, arrêtés à 4'000 fr., sont mis à la charge des recourants.

Il n'est pas alloué de dépens.

Le présent arrêt est communiqué aux mandataires des recourants, au Département du territoire de la République et canton de Genève, à D.________ Sàrl, à la Chambre administrative de la Cour de justice de la République et canton de Genève et à l'Office fédéral du développement territorial.

Lausanne, le 1er juin 2026

Au nom de la Ire Cour de droit public

du Tribunal fédéral suisse

Le Président : Haag

Le Greffier : Hausammann